本发明专利技术公开了一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用。一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，由SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物组成。用五个辣椒栽培种材料的基因组DNA以本发明专利技术引物进行PCR扩增，可快速准确的区分5个辣椒栽培种，可以对5个辣椒栽培种进行区分并用于鉴定五个栽培种的种间杂交种。
【技术实现步骤摘要】
一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用
本专利技术属于农业生物技术工程领域，涉及一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用。
技术介绍
辣椒属于茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)植物，相当长一段时间内，辣椒都没有具体的、标准的分类细则，给国际交流、国际育种和种质资源的共享带来了很多阻碍。1753年，Linne首次将辣椒分为一年生椒(CapsicumannuumL.)与灌木状辣椒(CapsicumfrutescensL.)两大类。1898年，Irish在Linne分类的基础上将一年生辣椒分为7个变种：长形椒Var.longum(D.C)Sendt、朝天椒Var.conoides(Mill)Irish、簇生椒Var.fasciculatum(sturt)Irish、线形椒Var.acuminatumFingern、圆形椒Var.grossumL.Sendt、圆锥椒Var.abberviatumFingern、樱桃椒Var.cerasiforme(Mill)Irish。1923年，Bailey认为Linne所划分的灌木状椒与一年生椒划应为同一个种，采用C.frutescensL为种名，其下可分为五个变种：樱桃椒var.cerasiformeBailey、圆锥椒var.conoidesBailey、长辣椒var.longumBailey、灯笼椒var.grossumBailey、簇生椒var.fasciculatumBailey。此外，还有斯密斯(SmithandHeiser，1951-1953)分类，费洛夫(А.Й.ФЙJIОВ,1956)分类，加佐布希(В.JI.Газебущ,1958)分类。国际植物遗传资源委员会(IBPGR，1983)将辣椒划分32个种，包括栽培种、已被开发利用的其他种和未被人们利用的野生资源。以辣椒的形态特征为依据确定了辣椒的五个栽培种：一年生辣椒(CapsicumannuumL.)、中国辣椒(CapsicumchinenseJacq.)、灌木状辣椒(CapsicumfrutescensL.)、下垂辣椒(CapsicumbaccatumL.)、柔毛辣椒(CapsicumpubesensRuiz&Pavon)。目前，不同分类在各个国家仍有采用，但是为了便于学术交流和国际合作，各个国家开始逐步统一采用IBPGR的分类。传统的植物分类都是以植物的形态特征为依据，即根据茎、叶、花、果实等器官的特征进行分类。虽然形态学方法简单直观，但易受环境的影响，可重复性不高。分子标记的稳定性好、信息量大、分析效率高、遗传多态性高，具有广泛的应用基础。插入/缺失多态性(insertion/deletion,InDel)是由于等位基因位点处的DNA序列在不同个体间发生了核苷酸片段的插入/缺失而产生的长度多态性变异。在整个基因组中，Indel标记的多态性频率仅次于SNP标记，远高于SSR标记。InDel标记多态性可通过聚合酶链式反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳或非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等简单的步骤达到基因分型的目的。InDel标记为共显性标记已广泛应用于高分辨率图谱构建、关联分析、基因定位和种质资源多态性分析等领域。本专利技术采用一个Indel标记即可区分辣椒的五个栽培种，在辣椒栽培种的区分和种间杂交种的鉴定等研究方面具有重大应用价值。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物。本专利技术的另一目的是提供该Indel标记引物在区分五个辣椒栽培种中的应用。一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，由SEQIDNO.1所示的正向引物和SEQIDNO.2所示的反向引物组成。本专利技术所述的Indel标记引物在区分五个辣椒栽培种中的应用。一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记方法，包括以提取的辣椒基因组DNA为模板，利用权利要求1所述的Indel标记引物进行PCR扩增，对PCR扩展产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果有100bp和91bp的分子标记谱带，则为一年生辣椒(CapsicumannuumL.)