代表性诊断制造技术

本公开文本总体上涉及使用用以使完整的样品或其大部分均质化的机械和/或生化解离方法从临床样品例如肿瘤(全部或部分)、淋巴结、转移瘤、囊肿、息肉、或者其组合或部分制备代表性样品。尽管该样品内存在空间异质性，所得均质物提供了获得正确代表性样品的能力，增加了低流行率亚克隆的检测可能性，并且适用于各种诊断测定以及生产治疗剂，尤其是“个性化”抗肿瘤疫苗或基于免疫细胞的疗法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】代表性诊断相关申请的交叉引用本申请要求于2016年11月4日提交的美国临时申请序列号62/418,146；于2016年6月24日提交的美国临时申请序列号62/354,622；于2016年1月15日提交的美国临时申请序列号62/279,405以及于2015年11月6日提交的美国临时申请序列号62/252,153的申请日的权益，将它们的公开内容通过引用以其全文特此并入。
本公开文本总体上涉及开发一种用于生成代表性组织样品(例如，整个器官、肿瘤、淋巴结、转移瘤或其组合)以解决临床样品(尤其用于临床肿瘤学中的样品)中组织异质性问题的方法。更具体地说，本公开文本涉及将机械、化学和/或生化(例如酶促)解离方法应用于完整的经固定的(或经保存的)组织样品(例如，整个器官、肿瘤、淋巴结、发生病灶转移的组织或任何前述项的组合)，以建立提供获得正确代表性样品的能力的同质样品，这样尽管该组织(例如，肿瘤)内存在空间异质性，但增加了较小亚克隆群体和/或低流行率事件的检测可能性。代表性组织样品(例如，肿瘤样品)适用于各种诊断测定。具体地，这些代表性肿瘤样品及其部分可用在评估癌症预后(例如，肿瘤分期)的测定方法中以及适当治疗方案的选择和设计中。代表性组织样品，例如肿瘤样品及其部分，可以用作治疗剂或用以生成治疗剂，例如用作疫苗或在制造癌症疫苗中或基于免疫细胞的疗法中使用，因为该代表性样品含有由一种或多种给定肿瘤表达的各种各样的抗原。
技术介绍
用于肿瘤内科中所有诊断测试的肿瘤采样技术植根于19世纪后期解剖病理学和肿瘤外科的共同演化。在1842年发现基于醚的麻醉和在1867年专利技术消毒手术技术之前，病理学样品通常是从尸体解剖获取。在手术技术的这两项重大进展之前，由病理学家获得的组织样品通常来自因休克或此后不久因感染而在手术台上死亡的患者。因此，手术的高死亡率使得病理学家不能将肿瘤结构的解剖学和显微表征与患者存活统计关联起来。麻醉和消毒技术的影响使手术存活患者的数量立即剧增，并导致复杂手术程序的数量大幅增加。手术室中的上述进展与1869年石蜡包埋组织的出现以及1893年开始的福尔马林固定的广泛应用相吻合。有了这两项创新，解剖病理学家具有了对组织架构和显微形态的前所未有的明晰。在20世纪初期开始，就有了将组织架构和形态学的不同模式与特定肿瘤类型联系起来的见解。随着时间的推移，解剖病理学家和外科肿瘤学家能够将相同肿瘤类型中的这些特定解剖学和显微特征与总体存活率的差异联系起来。在20世纪50年代初期，肿瘤的组织学特征与患者预后之间的相关性最终被编入TNM分期系统。TNM分期系统旨在通过评价肿瘤的形态学方面(T)、肿瘤细胞扩散到区域淋巴结的程度(N)以及肿瘤是否已经转移到远处器官(M)来确定癌症患者的预后。TNM分期分析的“T”部分所需的信息要求在肿瘤和周围正常组织的界面处取少量(典型地3-5个)极小的肿瘤样品。样品应该是一致的尺寸(约20x20x3毫米)，以使得能够进行适当的福尔马林固定和石蜡包埋。将福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)样品的四微米切片用切片机切下并置于载玻片上，由病理学家检查。大多数病理学实验室将具有能够进行肿瘤的TNM分期的基本仪器：塑料组织盒、福尔马林固定缓冲液、用以进行脱水并将组织包埋于石蜡中的组织加工器、用以切割薄切片(通常为4微米厚)的切片机和上面放置组织切片的载玻片。