脉冲命名器及基质命名器制造技术

在核酸的定序期间基于自传感器获取的数据而识别核苷酸的系统及方法。该方法可以包括获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性。对于每个核苷酸并入事件，所述特性可以包括该光的时间特性及该光的强度特性。该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度。该方法可进一步包括将表示所述核苷酸并入事件的所述特性的点分组成点的组。各个点可表示对应核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性。该方法可进一步包括将所述点的组分配至各个核苷酸。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】脉冲命名器及基质命名器相关申请案本申请案主张2016年6月1日申请的标题为“脉冲命名器及基质命名器”的美国临时专利申请62/343,997的优先权，该案的全部内容以引用的方式并入。
技术介绍
核酸(例如，脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA))的定序包括识别一靶核酸中的个别核苷酸。一些核酸定序方法包括在个别核苷酸并入至与靶核酸互补的核酸链中时识别这些个别核苷酸。接着，在定序过程期间识别的互补链的一系列核苷酸可允许识别用于靶核酸链的核苷酸序列。
技术实现思路
一些实施例关于一种方法，包括：接收关于第一发光标签响应于该第一发光标签的激发而发光的时间的第一时间分格信息；基于该第一时间分格信息计算第一光强度信息；接收关于第二发光标签响应于该第二发光标签的激发而发光的时间的第二时间分格信息；基于该第二时间分格信息计算第二光强度信息；及使用该第一光强度信息及该第二光强度信息来计算发生核苷酸并入事件的时间。使用脉冲识别算法来执行该计算发生核苷酸并入事件的时间。该脉冲识别算法包括变化点算法、运行平均值/中值及方差算法或状态机算法。计算该第一光强度信息包括求和该第一时间分格信息，计算该第二光强度信息包括求和该第二时间分格信息。一些实施例关于一种方法，包括：接收关于第一发光标签响应于该第一发光标签的激发而发射第一光的时间的第一时间分格信息；基于该第一时间分格信息计算该第一光的第一时间特性。该时间特性表示在激发之后该第一发光标签的光子发射概率的衰减速度。该方法还包括接收关于第二发光标签响应于该第二发光标签的激发而发射第二光的时间的第二时间分格信息；基于该第二时间分格信息计算该第二光的第二时间特性。该第二时间特性表示在激发之后该第二发光标签的光子发射概率的衰减速度。该方法还包括使用该第一时间特性及该第二时间特性来计算发生核苷酸并入事件的时间。使用脉冲识别算法来执行该计算发生核苷酸并入事件的时间。该脉冲识别算法包括变化点算法、运行平均值/中值及方差算法或状态机算法。一些实施例关于一种方法，包括：确定表示在激发之后通过一个或多个发光标签的光子发射概率的衰减速度的一个或多个时间特性；及使用该至少一个时间特性来计算发生核苷酸并入事件的时间。还使用由该一个或多个发光标签发射的光的强度来执行该计算发生核苷酸并入事件的时间。一些实施例关于一种方法，包括：接收时间分格信息，该时间分格信息是关于发光标签响应于该发光标签的激发而发光的时间；基于该时间分格信息计算光强度信息；及使用该光强度信息来计算发生至少一个核苷酸并入事件的时间。还使用该光的时间特性来执行发生至少一个核苷酸并入事件的该时间。一些实施例关于一种识别核苷酸所述的方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性。对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性。所述方法还包括将表示所述核苷酸并入事件的特性的点分组成点的组，各个点表示对应的核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性；及将所述点的组分配至各个核苷酸。该时间特性包括在不同时间分格中探测的光子的照度寿命或比率。通过聚类算法实行所述点的分组。该聚类算法实行其中k大于或等于四的k平均值聚类。基于所述发光标签的预定发光特性将点的各个组分配至各个核苷酸。一些实施例关于一种校准定序仪器的方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性。对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性。该方法还包括将表示所述核苷酸并入事件的所述特性的点分组成点的组，各个点表示对应的核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性；将所述点的组分配至各个核苷酸；确定区分所述群组的一个或多个标准；及存储所述一个或多个标准。所述一个或多个标准包括所述点的组之间的一个或多个边界。所述一个或多个标准包括所述点的组的质心。所述一个或多个标准存储在非挥发性存储器中。将所述点分组包括对所述点运行聚类算法。一些实施例关于一种识别核苷酸的方法，该方法包括获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性。对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性。所述方法还包括对于用于区分所述发光标签的该光的特性的定序仪器，通过鉴于所存储的标准估计所述时间特性和所述强度特性而将所述核苷酸并入事件分配至核苷酸。该所存储的标准包括用于不同核苷酸的所述发光标签的特性之间的一个或多个边界。所述分配核苷酸并入事件包括比较表示该时间特性及该强度特性的点与所述一个或多个边界。一个或多个所述的所存储的标准包括点的组的质心，每个组对应于各自的核苷酸。所述分配核苷酸并入事件包括：确定表示并入事件的该时间特性及该强度特性的点与所述质心之间的距离；及将所述核苷酸并入事件分配至具有最接近该点的质心的核苷酸。所述所存储的标准是存储在非挥发性存储器中的校准标准。一些实施例关于一种识别核苷酸的方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性。对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的一时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的第二特性。所述方法还包括将表示所述核苷酸并入事件的所述特性的点分组成点的组，个别点表示对应核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性；及将所述点的组分配至个别核苷酸。