一种辅助鉴定小麦冠层温度性状的方法及其专用引物组技术

本发明专利技术公开了一种辅助鉴定小麦冠层温度性状的方法及其专用引物组。本发明专利技术提供了特异引物组，由序列1所示引物A、序列2所示引物B和序列3所示引物C组成。本发明专利技术还保护一种鉴定待测小麦的冠层温度性状的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于特异SNP的基因型；CC基因型小麦的冠层温度低于AA基因型小麦。本发明专利技术还保护一种鉴定待测小麦的冠层温度性状的方法，包括如下步骤：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用所述引物组进行KASP，进行荧光扫描，确定待测小麦基于特异SNP的基因型，CC基因型小麦的冠层温度低于AA基因型小麦。本发明专利技术可以用于筛选冠层温度性状优良的小麦，在培育抗旱小麦品种中发挥重要作用。

【技术实现步骤摘要】
一种辅助鉴定小麦冠层温度性状的方法及其专用引物组
本专利技术涉及一种辅助鉴定小麦冠层温度性状的方法及其专用引物组。
技术介绍
冠层温度、植被覆盖指数和叶绿素含量是小麦重要抗旱相关生理性状。其中冠层温度指作物冠层不同高度茎、叶等器官表面温度的平均值，由气孔导度、维管束强度及根系深度等多种性状共同调节，反应了植株整体水分状况。干旱胁迫下，作物冠层吸收太阳辐射，一部分用于光合作用中光化学反应，一部分用于辐射荧光，剩余部分转化为热能，使得植株冠层温度升高。持绿型小麦叶片能将较多太阳辐射能用于光合作用中光化学反应，释放较少热能，冠层温度显著低于高温敏感性小麦，获得更高的生物量与产量。综上，冠层温度不仅被认为是评价小麦抗旱性品系筛选重要指标，也可为拓宽持绿型小麦应用范围提供辅助选择。然而，抗旱生理性状易受环境影响，测定过程技术要求高。例如冠层温度受种植密度和植被覆盖指数影响较大，测定时由于红外线投射角度不同可能造成1℃以上偏差。分子标记技术将复杂的数量性状分解成简单的质量性状来研究，具有环境稳定性、操作简便性等优点。小麦遗传结构复杂，通过构建高密度遗传图谱发掘分子标记，可从基因层面瞄定抗旱相关生理性状，缩短从复杂环境中筛选理想株系的鉴定过程，为推进小麦抗旱育种提供技术支撑。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种辅助鉴定小麦冠层温度性状的方法及其专用引物组。本专利技术提供了一种特异引物组，由引物A、引物B和引物C组成；引物A为如下(a1)或(a2)：(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；引物B为如下(b1)或(b2)：(b1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；(b2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；引物C为如下(c1)或(c2)：(c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；(c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。本专利技术还保护所述引物组的应用，为如下(d1)或(d2)或(d3)或(d4)或(d5)或(d6)或(d7)或(d8)：(d1)鉴定小麦基于特异SNP的基因型；(d2)鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度性状；(d3)筛选或选育具有低冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；(d4)筛选或选育具有高冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；(d5)制备鉴定小麦基于特异SNP的基因型的产品；(d6)制备鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度性状的产品；(d7)制备筛选或选育低冠层温度小麦单株或株系或品系或品种的产品；(d8)制备筛选或选育高冠层温度小麦单株或株系或品系或品种的产品。本专利技术还保护一种试剂盒，包括所述特异引物组。所述试剂盒还包括特异引物组。所述特异探针组由荧光探针A、淬灭探针A、荧光探针B和淬灭探针B；荧光探针A如序列表的序列6所示，5’末端连接荧光基团；荧光探针B如序列表的序列7所示，5’末端连接荧光基团；荧光探针A和荧光探针B中的荧光基团不同；淬灭探针A如序列表的序列8所示，3’末端连接淬灭基团；淬灭探针B如序列表的序列9所示，3’末端连接淬灭基团。荧光探针A具体连接FAM荧光基团。荧光探针B具体连接HEX荧光基团。淬灭探针A具体连接淬灭基团BHQ。淬灭探针B具体连接淬灭基团BHQ。所述试剂盒还包括KASP2×MasterMix。本专利技术还保护所述试剂盒的应用，为如下(f1)或(f2)或(f3)或(f4)：(f1)鉴定小麦基于特异SNP的基因型；(f2)鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度性状；(f3)筛选或选育具有低冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；(f4)筛选或选育具有高冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种。本专利技术还保护一种鉴定待测小麦的冠层温度性状的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于特异SNP的基因型；CC基因型小麦的冠层温度低于AA基因型小麦。本专利技术还保护一种小麦育种的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于特异SNP的基因型；选择CC基因型小麦进行育种。所述小麦育种的目的为选育低冠层温度的小麦。本专利技术还保护一种鉴定待测小麦的冠层温度性状的方法，包括如下步骤：(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用所述引物组进行KASP；(2)完成步骤(1)后，进行荧光扫描，确定待测小麦基于特异SNP的基因型；(3)根据基因型结果进行判断：CC基因型小麦的冠层温度低于AA基因型小麦。所述方法中，确定待测小麦基于特异SNP的基因型的方法为：采用KlusterCaller软件对酶标仪扫描数据进行分析，显示为红色的样本的基因型为CC纯合型，显示为蓝色的样本的基因型为AA纯合型。所述方法中，确定待测小麦基于特异SNP的基因型的方法为：采用KlusterCaller软件对酶标仪扫描数据进行分析，显示为红色的样本的基因型为CC纯合型，显示为蓝色的样本的基因型为AA纯合型，显示为绿色的样本的基因型为AC杂合型。所述方法中，KASP的反应体系：模板溶液3μL、引物工作液0.1μL、KASP2×MasterMix2.0μL、无菌超纯水0.1μL。所述方法中，KASP在PTC-200PCR扩增仪上进行。所述方法中，KASP的反应程序：第一步：94℃预变性15min；第二步：94℃20s、65℃60s，95℃20s、64℃60s，95℃20s、63℃60s，95℃20s、62℃60s，95℃20s、61℃60s，95℃20s、60℃60s，95℃20s、59℃60s，95℃20s、58℃60s，95℃20s、57℃60s；第三步：94℃变性20s、57℃退火60s，32个循环；第四步：72℃延伸5min。本专利技术还保护一种小麦育种的方法，包括如下步骤：(1)以待测小麦的基因组DNA为模板，采用所述引物组进行KASP；(2)完成步骤(1)后，进行荧光扫描，确定待测小麦基于特异SNP的基因型；(3)选择CC基因型小麦进行育种。所述方法中，确定待测小麦基于特异SNP的基因型的方法为：采用KlusterCaller软件对酶标仪扫描数据进行分析，显示为红色的样本的基因型为CC纯合型，显示为蓝色的样本的基因型为AA纯合型。所述方法中，确定待测小麦基于特异SNP的基因型的方法为：采用KlusterCaller软件对酶标仪扫描数据进行分析，显示为红色的样本的基因型为CC纯合型，显示为蓝色的样本的基因型为AA纯合型，显示为绿色的样本的基因型为AC杂合型。所述方法中，KASP的反应体系：模板溶液3μL、引物工作液0.1μL、KASP2×MasterMix2.0μL、无菌超纯水0.1μL。所述方法中，KASP在PTC-200PCR扩增仪上进行。所述方法中，KASP的反应程序：第一步：94℃预变性15min；第二步：94℃20s、65℃60s，95℃20s、64℃60s，95℃20s、63℃60s，95℃20s、62℃60s，95℃20s、61℃60s，95℃20s、60℃60s，95℃20s、59℃60s，95℃20s、58℃60s，95℃20s、57℃60s；第三步：94℃变性20s、57℃退火60s，32个循环；第四步：72℃延伸5min。所述小麦育种的目的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.特异引物组，由引物A、引物B和引物C组成；引物A为如下(a1)或(a2)：(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；引物B为如下(b1)或(b2)：(b1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；(b2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；引物C为如下(c1)或(c2)：(c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；(c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。