TNM分期系统在1987年成为国际公认的癌症分期方法，并且现在由美国癌症联合委员会(AJCC)和国际抗癌联盟(UICC)管理。AJCC和UICC以及美国病理学家协会(CAP)审查并定期更新全球TNM分期标准指南。作为到TNM量规中的输入的组织学和解剖学特征取决于外科病理学家获取全球一致的组织样品。因此，基于19世纪后期开发的技术和方法，在肿瘤内科中已经固定了TNM分期系统所需的采样技术。获得用于TNM肿瘤分期的“正确”组织样品是外科病理学的主要目标，多个教材描述并说明外科病理学家如何解决手术样品的事实证明了这一点。通常，采取的切片最能展现大体检查中看到的特征。这些教材中的许多阐述了来自公认的医疗机构的AJCC、UICC和CAP批准的程序，并且含有详细描述待采样的肿瘤的确切部分的图示(参见图1A-1C)。这些教材的目标是培训全世界的外科病理学家以一致和可重复的方式取得切除的实体瘤的特定区域，以避免随机采样。参见例如SurgicalPathologyDissection:AnIllustratedGuide，第二版第29页陈述：“Thekeytoanapproachthatisbotheconomicalandthoroughisselectivesampling.Selectivesamplingisastrategicapproachwhichattemptstomaximizetheinformationthatcanbeobtainedfromagiventissuesection.Asopposedtorandomandindiscriminantsamplingofaspecimen,tissuesamplingthatisselectiveincreasestheinformationthatcanbeobtainedhistologically,anditrequiresfewersectionstodoso[既经济又透彻的途径的关键是选择性采样。选择性采样是试图使可以从给定组织切片获得的信息最大化的战略途径。与对样本的随机无区分采样相反，选择性的组织采样增加了可以在组织学上获得的信息并且需要更少的切片实现此目的]”。这些参考文献规定，实体瘤的特定区域应以一致且可重复的方式收集以辅助TNM分期。通常，所有诊断测试都使用最高等级的切片，并且剩余的样品将被丢弃。在从肿瘤采样的增加中不能获得进一步的信息时，外科病理学家被教导避免增加从手术样本取得的样品总数。不存在这样的认知，即在未采样的残余肿瘤内可获得更多的诊断信息。肿瘤向局部引流淋巴结的转移是预后的重要指标(即预后TNM分期系统的“N”)。区域淋巴结内肿瘤细胞的存在可能是关于患者是否接受辅助化疗的决定性因素。常规地，在手术移除和显微镜检查FFPE组织的单个薄切片后，在淋巴结中检测到肿瘤细胞。淋巴结转移性生长可以填充整个器官，或可以是微观的，只含少量癌细胞。可能会漏掉淋巴结中小的转移性生长，因为只检查切除的淋巴结的单个薄切片是否存在转移性肿瘤。基于淋巴结上的尺寸，单个FFPE组织切片可能只含有切除淋巴节总体积的零点几个百分点。在未采样的淋巴结区域中生长的转移性肿瘤不会被鉴定，从而导致假阴性分析。这可能导致患者接受不太积极的治疗方案，而不是患有局部晚期癌症(即淋巴结转移瘤，N阳性)的个体所需的治疗方案。在从切除的肿瘤材料中切除肿瘤样品后，由病理科完成病例报告并提交给肿瘤学家，并计算TNM分期。然后根据1996年健康保险流通与责任法案(HIPAA)的要求，通常通过焚烧破坏含有未用于TNM分期的残余肿瘤组织的剩余手术材料。然而，CAP建议将所有石蜡块和切割的载玻片保持10年。存在全球性系统，其中所有衍生自实体瘤的诊断信息都基于肿瘤本身的少数部分。参见例如DePetris,Proteom本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于制备用来分析的代表性样品的方法，其包括：a)从至少一个受试者获得手术切除组织样品；并且b)将该手术切除组织样品均质化以获得均质化样品。