The present invention provides a sample preparation method for pineapple chromosome secondary structure. The pineapple chromosome secondary structure is obtained by disposing Pineapple leaves with specific karyolysis solution and enzymatic hydrolysis buffer, extracting cell nucleus, enzymatic digestion, electrophoresis recovery band and other steps. The basic conformation of pineapple secondary chromosome was revealed through an effective experimental scheme, which could provide more accurate data support for further study of pineapple functional genes and epigenetics.
【技术实现步骤摘要】
一种菠萝染色体二级结构的样品制备方法
本专利技术属于生物
,涉及一种利用核小体占位分析菠萝染色体二级结构的样品制备方法。
技术介绍
脱氧核糖核酸是组成染色体的主要成分,是基因的物质基础。生物界几乎所有生物都由四种脱氧核糖核苷酸排列成长链,两条长链互绕而成稳定结构,即1953年,沃森和克里克共同提出的DNA分子的双螺旋结构。生物体内的染色体和其组蛋白八聚体进一步相互作用,形成染色体二级结构,称为核小体(KornbergandLorchetal.,1999)。其中每个核小体单位包括200bp左右的DNA超螺旋和一个组蛋白八聚体及一个分子H1。组蛋白八聚体构成核小体的盘状核心结构;147bp的DNA分子超螺旋盘绕组蛋白八聚体1.75圈,组蛋白H1在核心颗粒外结合额外20bpDNA,锁住核小体DNA的进出端,起稳定核小体的作用。此时,染色体再进一步压缩,凝聚,形成高级结构状态的染色体分布在细胞核内或细胞质中(ThomasJOetal.,1975)。目前对非模式植物菠萝的染色体二级结构知之甚少。菠萝作为闽台重要的经济作物,近年来已解析了基因组,并证明了菠萝基因组可作为所有单子叶植物的参考基因组(Ray,2014),但我们对菠萝染色体的结构及其功能基因的研究却很少。作为二级结构状态存在的染色体基本单位核小体,对mRNA的转录过程起到关键的调控作用,其中反式作用因子和顺式作用元件的互相作用直接影响染色体二级结构状态(Lietal.,2007;Narlikaretal.,2013)。现国内外常用的分析方法有:(1).核酸酶酶切PCR或高通量测序法:首先,用1%的甲醛 ...
【技术保护点】
1.一种菠萝染色体二级结构的样品制备方法,其特征在于:所述方法包括如下步骤:(1)溶液的配制:核裂解液含有:0.25M蔗糖,pH6.8 PIPES 15mM,5mM MgCl2,60mM KCl,15mM NaCl,1mM CaCl2,0.9wt.%Triton X‑100,用前加100ul cocktail和1mM PMSF;酶解缓冲液含有:10wt.%蔗糖,pH 7.5 50mM Tris‑HCl,4mM MgCl2,1mM CaCl2;(2)材料的获得:取菠萝嫩的叶片研磨达成细粉末状;(3)样品处理将研磨好的菠萝叶片粉末转移至50ml离心管,加入核裂解液,至40ml;4℃ 处理30分钟;(4)提取细胞核将处理好的样品分两管,4℃,4000转/min,离心20分钟;去上清,1ml核核裂解液重悬沉淀,转移至1.5ml离心管,4℃,4000转/min,离心20分钟;可再洗一次沉淀,直至沉淀颜色较白;(5)酶切沉淀用1ml的酶解缓冲液悬浮,加0.1UM Nase核酸酶,37℃反应10分钟,加20μl 的0.5M、pH 8.0 EDTA终止反应;(6)电泳回收条带12000g 离心10分钟 ...
【技术特征摘要】
1.一种菠萝染色体二级结构的样品制备方法,其特征在于:所述方法包括如下步骤:(1)溶液的配制:核裂解液含有:0.25M蔗糖,pH6.8PIPES15mM,5mMMgCl2,60mMKCl,15mMNaCl,1mMCaCl2,0.9wt.%TritonX-100,用前加100ulcocktail和1mMPMSF;酶解缓冲液含有:10wt.%蔗糖,pH7.550mMTris-HCl,4mMMgCl2,1mMCaCl2;(2)材料的获得:取菠萝嫩的叶片研磨达成细粉末状;(3)样品处理将研磨好的菠萝叶片粉末转移至50ml离心管,加入核裂解液,至40ml;4℃处理30分钟;(4)提取细胞核将处理好的样品分两管,4℃,4000转/min,离心20...
【专利技术属性】
技术研发人员:秦源,赵丽华,蔡汉阳,侯志敏,张曼,陈票娟,
申请(专利权)人:福建农林大学,
类型:发明
国别省市:福建,35
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