樟树全基因组SSR分子标记及其制备方法和应用技术

本发明专利技术公开了樟树全基因组SSR分子标记及其制备方法和应用。本发明专利技术开发的樟树微卫星分子标记，可应用于古樟树的群体遗传多样性检测和亲缘关系分析，为樟科植物提供了新一批的微卫星分子标记，也为樟科植物的群体遗传分化与结构、群体的遗传多样性水平、群体间的基因流及交配系统、物种演化、分子辅助育种等研究提供了新的工具。

【技术实现步骤摘要】
樟树全基因组SSR分子标记及其制备方法和应用
：本专利技术属于林业分子生物
，具体涉及樟树分子标记技术，更具体涉及一种樟树全基因组SSR分子标记及其制备方法和在古樟遗传多样性分析及亲缘关系鉴定中的应用。
技术介绍
：微卫星(Microsatellite)又称作短串连重复(ShortTandemRepeats，STRs)、简单重复序列(SimpleSequenceRepeat，SSRs)、简单序列长度多态性(SSLP)。是指以1～6个核苷酸为单位，多次串联重复的DNA序列，其普遍存在于真核生物和原核生物的基因组中，甚至在病毒基因组中亦有存在。SSR分子标记具有以下特点：重复单元和重复次数高度可变，多态性信息容量高；呈共显性，遵循孟德尔法则遗传；侧翼序列相对保守；选择中性等等。基于以上特点，微卫星分子标记被广泛应用于物种的指纹鉴定、遗传图谱构建、群体遗传结构分析、比较基因组及进化研究等诸多研究领域。根据建立SSR标记的序列性质不同，SSR标记可分为基因组SSR(gSSR)和表达序列标签SSR(EST-SSR)。与EST-SSR分子标记相比，基因组SSR有如下优势：(1)EST-SSR源于表达的基因序列，信息不全面，缺乏基因组调控序列、内含子序列等基因组重要信息；(2)与源自基因组的SSR分子标记相比较，EST-SSR分子标记多态性低；(3)EST-SSR受EST测序错误、开发软件及参数影响。随着高通量测序技术的迅猛发展及基因组SSR标记独特的优势，gSSR分子标记将会得到广泛开发和应用。樟树Cinnamomumcamphora(L.)Presl广泛分布于我国南方各省区，包括海南、台湾、福建、江西、广东、广西、湖北、湖南、四川、重庆、云南、贵州、浙江等地。樟树用途广泛，是一类集材用、药用、香料、油用、化工、观赏、生态环境和生态文化建设等于一体的多用途树种，具有极重要的开发利用价值。按叶精油主要化学成分的不同，樟树可分为芳樟(主含芳樟醇)、脑樟(主含樟脑)、油樟(主含桉叶油)、异樟(主含异橙花叔醇)、龙脑樟(主含右旋龙脑)等5种化学类型，它们均有不同的开发价值。目前，多采用闻香分类法来对其化学类型进行鉴别，带有一定的随机性和主观性，因此，获得可靠的樟树基因组SSR分子标记可用于樟树不同化学类型的鉴别，对苗期定向选择具有重要意义。樟树是遗传研究和遗传背景信息比较缺乏的物种。目前，樟树可有效利用的标记数量非常有限。从深度和广度进一步开展樟树基因组研究，需要开发新的DNA分子标记。己有的研究证实，以EST数据库为基础，利用生物信息学的手段可以经济快速地进行SSR和SNP标记的大批量开发。然而，与其他物种如水稻、玉米、葡萄等比较，美国国立生物技术信息中心(NCBI)的数据库中所收录的樟树EST数据相当缺乏，难以满足樟树EST-SSR标记开发的需求，不能为樟树的DNA分子标记开发研究提供足够的信息。这同时也极大的限制了樟树分子生物学研究的发展。
技术实现思路
：本专利技术目的在于，以自主测定完成的樟树全基因组序列为基础，提供一种适用于樟树的全基因组SSR分子标记开发方法，开发一批樟树的gSSR分子标记，并应用于古樟的遗传多样性检测及亲缘关系分析。本专利技术的樟树全基因组SSR分子标记的引物分别是：Cc-19：F：5'-ATTTGCCTCGTGTTCCATTC-3'R：5'-TGGAATTTCAGATCCCCAAA-3'；(来源于SEQIDNO.1的序列)Cc-25：F：5'-GCGCCATTTGTTTTCTTCAT-3'R：5'-AATCACTAGGGTCGGAAGGG-3'；(来源于SEQIDNO.2的序列)Cc-49：F：5'-GCATCTCCCTACCAAATCCA-3'R：5'-TTGCTCATTTTGAAGCATCG-3'；(来源于SEQIDNO.3的序列)Cc-55：F：5'-CAGCCATTCAGAAGGGAAAG-3'R：5'-CAACTTCTTCTATGGGGGCA-3'；(来源于SEQIDNO.4的序列)Cc-60：F：5'-CCGAACGTCAACTCAAACAA-3'R：5'-TTTGATGGGTTCATTGGTGA-3'；(来源于SEQIDNO.5的序列)Cc-76：F：5'-TGGAATGCAAAGAAGGAACC-3'R：5'-CTCTGGTCCCCTGATTTCTG-3'；(来源于SEQIDNO.6的序列)Cc-80：F：5'-TCTCTCTCATGGTCAAATTGTTG-3'R：5'-AGGTCCCCAAGGTTCCTAGA-3'；(来源于SEQIDNO.7的序列)Cc-81：F：5'-CCATTTCTCAATAGGAATATTGATTGT-3'R：5'-AGCCCATACCTTTTCATTTCA-3'；(来源于SEQIDNO.8的序列)Cc-83：F：5'-CACGGTCCCCAATCTCTAAA-3'R：5'-TCAAATTTGGGTTGGACCAT-3'；(来源于SEQIDNO.9的序列)Cc-85：F：5