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.11.06 US 62/252,153;2016.01.15 US 62/279,405;1.一种用于制备用来分析的代表性样品的方法，其包括：a)从至少一个受试者获得手术切除组织样品；并且b)将该手术切除组织样品均质化以获得均质化样品。2.权利要求1的方法，其进一步包括固定该手术切除组织样品的至少部分。3.权利要求1的方法，其进一步包括加工该手术切除样品的第一部分并且生成一个或多个固定的包埋组织块。4.权利要求3的方法，其进一步包括将剩余的手术组织切除样品的第二部分均质化。5.权利要求3或4的方法，其进一步包括通过显微切片术加工该一个或多个固定的包埋组织块的至少部分以产生一个或多个组织薄切片用于形态分析。6.权利要求5的方法，其进一步包括将该一个或多个固定的包埋组织块中的至少一个脱石蜡，并将来自该一个或多个脱石蜡的固定包埋组织块的组织均质化。7.权利要求1的方法，其中该手术切除组织样品包括一个或多个单独的组织片。8.权利要求7的方法，其中该一个或多个单独的组织片包括为获得该手术切除样品从受试者切除的一个或多个原发实体瘤组织团块的至少部分。9.权利要求8的方法，其中该一个或多个单独的组织片包括从该受试者切除的一个或多个淋巴结的至少部分。10.权利要求7、8或9的方法，其进一步包括将该单独的组织片的至少部分单独均质化以产生单独的均质化样品。11.权利要求1的方法，其中该手术切除组织样品包括单个组织团块。12.权利要求11的方法，其中该单个组织团块被进一步分成该单个组织团块的两片或更多片。13.权利要求12的方法，其进一步包括使该单个组织团块的该两片或更多片中的至少一片均质化并保留该单个组织团块剩余的两片或更多片中的至少一片。14.权利要求1的方法，其中该均质化包括物理分离。15.权利要求14的方法，其中该物理分离是通过切割、划切或切碎来进行。16.权利要求1的方法，其中该均质化包括机械解离。17.权利要求16的方法，其中该机械解离是通过共混或榨汁进行。18.权利要求1的方法，其中该均质化是通过生化解离进行19.权利要求18的方法，其中该生化解离是通过蛋白酶进行。20.权利要求1的方法，其进一步包括从该均质物的至少部分中纯化一种或多种生物分子。21.权利要求20的方法，其中该一种或多种生物分子选自下组，该组由以下各项组成：DNA、RNA、蛋白质、脂质和代谢物。22.权利要求21的方法，其进一步包括对该一种或多种生物分子进行分析。23.权利要求22的方法，其中对该一种或多种生物分子进行该分析是通过PCR、质谱法、新一代测序、或ELISA进行。24.权利要求22的方法，其中该分析产生至少一个数据集。25.权利要求1的方法，其进一步包括将该均质化样品的至少部分包埋在石蜡中。26.权利要求25的方法，其进一步包括制备该石蜡包埋的均质化样品的一个或多个薄切片。27.权利要求26的方法，其进一步包括对该石蜡包埋的均质化样品的薄切片进行组织学分析。28.权利要求27的方法，其中该组织学分析是通过H&E染色、IHC染色、ISH染色、以及FISH染色进行。29.权利要求27的方法，其中对该石蜡包埋的均质化样品的薄切片的该组织学分析由人解读。30.权利要求27的方法，其中对该石蜡包埋的均质化样品的薄切片的该组织学分析是通过自动化装置进行定量。31.权利要求29的方法，其中该解读产生至少一个数据集。32.权利要求30的方法，其中该定量产生至少一个数据集。33.权利要求1的方法，其进一步包括对该均质物的至少部分进行进一步加工以生成细胞碎片。34.权利要求32的方法，其中对该均质物的至少部分的该加工是通过物理方法、机械方法、化学方法、或酶促方法进行。35.权利要求33的方法，其中该细胞碎片选自下组，该组由以下各项组成：细胞核、细胞膜和细胞器。36.权利要求33的方法，其中该细胞碎片的至少部分被附着到至少一个载玻片上。37.