The present invention provides a method for obtaining base sequence information from a single cell of vertebrates, which can uniformly and accurately amplify the target region by PCR.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法
本专利技术涉及一种获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法。
技术介绍
人类的血液中，在正常的个体的情况下不存在，但在孕妇或癌患者等的血液中，以非常低的几率存在被称为稀有细胞的细胞。作为其中之一，已知胎儿细胞转移到妊娠中的母亲的血液中，该胎儿细胞与血液一同在母体中循环。关于血液中的存在几率，认为以在数mL中存在数个的比例存在。如果能够再现性良好且可靠地分析这种胎儿细胞中的基因组DNA，则能够实现无流产可能性的安全而且直接分析来源于胎儿的DNA的基因诊断。并且，作为其他稀有细胞，有称为血中循环肿瘤细胞(CTC：CirculatingTumorCell，循环性肿瘤细胞)的癌细胞。关于该癌细胞在血液中的存在数量，认为在血液10mL中为数个至数十个左右。关于CTC，已知具有肿瘤或癌的人类个体的已进行的癌细胞会随着血液的流动而循环，在远离的脏器也引起转移，乳腺癌或前列腺癌、大肠癌等转移性癌症病例中，作为治疗效果的判定和预后预测因子的有用性得到了认可。CTC的临床上的有用性在于，能够远比以往的诊断方法更早地进行癌化疗的治疗...
【技术保护点】
1.一种获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法，其包含：目标区域选择工序，从脊椎动物的基因组DNA上的区域选择用于获取碱基序列信息的至少1个目标区域；单细胞分离工序，从来源于所述脊椎动物的生物试样分离单细胞；基因组DNA提取工序，从所述单细胞提取基因组DNA；PCR扩增工序，将在所述基因组DNA提取工序中提取的基因组DNA作为模板，利用以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合，通过PCR对所述至少1个目标区域进行扩增；及DNA测序工序，解读在所述PCR扩增工序中获得的PCR扩增产物的DNA碱基序列，获取所述至少1个目标区域的碱基序列信息，所述目标区...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.09.30 JP 2016-1934991.一种获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法，其包含：目标区域选择工序，从脊椎动物的基因组DNA上的区域选择用于获取碱基序列信息的至少1个目标区域；单细胞分离工序，从来源于所述脊椎动物的生物试样分离单细胞；基因组DNA提取工序，从所述单细胞提取基因组DNA；PCR扩增工序，将在所述基因组DNA提取工序中提取的基因组DNA作为模板，利用以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合，通过PCR对所述至少1个目标区域进行扩增；及DNA测序工序，解读在所述PCR扩增工序中获得的PCR扩增产物的DNA碱基序列，获取所述至少1个目标区域的碱基序列信息，所述目标区域选择工序和从所述单细胞分离工序至所述基因组DNA提取工序的工序为任意顺序，所述获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法中，以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合通过用于聚合酶链反应的引物组合的设计方法设计，该设计方法包含：a)对象区域选择工序，从所述至少1个目标区域选择对象区域；b)引物候选碱基序列制作工序，根据所述脊椎动物的基因组DNA上的所述对象区域两端的各个附近区域的碱基序列，分别各制作至少1个用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列；c)局部比对工序，针对从在所述引物候选碱基序列制作工序中制作的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合，对所述组合中包含的2个碱基序列，在该比较的一部分序列包含所述2个碱基序列的3’末端这样的条件下，进行成对局部比对，从而求出局部比对评分；d)第1阶段选拔工序，根据所述局部比对评分，进行用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔；e)总体比对工序，针对从在所述第1阶段选拔工序中选拔的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合，对包含所述组合中包含的2个碱基序列的3’末端和预先设定的序列长度的碱基序列，进行成对总体比对，从而求出总体比对评分；f)第2阶段选拔工序，根据所述总体比对评分，进行用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第2阶段的选拔；及g)引物采用工序，采用在所述第1阶段选拔工序及所述第2阶段选拔工序的二者中均被选拔的引物候选的碱基序列作为用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物的碱基序列，所述局部比对工序及所述第1阶段选拔工序这两个工序和所述总体比对工序及所述第2阶段选拔工序这两个工序为任意顺序或同时进行。