本发明专利技术提供一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法：以待检黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2为引物，分别PCR扩增黄牛个体SH3PXD2B基因部分片段，通过电泳检测PCR扩增产物，根据电泳检测结果分别判定黄牛个体SH3PXD2B基因上两个插入/缺失突变位点的基因型；本发明专利技术根据检测到的SH3PXD2B基因indel突变位点NC_007318.6 g.4071212‑4071213 ins AGGAGTGGGTACC、g.4088290‑4088299 del TGTGGCCACA)的基因型，可应用于黄牛的分子标记辅助选择中，从而加快生长性状优良的地方黄牛种群的建立。
【技术实现步骤摘要】
一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法
本专利技术属于分子遗传学领域，涉及黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失(indel)的检测。
技术介绍
插入/缺失(insertion/deletion,indel)突变是指在同一物种不同个体之间或亲缘相近的物种之间的基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一个序列上某一位点，与同源的另一个序列相比，插入或缺失了一个或多个碱基。Indel标记是一种基于PCR扩增技术的分子标记，本质上属于长度多态性标记。Indel标记具有许多优点，如稳定性好、多态性高、分型系统简单等，因此现在广泛应用于动植物标记辅助选择育种工作中。2006年，人类第一个基因组indel图谱被Mills等人创建出来，该图谱中有超过41万多个特异性的indel位点，平均每7.2kb就存在一个indel位点。2011年其又在人类基因组中发现了长度从1bp到10000bp不等的近200万个indel标记，这些标记长度大部分都集中在100bp以内。因为indel标记本质上属于长度多态性遗传标记，所以可以用PCR扩增技术对indel进行分型。与分型系统复杂的SNP标记相比，Indel标记检测简单便捷，对仪器设备和技术要求较低，用琼脂糖凝胶电泳即可进行分型。与SNPs相似，indel标记在基因组中大量存在，然而，它们的分布并不均匀，它们的位置具有一定互补性，因此可将indel标记和SNPs进行综合应用，根据目的基因所在区域不同来设计不同的分子标记。随着分子遗传学、数量遗传学和分子生物学技术的发展，分子标记辅助选择(MAS)在动物遗传育种中已获得许多成果，并已经成为目前家畜选育和研究的热点。MAS是一种充分利用了表型、系谱和遗传标记信息的方法，因此与只利用表型和系谱信息的常规选种方法相比，MAS也具有更大的信息量。目前，MAS在动物育种中已获得许多研究成果，例如，雌激素受体(estrogenreceptor,ESR)基因、猪的氟烷(halothane,HAL)基因等，这些基因的DNA标记检测已经在育种实践中得到应用。此外，还有许多与肉质、生长和繁殖等有关的基因也逐渐被发现。将遗传标记应用在动物育种中，可显著地加速动物育种的遗传进展，有效的加快育种进程，为育种工作的进行提供便利。SH3PXD2B(SH3andPXdomains2B)基因属于酪氨酸受体蛋白家族，又称酪氨酸激酶4(tyrosinekinasesubstratewithfourSH3domains，TKS)基因或脂肪细胞分化因子49(factorforadipocytedifferentiation，FAD)基因，位于牛的20号染色体上。SH3PXD2B基因所编码的蛋白是一种结构蛋白，该蛋白具有1个N端的PX结构域和4个SH3结构域。SH3PXD2B蛋白在多种细胞中均有表达，如巨噬细胞、破骨细胞、成纤维细胞等，该蛋白作为一种细胞表面的伪足受体蛋白，与细胞表面伪足形成、细胞外基质间伪足粘附、相互诱导、细胞外基质改建与重塑等许多过程有关。SH3(srchomology3)结构域是最常见的结构域之一，属于Src家族，即酪氨酸激酶家族，细胞内有多条信号转导途径与该家族有关，其相关基因参与许多重要的生理过程，如生长、分化、粘附、转录等。PX(phoxhomology)结构域是一个球状的三级结构域，由大约110个氨基酸残基折叠形成，含有3个α螺旋和3个β折叠，在其螺旋α1和α2之间有一个富含脯氨酸的长环。有研究发现PX结构域可以与高度保守的磷脂酰肌醇(PtdInsP)结合，从而将蛋白质结合到膜上，发挥其各自的功能。PX结构域除可以结合PtdIn3P，还可以与其他的PtdInsP，如3，4-磷酸肌醇，以及4，5-磷酸肌醇有不同程度的结合能力，这也一定程度上赋予了PX蛋白的功能多样性，目前，关于PX结构域的研究大都集中于其结合PtdInsP的能力和功能等，但是也有大量证据表明PX结构域也可作为蛋白支架结构起作用。目前，关于SH3PXD2B基因的研究并不是很多，现有研究大多集中在模式动物小鼠和人上，杨彬研究发现SH3PXD2B基因的突变与人的颅颌面畸形和中耳炎等疾病有关；MaoM等人发现，老鼠SH3PXD2B基因存在的1bp的碱基缺失会使SH3PXD2B基因发生移码突变，从而使第三个SH3结构域结构发生改变以及第四个SH3结构域的全部缺失，该突变会导致间质细胞组织，包括颅面组织，眼睛角膜角和白色脂肪组织的发育异常；此外，还有研究发现，SH3PXD2B蛋白可以与去整联蛋白金属基质蛋白酶15(adisintegrinandmetalloproteaseADAM)或膜型-1-基质金属蛋白酶(membranetype-1-matrixmetalloproteinaseMT-1-MMP)等跨膜蛋白结合后，介导其水解与重塑细胞外基质，由此可以推测，SH3PXD2B基因可能对细胞迁移、器官形成有重要作用。