权利要求36的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的该细胞碎片的该至少部分进行组织学分析。38.权利要求37的方法，其中该组织学分析是通过H&E染色、IHC染色、ISH染色、或FISH染色进行。39.权利要求36的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的该细胞碎片的至少部分的该组织学分析由人解读。40.权利要求36的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的该细胞碎片的至少部分的该组织学分析是通过自动化装置进行定量。41.权利要求39的方法，其中该解读产生至少一个数据集。42.权利要求40的方法，其中该定量产生至少一个数据集。43.权利要求33的方法，其中将该细胞碎片的至少部分通过流式细胞术、FACS、或粒子分析仪进行分析。44.权利要求43的方法，其中该分析产生数据集。45.权利要求33的方法，其进一步包括从该细胞碎片的至少部分中纯化至少一种细胞碎片。46.权利要求45的方法，其中该纯化是通过FACS、亲和纯化、尺寸排阻差速离心、过滤、或电泳进行。47.权利要求45的方法，其进一步包括由从该细胞碎片的至少部分中纯化的该至少一种细胞碎片中分离生物分子。48.权利要求47的方法，其进一步包括对来自从该细胞碎片的该至少部分中纯化的该至少一种细胞碎片的该生物分子进行分析。49.权利要求48的方法，其中该分析是PCR、质谱法、新一代测序、或ELISA。50.权利要求49的方法，其中该分析产生至少一个数据集。51.权利要求1的方法，其进一步包括对该均质物的至少部分进行进一步加工以生成至少一个解离细胞。52.权利要求51的方法，其中对该均质物的至少部分的该加工是物理加工、机械加工、化学加工、或酶促加工。53.权利要求51的方法，其中该至少一个解离细胞是正常细胞、癌细胞或细菌细胞。54.权利要求51的方法，其中将该至少一个解离细胞附着到至少一个载玻片上。55.权利要求54的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的该至少一个解离细胞进行组织学分析。56.权利要求55的方法，其中该组织学分析是H&E染色、IHC染色、ISH染色、或FISH染色。57.权利要求55的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的该至少一个解离细胞的该组织学分析由人解读。58.权利要求55的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的该至少一个解离细胞的该组织学分析是通过自动化装置进行定量。59.权利要求57的方法，其中该解读产生至少一个数据集。60.权利要求58的方法，其中该定量产生至少一个数据集。61.权利要求51的方法，其中对该至少一个解离细胞通过流式细胞术、FACS、或粒子分析仪进行分析。62.权利要求61的方法，其中该分析产生数据集。63.权利要求51的方法，其进一步包括从该至少一个解离细胞中纯化至少一个细胞。64.权利要求63的方法，其中该纯化是FACS、亲和纯化、尺寸排阻差速离心、过滤、或电泳。65.权利要求63的方法，其进一步包括由从该至少一个解离细胞中纯化的该至少一个细胞中分离生物分子。66.权利要求65的方法，其进一步包括对来自从该至少一个解离细胞中纯化的该至少一个细胞的该生物分子进行分析。67.权利要求66的方法，其中该分析是PCR、质谱法、新一代测序、或ELISA。68.权利要求67的方法，其中该分析产生至少一个数据集。69.权利要求63的方法，其中将从该至少一个解离细胞中纯化的该至少一个细胞附着到至少一个载玻片上。70.权利要求69的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的从该至少一个解离细胞中纯化的该至少一个细胞进行组织学分析。71.