The invention provides a design method of primers for multiplex PCR, which repeatedly carries out multiplex PCR tests for a few target regions, and divides them into target regions whose coefficient of variation of sequence readout is above the threshold value and target regions whose coefficient of variation is below the threshold value. For each group, the average Tm value and the vertical axis of a pair of primers used for multiplex PCR amplification of the target regions are made. The histogram of the number of target regions is used to calculate the lower and upper limits of the range of Tm values in primer design, and to set the range of Tm values, so as to design primers, which can inhibit the amplification deviation of each target region among multiple single cells.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】供多重PCR的引物的设计方法
本专利技术涉及一种供多重PCR的引物的设计方法。
技术介绍
利用近年来开发的DNA测序仪等可以容易地进行基因分析。然而，基因组的总碱基长度通常庞大，另一方面测序仪的读取能力是有限的。于是，作为通过仅扩增所需的特定的基因区域、并限定于其碱基序列进行读取来有效且高精度地进行基因分析的技术，正在普及PCR法。特别将通过同时对某一个PCR反应系统供给多种类型的引物来选择性地扩增多个基因区域的方法称为多重PCR。专利文献1中记载的是，针对同一染色体上按坐标顺序所配置的m个目标区域，设计多重PCR中使用的引物的方法。在此，m为1以上的整数。首先，从成为扩增对象的DNA的碱基序列中选出对应于第一个目标区域X1的候选引物。此时，候选引物设为根据表示引物的解链温度Tm、GC含量、碱基序列的长度、碱基序列的特异性、形成发夹结构及引物二聚体的难度的评分来选出。解链温度、GC含量及碱基序列的长度处于预定的范围内的、对应于目标区域X1的n个候选引物中，将根据碱基序列的特异性、形成发夹结构及引物二聚体的难度计算出的表示候选引物的优越性的评分最高的候选引物称为P1...
【技术保护点】
1.一种供多重PCR的引物的设计方法，其是供源于单一细胞的多重PCR的引物的设计方法，包括设定引物设计时的Tm值范围的Tm值范围设定工序，其中，在进行N次对n个目标区域中m个目标区域进行PCR扩增并统计每个目标区域的序列读取数的试验，并计算每个目标区域的序列读取数的变异系数的情况下，在将第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值设为CVi，将为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值设为Tmi时，在所述Tm值范围设定工序中，通过下述工序来确定引物的Tm值范围：由输入装置输入序列读取数的变异系数的目标值CV0，并存储于存储装置的工序；输入N次试验中的目标...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.09.29 JP 2016-1922421.一种供多重PCR的引物的设计方法，其是供源于单一细胞的多重PCR的引物的设计方法，包括设定引物设计时的Tm值范围的Tm值范围设定工序，其中，在进行N次对n个目标区域中m个目标区域进行PCR扩增并统计每个目标区域的序列读取数的试验，并计算每个目标区域的序列读取数的变异系数的情况下，在将第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值设为CVi，将为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值设为Tmi时，在所述Tm值范围设定工序中，通过下述工序来确定引物的Tm值范围：由输入装置输入序列读取数的变异系数的目标值CV0，并存储于存储装置的工序；输入N次试验中的目标区域数m、第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值CVi及为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值Tmi，并存储于存储装置的工序；运算装置利用CVt＝H(CV0)计算序列读取数的变异系数的阈值CVt作为目标值CV0的函数，并存储于存储装置的工序；运算装置将所述m个目标区域划分为由序...
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