黑麦分子特异性标记引物、使用方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种黑麦分子特异性标记引物、使用方法及其应用，涉及分子生物学技术领域。本发明专利技术利用基因数据库信息，通过筛选、设计、合成以及PCR扩增验证，筛选得到27个SSR分子特异性标记引物对和56个EST‑STS分子特异性标记引物对，上述标记均可在黑麦中扩增出特异条带，在黑麦、普通小麦及部分同源种属材料间有显著差异，且为黑麦草分子标记辅助育种工作提供理论支撑。

Molecular Specific Marker Primers for Rye and Their Application

The invention discloses a rye molecular specific marker primer, a method of use and its application, and relates to the technical field of molecular biology. Using the information of gene database, 27 SSR molecular specific marker primers and 56 EST STS molecular specific marker primer pairs were screened through screening, design, synthesis and PCR amplification verification. The above markers can amplify specific bands in rye. There are significant differences among rye, common wheat and some homologous genera materials, and they are supplemented by ryegrass molecular markers. The work of assistant breeding provides theoretical support.

【技术实现步骤摘要】
黑麦分子特异性标记引物、使用方法及其应用
本专利技术涉及分子生物学
，尤其涉及一种黑麦分子特异性标记引物、使用方法及其应用。
技术介绍
黑麦(SecaleL.)属禾本科(Poaceae)、小麦族(Triticeae)、小麦亚族(Tritticine)，是小麦的一个近缘种。野生型黑麦一般为二倍体，只含有R一个染色体组，它的体细胞染色体数目可以表示为：2n＝2x＝14。我国栽培黑麦主要位于西北，西南以及东北的山区或者是高海拔地区。栽培黑麦分蘖力强,小穗数多,抗多种病虫害,根系发达,具有抗旱、耐盐碱、耐贫瘠、耐寒和抗干热风等特性,是小麦育种中改善重要性状和丰富遗传多样性的优良基因供体。自然情况下，黑麦和小麦很难杂交结实，因此育种学家用秋水仙碱处理小麦和黑麦的杂种，创造了世界承认的第一种人工合成作物小黑麦，极大地拓展了小麦的遗传基础。小黑麦由于结合了小麦和黑麦籽粒产量与品质两方面的优良特性，具有抗寒、抗病、抗逆性强等优势。通过对小黑麦抗逆性的研究发现，不同的土壤区域产量都比较良好，尤其是在相对贫瘠的土壤区域表现尤为出色，而且对土壤的酸碱度和配离子的忍耐性都很强。另外，由于小黑麦继承了黑麦抗旱性强的特性，在一般情况下，其抗旱性要强于普通小麦，小黑麦在抗病方面同样表现出色；研究表明，绝大多数小黑麦品种对白粉病免疫或高抗，对黄矮病免疫，对叶锈病也存在一定抗性。利用远缘杂交、染色体工程等多种手段将黑麦中的多种类型优良基因导入到普通小麦中，创制携带黑麦优异性状的小麦新种质，丰富小麦育种的遗传基础，挖掘抗病资源，创制丰富的种质材料，是进行小麦遗传改良的有效途径和重要方向。在黑麦遗传物质向普通小麦转移的过程中，黑麦遗传物质的准确鉴定与追踪已成为本领域亟待研究的重要工作。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术实施例提供了一种黑麦分子特异性标记引物、使用方法及其应用，主要目的是筛选引物，准确鉴定黑麦。为达到上述目的，本专利技术主要提供了如下技术方案：一方面，本专利技术实施例提供了一种黑麦分子特异性标记引物，所述引物包括27个SSR引物对和56个EST-STS引物对；所述SSR引物对的名称分别为：Xwmc166、Xgwm314、Xgwm271、Xcfd31、Xcfd39、Xcfd156、Xgpw5195、Xgpw7244、Xwmc27、Xwmc533、Xwmc631、Xwmc734、Xcfd35、Xgpw4095、Xgpw5237、Xmag1932、Xmag1809、Xmag3056、Xmag1441、Xmag1682、Xmag3318、Xmag1932、Xmag1809、Xmag3056、Xmag1441、Xmag1682及Xmag3318；所述EST引物对的名称分别为：BE498572、BE426274、BE490643、BE403214、BE426257、BE352611、BE497177、BE499900、BE403867、BF291549、BF474569、BE590695、BE490237、BF484133、BE423141、BE443796、BE497584、BE495292、BQ162235、BQ169707、BQ160526、CD490485、CD373475、BF473348、BQ169491、BF291730、BM137713、CD452844、CD453612、BE606250、BM134465、BE404973、CD373484、BE444811、BE444644、CD491981、BF482781、BF482530、BE591737、BE637663、BG274576、BQ168298、BG606097、BE495150、BF291549、BE405518、BF485168、BE495786、BG262410、BE405749、BE518255、BE443691、BF202706、BE606392、BF473020及BE638039。另一方面，本专利技术实施例提供了上述黑麦分子特异性标记引物在鉴定黑麦中的应用。又一方面，本专利技术实施例提供了上述的黑麦分子特异性标记引物的使用方法，包括以下步骤：(1)采用CTAB方法提取待鉴定叶片全基因组DNA作为PCR扩增模板；(2)以权利要求1所述的27个SSR引物对和56个EST-STS引物对中的任意一个引物对作为所述PCR的扩增引物，在S1000型热循环仪上进行PCR反应，获得扩增产物；(3)对所述扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，显示出清晰条带的鉴定为黑麦DNA。作为优选，所述PCR扩增体系为10μL，具体如下：作为优选，所述PCR的扩增程序：94℃预变性4min；94℃变性45s，60℃退火45s，72℃延伸2min，35个循环；72℃终延伸10min，12℃保存。与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：本专利技术利用基因数据库信息，通过筛选、设计、合成、以及PCR扩增验证，筛选出27个SSR分子特异性引物对和56个EST分子特异性引物对；上述标记均可在黑麦中扩增出特异的条带；本专利技术提供的上述83个特异性引物对在普通小麦、普通小麦与近缘物种黑麦的衍生后代材料间具有显著差异；为黑麦分子标记辅助育种工作提供理论依据，可快速有效追踪黑麦的遗传物质，同时也有利于将黑麦的优良基因和优良性状向受体普通小麦品种转移，加快了育种进程，提高了新品种的选育效率。附图说明图1是本专利技术实施例2提供的利用BE443103扩增的目的产物的凝胶电泳图谱；(1.中国春；2.7182；3.长穗偃麦草；4.中间偃麦草；5.拟鹅观草；6.华山新麦草；7.滨麦；8.黑麦。)图2是本专利技术实施例2提供的利用CD491981扩增的目的产物的凝胶电泳图谱；图3是本专利技术实施例2提供的利用BE443796扩增的目的产物的凝胶电泳图谱；图4是本专利技术实施例2提供的利用BE591737扩增的目的产物的凝胶电泳图谱；图5是本专利技术实施例2提供的利用BF202706扩增的目的产物的凝胶电泳图谱。具体实施方式为更进一步阐述本专利技术为达成预定专利技术目的所采取的技术手段及功效,以下以较佳实施例，对依据本专利技术申请的具体实施方式、技术方案、特征及其功效，详细说明如后。下述说明中的多个实施例中的特定特征、结构、或特点可由任何合适形式组合。缩略语和关键术语定义SSR：SSR又被称作微卫星，是由2-6个核苷酸为基本单元组成的简单重复序列，在真核生物的基因组中广泛存在。此种标记对DNA质量要求中等、多态性高、易用PCR检测、实验周期短、重复性好、不使用放射性同位素等优点，已广泛应用于遗传学及鉴定外源物质的研究上。EST：EST即表达序列标签，指从一个随机选择的cDNA克隆，进行5'端和3'端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列。EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记(如AFLP、RAPD、SSR等)相比更可能穿越家系与种的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息时特别有用。STS：STS标记即序列标签位点，是一种基于特异PCR扩增原理的标记，被定位于染色体的特定位置上。STS标记根据RFLP标记的末端插入序列来设计引物进而转化而成。STS标记具有本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.黑麦分子特异性标记引物，其特征在于，所述分子特异性标记引物包括27个SSR引物对和56个EST‑STS引物对；所述SSR引物对的名称分别为：Xwmc166、Xgwm314、Xgwm271、Xcfd31、Xcfd39、Xcfd156、Xgpw5195、Xgpw7244、Xwmc27、Xwmc533、Xwmc631、Xwmc734、Xcfd35、Xgpw4095、Xgpw5237、Xmag1932、Xmag1809、Xmag3056、Xmag1441、Xmag1682、Xmag3318、Xmag1932、Xmag1809、Xmag3056、Xmag1441、Xmag1682及Xmag3318；所述EST引物对的名称分别为：BE498572、BE426274、BE490643、BE403214、BE426257、BE352611、BE497177、BE499900、BE403867、BF291549、BF474569、BE590695、BE490237、BF484133、BE423141、BE443796、BE497584、BE495292、BQ162235、BQ169707、BQ160526、CD490485、CD373475、BF473348、BQ169491、BF291730、BM137713、CD452844、CD453612、BE606250、BM134465、BE404973、CD373484、BE444811、BE444644、CD491981、BF482781、BF482530、BE591737、BE637663、BG274576、BQ168298、BG606097、BE495150、BF291549、BE405518、BF485168、BE495786、BG262410、BE405749、BE518255、BE443691、BF202706、BE606392、BF473020及BE638039。...

