有机分子的立体异构全集自动化生成方法技术

本发明专利技术属于有机分子模拟计算领域，具体涉及一种有机分子的立体异构全集自动化生成方法，（1）将输入分子切分成一组片段；（2）用得到的异构片段到片段模板库中匹配片段模板；（3）根据片段模板信息生成出对应片段的所有异构；（4）遍历所有的异构片段及其位点，将步骤（1）中断的键两端的片段，按断键原子的所有可能的位点进行组装，得到所有的立体异构；如果需要过滤，则可以按照指定的过滤规则进行过滤。本发明专利技术可以很方便的描述相似片段的立体异构，并大量减少片段数量，极大地降低片段库的构建难度。分片段，再遍历片段的所有立体异构，然后根据位点组合拼装，可以容易地生成一个分子的所有立体异构。

【技术实现步骤摘要】
有机分子的立体异构全集自动化生成方法
本专利技术属于有机分子模拟计算领域，具体涉及一种有机分子的立体异构全集自动化生成方法，用于对分子的手性异构、环异构、顺反异构进行综合分析，在不考虑直链异构如转动柔性角形成的异构的情况下，生成出所有的立体异构。
技术介绍
立体异构生成在化学信息学中具有重要意义。目前常见的立体异构生成方法主要是基于知识的方法进行异构生成：通常利用已有的异构库，寻找相似的结构集团并给出其立体异构。此方法适常见的方式是基于已知的构象数据库，将目标分子拆解成片段，然后在数据库中搜寻相同或相似的片段。最后将搜索出的片段异构组合成为整体异构。这种方式不足之处主要在于：基于已有的知识，数据库的片段异构覆盖度不够，对一些分子生成的立体异构不全。特别是环异构，由于稠环形式多种多样，现有数据库很难覆盖所有的环异构片段。另外，对于新出现的立体异构，可能查找不到，需要手动生成。
技术实现思路
针对上述技术问题，本专利技术提供一种有机分子的立体异构全集自动化生成方法，尽可能的提供更多的常见环的立体异构，具体技术方案为：有机分子的立体异构全集自动化生成方法，包括以下步骤：（一）将输入分子切分成一本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.有机分子的立体异构全集自动化生成方法，其特征在于，包括以下步骤：（一）将输入分子切分成一组片段，片段主要分为三种类型：环异构片段、顺反异构片段、手性异构片段；（二）用得到的异构片段到片段模板库中匹配片段模板；手性异构和顺反异构可不需要用模板描述；（三）根据片段模板信息生成出对应片段的所有异构；对于顺反异构和手性异构，只需要在第（四）步中，交换其任意两个位点进行组装；（四）遍历所有的异构片段及其位点，将步骤（一）中断的键两端的片段，按断键原子的所有可能的位点进行组装，得到所有的立体异构。

【技术特征摘要】
1.有机分子的立体异构全集自动化生成方法，其特征在于，包括以下步骤：（一）将输入分子切分成一组片段，片段主要分为三种类型：环异构片段、顺反异构片段、手性异构片段；（二）用得到的异构片段到片段模板库中匹配片段模板；手性异构和顺反异构可不需要用模板描述；（三）根据片段模板信息生成出对应片段的所有异构；对于顺反异构和手性异构，只需要在第（四）步中，交换其任意两个位点进行组装；（四）遍历所有的异构片段及其位点，将步骤（一）中断的键两端的片段，按断键原子的所有可能的位点进行组装，得到所有的立体异构。2.根据权利要求1所述的有机分子的立体异构全集自动化生成方法，其特征在于，步骤（一）所述的分子切分方法包括以下步骤：（1）判断原子为环上非平面原子，则断掉与该原子相连的非环上单键，即断掉与该原子相连的非等价取代基；判断原子是否为环上平面原子的规则为：不连接双键或三键且不在共轭体系里；（2）判断原子为手性中心原子，则断掉与该原子相连的任意一根单键，一般断掉相连原子的原子序最小的单键；（3）判断原子处于顺反异构结构中，则断掉其任意单键，选取邻接原...

【专利技术属性】
技术研发人员：张焕淮，孙广旭，刘阳，温书豪，马健，赖力鹏，
申请(专利权)人：深圳晶泰科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44