目前，对中国地方黄牛SH3PXD2B基因遗传变异领域的研究相当匮乏，特别是该基因的功能研究及其遗传变异与经济性状(如生长性状)关联的研究更是空白。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法，加快建立遗传资源优良的地方黄牛种群。为达到上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：以待检黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2为引物，分别PCR扩增黄牛个体SH3PXD2B基因部分片段，通过电泳检测PCR扩增产物，根据电泳检测结果分别判定黄牛个体SH3PXD2B基因上两个插入/缺失突变位点的基因型；所述引物对P1为：上游引物：5`-TGCGAGGAAAGACTCTGGT-3`下游引物：5`-TTGTGAGGTTTGGCTGTATG-3`所述引物对P2为：上游引物：5`-AGTGGGTTCCCTCTGATTTGC-3`下游引物：5`-CTGCCTGTGCTGTCCTCTTTG-3`。所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，50℃～54℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次；72℃延伸10min。所述电泳检测采用10％(质量浓度)聚丙烯酰胺凝胶电泳。所述SH3PXD2B基因上两个插入/缺失突变位点的基因型的判定依据为：对于由引物对P1扩增的插入/缺失突变位点(NC_007318.6g.4071212-4071213insAGGAGTGGGTACC)，野生型(DD型)表现为248bp条带，突变纯合型(II型)表现为261bp条带，杂合型(ID型)表现为261bp和248bp两个条带；对于由引物对P2扩增的插入/缺失突变位点(NC_007318.6g.4088290-4088299delTGTGGCCACA)，野生型(II型)表现为215bp条带，突变纯合型(DD型)表现为205bp条带，杂合型(ID型)表现为215bp和205bp两个条带。本专利技术的有益效果体现在：本专利技术建立了一种检测中国地方黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失分子标记的方法，根据检测到的与黄牛生长性状关联的SH3PXD2B基因插入/缺失突变位点(NC_007318.6g.4071212-4071213insAGGAGTGG本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法，其特征在于：包括以下步骤：以待检黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2为引物，分别PCR扩增黄牛个体SH3PXD2B基因部分片段，通过电泳检测PCR扩增产物，根据电泳检测结果分别判定黄牛个体SH3PXD2B基因上两个插入/缺失突变位点的基因型；所述引物对P1为：上游引物：5`‑TGCGAGGAAAGACTCTGGT‑3`下游引物：5`‑TTGTGAGGTTTGGCTGTATG‑3`所述引物对P2为：上游引物：5`‑AGTGGGTTCCCTCTGATTTGC‑3`下游引物：5`‑CTGCCTGTGCTGTCCTCTTTG‑3`。
【技术特征摘要】
1.一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法，其特征在于：包括以下步骤：以待检黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2为引物，分别PCR扩增黄牛个体SH3PXD2B基因部分片段，通过电泳检测PCR扩增产物，根据电泳检测结果分别判定黄牛个体SH3PXD2B基因上两个插入/缺失突变位点的基因型；所述引物对P1为：上游引物：5`-TGCGAGGAAAGACTCTGGT-3`下游引物：5`-TTGTGAGGTTTGGCTGTATG-3`所述引物对P2为：上游引物：5`-AGTGGGTTCCCTCTGATTTGC-3`下游引物：5`-CTGCCTGTGCTGTCCTCTTTG-3`。2.根据权利要求1所述一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法，其特征在于：所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，50℃～54℃退火30s，72℃延伸30s，循环35次；72℃延伸10min。3.根据权利要求1所述一种检测黄牛SH3PXD2B基因插入/缺失标记的方法，其特征在于：所述电泳检测采用...
【专利技术属性】
技术研发人员：党瑞华，邬明丽，高源，樊英智，李世鹏，赖振雨，雷初朝，黄永震，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：陕西,61
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。