黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆方法技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，本发明专利技术公开了一种黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆方法。方法的步骤为：设计14条特异性引物用于反转录和14对特异性引物用于PCR，引物序列如SEQ ID No.1～SEQ ID No.14；提取黄颡鱼杆菌样病毒RNA；以提取的病毒RNA为模板，用上述引物分别添加到反转录和PCR反应体系，反应条件分段克隆克隆黄颡鱼杆菌样病毒全基因组，扩增的产物其中13个片段大小为2000bp，一个片段大小为1000bp，共计14个片段含盖黄颡鱼杆菌样病毒基因组全部序列。本发明专利技术提供了黄颡鱼杆菌样病毒全基因组的克隆方法，该方法不仅可以用于黄颡鱼杆菌样病毒全基因组的快速克隆，也可以用于研究黄颡鱼杆菌样病毒的分子生物学致病机制和分子流行病学调查，使用方便，具有良好的效果。

Cloning of the whole genome of Pelteobagrus fulvidraco-like virus

The invention relates to the field of biotechnology, and discloses a method for cloning the whole genome of Pelteobagrus fulvidraco-like virus. The steps of the method are as follows: designing 14 specific primers for reverse transcription and 14 pairs of specific primers for PCR, primer sequences such as SEQ ID No.1-SEQ ID No.14; extracting Bacillus flavipectus-like virus RNA; using the extracted viral RNA as template, adding the above primers to the reverse transcription and PCR reaction system respectively, cloning and amplifying the whole genome of Bacillus flavipectus-like virus under the reaction conditions. Thirteen fragments were 2,000 BP in size and one fragment was 1,000 BP in size. A total of 14 fragments contained the complete genome sequence of Pelteobagrus capitalis-like virus. The invention provides a method for cloning the whole genome of Pelteobagrus fulvidraco-like virus. The method can be used not only for rapid cloning of the whole genome of Pelteobagrus fulvidraco-like virus, but also for studying the molecular biological pathogenesis and molecular epidemiological investigation of Pelteobagrus fulvidraco-like virus. The method is convenient to use and has good effect.

【技术实现步骤摘要】
黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆方法
本专利技术属于生物
，涉及一种黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆方法。
技术介绍
黄颡鱼是一种属于鲿科的硬骨鱼类，由于其优良的肉品品质，黄颡鱼已成为中国、日本、韩国、东亚和南亚等国家和地区的重要淡水养殖品种之一。黄颡鱼杆菌样病毒(Yellowcatfishbacilliformvirus，YCBV)是由本专利技术人从黄颡鱼中分离获得的一种感染黄颡鱼的病毒，目前还没有该病毒的任何相关报道。由于电镜观察显示病毒粒子程杆菌样，故将其命名为黄颡鱼杆菌样病毒。经本专利技术人克隆的黄颡鱼杆菌样病毒基因序列分析表明，黄颡鱼杆菌样病毒在病毒分类中与属于Obaniviridae(目前还没有对应病毒科的中文译名)病毒科，Oncotshavirus(目前还没有对应病毒属的中文译名)病毒属的大鳞大麻哈鱼病毒(Chinooksalmonnidovirus1)较为接近。黄颡鱼杆菌样病毒是单链正股RNA病毒，基因组全长约26000bp，包含四个开放阅读框，分别编码聚合蛋白1ab，糖蛋白S，基质蛋白M和核蛋白N。目前黄颡鱼杆菌样病毒与大鳞大麻哈鱼病毒基因组克隆方法均未见任何报道。综本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆的方法，其特征在于，方法的步骤为：（1）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆引物的设计；（2）黄颡鱼杆菌样病毒RNA的抽提；（3）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组cDNA反转录体系和反应条件；（4）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组PCR体系和反应条件；（5）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组测序。

【技术特征摘要】
1.一种黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆的方法，其特征在于，方法的步骤为：（1）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆引物的设计；（2）黄颡鱼杆菌样病毒RNA的抽提；（3）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组cDNA反转录体系和反应条件；（4）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组PCR体系和反应条件；（5）黄颡鱼杆菌样病毒全基因组测序。2.根据权利要求1所述的黄颡鱼杆菌样病毒全基因组克隆方法，其特征在于，所述引物包括用于反转录的14条引物P1-R、P2-R、P3-R、P4-R、P5-R、P6-R、P7-R、P8-R、P9-R、P10-R、P11-R、P12-R、P13-R和P14-R，以及用于PCR的14对引物P1-F/P1-R、P2-F/P2-R、P3-F/P3-R、P4-F/...

【专利技术属性】
技术研发人员：魏永伟，章晓栋，刘晓瑜，徐昊，沈丹娜，孟程唯，
申请(专利权)人：绍兴文理学院，
类型：发明
国别省市：浙江,33