'-GGAACGTCCGGCTATGTAAA-3'R：5'-AAAGTGGCAAACAAAACCCT-3'；(来源于SEQIDNO.10的序列)Cc-96：F：5'-CACGGTACTGACCAGGGTTC-3'R：5'-GGCCCAGTTGTTCCACATTA-3'；(来源于SEQIDNO.11的序列)Cc-100：F：5'-AGAGATCGAAAGGGCGATG-3'R：5'-CGCTCCCTACAGAACCCAT-3'；(来源于SEQIDNO.12的序列)Cc-114：F：5'-TGATGAGGATGGGGTCATTT-3'R：5'-TGCCATGTTTTGGAGGTAAA-3'；(来源于SEQIDNO.13的序列)Cc-131：F：5'-AGAATAGGGAAAGGGGCAGA-3'R：5'-CCCTTCCTTGATCAAACCCT-3'；(来源于SEQIDNO.14的序列)Cc-133：F：5'-ATGAGCGTCATCCAATGTCA-3'R：5'-GCACATACCCAGTTCCGATT-3'；(来源于SEQIDNO.15的序列)Cc-134：F：5'-GGGTCGGGGTAAATTAGGTC-3'R：5'-GACCGGTTTGCTAAGGTCAA-3'；(来源于SEQIDNO.16的序列)Cc-143：F：5'-CTATCCACTTCCCTGCCGTA-3'R：5'-CCAGAATCTTCGAGAAAGCG-3'；(来源于SEQIDNO.17的序列)Cc-185：F：5'-TGCTCTAATTCACCCCTTGC-3'R：5'-AGGCTCCACACTAAAACCCA-3'；(来源于SEQIDNO.18的序列)Cc-188：F：5'-ACCATCCAGAGTTTGATCGG-3'R：5'-GAGGGTTCTCCTTCGGATTC-3'；(来源于SEQIDNO.19的序列)Cc-191：F：5'-GTTCTCCTTCTGATCCACGG-3'R：5'-GACCCATTATGCGTTGAACC-3'。(来源于SEQIDNO.20的序列)编号分别为Cc-19、C本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种樟树全基因组SSR分子标记的引物，其特征在于，所述的樟树全基因组SSR分子标记的引物如下所示：Cc‑19：F：5'‑ATTTGCCTCGTGTTCCATTC‑3' R：5'‑TGGAATTTCAGATCCCCAAA‑3'；Cc‑25：F：5'‑GCGCCATTTGTTTTCTTCAT‑3' R：5'‑AATCACTAGGGTCGGAAGGG‑3'；Cc‑49：F：5'‑GCATCTCCCTACCAAATCCA‑3' R：5'‑TTGCTCATTTTGAAGCATCG‑3'；Cc‑55：F：5'‑CAGCCATTCAGAAGGGAAAG‑3' R：5'‑CAACTTCTTCTATGGGGGCA‑3'；Cc‑60：F：5'‑CCGAACGTCAACTCAAACAA‑3' R：5'‑TTTGATGGGTTCATTGGTGA‑3'；Cc‑76：F：5'‑TGGAATGCAAAGAAGGAACC‑3' R：5'‑CTCTGGTCCCCTGATTTCTG‑3'；Cc‑80：F：5'‑TCTCTCTCATGGTCAAATTGTTG‑3' R：5'‑AGGTCCCCAAGGTTCCTAGA‑3'；Cc‑81：F：5'‑CCATTTCTCAATAGGAATATTGATTGT‑3' R：5'‑AGCCCATACCTTTTCATTTCA‑3'；Cc‑83：F：5'‑CACGGTCCCCAATCTCTAAA‑3' R：5'‑TCAAATTTGGGTTGGACCAT‑3'；Cc‑85：F：5'‑GGAACGTCCGGCTATGTAAA‑3' R：5'‑AAAGTGGCAAACAAAACCCT‑3'；Cc‑96：F：5'‑CACGGTACTGACCAGGGTTC‑3' R：5'‑GGCCCAGTTGTTCCACATTA‑3'；Cc‑100：F：5'‑AGAGATCGAAAGGGCGATG‑3' R：5'‑CGCTCCCTACAGAACCCAT‑3'；Cc‑114：F：5'‑TGATGAGGATGGGGTCATTT‑3' R：5'‑TGCCATGTTTTGGAGGTAAA‑3'；Cc‑131：F：5'‑AGAATAGGGAAAGGGGCAGA‑3' R：5'‑CCCTTCCTTGATCAAACCCT‑3'；Cc‑133：F：5'‑ATGAGCGTCATCCAATGTCA‑3' R：5'‑GCACATACCCAGTTCCGATT‑3'；Cc‑134：F：5'‑GGGTCGGGGTAAATTAGGTC‑3' R：5'‑GACCGGTTTGCTAAGGTCAA‑3'；Cc‑143：F：5'‑CTATCCACTTCCCTGCCGTA‑3' R：5'‑CCAGAATCTTCGAGAAAGCG‑3'；Cc‑185：F：5'‑TGCTCTAATTCACCCCTTGC‑3' R：5'‑AGGCTCCACACTAAAACCCA‑3'；Cc‑188：F：5'‑ACCATCCAGAGTTTGATCGG‑3' R：5'‑GAGGGTTCTCCTTCGGATTC‑3'；Cc‑191：F：5'‑GTTCTCCTTCTGATCCACGG‑3' R：5'‑GACCCATTATGCGTTGAACC‑3'。...