【技术特征摘要】
1.特异引物组，由引物A、引物B和引物C组成；引物A为如下(a1)或(a2)：(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；引物B为如下(b1)或(b2)：(b1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；(b2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；引物C为如下(c1)或(c2)：(c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；(c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。2.权利要求1所述引物组的应用，为如下(d1)或(d2)或(d3)或(d4)或(d5)或(d6)或(d7)或(d8)：(d1)鉴定小麦基于特异SNP的基因型；(d2)鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度性状；(d3)筛选或选育具有低冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；(d4)筛选或选育具有高冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；(d5)制备鉴定小麦基于特异SNP的基因型的产品；(d6)制备鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度性状的产品；(d7)制备筛选或选育低冠层温度小麦单株或株系或品系或品种的产品；(d8)制备筛选或选育高冠层温度小麦单株或株系或品系或品种的产品；所述特异SNP为如下(e1)或(e2)：(e1)位于小麦基因组中的序列表的序列4所示DNA分子的第36位核苷酸；(e2)位于小麦基因组中的序列表的序列5所示DNA分子的第45位核苷酸。3.一种试剂盒，包括权利要求1所述特异引物组。4.权利要求3所述试剂盒的应用，为如下(f1)或(f2)或(f3)或(f4)：(f1)鉴定小麦基于特异SNP的基因型；(f2)鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度性状；(f3)筛选或选育具有低冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；(f4)筛选或选育具有高冠层温度的小麦单株或株系或品系或品种；所述特异SNP为如下(e1)或(e2)：(e1)位于小麦基因组中的序列表的序列4所示D...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖永贵，杨梦娇，武玉莹，何中虎，夏先春，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11