一种辅助检测猪100kg背膘厚的方法技术

本发明专利技术公开一种辅助检测猪100kg背膘厚的方法。本发明专利技术公开的方法可对待选猪进行早期筛选，有效地缓解实际生产中的选取优良种猪时间长的问题，降低了育种花费，有效降低或提高实际生产中的猪100kg背膘厚，该方法准确度高，检测费用低，并可实现自动化检测，在猪的育种方面具有很高的实践应用价值。

A method to assist the detection of pig 100kg back fat thickness

The invention discloses a method for auxiliary detection of pig 100kg back fat thickness. The method disclosed by the invention can be used for early screening of selected pigs, effectively alleviating the problem of long time in selecting good breeding pigs in actual production, reducing the cost of breeding, effectively reducing or improving the 100kg back fat thickness in actual production, high accuracy, low detection cost, and automatic detection in pig breeding. It has high practical application value.

【技术实现步骤摘要】
一种辅助检测猪100kg背膘厚的方法
本专利技术属于生物
，涉及一种辅助检测猪100kg背膘厚的方法。
技术介绍
鉴于猪100kg背膘厚性状是影响猪生长速度、瘦肉率及胴体分级的重要因素之一，一直以来，100kg背膘厚性状是世界范围内种猪育种的重点经济性状之一。因此，针对这种性状，研究者们开展了大量的分子研究工作。其中，QTL定位研究表明，猪7号染色体上存在一个猪100kg背膘厚性状QTL区间，次区间的范围为50.3-120.7Mb(MalekM,DekkersJC,LeeHK,BaasTJ,RothschildMF.Amoleculargenomescananalysistoidentifychromosomalregionsinfluencingeconomictraitsinthepig.I.Growthandbodycomposition.MammGenome2001,12(8):630-636.)。因此，研究此区间内影响100kg背膘厚性状的分子标记单倍型成为了研究重点工作之一。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的是提供一种与猪100kg背膘厚相关的方法及其应用。本专利技术所提供的应用具体可为如下：猪基因组中由如下3个SNP位点组成的单倍型多态性在辅助检测待测猪的100kg背膘厚中的应用。本专利技术所提供的应用具体可为如下中的任一种：(1)猪基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性在鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚中的应用；(2)用于检测猪基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚中的应用。所述SNP位点为：以猪基因组DNA为模板，采用由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得扩增产物的自5’末端起第214位核苷酸；所述SNP位点处的核苷酸为A或G。该SNP位点位于GPX2基因内的国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第95392358个核苷酸位点A>G突变(记为g.95392358A>G)。本专利技术的第二个目的是提供一种用于鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚的试剂。本专利技术所提供的用于鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚的试剂，是用于检测猪基因组中SNP位点(g.95392358A>G)的单核苷酸多态性的物质；所述“用于检测猪基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”可以能够鉴定SNP位点(g.95392358A>G)的单核苷酸多态性的任何物质，如为如下(a)或(b)所示的引物对：(a)由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对；(b)由将序列表中序列1和序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的两条单链DNA分子组成的，且与(a)中所述引物对功能相同的引物对。本专利技术的第三个目的是提供一种用于鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚的试剂盒。本专利技术所提供的用于鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚的试剂盒，含有所述试剂。所述试剂或所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚中的应用也属于本专利技术的保护范围。本专利技术的第四个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚的方法。本专利技术所提供的鉴定或辅助鉴定待测猪的100kg背膘厚的方法，具体可包括如下步骤：检测待测猪的基因组中SNP位点(g.95392358A>G)处的核苷酸为A还是G还是A和G，以确定所述待测猪的基因型是AA还是GG还是AG，根据所述待测猪的基因型按照如下确定待测猪的100kg背膘厚：GG基因型或者AG基因型待测猪的100kg背膘厚多于或候选多于AA基因型的待测猪；所述GG基因型为以猪基因组DNA为模板，采用由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得的扩增产物的自5’末端起第214位核苷酸为G的纯合型(即国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第95392358个核苷酸为G的纯合型)；所述AA基因型为以猪基因组DNA为模板，采用由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得扩增产物的自5’末端起第214位核苷酸为A的纯合型(即国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第95392358个核苷酸为A的纯合型)；所述AG基因型为以猪基因组DNA为模板，采用由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增所得扩增产物的自5’末端起第214位核苷酸为A和G的杂合型(即国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第95392358个核苷酸为A和G的杂合型)。在所述方法中，所述“检测待测猪的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为A还是G还是A和G”的方法可为测序分析；所述测序分析可包括PCR扩增和对所述PCR扩增所得产物进行测序两个步骤；所述PCR扩增所用的引物对满足如下条件：以待测猪的基因组DNA为模板进行PCR扩增所得扩增产物含有所述SNP位点处的核苷酸；具体的，所述引物对可为如上所述(a)或所述(b)所示的引物对。当采用所述引物对(序列1和序列2)进行PCR扩增时，根据待测猪的基因组DNA的不同，扩增得到的DNA片段如序列表中序列3所示或如序列表中序列4所示。其中，序列3的第214位核苷酸为A；序列4的第214位核苷酸为G。所述试剂或所述试剂盒或所述方法在猪育种中的应用也属于本专利技术的保护范围。在所述方法中，进行所述PCR扩增时采用的退火温度为58-60℃。进一步，进行所述PCR扩增时采用的扩增程序具体为：95℃预变性5min；95℃变性20s，58.5℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环；最后72℃延伸10min。进一步，所述PCR反应体系具体为：模板DNA200ng，10×PCR扩增缓冲液5μl，dNTPs终浓度为10mM，上、下游引物各50ng，TaqDNA聚合酶0.75U，Mg2+2.5mmol/L，用ddH2O补足体系至50μl。本专利技术的第五个目的是提供如下(A)或(B)的方法：(A)培育100kg背膘厚较大的猪的方法，包括选择GG基因型的猪进行育种的步骤；所述GG基因型为以猪基因组DNA为模板，采用由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增产物的自5’末端起第214位核苷酸为G的纯合型(即国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第95392358个核苷酸为G的纯合型)；(B)培育100kg背膘厚较小的猪的方法，包括选择AA基因型的猪进行育种的步骤；所述AA基因型为以猪基因组DNA为模板，采用由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增产物的自5’末端起第214位核苷酸为A的纯合型(即国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第95392358个核苷酸为A的纯合型)。在本专利技术中，所述猪为杜洛克猪；实验证明，GG基因型和AG基因型的猪的100kg背膘厚显著大于AA基因型的猪的100kg背膘厚；GG基因型猪的100kg本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种扩增含有g.95392358A>G多态性位点的DNA片段的引物对；所述g.95392358A>G多态性位点为国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上自5′末端起第95392358个核苷酸位点A>G突变。