权利要求70的方法，其中该组织学分析是H&E染色、IHC染色、ISH染色、或FISH染色。72.权利要求70的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的从该至少一个解离细胞中纯化的该至少一个细胞的该组织学分析由人解读。73.权利要求70的方法，其中对附着到至少一个载玻片上的从该至少一个解离细胞中纯化的该至少一个细胞的该组织学分析是通过自动化装置进行定量。74.权利要求72的方法，其中该解读产生至少一个数据集。75.权利要求73的方法，其中该定量产生至少一个数据集。76.权利要求24、31、32、41、42、44、50、59、60、62、68、74和75中任一项的方法，其进一步包括对来自该至少一个受试者的该至少一个数据集进行分析。77.权利要求76的方法，其中该分析包括确定生物标记物多样性或表型多样性数据集。78.权利要求76的方法，其中该分析包括确定至少一种不同生物标记物或表型的流行率。79.权利要求76的方法，其中该分析包括确定至少一个临床决策。80.权利要求79的方法，其中该临床决策是确定疾病预后、预测疾病复发、预测疾病治疗靶标、纳入临床试验受试者、或针对至少一个受试者的治疗处理策略。81.一种由包括基本上均匀分布的细胞结构的异质组织样品衍生的加工均质物组合物，其中该均质物的每个子集中的细胞结构的比率基本上与该组织样品中的细胞结构的比率相似。82.权利要求81的均质物，其中该组织样品选自以下项的组：肿瘤、淋巴结、转移瘤、息肉、囊肿、切除物、器官、或其部分。83.权利要求81或82的均质物，其中该组织样品包括空间上分离的细胞结构。84.权利要求81-83中任一项的均质物，其中该细胞结构包括细胞簇、单个细胞、细胞碎片、细胞器、肽、核酸、脂质、代谢物、或其组合。85.权利要求81-84中任一项的均质物，其中该均质物包括高达25％的来自该组织样品的细胞结构。86.权利要求81-84中任一项的均质物，其中该均质物包括高达50％的来自该组织样品的细胞结构。87.权利要求81-84中任一项的均质物，其中该均质物包括高达75％的来自该组织样品的细胞结构。88.权利要求81-84中任一项的均质物，其中该均质物包括高达100％的来自该组织样品的细胞结构。89.权利要求81-84中任一项的均质物，其中该均质物包括100％的来自该组织样品的细胞结构。90.权利要求81的均质物，其中该组织样品包括非液体组织样品。91.权利要求81的均质物，其中该组织样品包括液体组织样品。92.权利要求91的均质物，其中该液体组织样品包括通过细胞学针抽吸物、渗出物样品、或巴氏涂片中的一种或多种分离的组织。93.权利要求81的均质物，其中该基本上同质的细胞结构包括多个单细胞或多个细胞簇。94.权利要求81-93中任一项的均质物，其中该细胞结构是从正常组织分离。95.权利要求81-93中任一项的均质物，其中该细胞结构是从表型正常或基因型正常的组织分离。96.权利要求81-93中任一项的均质物，其中该细胞结构是从异常组织分离。97.权利要求81-93中任一项的均质物，其中该细胞结构是从表型异常或基因型异常的组织分离。98.权利要求81-97中任一项的均质物，其中该组织样品包括干细胞、上皮细胞、血细胞、脂肪细胞、皮肤细胞、内皮细胞、肿瘤细胞、或免疫细胞。99.权利要求98的均质物，其中该肿瘤细胞衍生于选自以下项的组的癌组织：肺癌、白血病、乳腺癌、前列腺癌、结肠癌、脑癌、食管癌、头颈癌、膀胱癌、妇科癌症、卵巢癌、宫颈癌、脂肪肉瘤、黑素瘤、淋巴瘤、浆细胞瘤、肉瘤、神经胶质瘤、胸腺瘤、肝细胞瘤、以及骨髓瘤。100.权利要求98的均质物，其中该免疫细胞是选自以下项的组的细胞：嗜中性粒细胞、单核细胞、树突细胞、巨噬细胞、淋巴细胞、T细胞、B细胞、或自然杀伤细胞。101.权利要求81-100中任一项的均质物，其中该组织样品未被保存或固定。102.权利要求81-100中任一项的均质物，其中该组织样品包括活细胞。103.权利要求81-100中任一项的均质物，其中该组织样品被保存或固定。