一些实施例关于一种校准定序仪器的方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性，对于每个核苷酸并入事件。所述特性包括：ⅰ)该光的一时间特性，该时间特性表示在激发之后通过一发光标签的一光子发射概率的一衰减速度；及ⅱ)该光的一第二特性。所述方法还包括将表示所述核苷酸并入事件的所述特性的点分组成组，各个点表示对应核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性；将各个点的组分配至各个核苷酸；确定区分所述点的组的一个或多个标准；及存储所述一个或多个标准。一些实施例关于一种识别核苷酸的方法，该方法包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性。对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性。所述方法还包括对于用于区分所述发光标签的该光的特性的定序仪器，通过鉴于所存储的标准估计所述时间特性和所述强度特性而将所述核苷酸并入事件分配至核苷酸。一些实施例关于一种方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性，对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性。所述方法还包括确定区分点的组的一个或多个标准，所述点表示所述核苷酸并入事件的特性，各个点表示对应的核苷酸并入事件的该时间特性及该强度特性。所述方法还包括将所述组分配至各自的核苷酸以产生所述组的核苷酸分配。所述方法还本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种方法，包括：接收关于第一发光标签响应于该第一发光标签的激发而发光的时间的第一时间分格信息；基于该第一时间分格信息计算第一光强度信息；接收关于第二发光标签响应于该第二发光标签的激发而发光的时间的第二时间分格信息；基于该第二时间分格信息计算第二光强度信息；及使用该第一光强度信息及该第二光强度信息来计算发生核苷酸并入事件的时间。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.06.01 US 62/343,9971.一种方法，包括：接收关于第一发光标签响应于该第一发光标签的激发而发光的时间的第一时间分格信息；基于该第一时间分格信息计算第一光强度信息；接收关于第二发光标签响应于该第二发光标签的激发而发光的时间的第二时间分格信息；基于该第二时间分格信息计算第二光强度信息；及使用该第一光强度信息及该第二光强度信息来计算发生核苷酸并入事件的时间。2.如权利要求1所述的方法，其中使用脉冲识别算法来执行该计算发生核苷酸并入事件的时间。3.如权利要求2所述的方法，其中该脉冲识别算法包括变化点算法、运行平均值/中值及方差算法或状态机算法。4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中计算该第一光强度信息包括求和该第一时间分格信息，计算该第二光强度信息包括求和该第二时间分格信息。5.一种方法，包括：接收关于第一发光标签响应于该第一发光标签的激发而发射第一光的时间的第一时间分格信息；基于该第一时间分格信息计算该第一光的第一时间特性，该时间特性表示在激发之后该第一发光标签的光子发射概率的衰减速度；接收关于第二发光标签响应于该第二发光标签的激发而发射第二光的时间的第二时间分格信息；基于该第二时间分格信息计算该第二光的第二时间特性，该第二时间特性表示在激发之后该第二发光标签的光子发射概率的衰减速度；及使用该第一时间特性及该第二时间特性来计算发生核苷酸并入事件的时间。6.如权利要求5所述的方法，其中使用脉冲识别算法来执行该计算发生核苷酸并入事件的时间。7.如权利要求6所述的方法，其中该脉冲识别算法包括变化点算法、运行平均值/中值及方差算法或状态机算法。8.一种方法，包括：确定表示在激发之后通过一个或多个发光标签的光子发射概率的衰减速度的一个或多个时间特性；及使用该至少一个时间特性来计算发生核苷酸并入事件的时间。9.如权利要求8所述的方法，其中还使用由该一个或多个发光标签发射的光的强度来执行该计算发生核苷酸并入事件的时间。10.一种方法，包括：接收时间分格信息，该时间分格信息是关于发光标签响应于该发光标签的激发而发光的时间；基于该时间分格信息计算光强度信息；及使用该光强度信息来计算发生至少一个核苷酸并入事件的时间。11.如权利要求10的方法，其中还使用该光的时间特性来执行所述计算发生至少一个核苷酸并入事件的时间。12.一种识别核苷酸所述的方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性，对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性；及将表示所述核苷酸并入事件的特性的点分组成点的组，各个点表示对应的核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性；及将所述点的组分配至各个核苷酸。13.如权利要求12所述的方法，其中该时间特性包括在不同时间分格中探测的光子的照度寿命或比率。14.如权利要求12或13所述的方法，其中通过聚类算法实行所述点的分组。15.如权利要求14所述的方法，其中该聚类算法实行其中k大于或等于四的k平均值聚类。16.如权利要求12至15中任一项所述的方法，其中基于所述发光标签的预定发光特性将点的各个组分配至各个核苷酸。17.一种校准定序仪器的方法，包括：获得在核苷酸并入事件期间与所述核苷酸相关联的自发光标签探测的光的特性，对于每个核苷酸并入事件，所述特性包括：ⅰ)该光的时间特性，该时间特性表示在激发之后发光标签的光子发射概率的衰减速度；及ⅱ)该光的强度特性；将表示所述核苷酸并入事件的所述特性的点分组成点的组，各个点表示对应的核苷酸并入事件的至少该时间特性及该强度特性；将所述点的组分配至各个核苷酸；确定区分所述群组的一个或多个标准；及存储所述一个或多个标准。18.如权利要求17所述的方法，其中所述一个或多个标准包括所述点的组之间的一个或多个边界。19.如权利要求17或18所述的方法，其中所述一个或多个标准包括所述点的组的质心。20.如权利要求17至19中任一项所述的方法，其中将所述一个或多个标准存储在非挥发性存储器中。21.如权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：乔纳森·M·罗斯伯格，奎格·万格，梅尔·达维，基斯·G·法夫，J·贾，布莱恩·瑞德，布雷特·J·葛雅尔法斯，
申请(专利权)人：宽腾矽公司，
类型：发明
国别省市：美国,US