仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法技术

本发明专利技术公开一种仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其通过一系列的筛选步骤寻找针对单一肝癌的特异甲基化位点，其主要通过设计不同样本类型的对比，校准个体甲基化差异、不同时期甲基化差异、不同组织甲基化差异和不同肿瘤间甲基化差异，从而获得一组特异甲基化位点作为诊断标志物来检测肝癌；本方法筛选出来肝癌特异甲基化位点的敏感性能达到90%以上，特异性能达到97%以上，能在诊断过程中表现为只针对肝癌这个癌种进行检测。

【技术实现步骤摘要】
仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法
本专利技术涉及生物信息领域，尤其是涉及一种能通过一系列步骤筛选出一组特异甲基化位点作为肝癌筛查的标志物的方法。
技术介绍
随着对肿瘤研究的深入，在癌症的诊断和治疗过程中发现组织活检技术有一定的局限性。主要表现为：肿瘤具有异质性，对于癌细胞已经发生转移的患者而言，仅仅取某个部位的肿瘤组织，并不能反映患者的整体情况，但对所有的肿瘤组织都取样检测又不切实际；某些患者自身的情况决定了他不适合做组织活检；受到手术的扰动之后，有些肿瘤有加速转移的风险；组织活检的滞后性对患者的治疗也是不利的。因此,对于癌症的诊断和检测技术有更高的要求，液体活检技术的出现，解决了上述的问题，也提前了癌症的诊断时间。作为体外诊断的一个分支，液体活检就是通过血液或者尿液等对癌症等疾病做出诊断。以血中循环肿瘤细胞或循环肿瘤DNA为检测靶标对肿瘤进行诊断和预测，就需要选择合适的肿瘤标记物，DNA甲基化与癌症的发生有着密切的关系，在许多癌症中都发现存在DNA甲基化异常的现象。DNA甲基化具有一定的稳定性，它是癌症发生中的复发事件。近年来许多研究证明，DNA的甲基化异常本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：该方法包括以下步骤：步骤1：从若干数据库中集中肝癌和其他癌症甲基化数据，其中，数据包括正常人的样本及癌症患者的样本；步骤2：比较肝癌患者肝癌组织和正常人的正常组织中甲基化数据，以找出肝癌和正常组织之间甲基化差异位点，并将获得的甲基化差异位点进行信息注释；步骤3：从步骤1的数据库中分析、获得肝癌特异性甲基化差异位点，具体如下：（a）、将步骤1中所有肝癌患者的肝癌组织甲基化数据及50个患者的正常组织的甲基化数据进行对比，并根据步骤2中筛选出的甲基化差异位点，将这些样本中差异位点数据整理成一个文件；（b）、将步骤1 中375个...

【技术特征摘要】
1.仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：该方法包括以下步骤：步骤1：从若干数据库中集中肝癌和其他癌症甲基化数据，其中，数据包括正常人的样本及癌症患者的样本；步骤2：比较肝癌患者肝癌组织和正常人的正常组织中甲基化数据，以找出肝癌和正常组织之间甲基化差异位点，并将获得的甲基化差异位点进行信息注释；步骤3：从步骤1的数据库中分析、获得肝癌特异性甲基化差异位点，具体如下：（a）、将步骤1中所有肝癌患者的肝癌组织甲基化数据及50个患者的正常组织的甲基化数据进行对比，并根据步骤2中筛选出的甲基化差异位点，将这些样本中差异位点数据整理成一个文件；（b）、将步骤1中375个肝癌患者的肝癌组织甲基化数据和正常人血浆样本甲基化数据合并后，并筛选处步骤3（a）中找出的甲基化差异位点信息整理出一个文件；（c）、将步骤1中375个肝癌患者肝癌组织甲基化数据和数据库中的其他癌症的数据集合并，根据步骤3（b）中选出的肝癌特异性甲基化差异位点，并将整理出这些位点再所有肿瘤中的数据成一个文件；（d）、将上述或的文件集中，并选出的位点组合，从而获得肝癌早期筛查用的17个特异性甲基化位点，作为肝癌肿瘤标志物；步骤4：对17个特异性甲基化位点建立预测模型和结果验证，进行评估。2.根据权利要求1中所述仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：所述步骤1中若干个数据库均为现有数据库，各现有数据库内下载大量肝癌和其他癌症甲基化数据，以及正常人的样本。3.根据权利要求2中所述仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：各数据库中的数据均是HumanMethylation450BeadChip（GPL13534）芯片数目，相同的数据格式才能进行对比分析，同时可以排除不同平台的偏差。4.根据权利要求2或3中所述仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：所述步骤1中所述若干数据库为：（a）、从NIH网上进入GDC的TCGA数据库，下载带TCGA-LIHC标签的肝癌DNA甲基化、基因表达数据和临床信息注释文件；（b）、从TCGA数据库下载其他10种癌症的DNA甲基化数据，所下载的癌症数据包括：BLCA（409肿瘤，21正常），BRCA（774肿瘤，82正常），COAD（292肿瘤，38正常），GBM（126肿瘤，2正常），HNSC（523肿瘤，45正常），KIRC（316肿瘤，160正常），LUAD（455肿瘤，32正常），LUSC（365肿瘤，41正常），READ（95肿瘤，7正常）和UCEC（425肿瘤），46正常）；（c）、从GEO数据库下载甲基化数据集GSE69270(184名年轻芬兰人的血液），GSE54503(66配对的肿瘤和正常），GSE89852(37配对的肿瘤和正常），GSE56588(224肿瘤，9个肝硬化，10正常）。5.根据权利要求1中所述仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：所述步骤2包括以下步骤：（a）、在步骤1中选出同时具有正常组织甲基化数据和肝癌组织甲基化数据的50个患者；（b）、根据上述选的50个患者，将每个患者正常数据和肿瘤数据整理在一个文件，过滤掉缺失较多的位点，建立文件，该文件的行是位点名字，列是样本编号；（c）、根据上述（b）中获得文件计算正常和肝癌组织的甲基化差异，记作p值，同时用p.adjust命令对T-test结果进行校正，记作FDR；（d）、根据上步计算的p值和FDR，用P值小于0.05，FDR大于0.2，作为筛选条件选出符合条件的位点备用；（e）、将（d）得出的位点，利用HumanMethylation450BeadChip（GPL13534）对位点信息进行含位点所在基因的注释；（f）、将注释后的差异位点所在基因与差异表达基因统计分析，找出共同基因，这些基因认为是甲基化差异导致基因表达有差异；（h）、根据（f）的注释结果，选...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈洪亮，
申请(专利权)人：陈洪亮，
类型：发明
国别省市：福建,35