The invention relates to a new method for characterizing target polynucleotides by using pore. The method involves controlling the formation of a secondary structure through the target polynucleotide after the polynucleotide has been moved through the pore.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】方法
本专利技术涉及使用孔表征靶多核苷酸的方法。
技术介绍
当前在广泛的应用范围内需要快速且便宜的核酸(例如,DNA或RNA)测序和鉴定技术。现有技术缓慢且昂贵,主要是因为它们依赖于扩增技术来产生大量多核苷酸并且需要大量用于信号检测的专用荧光化学品。跨膜孔(纳米孔)作为聚合物和各种小分子的直接电子生物传感器具有巨大的潜力。具体地,最近关注作为潜在的DNA测序技术的纳米孔。当跨纳米孔施加电势时,当如核苷酸等分析物在桶中暂时停留一段时间时,电流会发生变化。纳米孔检测核苷酸给出已知特征和持续时间的电流变化。在链测序方法中,使单个多核苷酸链通过孔并且衍生出核苷酸的同一性。链测序可以涉及使用分子刹车来控制移动所述多核苷酸通过孔。
技术实现思路
诸位专利技术人惊奇地证明,在多核苷酸已经移动通过跨膜孔后,可以通过控制通过多核苷酸形成二级结构来改善靶多核苷酸的表征。因此,提供了一种表征靶多核苷酸的方法,其包括:(a)使所述靶多核苷酸与膜中跨膜孔的一侧以及控制所述靶多核苷酸移动通过孔的分子刹车接触;以及(b)当所述多核苷酸相对于所述孔移动时,进行一次或多次指示所述靶多核苷酸的一个或多个特性的测量;其中选择所述孔的另一侧上的条件来控制通过所述孔的另一侧上的所述靶多核苷酸形成二级结构。还提供了一种表征双链靶多核苷酸的方法,其包括:(a)提供包括所述靶多核苷酸的构建体,其中所述靶多核苷酸的所述两条链通过发夹环连接在所述靶多核苷酸的一端处;(b)使所述构建体与膜中跨膜孔的一侧以及分子刹车接触,所述分子刹车分离所述构建体的所述两条链并且控制所述构建体通过所述孔一次移动一条链;以及(c)当 ...
【技术保护点】
1.一种表征靶多核苷酸的方法,其包括:(a)使所述靶多核苷酸与膜中跨膜孔的一侧以及控制所述靶多核苷酸移动通过所述孔的分子刹车接触;以及(b)当所述多核苷酸相对于所述孔移动时,进行一次或多次指示所述靶多核苷酸的一个或多个特性的测量;其中所述孔的另一侧上的条件控制通过所述孔的另一侧上的所述靶多核苷酸形成二级结构。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.05.25 GB 1609241.3;2016.05.27 GB 1609436.91.一种表征靶多核苷酸的方法,其包括:(a)使所述靶多核苷酸与膜中跨膜孔的一侧以及控制所述靶多核苷酸移动通过所述孔的分子刹车接触;以及(b)当所述多核苷酸相对于所述孔移动时,进行一次或多次指示所述靶多核苷酸的一个或多个特性的测量;其中所述孔的另一侧上的条件控制通过所述孔的另一侧上的所述靶多核苷酸形成二级结构。2.根据权利要求1所述的方法,其中所述孔的另一侧上的所述条件减少了通过所述孔的另一侧上的所述靶多核苷酸形成二级结构。3.根据权利要求1或2所述的方法,其中所述条件控制或减少通过所述孔的另一侧上的所述靶多核苷酸形成随机二级结构。4.根据权利要求3所述的方法,其中所述随机二级结构包括(a)一个或多个螺旋,(b)一个或多个环,(c)一个或多个假结,(d)一个或多个四链体或(e)其组合。5.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述靶多核苷酸是双链的,并且所述方法包括:(a)提供包括所述靶多核苷酸的构建体,其中所述靶多核苷酸的所述两条链通过发夹环连接在所述靶多核苷酸的一端处;(b)使所述构建体与膜中跨膜孔的一侧以及分子刹车接触,所述分子刹车分离所述构建体的两条链并且控制所述构建体通过所述孔一次移动一条链;以及(c)当所述构建体相对于所述孔移动时,进行一次或多次指示所述靶多核苷酸的一个或多个特性的测量;其中所述孔的另一侧上的所述条件控制通过所述孔的另一侧上的所述靶多核苷酸形成二级结构。6.根据权利要求5所述的方法,其中所述条件控制或降低所述靶多核苷酸的所述两条链在所述孔的另一侧上再杂交的能力或防止所述靶多核苷酸的所述两条链在所述孔的另一侧上再杂交。7.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述条件包括在所述孔的另一侧上的一种或多种物种,所述一种或多种物种控制或减少通过所述靶多核苷酸形成二级结构。8.根据权利要求7所述的方法,其中所述一种或多种物种包括(i)与所述靶多核苷酸和/或所述发夹环杂交的一种或多种对照多核苷酸,(ii)与所述靶多核苷酸和/或所述发夹环结合的一种或多种蛋白质或化学品,(iii)核酸酶或(iv)(i)、(ii)和(iii)的组合。9.根据权利要求8所述的方法,其中:(a)所述一种或多种对照多核苷酸包括通用核苷酸;(b)所述一种或多种对照多核苷酸包括假互补核苷酸(c)所述一种或多种对照多核苷酸与所述靶多核苷酸和/或所述发夹环互补;(d)所述一种或多种蛋白质是一种或多种单链结合蛋白(SSB)或衍生自解旋酶;(e)所述一种或多种化学品是一种或多种环糊精;或者(f)所述核酸酶是核酸内切酶、核酸外切酶或尿嘧啶特异性切割试剂(USER)。10.根据权利要求8或9所述的方法,其中所述条件包括(i)与所述靶多核苷酸和/或所述发夹环杂交的多个对照多核苷酸,(ii)与所述靶多核苷酸和/或所述发夹环结合的多种蛋白质或化学品或(iv)其组合。11.根据权利要求8到10中任一项所述的方法,其中所述一种或多种对照多核苷酸的长度为至少30个、至少60个或至少90个核苷酸。12.根据权利要求8到11中任一...
【专利技术属性】
技术研发人员:理查德·亚历山大·古铁雷斯,安德鲁·约翰·赫伦,詹姆斯·怀特,
申请(专利权)人:牛津纳米孔技术公司,
类型:发明
国别省市:英国,GB
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