与水稻耐低氧性相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了与水稻耐低氧性相关的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术提供的SNP分子标记位于水稻第3号染色体第30,096,391位，多态性为A或G。该SNP分子标记与水稻在低氧胁迫条件下的幼苗存活率显著相关，该位点基因型为GG的水稻品种在低氧胁迫条件下的耐低氧萌发性显著强于基因型为AA的水稻品种。本发明专利技术还依据该SNP位点设计了PCR引物，引物的核苷酸序列如序列1和序列2所示。本发明专利技术提供的与水稻耐低氧性相关的SNP分子标记在自然群体验证表明该标记可以有效预测水稻耐低氧萌发性，从而可用于水稻耐低氧和直播分子育种标记辅助育种。

【技术实现步骤摘要】
与水稻耐低氧性相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术涉及水稻育种和分子遗传学领域，具体涉及与水稻耐低氧性相关的SNP分子标记，特别涉及水稻第3号染色体上的一个与水稻耐低氧萌发性状显著关联的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
水稻是世界上最重要的三大粮食作物之一，是世界2/3人口的主要食物来源。随着人口与经济的快速增长，粮食生产面临着巨大的发展压力，而水稻安全生产对于中国的可持续发展至关重要。近年来，随着经济的发展，劳动力成本的提高和农业机械化的普及，直播稻成为了水稻生产新的发展方向，其具有低成本、操作简便的优点。但是，水稻直播时低氧、低温等环境条件，造成了出苗不整齐、缺苗等现象，限制了直播稻的发展。因此，培育和种植耐低氧萌发的水稻品种是最经济和最有效的措施。发掘水稻耐低氧萌发相关基因，开发与耐低氧萌发性状紧密相关的分子标记，对于培育直播稻品种具有重要意义。水稻种质资源是新基因挖掘和分子育种的资源基础，种质资源中蕴藏着丰富的遗传变异。事实上，不论是遗传育种还是生产中，仅仅是极少数资源得到有效利用，因此优异种质的发掘、优异基因及其分子标记的鉴定是育种取得突破性进展的关键。随着全基因组测本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定或辅助鉴定水稻耐低氧性的方法，是检测待测水稻第3号染色体第30,096,391位的基因型是AA基因型还是GG基因型：GG基因型的待测水稻的耐低氧性强于AA基因型的待测水稻；所述GG基因型是水稻基因组第3号染色体第30,096,391位脱氧核糖核苷酸均为G的纯合体；所述AA基因型是水稻基因组第3号染色体第30,096,391位脱氧核糖核苷酸均为A的纯合体。

【技术特征摘要】
1.一种鉴定或辅助鉴定水稻耐低氧性的方法，是检测待测水稻第3号染色体第30,096,391位的基因型是AA基因型还是GG基因型：GG基因型的待测水稻的耐低氧性强于AA基因型的待测水稻；所述GG基因型是水稻基因组第3号染色体第30,096,391位脱氧核糖核苷酸均为G的纯合体；所述AA基因型是水稻基因组第3号染色体第30,096,391位脱氧核糖核苷酸均为A的纯合体。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述耐低氧性为苗期耐低氧性。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述检测待测水稻第3号染色体第30,096,391位的基因型是AA基因型还是GG基因型的方法为如下A)或B)：A)直接测序；B)测序含有水稻基因组第3号染色体第30,096,391位脱氧核糖核苷酸的PCR扩增产物。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增产物所用的引物为1)或2)：1)由序列表中序列1所示的单链DNA分子和序列表中序列2所示的单链DNA分子组成的引物对A；2)由序列A所示的单链DNA分子和序列B所示的单链DNA分子组成的引物对B；所述序列A为将序列1删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列1具有相同功能的核苷酸；所述序列B为将序列2删除或增加或改变一个或几个核苷酸，且与序列2具有相同功能的核苷酸。5.检测水稻第3号染色体第30,096,39...

【专利技术属性】
技术研发人员：王文生，傅彬英，穆罕默德·拉菲克伊·斯拉姆，黎志康，吴志超，徐建龙，王春超，赵秀琴，孙帆，王银晓，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，中国农业科学院深圳生物育种创新研究院，
类型：发明
国别省市：北京,11