一种犁头鳅DNA条形码序列及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种犁头鳅DNA条形码序列及其应用，属于物种鉴定技术领域。该所述犁头鳅DNA条形码为犁头鳅COI基因，该DNA条形码序列可以作为犁头鳅DNA的标准检测序列，有效的对犁头鳅特有种进行鉴定。

【技术实现步骤摘要】
一种犁头鳅DNA条形码序列及其应用
本专利技术属于物种鉴定
，具体涉及一种犁头鳅DNA条形码序列及其应用。
技术介绍
物种鉴定一直是分类学乃至几乎所有生物领域上的研究至关重要的基础步骤。因此，准确的对物种鉴定，特别是对那些稀有物种和具有保护意义的种类，分类鉴定工作就显得尤其重要。犁头鳅(Lepturichthysfimbriata)，为平鳍鳅科(Balitoridae)平鳍鳅亚科(Balitorinae)，犁头鳅属(Lepturichthys)，是长江特有鱼类。犁头鳅是生活于急流石滩的底栖小型鱼类,利用宽大平展的偶鳍和平坦裸露的胸腹部适应急流生境。由于长江上游大型水水利工程的梯级开发，使其种群数量急剧下降。因此，对犁头鳅特有种进行有效鉴定以及物种保护已经刻不容缓。DNA条形码是指生物体内能够代表该物种的、有足够变异的、标准的、易扩增并且相对较短的DNA片段，可以快速、准确的进行物种鉴定。目前，各国研究者已经开展了从湖泊到海洋不同地理区域的鱼类DNA条形码研究计划，研究表明DNA条形码在物种鉴定方面具有高效可行性。在实际操作中，往往会遇到标本量较少以及样本保存不完整等问题，这样给传统的物种分类和鉴定研究带来了很大的困难。COI为线粒体基因组的蛋白质编码基因，全称为细胞色素c氧化酶亚基I(cytochromecoxidasesubunitI，细胞色素c氧化酶亚基I)，由于该基因进化速率较快，常用于分析亲缘关系密切的种、亚种及地理种群之间的系统关系。线粒体DNA的COI基因具有长度适中、进化速率适中和富含系统进行发育信息等特点。在研究中，能够较好地对物种的COI基因片段进行有效扩增。因此，在动物物种分类和鉴定中，COI基因作为条形码应用有很大的潜力。大量的研究结果显示以COI基因为标记的DNA条形码能够准确的对一些动物进行物种鉴定，可以选用COI基因作为动物条形码数据库的标准条形码。在现有的技术中心，均没有犁头鳅DNA条形码标准检测序列以及犁头鳅COI基因作为犁头鳅DNA条形码标准检测序列的记载和报道。
技术实现思路
本专利技术目的是提供一种可以作为犁头鳅DNA的标准检测序列，能够有效的对犁头鳅特有种进行鉴定。本专利技术所采用的技术方案是：一种犁头鳅DNA条形码序列，序列为SEQIDNO.1。优选地，所述犁头鳅DNA条形码为犁头鳅COI(cytochromecoxidasesubunitI，细胞色素c氧化酶亚基I)基因。一种犁头鳅DNA条形码序列的应用，该DNA条形码序列可以作为犁头鳅DNA的标准检测序列，有效的对犁头鳅特有种进行鉴定。本专利技术具有以下优点：(1)本专利技术所得到的犁头鳅DNA条形码序列可以作为犁头鳅DNA的标准检测序列，对犁头鳅特有种高效和准确的进行鉴定和分类，其准确率达到99.5％以上。(2)在实际操作中，该犁头鳅DNA条形码便于保存且完整性极强。(3)犁头鳅作为长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区的一种重要经济鱼类，其野生犁头鳅种群资源数量日益下降，本专利技术技术方案可以对犁头鳅物种进行有效的保护。具体实施方式实施例1取朱杨溪和宜宾犁头鳅各1尾与本专利技术的犁头鳅DNA条形码序列进行验证。1.DNA的提取剪取5mg左右的鱼类肌肉组织，尽可能剪碎，置于1.5ml的离心管中，室温下放置，待乙醇完全挥发干净后采用GENEray公司的细胞/组织基因组试剂盒进行基因组DNA的抽提。2.PCR扩增PCR引物采用COI基因在鲤科鱼类中的通用引物，上、下游引物序列分别为：FCOI：TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC，RCOI：TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA。PCR反应体系总体积为50μl，采用PCR试剂盒进行PCR扩增，具体反应体系见表1，PCR反应程序见表2。