【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基因表达的调节与蛋白质表达失调的筛选交叉引用本申请要求于2015年10月9日提交的英国专利申请第1517937.7号以及于2016年8月31日提交的英国专利申请第1614744.9号的权益，其每个通过引用整体并入本文。
技术介绍
ATM蛋白属于PI3/PI4-激酶家族，参与神经系统和免疫系统的发育。ATM蛋白激酶在DNA损伤时被激活并随后协调DNA修复机制。
技术实现思路
在某些实施方案中，本文描述了筛选对功能性ATM蛋白质缺陷和相关病症易感的个体的方法，选择用于治疗的个体的方法，用于治疗或预防与功能性ATM蛋白质缺陷相关的病症的方法，修饰对DNA损伤放疗和化疗的细胞易感性的方法，治疗癌症的方法以及相关的组合物和试剂盒。在某些实施方案中，本文公开了筛选对功能性ATM蛋白质缺陷易感的个体的方法，其中所述筛选包括确定位于相对于人基因组的NSE(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的3'剪接位点的位置-3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在，其中非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在表明所述个体具有功能性ATM蛋白质缺陷或对其易感。在一些实施方案中，NSE包含序列tctac...
【技术保护点】
1.一种筛选对功能性ATM蛋白质缺陷易感的个体的方法，其中所述筛选包括确定位于相对于人个体基因组的NSE(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的3'剪接位点的位置‑3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在，其中所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在表明所述个体具有功能性ATM蛋白质缺陷或对功能性ATM蛋白质缺陷易感。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.10.09 GB 1517937.7;2016.08.31 GB 1614744.91.一种筛选对功能性ATM蛋白质缺陷易感的个体的方法，其中所述筛选包括确定位于相对于人个体基因组的NSE(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的3'剪接位点的位置-3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在，其中所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在表明所述个体具有功能性ATM蛋白质缺陷或对功能性ATM蛋白质缺陷易感。2.一种选择个体进行治疗的方法，其中所述个体对功能性ATM蛋白质缺陷易感，所述方法包括确定位于相对于人个体基因组的NSE(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的3'剪接位点的位置-3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在，其中所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在表明所述个体具有功能性ATM蛋白质缺陷或对功能性ATM蛋白质缺陷易感，以及选择所述个体用药剂进行治疗，由此增加所述个体的功能性-ATM水平。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述方法进一步包括将所述药剂施用至所选择的个体，由此治疗所述个体。4.根据权利要求2或3所述的方法，其中所述药剂包含NSE阻遏剂。5.一种治疗或预防个体中功能性ATM蛋白质缺陷的方法，所述方法包括鉴定位于相对于人个体基因组的NSE的3'剪接位点(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的位置-3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在，其中非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在表明所述个体具有功能性ATM蛋白质缺陷或对功能性ATM蛋白质缺陷易感，以及将药剂施用于所述个体，其中所述药剂增加功能性ATM水平。6.一种治疗或预防与功能性ATM蛋白质缺陷相关的病症的方法，包括向个体施用NSE阻遏剂，由此增加功能性ATM蛋白质水平，其中所述药剂结合前体-mRNA转录物的ATM内含子28中的NSE，由此减少在前体mRNA转录物的成熟RNA转录物中包含的NSE。