2.一种获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法，其包含：目标区域选择工序，从脊椎动物的基因组DNA上的区域选择用于获取碱基序列信息的至少1个目标区域；单细胞分离工序，从来源于所述脊椎动物的生物试样分离单细胞；基因组DNA提取工序，从所述单细胞提取基因组DNA；PCR扩增工序，将在所述基因组DNA提取工序中提取的基因组DNA作为模板，利用以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合，通过PCR对所述至少1个目标区域进行扩增；及DNA测序工序，解读在所述PCR扩增工序中获得的PCR扩增产物的DNA碱基序列，获取所述至少1个目标区域的碱基序列信息，所述目标区域选择工序和从所述单细胞分离工序至所述基因组DNA提取工序的工序为任意顺序，所述获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法中，以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合通过用于聚合酶链反应的引物组合的设计方法设计，该设计方法包含：a1)对象区域选择第1工序，从所述至少1个目标区域选择第1对象区域；b1)引物候选碱基序列制作第1工序，根据所述脊椎动物的基因组DNA上的所述第1对象区域的两端的各个附近区域的碱基序列，分别各制作至少1个用于对所述第1对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列；c1)局部比对第1工序，针对从在所述引物候选碱基序列制作第1工序中制作的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合，对所述组合中包含的2个碱基序列，在该比较的一部分序列包含所述2个碱基序列的3’末端的条件下，进行成对局部比对，从而求出局部比对评分；d1)第1阶段选拔第1工序，根据所述局部比对评分，进行用于对所述第1对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔；e1)总体比对第1工序，针对从在所述第1阶段选拔第1工序中选拔的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合，对包含所述组合中包含的2个碱基序列的3’末端和预先设定的序列长度的碱基序列，进行成对总体比对，从而求出总体比对评分；f1)第2阶段选拔第1工序，根据所述总体比对评分，进行用于对所述第1对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第2阶段的选拔；g1)引物采用第1工序，采用在所述第1阶段选拔第1工序及所述第2阶段选拔第1工序的二者中均被选拔的引物候选的碱基序列作为用于对所述第1对象区域进行PCR扩增的引物的碱基序列；a2)对象区域选择第2工序，从所述至少1个目标区域中还未被选择的目标区域选择第2对象区域；b2)引物候选碱基序列制作第2工序，根据所述脊椎动物的基因组DNA上的所述第2对象区域的两端的各个附近区域的碱基序列，分别各制作至少1个用于对所述第2对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列；c2)局部比对第2工序，针对从在所述引物候选碱基序列制作第2工序中制作的引物候选的碱基序列及已被采用的引物的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的组合和选择1个引物候选的碱基序列及1个已被采用的引物的碱基序列的组合的所有组合，对所述组合中包含的2个碱基序列，在该比较的一部分序列包含所述2个碱基序列的3’末端的条件下，进行成对局部比对，从而求出局部比对评分；d2)第1阶段选拔第2工序，根据所述局部比对评分，进行用于对所述第2对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔；e2)总体比对第2工序，针对从在所述第1阶段选拔第2工序中选拔的引物候选的碱基序列及已被采用的引物的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的组合和选择1个引物候选的碱基序列及1个已被采用的引物的碱基序列的组合的所有组合，对包含所述组合中包含的2个碱基序列的3’末端和预先设定的序列长度的碱基序列，进行成对总体比对，从而求出总体比对评分；f2)第2阶段...
【专利技术属性】
技术研发人员：辻本尧之，石井靖幸，井上雄喜，大内彩，中谷俊幸，远藤摄，
申请(专利权)人：富士胶片株式会社，
类型：发明
国别省市：日本,JP
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