104.权利要求103的均质物，其中该被保存或固定的组织样品包括已经通过以下项的组中的方法进行冷冻或固定的样品：冷冻、冷冻干燥和蜡包埋。105.权利要求81-104中任一项的均质物，其中该异质组织样品是从一种或多种组织中分离。106.权利要求81-104中任一项的均质物，其中该组织样品是从一个受试者分离。107.权利要求81-106中任一项的均质物，其中该组织样品包括从两个或更多个受试者分离的组织。108.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者是遗传上同质的受试者。109.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者是表型上同质的受试者。110.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者是遗传上多样的受试者。111.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者是表型上多样的受试者。112.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者来自相同的性别。113.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者来自不同的性别。114.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者来自不同的族群。115.权利要求107的均质物，其中该两个或更多个受试者来自相同的族群。116.权利要求106-115中任一项的均质物，其中该受试者选自下组，该组由以下各项组成：动物、农场动物、宠物、人类受试者。117.权利要求81-116中任一项的均质物，其中该均质物进一步包括非人细胞、人细胞、非天然蛋白质、核酸、或小分子、染料、病毒、细菌、寄生虫、原生动物或化学物质中的一种或多种。118.权利要求117的组合物，其中该小分子包括半抗原、肽标签、蛋白质标签、荧光标签、核酸标签、及其组合。119.一种用于生成代表性数据的方法，其包括对权利要求81-118中任一项的均质物组合物进行分析。120.权利要求119的方法，其中该分析包括生成该均质物组合物中标记物的定量和/或定性数据。121.权利要求120的方法，其中该标记物包括DNA、蛋白质、RNA、脂质、细胞器、代谢物、或细胞。122.权利要求121的方法，其中该蛋白质包括修饰，所述修饰选自下组，该组由以下各项组成：乙酰化、ADP-核糖基化、酰化、ADP-核糖基化、酰胺化、共价附接黄素、共价附接血红素、共价附接核苷酸或核苷酸衍生物、共价附接脂质或脂质衍生物、共价附接磷脂酰肌醇、交联、环化、二硫键形成、脱甲基、形成共价交联、形成胱氨酸、形成焦谷氨酸、甲酰化、γ-羧化、糖基化、GPI锚形成、羟基化、碘化、甲基化、豆蔻酰化、氧化、蛋白水解加工、磷酸化、异戊烯化、外消旋化、硒化、硫酸化、精氨酰化、以及泛素化。123.权利要求120的方法，其中该标记物包括基因组多态性，药物基因组学单核苷酸多态性(SNP)，基因组SNP，体细胞多态性，以及蛋白质、脂质和/或细胞器的差异表达。124.权利要求120的方法，其中该标记物包括单个核苷酸位置；基因内区域或基因间区域；外显子或内含子、或其片段；编码区或非编码区；启动子、增强子、5'非翻译区(5'UTR)、或3'非翻译区(3'UTR)、或其片段；cDNA或其片段；SNP；体细胞突变、种系突变、或两者；点突变或单一突变；缺失突变；框内缺失、基因内缺失、全基因缺失；插入突变；基因内插入；倒位突变；染色体内倒位；连锁突变；连锁插入突变；反转重复突变；串联重复；染色体内串联重复；易位；染色体易位，非相互易位；重排；基因组重排；一个或多个内含子、或其片段的重排；重排的内含子；5'-或3'-UTR、或其组合。125.