表1PCR反应体系反应成分体积(μl)灭菌双蒸水22P11P21基因组DNA模板12ⅹPCRmix25表2PCR反应程序步骤温度时间1.预变性94℃5min2.变性94℃30s3.退火58℃30s4.延伸72℃1min5.4to2循环30次6.终延伸72℃6min3.琼脂糖凝胶电泳检测以恒压5V/cm的标准进行对PCR产物进行电泳，当溴酚蓝移到距琼脂糖凝胶前沿约5cm时，停止电泳。取出凝胶，置于EB染色液中浸泡15min，然后用紫外透射仪进行观察。4.序列测定经琼脂糖电泳检测目的条带清晰的PCR产物，用离心柱式PCR产物纯化试剂盒进行目的片段的回收纯化后，送至武汉擎科创新生物科技有限公司进行双向测序。实施例1中的1尾朱杨溪犁头鳅的COI基因片段为：ACTGCTCTCAGTCTACTAATCCGCGCTGAACTAAACCAACCCGGATCACTCCTTGGTGATGACCAGATTTACAATGTCATTGTCACTGCCCATGCTTTTGTTATAATTTTCTTTATAGTAATGCCTATTCTCATTGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTGCCCCTAATAATTGGGGCCCCGGATATGGCATTCCCACGAATGAACAACATAAGCTTCTGATTACTACCACCATCTTTCCTTCTACTCCTGGCCTCATCTGGTGTAGAAGCCGGGGCAGGGACGGGATGAACCGTTTACCCGCCACTAGCAGGCAACTTAGCCCACGCGGGGGCATCCGTAGACCTAACTATCTTCTCCCTACACTTAGCTGGTGTATCATCCATTTTAGGGGCAATTAATTTTATTACCACAACTATTAATATAAAACCCCCAGCCATCTCCCAATATCAAACGCCGCTATTTGTGTGAGCCGTCTTAGTAACAGCAGTCCTTCTCTTACTCTCCCTACCAGTCCTAGCAGCCGGAATTACAATGCTTCTAACAGACCGAAACTTAAACACAACATTCTTTGACCCCGCAGGAGGAGGAGACCCAATCCTATATCAACACTTATTCTGATTCTT。经过对比，与犁头鳅DNA条形码序列相似性度为99.8％，即可以判断该物种为犁头鳅。实施例2取宜宾犁头鳅各1尾与本专利技术的犁头鳅DNA条形码序列进行验证。1.DNA的提取剪取5mg左右的鱼类肌肉组织，尽可能剪碎，置于1.5ml的离心管中，室温下放置，待乙醇完全挥发干净后采用GENEray公司的细胞/组织基因组试剂盒进行基因组DNA的抽提。2.PCR扩增PCR引物采用COI基因在鲤科鱼类中的通用引物，上、下游引物序列分别为：FCOI：TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC，RCOI：TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA。PCR反应体系总体积为50μl，采用PCR试剂盒进行PCR扩增，具体反应体系见表1，PCR反应程序见表2。3.琼脂糖凝胶电泳检测以恒压5V/cm的标准进行对PCR产物进行电泳，当溴酚蓝移到距琼脂糖凝胶前沿约5cm时，停止电泳。取出凝胶，置于EB染色液中浸泡15min，然后用紫外透射仪进行观察。4.序列测定经琼脂糖电泳检测目的条带清晰的PCR产物，用离心柱式PCR产物纯化试剂盒进行目的片段的回收纯化后，送至武本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种犁头鳅DNA条形码序列，其特征在于，序列为SEQ ID NO.1。

【技术特征摘要】
1.一种犁头鳅DNA条形码序列，其特征在于，序列为SEQIDNO.1。2.根据权利要求1所述的犁头鳅DNA条形码序列，其特征在于，所述犁头鳅DNA条形码为犁头鳅COI(cytochromeco...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘红艳，熊飞，王莹，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42