以消除寄主DNA污染用于水体环境病毒宏基因组解析的方法技术

以消除寄主DNA污染用于水体环境病毒宏基因组解析的方法，本发明专利技术属于生物技术领域，它为了解决水体环境病毒宏基因组研究中病毒浓缩液中存在少量的寄主细胞，影响测序结果的问题。水体环境病毒宏基因组解析的方法：一、水样经纱布过滤，通过过滤系统的滤柱去除细菌，浓缩后离心处理，配置病毒颗粒超离浓缩液；二、向浓缩液中加入DNase和RNase工作液，进行PCR扩增，检测是否消化彻底，如没有消化彻底，则加入溶菌酶裂解细菌细胞，继续消化，高温灭活核酸酶，得到不含寄主遗传物质污染的病毒颗粒浓缩液：三、扩增病毒全基因组。本发明专利技术通过溶菌酶处理样品，将污染细菌细胞DNA释放出来，然后被核酸酶消解掉操作简便、适用性强。

Metagenomic analysis for elimination of host DNA pollution in water environment viruses

In order to solve the problem that a small amount of host cells exist in the virus concentrated liquid in the study of the macro genome of the water environment virus, the method of eliminating the host DNA pollution in the macrogenome analysis of the water environment virus is a method to solve the problem of the sequencing results. The method of macrogenome analysis of water environment virus: (1) the water sample is filtered by gauze, the bacteria are removed by filter column of the filter system, and then centrifuged and centrifuged after concentration. Two, DNase and RNase work liquid is added into the concentrated liquid to carry out PCR amplification and test whether digestion is thorough, such as no digestion thoroughly. In addition, the lysozyme was added to lyse bacterial cells, to continue digestion, to inactivate nuclease at high temperature, and to obtain virus particle concentrate without host genetic material pollution: three, the whole genome of the virus was amplified. The present invention can release DNA from contaminated bacterial cells by lysozyme treatment of samples, and then be digested by nuclease. The operation is simple and the applicability is strong.

【技术实现步骤摘要】
以消除寄主DNA污染用于水体环境病毒宏基因组解析的方法
本专利技术属于生物
，具体涉及一种用于水体环境病毒宏基因组解析的方法。
技术介绍
宏基因组学(Metagenomics)利用新一代高通量测序技术(NGS)在分析微生物多样性、种群结构和进化关系的基础上，可进一步探究微生物群体功能、相互作用及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。病毒是地球上数量最多的生命体，保守估计在1031以上。与具有细胞形态的其它微生物，如细菌和真菌等相比较，学术界对自然环境中病毒多样性、基因组成和生态功能的认识还处于初级阶段，病毒常被喻为地球生物未知的“暗物质”。将宏基因组学的研究方法应用到环境病毒研究，即形成了病毒宏基因组学(ViralMetagenomics)是解析环境病毒基因组成、明确其多样性及生态功能最有效地方法。该方法主要通过纯化浓缩环境或生物体组织中病毒颗粒，提取其遗传物质进行高通量测序，然后通过序列拼接及生物信息学分析来解析环境病毒的基因组成。目前，国际上对环境微生物宏基因组学研究非常广泛，但对于病毒宏基因组学研究还存在许多瓶颈问题亟待解决，其中关键的问题之一是在环境病毒分离浓缩过程中本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.以消除寄主DNA污染用于水体环境病毒宏基因组解析的方法，其特征在于该方法按以下步骤实现：一、水体病毒颗粒分离浓缩：a、采集野外水体，得到水样；b、水样经多层尼龙纱布过滤，然后通过切向流过滤系统的滤柱去除细菌，得到病毒颗粒溶液；c、病毒颗粒溶液经切向流过滤系统的滤柱浓缩，得到病毒颗粒浓缩液；d、将病毒颗粒浓缩液加到超速离心管中，在超速离心管底部加入质量浓度为19％～21％的蔗糖溶液，然后进行离心处理，得到离心后的病毒颗粒浓缩液；e、倒出超速离心管内液体后倒置在滤纸上静置，再用灭菌超纯水重悬附着在超速离心管底部管壁的病毒颗粒，得到病毒颗粒超离浓缩液；二、病毒浓缩液寄主遗传物质消除：f、向步骤e...

【技术特征摘要】
1.以消除寄主DNA污染用于水体环境病毒宏基因组解析的方法，其特征在于该方法按以下步骤实现：一、水体病毒颗粒分离浓缩：a、采集野外水体，得到水样；b、水样经多层尼龙纱布过滤，然后通过切向流过滤系统的滤柱去除细菌，得到病毒颗粒溶液；c、病毒颗粒溶液经切向流过滤系统的滤柱浓缩，得到病毒颗粒浓缩液；d、将病毒颗粒浓缩液加到超速离心管中，在超速离心管底部加入质量浓度为19％～21％的蔗糖溶液，然后进行离心处理，得到离心后的病毒颗粒浓缩液；e、倒出超速离心管内液体后倒置在滤纸上静置，再用灭菌超纯水重悬附着在超速离心管底部管壁的病毒颗粒，得到病毒颗粒超离浓缩液；二、病毒浓缩液寄主遗传物质消除：f、向步骤e的病毒颗粒超离浓缩液中加入DNase和RNase工作液，在36～38℃条件下水浴处理，得到酶解的病毒颗粒浓缩液；g、从步骤f酶解的病毒颗粒浓缩液中取出1～2μL，采用细菌通用引物27F/1492R进行PCR扩增，用于检测是否有寄主遗传物质污染；当凝胶电泳检测没有目标条带，则表明消除寄主遗传物质污染，然后将无寄主DNA污染病毒浓缩液在78～82℃金属浴上处理，灭活浓缩液中的DNase和RNase酶活性，得到不含寄主遗传物质的病毒颗粒浓缩液；当凝胶电泳检测有目标PCR条带，则表明存在寄主遗传物质污染，向步骤f酶解的病毒颗粒浓缩液加入溶菌酶，在36～38℃条件下水浴2.5～3.5h，然后取出1～2μL采用细菌通用引物27F/1492R进行PCR扩增，凝胶电泳检测没有目标条带，表明消除寄主遗传物质污染，然后无寄主DNA污染病毒浓缩液在78～82℃金属浴上处理，灭活浓缩液中的DNase和RNase酶活性，得到不含寄主遗传物质的病毒颗粒浓缩液；三、病毒宏基因组提取及全基因组扩增：h、采用试剂盒提取不含寄主遗传物质的病毒颗粒浓缩液的病毒基因组，再对获得的病毒基因组进行多重置换全基因组扩增，所得MDA病毒宏基因组样品经沉淀纯化后，进行病毒宏基因组测序分析。2.根据权利要求1所...

【专利技术属性】
技术研发人员：王光华，孙岩，王新珍，刘俊杰，
申请(专利权)人：中国科学院东北地理与农业生态研究所，
类型：发明
国别省市：吉林,22