【技术特征摘要】
1.黑麦分子特异性标记引物，其特征在于，所述分子特异性标记引物包括27个SSR引物对和56个EST-STS引物对；所述SSR引物对的名称分别为：Xwmc166、Xgwm314、Xgwm271、Xcfd31、Xcfd39、Xcfd156、Xgpw5195、Xgpw7244、Xwmc27、Xwmc533、Xwmc631、Xwmc734、Xcfd35、Xgpw4095、Xgpw5237、Xmag1932、Xmag1809、Xmag3056、Xmag1441、Xmag1682、Xmag3318、Xmag1932、Xmag1809、Xmag3056、Xmag1441、Xmag1682及Xmag3318；所述EST引物对的名称分别为：BE498572、BE426274、BE490643、BE403214、BE426257、BE352611、BE497177、BE499900、BE403867、BF291549、BF474569、BE590695、BE490237、BF484133、BE423141、BE443796、BE497584、BE495292、BQ162235、BQ169707、BQ160526、CD490485、CD373475、BF473348、BQ169491、BF291730、BM137713、CD452844、CD453612、BE606250、BM134465、BE404973、CD373...

【专利技术属性】
技术研发人员：吉万全，杨晓莹，王长有，杨武娟，杜欣，王艳珍，张宏，王亚娟，陈春环，刘新伦，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：陕西,61