【技术特征摘要】
1.一种扩增含有g.95392358A>G多态性位点的DNA片段的引物对；所述g.95392358A>G多态性位点为国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上自5′末端起第95392358个核苷酸位点A>G突变。2.根据权利要求1所述的引物对，其特征在于：所述引物对由SEQIDNo.1所示的DNA分子和SEQIDNo.2所示的DNA分子组成。3.一种鉴定或辅助鉴定猪的100kg背膘厚大小的方法，该方法为：纯合GG基因型或者杂合GA基因型的猪的猪的100kg背膘厚大于纯合AA基因型的猪的100kg背膘厚性状大小；所述纯合GG基因型的猪为g.95392358A>G多态性位点的碱基均为G的猪；所述杂合GA基因型的猪为g.95392358A>G多态性位点的碱基为G和A的猪；所述纯合AA基因型的猪为g.95392358A>G多态性位点的碱基均为A的猪；所述g.95392358A>G多态性位点为国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上自5′末端起第95392358位。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述纯合GG基因型、杂合GA基因型或纯合AA基因型的判定方法如下：以猪的基因组DNA为模板，以权利要求1或2所述的引物为引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，如果PCR扩增产物自5’末端起第214位的碱基均为G，则所述猪的基因型为纯合GG基因型，如果PCR扩增产物自5’末端起第214位的碱基为G和A，则所...

【专利技术属性】
技术研发人员：张龙超，王立贤，蒲蕾，王立刚，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11