【技术特征摘要】
1.一种樟树全基因组SSR分子标记的引物，其特征在于，所述的樟树全基因组SSR分子标记的引物如下所示：Cc-19：F：5'-ATTTGCCTCGTGTTCCATTC-3'R：5'-TGGAATTTCAGATCCCCAAA-3'；Cc-25：F：5'-GCGCCATTTGTTTTCTTCAT-3'R：5'-AATCACTAGGGTCGGAAGGG-3'；Cc-49：F：5'-GCATCTCCCTACCAAATCCA-3'R：5'-TTGCTCATTTTGAAGCATCG-3'；Cc-55：F：5'-CAGCCATTCAGAAGGGAAAG-3'R：5'-CAACTTCTTCTATGGGGGCA-3'；Cc-60：F：5'-CCGAACGTCAACTCAAACAA-3'R：5'-TTTGATGGGTTCATTGGTGA-3'；Cc-76：F：5'-TGGAATGCAAAGAAGGAACC-3'R：5'-CTCTGGTCCCCTGATTTCTG-3'；Cc-80：F：5'-TCTCTCTCATGGTCAAATTGTTG-3'R：5'-AGGTCCCCAAGGTTCCTAGA-3'；Cc-81：F：5'-CCATTTCTCAATAGGAATATTGATTGT-3'R：5'-AGCCCATACCTTTTCATTTCA-3'；Cc-83：F：5'-CACGGTCCCCAATCTCTAAA-3'R：5'-TCAAATTTGGGTTGGACCAT-3'；Cc-85：F：5'-GGAACGTCCGGCTATGTAAA-3'R：5'-AAAGTGGCAAACAAAACCCT-3'；Cc-96：F：5'-CACGGTACTGACCAGGGTTC-3'R：5'-GGCCCAGTTGTTCCACATTA-3'；Cc-100：F：5'-AGAGATCGAAAGGGCGATG-3'R：5'-CGCTCCCTACAGAACCCAT-3'；Cc-114：F：5'-TGATGAGGATGGGGTCATTT-3'R：5'-TGCCATGTTTTGGAGGTAAA-3'；Cc-131：F：5'-AGAATAGGGAAAGGGGCAGA-3'R：5'-CCCTTCCTTGATCAAACCCT-3'；Cc-133：F：5'-ATGAGCGTCATCCAATGTCA-3'R：5'-GCACATACCCAGTTCCGATT-3'；Cc-134：F：5'-GGGTCGGGGTAAATTAGGTC-3'R：5'-GACCGGTTTGCTAAGGTCAA-3'；Cc-143：F：5'-CTATCCACTTCCCTGCCGTA-3'R：5'-CCAGAATCTTCGAGAAAGCG-3'；Cc-185：F：5'-TGCTCTAATTCACCCCTTGC-3'R：5'-AGGCTCCACACTAAAACCCA-3'；Cc-188：F：5'-ACCATCCAGAGTTTGATCGG-3'R：5'-GAGGGTTCTCCTTCGGATTC-3'；Cc-191：F：5'-GTTCTCCTTCTGATCCACGG-3'R：5'-GACCCATTATGCGTTGAACC-3'。2.权利要求1所述的樟树全基因组SSR分子标记的引物在古樟群体遗传多样性的检测和/或古樟亲缘关系聚类分析中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于...

【专利技术属性】
技术研发人员：伍艳芳，徐海宁，王建，汪信东，郑永杰，刘新亮，戴小英，邱凤英，杨海宽，
申请(专利权)人：江西省林业科学院，
类型：发明
国别省市：江西,36