7.根据权利要求6所述的方法，其中减少在所述成熟RNA转录物中包含的所述NSE增加功能性ATM蛋白质的表达。8.根据权利要求5至7中任一项所述的方法，其中所述方法用于治疗或预防与功能性ATM蛋白质缺陷相关的一种或多种症状。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述病症是共济失调-毛细血管扩张症、癌症、免疫缺陷、细胞放射敏感性或染色体不稳定性。10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述NSE包含含有tctacaggttggctgcatagaagaaaaag的序列。11.根据权利要求4至10中任一项所述的方法，其中所述NSE阻遏剂结合包含以下的序列内的NSE：agTCTACAGGTTGGCTGCATAGAAGAAAAAGgtagag；或tcttagTCTACAGGTTGGCTGCATAGAAGAAAAAGgtagag；或tctcagTCTACAGGTTGGCTGCATAGAAGAAAAAGgtagag。12.根据权利要求4至10中任一项所述的方法，其中所述NSE阻遏剂结合所述NSE或与所述NSE的ATM内含子28中的s5'或3'剪接位点结合。13.一种治疗或预防个体中与ATM表达失调有关的病症的方法，其包括向所述个体施用NSE激活剂，其中所述NSE激活剂通过结合ATM内含子28中的调控基序或通过结合位于ATM前体mRNA转录物的ATM内含子28中的NSE的3'处的假外显子上游的U2AF65结合位点而增加在ATM成熟RNA转录物中包含的NSE。14.一种治疗或预防个体中癌症的方法，其包括向所述个体施用NSE激活剂，其中所述NSE激活剂增加癌细胞对DNA损伤剂的细胞毒性疗法如放疗的易感性，其中所述NSE激活剂通过结合ATM内含子28中的调控基序或通过结合位于ATM前体mRNA转录物的ATM内含子28中的NSE的3'处的假外显子上游的U2AF65结合位点而增加在ATM成熟RNA转录物中包含的NSE，和用所述细胞毒性疗法如放疗或化疗来治疗所述个体。15.一种增加对DNA损伤剂的细胞毒性疗法如放疗或化疗的细胞易感性的方法，其包括通过施用NSE激活剂而减少ATM蛋白的表达，其中所述NSE激活剂通过结合ATM内含子28中的基序或通过结合位于ATM前体mRNA转录物的ATM内含子28中的NSE的3'处的假外显子上游的U2AF65结合位点而增加在ATM成熟RNA转录物中包含的NSE。16.根据权利要求13至15中任一项所述的方法，其中增加在所述成熟RNA转录物中包含的所述NSE提供功能性ATM蛋白质表达的降低。17.根据权利要求13至16中任一项所述的方法，其中所述假外显子包含序列tcatcgaatacttttggaaataag。18.根据权利要求13至17中任一项所述的方法，其中所述ATM内含子28中的调控基序与所述NSE竞争剪接体组分。19.根据权利要求13至18中任一项的方法，其中所述ATM内含子28中的调控基序包含位于所述前体mRNA转录物的ATM内含子28中的所述NSE的3'处的24个核苷酸的假外显子(PE)。20.一种裁剪个体、细胞或组织中功能性ATM表达的方法，包括施用本文所述的NSE激活剂和/或NSE阻遏剂。21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述NSE阻遏剂和/或NSE激活剂包含多核酸聚合物。22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述NSE阻遏剂和/或NSE激活剂是SSO(剪接转换寡核苷酸)。23.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述NSE阻遏剂和/或NSE激活剂与适于将所述NSE阻遏剂和/或NSE激活剂递送至细胞的递送载体结合。24.根据权利要求4至12或20至23中任一项所述的方法，其中所述NSE阻遏剂包含：序列cuucuaugcagccaaccuguagacu的SSO(SSO-NSE3)或其核酸类似物；或者序列accuuuuucuucuaugcagccaac的SSO(SSO-NSE5)或其核酸类似物；和/或所述NSE阻遏剂包含或由选自下组的任何一种SSO组成：aacauuucuauuuaguuaaaagc(SSOA11)；uuaguauuccuugacuuua(SSOA17)；gacugguaaauaauaaacauaauuc(SSOB2)；auauauuagagauacaucagcc(SSOB4)；和uuagagaaucauuuuaaauaagac(SSOAN3)或其组合。25.