；如果有97bp和91bp的分子标记谱带，则为灌木状辣椒(CapsicumfrutescensL.)；如果有98bp和91bp的分子标记谱带，则为中国辣椒(CapsicumchinenseJacq.)；如果有94bp和91bp的分子标记谱带，则为下垂辣椒(CapsicumbaccatumL.)；如果只有100bp的分子标记谱带，则为柔毛辣椒(CapsicumpubesensRuiz&Pavon)。其中，PCR反应体系：50ng/μl的DNA模板0.5μl；10μmol/L的引物对0.5μl；10×PCRbuffer1.0μl；25mmol/LMgCl21.0μl；10mmol/LdNTPs0.25μl；5U/μlTaqDNAPolymerase0.1μl；ddH2O6.65μl；或者采用50ng/μl的DNA模板0.5μl；10μmol/L的引物对0.5μl；2×GreenMasterMix5μl；ddH2O3μl；反应程序：94℃预变性3min；每个循环94℃变性20sec，55℃退火30sec，72℃延伸40sec，共30个循环；最后72℃延伸7min有益效果本专利技术的优点在于：本专利技术利用一个Indel标记引物可快速准确的区分5个辣椒栽培种，可以对5个辣椒栽培种进行区分并用于鉴定五个栽培种的种间杂交种。所用Indel标记引物操作方便、带型简单，且1个标记即可区分5个辣椒栽培种及其种间杂交种，在新种质的分类和杂交种的鉴定方面极大的节省了人力、物力和财力。附图说明图1Indel标记Indel-2-3b-22在5个栽培种材料中的扩增结果M:Maeker；1和2：Capsicumannuum种材料；3和4：Capsicumfrutescens种材料；5和6：CapsicumChinese种材料；7和8：Capsicumbaccatum种材料；9和10：CapsicumPubescens种材料。图2Indel标记Indel-2-3b-22在58份栽培种材料中的扩增结果M:Maeker；01～10：Capsicumannuum种材料；11～21：Capsicumfrutescens种材料；22～39：CapsicumChinese种材料；40～53：Capsicumbaccatum种材料；54～58：CapsicumPubescens种材料。具体实施方式：实施例11.供试材料重测序的两份材料包括：高代自交系材料G29，属于Capsicumannuum，来源于江苏省农业科学院蔬菜研究所；PBC688，属于Capsicumfrutescens，引种自亚洲蔬菜中心。用于验证标记准确性的58份辣椒材料，全部来源于国际植物种质中心(NationalPlantGermplasmSystem，NPGS)分别属于5个辣椒栽培种，其中序号1和9为PI194881分离出的2个纯合株系，26、27和28为PI241668分离出的3个纯合株系；详情见表1。表1.用于验证标记准确性的58份材料2.Indel标记开发利用重测序数据与参考基因组进行比对查找InDel位点。参考基本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，其特征在于有SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物组成。
【技术特征摘要】
1.一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，其特征在于有SEQIDNO.1所示的正向引物和SEQIDNO.2所示的反向引物组成。2.权利要求1所述的Indel标记在区分五个辣椒栽培种中的应用。3.一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记方法，其特征在于包括以提取的辣椒基因组DNA为模板，利用权利要求1所述的Indel标记引物进行PCR扩增，对PCR扩展产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果有100bp和91bp的分子标记谱带，则为一年生辣椒(CapsicumannuumL.)；如果有97bp和91bp的分子标记谱带，则为灌木状辣椒(CapsicumfrutescensL.)；如果有98bp和91bp的分子标记谱带，则为中国辣椒(CapsicumchinenseJacq.)；如果有94bp和91bp的分子标记谱带，则为下垂辣椒(Capsicumbaccatum...
【专利技术属性】
技术研发人员：郭广君，王述彬，潘宝贵，刁卫平，戈伟，刘金兵，高长洲，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：江苏,32
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