权利要求120的方法，其中与正常的健康组织或细胞相比，在癌组织或癌细胞中该标记物包括对改变的氨基酸序列进行编码的改变的核苷酸序列、染色体易位、染色体内倒位、拷贝数变化、表达水平变化、蛋白质水平变化、蛋白质活性变化、或甲基化状态变化。126.权利要求120-125中任一项的方法，其中通过单细胞测序、单核测序、流式细胞术、免疫组织化学染色、苏木精和伊红染色、全基因组测序、高通量测序、质谱法、DNA微阵列、或其组合对该标记物进行测量。127.权利要求119的方法，其中该组织样品包括选自以下项的组的样品：一种或多种恶变前或恶性细胞、来自实体瘤的细胞、软组织肿瘤或转移灶、来自手术边缘的组织或细胞、组织学正常组织、一种或多种循环肿瘤细胞(CTC)、正常邻近组织(NAT)、来自患肿瘤或处于患肿瘤风险的相同受试者的血液样品、或FFPE样品。128.权利要求119的方法，其中该代表性数据包括从单个标记物生成的定性和定量数据。129.权利要求119的方法，其中该代表性数据包括从两个或更多个不同标记物生成的定性和/或定量数据。130.权利要求39-49中任一项的方法，其进一步包括向该定性和/或定量数据指定内部值。131.权利要求119的方法，其进一步包括将该代表性数据与该数据的预定值进行比较。132.权利要求131的方法，其中该预定值选自临床试验数据、受试者的数据、来自科学文献的数据、临床开发中的生物分子或小分子的数据。133.权利要求119的方法，其中该代表性数据包括代表性肿瘤学数据，其中该代表性肿瘤学数据包括来自第一生物样品的至少一种肿瘤标记物的定量和/或定性数据，所述肿瘤标记物与肿瘤的存在相关联。134.权利要求133的方法，其进一步包括：a)测量该第一生物样品中的该肿瘤标记物，其中该肿瘤标记物的测量值被归一化；b)基于该归一化的测量值获得综合得分；并且c)将该综合得分与预定得分进行比较以确定该受试者的癌症风险值。135.权利要求134的方法，其中该肿瘤标记物来自以下项的组：蛋白质、抗原、酶、激素、DNA、RNA、微小RNA、或碳水化合物。136.权利要求134的方法，其中该肿瘤标记物来自以下项的组：Her2，bRaf，ERBB2，Pl3KCA，FGFR2，p53，BRCA，CCND1，MAP2K4，ATR，AFP，ALK，BCR-ABL，BRCA1/BRCA2，BRAF，V600E，Ca-125，CA19.9，EGFR，Her-2，KIT，PSA，S100，KRAS，ER/Pr，UGT1A1，CD30，CD20，F1P1L1-PDGRFα，PDGFR，TMPT，TMPRSS2；ABCB5，AFP-L3，α-甲胎蛋白，α-甲基酰基CoA消旋酶，BRCA1，BRCA2，CA15-3，CA242，Ca27-29，CA-125，CA15-3，CA19-9，降钙素，癌胚抗原，癌胚抗原肽-1，脱-γ羧基凝血酶原，肌间线蛋白，早期前列腺癌抗原-2，雌激素受体，纤维蛋白降解产物，葡萄糖-6-磷酸异构酶，vE6，E7，L1，L2或p16INK4a，人绒毛膜促性腺激素，IL-6，角蛋白19，乳酸脱氢酶，亮氨酰氨基肽酶，促脂素，变肾上腺素类物质，脑啡肽酶，NMP22，去甲变肾上腺素，PCA3，前列腺特异性抗原，前列腺酸性磷酸酶，突触素，甲状腺球蛋白，TNF，选自以下项的转录因子：ERG、ETV1(ER81)、FLI1、EST1、EST2、ELK1、ETV6、ETV7、GABPα、ELF1、ETV4、ETV5、ERF、PEA3/E1AF、PU.1、ESE1/ESX、SAP1(ELK4)、ETV3(METS)、EWS/FLI1、ESE1、ESE2(ELF5)、ESE3、PDEF、NET(ELK3；SAP2)、NERF(ELF2)、或FEV.XXX，肿瘤相关糖蛋白72，c-kit，SCF，pAKT，pc-kit，波形蛋白，CTLA-4，PDL1，PDL2，PD1，B7-H3，B7-H4，BTLA，HVEM，KIR，TIM3，GAL9，GITR，LAG3，VISTA，KIR，2B4，TRPO2，CD160，CGEN-15049，CHK1，CHK2，A2aR，TL1A，CTLA-4，PDL1，PDL2，PD1，B7-H3，B7-H4，BTLA，HVEM，TIM3，GAL9，LAG3，VISTA，KIR，2B4，CD160，CGEN-15049，CHK1，CHK2，A2aR，B-7家族，及其组合。