一种推导基因通路活性的方法技术

本发明专利技术提供一种推导基因通路活性的方法，包括获取样本及其对应的通路网络和各基因的表达值，并以基因t检验的t值和皮尔森相关系数为基因的权重对各基因的表达值进行加权处理；根据通路网络的拓扑结构，得到同一通路中基因之间相互作用类型及其对应的强度，并利用基因之间相互作用类型的强度和加权后的各基因表达值，得到各基因之间的互作表达值；整合各基因的表达值及互作表达值并采用主成分分析法分析，且进一步将得到的第一主成分均定义为通路的活性分数。实施本发明专利技术，同时考虑基因的重要性和基因间相互作用的重要性来推断通路的活性，从而实现对生物通路样本状态的评价。

A method to deduce the activity of gene pathway

The invention provides a method for deriving gene pathway activity, including acquiring samples, corresponding pathway networks and expression values of genes, weighting the expression values of genes with the weight of T value of gene t test and Pearson correlation coefficient, and obtaining the same pathway according to the topological structure of pathway networks. The interaction types and their corresponding intensities among genes are obtained by using the intensities of interaction types and weighted gene expression values. The expression values of each gene are integrated and analyzed by principal component analysis, and the first principal component is obtained. The score is defined as the activity fraction of the pathway. According to the present invention, the activity of pathways can be inferred by considering the importance of genes and the interaction between genes, so as to realize the evaluation of the state of biological pathway samples.

【技术实现步骤摘要】
一种推导基因通路活性的方法
本专利技术涉及基因检测
，尤其涉及一种推导基因通路活性的方法。
技术介绍
最近很多研究方法提出在功能层面上寻找更具鲁棒性的生物学标记以突破单个基因标签不稳定的问题。由于基因不是单独的参与生物过程，基因产物通常以功能模块或信号级联等方式协同作用，高层面上失调的功能模块作为生物标记可能比单基因更稳定，各种噪声对其的影响很小。功能层面的生物学标记能有效降低组织的异质性和样本的遗传异质性，同时有效分析重要功能通路与疾病之间的关系。因此，整合功能相关的基因的表达谱，并在功能层面提取分类特征将有利于得到更具鲁棒性的生物学标记。功能模块往往嵌入在经典通路和蛋白质网络中，这些高通量的信息可以从GeneOntology、KEGG数据库或其他微阵列表达谱研究实验中定义的基因集合，如分子标签数据库MSigDB中获得。由于通路信息高度体现了基因之间的化学效应和功能表达，通路里的基因表达水平与通路体现的功能密不可分，一旦通路里的显著基因的表达水平便会紊乱，通路部分功能也会失调。因此，通过分析通路里的基因表达谱定义通路的活性来进行分类识别实验，以得到精确的生物标记物。如Su等研本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种推导基因通路活性的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1、获取样本及其对应的通路网络，以及获取所述通路网路中所含各基因的表达值，并以基因在两种不同表现型之间的表达值的t检验的t值和基因表达值与样本表现型的皮尔森相关系数为基因的权重，对所述通路网路中各基因的表达值进行加权处理；步骤S2、根据所述通路网络的拓扑结构，得到同一通路中基因之间相互作用类型及其对应的强度，并利用得到的基因之间相互作用类型所对应的强度和加权处理后的各基因的表达值，得到所述通路网路中各基因之间的互作表达值；步骤S3、整合所述通路网络中各基因的表达值以及各基因之间的互作表达值并采用主成分分析法进行分析，且进一步将得到...

【技术特征摘要】
1.一种推导基因通路活性的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1、获取样本及其对应的通路网络，以及获取所述通路网路中所含各基因的表达值，并以基因在两种不同表现型之间的表达值的t检验的t值和基因表达值与样本表现型的皮尔森相关系数为基因的权重，对所述通路网路中各基因的表达值进行加权处理；步骤S2、根据所述通路网络的拓扑结构，得到同一通路中基因之间相互作用类型及其对应的强度，并利用得到的基因之间相互作用类型所对应的强度和加权处理后的各基因的表达值，得到所述通路网路中各基因之间的互作表达值；步骤S3、整合所述通路网络中各基因的表达值以及各基因之间的互作表达值并采用主成分分析法进行分析，且进一步将得到的第一主成分均定义为通路的活性分数。2.如权利要求1所述的推导基因通路活性的方法，其特征在于，在所述步骤S1中，对所述通路网路中所含各基因的表达值进行标准化处理，具体公式为其中，gij代表基因i在样本j中的表达值，mean和std分别代表该基因在所有样本中表达值的平均值和标准偏差。3.如权利要求2所述的推导基因通路活性的方法，其特征在于，在所述步骤S1中，权处理后的基因的表达值为z′ij＝tscore(gi)2*ρ(gi)*z...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘文斌，沈良忠，昝乡镇，
申请(专利权)人：温州大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33