根据权利要求13至19中任一项所述的方法，其中所述NSE激活剂包含SSOPEkr/PEdel；和/或所述NSE激活剂包含或由选自下组的任何一种SSO组成：aacuuaaagguuauaucuc(SSOA2)；uauaaauacgaauaaaucga(SSOA4)；caacacgacauaaccaaa(SSOA9)；gguaugagaacuauagga(SSOA23)；gguaauaagugucacaaa(SSOA25)；guaucauacauuauagag(SSOA26)；和uguggggugaccacagcuu(SSOB11)，或其组合。26.rs609261和/或rs4988000基因分型用于预测个体对与ATM失调相关病症的治疗的反应的用途。27.组合物，包含本文所述的NSE阻遏剂和/或NSE激活剂。28.根据权利要求27所述的组合物，其中所述组合物是药学上可接受的制剂。29.一种治疗或预防个体中功能性ATM蛋白质缺陷的方法，所述方法包括鉴定位于相对于人个体基因组的NSE(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的3'剪接位点的位置-3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在，其中所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261的存在表明所述个体具有功能性-ATM蛋白质缺陷或对功能性ATM蛋白质缺陷易感，以及向个体施用药剂，其中所述药剂用胸腺嘧啶残基替换所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261。30.一种治疗或预防个体中功能性ATM蛋白质缺陷的方法，所述方法包括用胸腺嘧啶残基替换位于相对于人个体基因组的NSE(ATM内含子28中的隐蔽外显子)的3'剪接位点的位置-3处的非胸腺嘧啶变体残基rs609261。31.根据权利要求29或30所述的方法，其中替换所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261包括向所述个体施用药剂，所述药剂被布置成用胸腺嘧啶残基替换所述非胸腺嘧啶变体残基rs609261。32.根据权利要求29至31中任一项所述的方法，其中用于替换所述非胸腺嘧啶残基的所述药剂是基因组编辑分子。33.根据权利要求29至32中任一项所述的方法，其中用于替换所述非胸腺嘧啶残基的所述药剂是CRISPR-Cas9或其功能等同物，以及靶向rs609261的RNA分子。34.一种治疗或预防个体中功能性ATM蛋白质缺陷的方法，所述方法包括鉴定人个体基因组的rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在，其中所述rs4988000处的鸟嘌呤变体残基的存在表明所述个体具有功能-ATM蛋白质缺陷或对功能-ATM蛋白质缺陷易感，以及向所述个体施用药剂，其中所述药剂用腺嘌呤替换rs4988000处的鸟嘌呤变体残基。35.一种治疗或预防个体中功能性ATM蛋白质缺陷的方法，所述方法包括用腺嘌呤残基替换人个体基因组的rs4988000处的鸟嘌呤变体残基或通过将SSO与所述rs4988000处的鸟嘌呤变体残基结合以阻断所述rs4988000处的鸟嘌呤变体残基。36.根据权利要求34或35所述的方法，其中替换所述rs4988000处的鸟嘌呤变体残基包括向所述个体施用药剂，所述药剂被布置以用腺嘌呤残基替换所述rs4988000处的鸟嘌呤变体残基。37.根据权利要求34至36中任一项所述的方法，其中用于替换所述鸟嘌呤残基的所述药剂为基因组编辑分子。38.根据权利要求31至34中任一项所述的方法，其中用于替换所述鸟嘌呤残基的所述药剂是CRISPR-Cas9或其功能等同物，以及靶向rs4988000的RNA分子。39.一种筛选对功能性ATM蛋白质缺陷易感的个体或个体群体的方法，其中所述筛选包括确定人个体基因组的rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在，其中所述在rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在表明所述个体(或个体组)具有功能性-ATM蛋白质缺陷或对功能性-ATM蛋白质缺陷易感。40.一种选择个体或个体群体进行治疗或预防的方法，其中所述个体对于功能性ATM蛋白质缺陷易感，所述方法包括确定人个体基因组的rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在，其中所述在rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在表明所述个体具有功能性ATM蛋白质缺陷或对功能性ATM蛋白质缺陷易感，以及选择所述个体用增加所述个体中功能性ATM水平的药剂治疗。41.一种治疗或预防个体中功能性ATM蛋白质缺陷的方法，所述方法包括鉴定人个体基因组的rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在，其中所述rs4988000处鸟嘌呤变体残基的存在表明所述个体具有功能-ATM蛋白质缺陷或对功能-ATM蛋白质缺陷易感，以及向所述个体施用药剂，其中所述药剂增加功能性-ATM水平。