一种定义功能子通路扰动程度的方法技术

本发明专利技术公开了一种定义功能子通路扰动程度的方法，其特点是：所述功能子通路是指信号通路中，能够将上游信号传递到一个具体的生物功能节点的所有基因构成的路径，定义功能子通路的扰动程度的方法包括如下步骤：①构建一个通路中所有特定功能子通路；②确定相关的差异基因；③将所述差异基因映射到每个功能子通路，并利用超几何检验确定差异基因的显著性p值；④计算每个功能子通路的扰动程度；⑤计算所有子通路中对于特定功能f的扰动程度。本发明专利技术提出了功能扰动程度的概念，并提出了量化了功能子通路及功能的扰动程度的方法。在此基础上，对研究各种功能不平衡与疾病的关系起到重要作用。

【技术实现步骤摘要】
一种定义功能子通路扰动程度的方法
本专利技术涉及基因检测
，尤其涉及一种定义功能子通路扰动程度的方法。
技术介绍
疾病的产生是由于信号通路异常引起的功能异常、功能不平衡，例如细胞增殖和细胞凋亡的平衡打破，就有可能导致相应疾病的发生。所谓功能失衡，可以理解为，一个功能的异常与疾病相关，单功能之间往往有制约关系，如常见的细胞增生与凋亡是二个相反的功能，他们之间的不平衡更是疾病参数的重要原因。在已有的研究中，多数疾病相关通路的识别主要专注于信号通路异常，以及相关的子通路异常。KEGG(京都基因与基因组百科全书)是一个由基因组、生物途径、药物和化学物质等信息的数据库。KEGG常用于生物信息学研究和教育研究，其中基因组学、元基因组学、代谢组学等相关的数据库主要用于癌症分类相关研究。在KEGG数据库中，一个信号通路的下游节点往往导致多个不同的细胞功能，如MAPK通路，其中包括细胞增生，发炎，分化和凋亡等功能。为了研究差异基因导致的通路信号异常，信号传导异常导致的功能异常及失衡，专利技术人提出了功能子通路的概念。在KEGG数据库中，通路上的功能包括约300个具体功能，这些功能往往与细胞完成的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种定义功能子通路扰动程度的方法，其特征在于：所述功能子通路是指信号通路中能够将上游信号传递到一个具体的生物功能节点的所有基因构成的路径；该定义功能子通路扰动程度的方法包括如下步骤：①构建所述功能子通路；②确定相关的差异基因；③将所述差异基因映射到每个功能子通路，并利用超几何检验确定差异基因的显著性p值；④计算每个功能子通路的扰动程度，扰动程度PT＝‑log10p；⑤计算对于所述功能子通路的特定功能f而言所述功能子通路的扰动程度，该扰动程度

【技术特征摘要】
1.一种定义功能子通路扰动程度的方法，其特征在于：所述功能子通路是指信号通路中能够将上游信号传递到一个具体的生物功能节点的所有基因构成的路径；该定义功能子通路扰动程度的方法包括如下步骤：①构建所述功能子通路；②确定相关的差异基因；③将所述差异基因映射到每个功能子通路，并利用超几何检验确定差异基因的显著性p值；④计算每个功能子通路的扰动程度，扰动程度PT＝-log10p；⑤计算对于所述功能子通路的特定功能f而...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘文斌，鮑振申，昝乡镇，沈良忠，
申请(专利权)人：温州大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33