本发明专利技术公开了与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记及应用。所述SNP标记位于中国家马7号染色体73967052bp～73965421bp之间，其中SNP位点为73966633bp处碱基，该处碱基为A或G。所述SNP标记的序列如SEQ ID NO:1所示。本发明专利技术对于通过基因型区分和筛选出具高海拔适应性的中国家马具有较大的指导意义，当中国家马的基因型为GG、AG时可判定马匹能够适应高海拔，当其基因型为AA时可判定马匹不能适应高海拔，此法可以提高家马高海拔适应性筛选的准确率和效率。
【技术实现步骤摘要】
与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记及应用
本专利技术涉及分子生物学领域，具体地说，涉及一种与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记及应用。
技术介绍
经过长期的自然选择和人工选择，世代生长在高海拔环境地区的动物在生理、生化及形态学上都已经形成了稳定的适应高原环境的表型恃征，使得它们能够很好的适应当地环境。对世代生存于高海拔地区的物种的全基因组测序，能够全面地了解其适应高海拔环境的分子基础。高通量测序技术的快速发展，促使大多数家养动物的基因组测序完成，促进高密度SNP芯片及全基因组测序技术的普及，在基因组的大时代背景下，为利用大规模的基因组数据以及各种生物信息学和进化基因组学的方法来研究物种适应性进化提供了基础。与传统的单基因分析比较，通过扫描基因组大量的SNP位点信息，再依据所有考察位点的特征，采用相应的检验方法，鉴定基因组上受选择信号的区域，这种基因组水平的群体遗传分析能更精确地发现自然选择。SNP作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。血红蛋白亚基ε-1(hemoglobinsubunitepsilon-1，HBE1)是血红蛋白的组成亚基之一，通常在胚胎卵黄囊中表达，随着胎儿的发育被逐渐替换。在高海拔缺氧环境下，高原居民和动物为满足机体对氧气的需求，主要通过红细胞数量、红细胞压积、血红蛋白浓度、血液总量和血红蛋白对氧的亲和力等血液生理指标的变化来适应低氧环境。作为血红蛋白构成之一的血红蛋白亚基ε-1自然参与机体适应低氧环境的调控，
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记及应用。为了实现本专利技术目的，第一方面，本专利技术提供的与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记，所述SNP标记位于中国家马7号染色体73967052bp～73965421bp之间(马HBE1基因上)，其中SNP位点为73966633bp处碱基，该处碱基为A或G。所述SNP标记的序列如SEQIDNO:1所示(SNP位点为546bp处碱基n，n为a或g)。本专利技术中，马HBE1基因的核酸序列参见GenBank，GeneID:100068926：73967052-73965421。所述SNP标记的AA基因型对应的马匹不具有高海拔适应性，所述SNP标记的GG或AG基因型对应的马匹具有高海拔适应性。本专利技术还提供用于扩增所述SNP标记的引物，包括(SEQIDNO:2-3)：正向引物F：5’-CAGTGATGCCCACTTGAGGT-3’反向引物R：5’-CACCCCTGAGGGACACATCT-3’第二方面，本专利技术提供含有所述引物F和R的检测试剂或试剂盒。第三方面，本专利技术提供所述SNP标记、所述引物F和R或含有所述引物的检测试剂或试剂盒在鉴定及早期筛选具有高海拔适应性的中国家马品种中的应用。所述应用包括以下步骤：1)提取待测马匹的基因组DNA；2)以待测马匹的基因组DNA为模板，利用引物F和R进行PCR扩增反应；3)分析PCR扩增产物。步骤2)中进行PCR扩增所使用的反应体系为：PCR反应条件为：94℃预变性2分钟；98℃变性10秒，59℃退火30秒，68℃延伸30秒，40个循环；68℃终延伸5分钟。步骤3)对PCR扩增产物进行分析：AA基因型对应的马匹不具有高海拔适应性，GG或AG基因型对应的马匹具有高海拔适应性。第四方面，本专利技术提供所述SNP标记、所述引物F和R或含有所述引物的检测试剂或试剂盒在中国家马分子标记辅助育种中的应用。第五方面，本专利技术提供所述SNP标记、所述引物F和R或含有所述引物的检测试剂或试剂盒在马基因HBE1基因分型中的应用。专利技术人对来自高低海拔的中国家马进行了大量的基因型与海拔相关性研究，发现本专利技术提供的SNP位点与家马高海拔适应性极显著关联(P<1.187e-043)。等位基因G在高海拔中的频率达到56.99％，而在低海拔马中频率只有6.41％。