42.根据权利要求29-33中任一项以及权利要求34-38中任一项所述的方法，其联合将CG单倍型修饰为TA。43.根据权利要求1和权利要求36的方法，其联合鉴定个体中的CG单倍型，并且任选地根据前述权利要求中任一项治疗或选择待治疗的个体。44.一种修饰成熟RNA转录物中包含的NSE调节的方法，所述方法包括插入或剔除与所述NSE竞争剪接体组分的所述NSE的上游或下游的一个或多个剪接调控基序，所述一个或多个剪接调控基序包含隐蔽剪接位点或假外显子。45.一种修饰功能性蛋白质表达调节的方法，其中通过在编码功能性蛋白质的基因的成熟RNA转录物中包含NSE来调节所述功能性蛋白质的表达，所述方法包括插入或剔除与所述NSE竞争剪接体组分的所述NSE的上游或下游的一个或多个剪接调控基序，所述一个或多个剪接调控基序包含隐蔽剪接位点或假外显子。46.根据权利要求44或45所述的方法，其中所述一个或多个剪接调控基序的插入或剔除位于ATM内含子28的基因组DNA中。47.根据权利要求44至46中任一项所述的方法，其中所述一个或多个剪接调控基序的插入引起在成熟RNA转录物中包含的NSE减少。48.根据权利要求44至46中任一项所述的方法，其中所述一个或多个剪接调控基序的剔除引起在成熟RNA转录物中包含的NSE增加。49.根据权利要求44至48中任一项所述的方法，其中所述一个或多个剪接调控基序的插入或剔除包括使用基因组编辑技术，例如CRISPR-Cas9。50.试剂盒，包含一个或多个用于鉴定rs609261和/或rs4988000变体的寡核苷酸探针。51.根据权利要求50所述的试剂盒，其中所述一个或多个寡核苷酸探针是用于PCR扩增包含所述rs609261和/或rs4988000变体的核酸区域的引物。52.载体，包含编码NSE激活剂和/或NSE阻遏剂的核酸。53.一种筛选能够修饰基因表达调节的药剂的方法，包括：鉴定限制功能性基因表达的无义介导的RNA衰变转换外显子(NSE)；鉴定与所述NSE竞争剪接体组分的所述NSE的上游或下游的一个或多个剪接调控基序，所述一个或多个剪接调控基序包含隐蔽剪接位点或假外显子；用反义多核酸靶向所述一个或多个剪接调控基序，所述反义多核酸包含通过沃森-克里克碱基配对与所述一个或多个剪接调控基序的剪接调控基序杂交的序列；和确定在所述基因的成熟RNA转录物中包含的所述NSE是否增加或减少。54.一种调节基因表达的方法，包括提供与剪接调控基序结合的药剂，所述剪接调控基序例如隐蔽剪接位点或假外显子，其与无义介导的RNA衰变转换外显子(NSE)竞争剪接体组分。55.药剂，其结合基因剪接调控基序，例如隐蔽剪接位点或假外显子，所述基因剪接调控基序与无义介导的RNA衰变转换外显子(NSE)竞争剪接体组分，其中所述基因剪接调控基序控制所述基因的成熟RNA转录物中包含的NSE。56.基本上如本文描述的方法、用途、组合物、载体或药剂，任选地参考附图。57.一种调节蛋白质表达的方法，包括：a)使分离的多核酸聚合物与个体的靶细胞接触；b)将所述接触的多核苷酸聚合物与预处理的mRNA转录物上的目标基序杂交，其中所述接触的多核苷酸聚合物与所述目标基序的杂交促进或抑制无义介导的RNA衰变转换外显子(NSE)的激活；c)加工所述预处理的mRNA转录物的mRNA转录物，其中所述NSE在所述mRNA转录物中存在或不存在；和d)翻译步骤c)的所述加工的mRNA转录物，其中所述NSE的存在或不存在调节蛋白质的表达。58.根据权利要求57所述的方法，其中所述蛋白质由所述加工的mRNA转录物表达。59.根据权利要求57所述的方法，其中所述NSE的存在下调蛋白质的表达。60.根据权利要求57所述的方法，其中所述NSE的不存在上调蛋白质的表达。61.根据权利要求57所述的方法，其中所述多核酸聚合物与ATM内含子28内的基序杂交。62.根据权利要求61所述的方法，其中所述基序是与所述NSE竞争剪接体组分的剪接调控基序。63.根据权利要求62所述的方法，其中所述剪接调控基序包含隐蔽剪接位点或假外显子。64.根据权利要求63所述的方法，其中所述假外显子是位于所述前体mRNA转录物的ATM内含子28中的NSE的3'处的24个核苷酸的假外显子。65.根据权利要求62所述的方法，其中所述基序是U2AF65结合位点。66.根据权利要求62所述的方法，其中所述基序是转座元件内、转座元件上游或转座元件下游的基序。67.根据权利要求66所述的方法，其中所述转座元件是Alu或MER51。68.根据权利要求67所述的方法，其中所述分离的多核酸聚合物与Alu内...
【专利技术属性】
技术研发人员：I·沃瑞乔维斯基，J·克拉罗维科瓦，
申请(专利权)人：南安普敦大学，
类型：发明
国别省市：英国,GB
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