137.权利要求133的方法，其中该肿瘤标记物包括选自以下项的组的一种或多种标记物：基因组多态性，药物基因组学单核苷酸多态性(SNP)，基因组SNP，体细胞多态性，以及蛋白质、脂质和细胞器的差异表达。138.权利要求133的方法，其中该肿瘤标记物选自以下项的组：单个核苷酸位置；基因内区域或基因间区域；外显子或内含子、或其片段；编码区或非编码区；启动子、增强子、5'非翻译区(5'UTR)、或3'非翻译区(3'UTR)、或其片段；cDNA或其片段；SNP；体细胞突变、种系突变或两者；点突变或单一突变；缺失突变；框内缺失、基因内缺失、全基因缺失；插入突变；基因内插入；倒位突变；染色体内倒位；连锁突变；连锁插入突变；反转重复突变；串联重复；染色体内串联重复；易位；染色体易位，非相互易位；重排；基因组重排；一个或多个内含子、或其片段的重排；重排的内含子；5'-或3'-UTR、及其组合。139.权利要求133的方法，其中在癌组织或癌细胞中该肿瘤标记物包括来自以下项的组的标记物，各项与正常的健康组织或细胞相比：对改变的氨基酸序列进行编码的改变的核苷酸序列、染色体易位、染色体内倒位、拷贝数变化、表达水平变化、蛋白质水平变化、蛋白质活性变化、以及甲基化状态变化。140.权利要求134的方法，其中该预定得分衍生自以下项的组：临床试验数据、衍生自第二生物样品的代表性肿瘤学数据、衍生自一组生物样品的代表性肿瘤学数据、临床开发生物分子或小分子的数据。141.一种治疗受试者疾病的方法，其包括基于权利要求119的代表性数据选择适当的治疗方案，其中该代表性数据包括该受试者的第一谱。142.权利要求141的方法，其中该第一谱包括来自以下项的组的谱：标记物谱、抗原谱、蛋白谱、突变谱、脂质谱、外泌体谱、或其组合。143.权利要求142的方法，其中该标记物包括来自以下项的组中的一个或多个：Her2，bRaf，ERBB2，Pl3KCA，FGFR2，p53，BRCA，CCND1，MAP2K4，ATR，AFP，ALK，BCR-ABL，BRCA1/BRCA2，BRAF，V600E，Ca-125，CA19.9，EGFR，Her-2，KIT，PSA，S100，KRAS，ER/Pr，UGT1A1，CD30，CD20，F1P1L1-PDGRFα，PDGFR，TMPT，TMPRSS2；ABCB5，AFP-L3，α-甲胎蛋白，α-甲基酰基CoA消旋酶，BRCA1，BRCA2，CA15-3，CA242，Ca27-29，CA-125，CA15-3，CA19-9，降钙素，癌胚抗原，癌胚抗原肽-1，脱-γ羧基凝血酶原，肌间线蛋白，早期前列腺癌抗原-2，雌激素受体，纤维蛋白降解产物，葡萄糖-6-磷酸异构酶，vE6，E7，L1，L2或p16INK4a，人绒毛膜促性腺激素，IL-6，角蛋白19，乳酸脱氢酶，亮氨酰氨基肽酶，促脂素，变肾上腺素类物质，脑啡肽酶，NMP22，去甲变肾上腺素，PCA3，前列腺特异性抗原，前列腺酸性磷酸酶，突触素，甲状腺球蛋白，TNF，选自以下项的转录因子：ERG、ETV1(ER81)、FLI1、EST1、EST2、ELK1、ETV6、ETV7、GABPα、ELF1、ETV4、ETV5、ERF、PEA3/E1AF、PU.1、ESE1/ESX、SAP1(ELK4)、ETV3(METS)、EWS/FLI1、ESE1、ESE2(ELF5)、ESE3、PDEF、NET(ELK3；SAP2)、NERF(ELF2)、或FEV.XXX，肿...

【专利技术属性】
技术研发人员：N·亚历山大，A·巴尔胡米，M·戴，L·加莱戈斯，K·利思，S·拉伊科维奇，E·罗伯茨，S·斯塔尼斯劳，E·沃尔克，
申请(专利权)人：文塔纳医疗系统公司，
类型：发明
国别省市：美国,US