基因型GG在高海拔马匹中大量出现，而基因型为GG的马匹的平均血红蛋白浓度显著高于基因型为AA的马匹(P<0.002618，卡方检验)，对于通过基因型区分和筛选出具高海拔适应性的中国家马具有较大的指导意义，当中国家马的基因型为GG、AG时可判定马匹能够适应高海拔，当其基因型为AA时可判定马匹不能适应高海拔，此法可以提高家马高海拔适应性筛选的准确率和效率。所述SNP位点及其两端的侧翼序列组成的核苷酸序列(SNP标记)如SEQIDNO:1所示，该序列第385bp处存在A/G突变。借由上述技术方案，本专利技术至少具有下列优点及有益效果：(一)本专利技术提供的分子标记不受中国家马的年龄、性别等限制，可用于中国家马的早期选育，甚至刚出生即可进行准确地筛选，可显著促进中国家马优势海拔适应性品种的育种进程。(二)检出中国家马HBE1基因单核苷酸多态性的方法准确可靠，操作简便。(三)中国家马HBE1基因SNP位点的检出，为中国家马的高海拔适应性的标记辅助选择提供了科学依据。附图说明图1为本专利技术实施例1中所述SNP标记的三种基因型测序峰图；其中，(a)为AA型；(b)为GG型；(c)为AG型。图2为本专利技术实施例1中所述SNP标记的三种基因型的分型结果。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(SambrookJ&RussellDW,MolecularCloning:aLaboratoryManual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。实施例1中国家马HBE1基因多态性位点的鉴定1、提取待测中国家马血液中的基因组DNA采集来自中国和国外的11个马品种，308匹家马(包括110匹来自青藏高原的藏马和198匹来自平原地区的马)的血样(表1)，采用常规的方法提取血液中的基因组DNA。表1样品采集表2、扩增含SNP位点的核苷酸片段根据NCBI数据库收录的HBE1基因座位(chr7:73967052-73965421)的序列设计引物，包括正向引物F：5'-CAGTGATGCCCACTTGAGGT-3'和反向引物R：5'-CACCCCTGAGGGACACATCT-3'，以步骤1中的基因组DNA为模板，扩增出待测SNP所在的核苷酸片段，如SEQIDNO:1所示。该SNP位点位于PCR扩增片段的385bp处，此处碱基为A或G。其中，PCR反应使用的扩增体系以25μL计为：PCR反应条件为：94℃预变性2分钟；98℃变性10秒，59℃退火30秒，68℃延伸30秒，40个循环；68℃终延伸5分钟。3、检测PCR扩增片段，获得SNP标记对步骤3中的PCR扩增产物进行测序检测，如果扩增产物序列中第546bp处碱基为G，则待测中国家马属于能够适应高海拔的品种。三种基因型的测序峰图如图1所示。4、基因型判定通过飞行时间质谱的分析方法对待测中国家马的基因型进行检测；根据飞行时间质谱的结果判定SNP位点在待测群体中的基因型。根据样品的信号分布位置，基因型可分为AA型，GG型和AG型。三种基因型的分型结果如图2所示。实施例2中国家马不同基因型与高海拔适应性的关联分析与检测应用对实施例1中的分型结果进行高低海拔适应性关联分析，运本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于中国家马7号染色体73967052bp～73965421bp之间，其中SNP位点为73966633bp处碱基，该处碱基为A或G；所述SNP标记的序列如SEQ ID NO:1所示。
【技术特征摘要】
1.与中国家马高海拔适应性相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于中国家马7号染色体73967052bp～73965421bp之间，其中SNP位点为73966633bp处碱基，该处碱基为A或G；所述SNP标记的序列如SEQIDNO:1所示。2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的AA基因型对应的马匹不具有高海拔适应性，所述SNP标记的GG或AG基因型对应的马匹具有高海拔适应性。3.用于扩增权利要求1或2所述SNP标记的引物，其特征在于，包括：正向引物F：5’-CAGTGATGCCCACTTGAGGT-3’反向引物R：5’-CACCCCTGAGGGACACATCT-3’。4.含有权利要求3所述引物的检测试剂或试剂盒。5.权利要求1或2所述SNP标记、权利要求3所述引物或权利要求4所述检测试剂或试剂盒在鉴定及早期筛选具有高海拔适应性的中国家马品种中的应用。6.根据权利要求5所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋琳，宋伸，李业芳，浦亚斌，刘雪雪，张艳丽，马月辉，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。