核酸探针以及检测疟原虫寄生虫的方法技术

本发明专利技术涉及新的核酸探针以及检测疟原虫寄生虫的方法，以及检测不同种疟原虫寄生虫的方法，这些不同种的疟原虫寄生虫具有各自不同的选择性。

Nucleic acid probes and methods for detecting plasmodium parasites

The present invention relates to new nucleic acid probes and methods for detecting parasites of Plasmodium malaria, and methods for detecting parasites of different species of Plasmodium. These different species of Plasmodium parasites have different selectivity.

【技术实现步骤摘要】
核酸探针以及检测疟原虫寄生虫的方法本申请是2007年11月29日递交的申请号为200780044265.X，专利技术名称为“核酸探针以及检测疟原虫寄生虫的方法”的分案申请。专利技术的
技术介绍
疟原虫是一种寄生性原生动物属。已知被这种属感染会形成疟疾。在寄生虫的生命周期中始终存在着两个宿主：蚊子带菌者以及脊椎动物宿主。至少有十个种类会感染人类，包括恶性疟原虫(P.falciparum)，间日疟原虫(P.vivax)，三日疟原虫(P.malariae)，以及卵形疟原虫(P.ovale)。疟疾是一种传染性疾病，其普遍存在于热带地区以及亚热带地区。疟疾对于男人、女人以及儿童的生存而言象征着一种威胁。它每年感染3000万至5000万人，并且导致每年1百万至3百万人的死亡，这些大部分都发生在撒哈拉以南的非洲地区的儿童中。疟疾是最常见的传染性疾病中的一种，并且是一种极大的公共卫生问题。上述疾病是由疟原虫属的原生动物寄生虫引发的。上述疾病中最严重的类型是由恶性疟原虫(Plasmodiumfalciparum)以及间日疟原虫(Plasmodiumvivax)所引发的，但是其他相关的种类(卵形疟原虫(Plasmodiumovale)以及三日疟原虫(Plasmodiummalariae))同样能够感染人类。确定了上述的感染性种类能够帮助确定所述患者的治疗方案。诊断疟疾的优选并且最可靠的方法是对血膜进行显微镜检验，因为上述四种主要的寄生虫种类中的每一种都具有不同的特性。传统使用到的是两类血膜。薄膜类似于常规的血膜，并且能够进行种类的识别，因为在这种方法中所述寄生虫的外观能得以最好的保存。厚膜使得显微镜操作人员能够筛选出更大量的血液，并且其敏感性比上述薄膜的敏感性高出大约十一倍，因此在所述厚膜上识别低水平的感染更加容易，但是所述寄生虫的外观则被扭曲的多，并且因此在区别不同的种类上存在更大的困难。从上述厚膜中，有经验的显微镜操作人员能够检测到的寄生虫的水平(或者寄生虫血症)下至低至红血球的0.0000001％。然而，显微镜诊断可能存在困难，因为所有四个种类的早期营养体(“环形体”)看起来相同并且根本不可能基于单个的环形体来诊断其种类；种类的识别始终要以几种营养体为基础来进行的。在无法利用显微镜方法的情况下，利用抗原检测试验，该方法仅需要一滴血液。OptiMAL-(TCSBioSciences，白金汉郡，英格兰)将可靠的检测到下至0.01％寄生虫血症水平的恶性疟原虫(falciparum)以及下至0.1％水平的非恶性疟原虫。Paracheck-(OrchardBiomedicalSystems，印度)将检测到下至0.002％水平的寄生虫血症，但其不能够区分恶性疟原虫疟疾以及非恶性疟原虫疟疾。也可以利用聚合酶链式反应对寄生虫的核酸进行检测。这项技术比显微镜方法更加准确。然而，这项技术昂贵并且需要专门的实验室。并且，寄生虫血症的水平并不必然与所述疾病的程度相互关联，特别是在当所述寄生虫能够粘附于血管壁的情况时。在一些临床实验室以及快速实时检测中可以利用的分子方法是有限的，例如，QT-NASBA(基于聚合酶链式反应的实时定量核酸序列依赖性扩增)，但其目前需要进行改进。因此，为了在上述领域检测低水平的寄生虫血症，需要研制敏感的、低科技的诊断工具。我们所需要的是能够快速并且准确的检测到并辨别出引起疟疾的各种疟原虫种类的试剂以及方法。专利技术概述本专利技术涉及能够在例如杂交检测中检测到并且辨别出不同种类的疟原虫寄生虫的核酸探针。因此，在第一个方面，本专利技术的特征在于利用核酸片段作为探针，用于在杂交检测中检测疟原虫。本专利技术还包括能够辨别出恶性疟原虫(P.falciparum)，间日疟原虫(P.vivax)，三日疟原虫(P.malariae)以及卵形疟原虫(P.ovale)的探针(DNA，RNA以及PNA)。在本专利技术的内容中，所述术语“辨别”(或者类似的术语)指的是所述探针对于来自于一种种类的核酸(例如，RNA，DNA，rRNA[核糖体RNA]或者rDNA[核糖体DNA])的结合比其他三个种类的结合更加顺利。在第二个方面，本专利技术的特征在于一种核酸片段，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自，一种或者多种探针指定的PGenus1，PGenus2，MalF1，MalF2，Mal1.8F，Mal1.8R，PV1，PV2，PF1，PF2，PF3，PF4，PF5，PM1，PO1中的优选至少5个、更加优选至少10个或者最优选至少15个连续的核苷酸或者全部序列，或者是这些序列的部分或者完整长度的互补序列。在第三个方面，本专利技术的特征在于一种核酸片段，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自一种或者多种探针指定的序列1(SEQIDNO：1)至序列15(SEQIDNO：15)中的至少5个、优选至少10个、更加优选至少13个或者最优选至少15个连续的核苷酸或者全部序列，或者是这些序列的部分或者完整长度的互补序列。在最后一种方面，本专利技术的特征在于在样本中检测疟原虫的存在的方法。在这个方法中，将样本与一种核酸片段进行接触，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自，PGenus1，PGenus2，MalF1，MalF2，Mal1.8F，Mal1.8R，PV1，PV2，PF1，PF2，PF3，PF4，PF5，PM1或者PO1中的优选至少5个、至少10个、更加优选至少13个或者最优选至少15个连续的核苷酸或者全部序列，探针选自或者是上述序列(或者上述序列的任意组合)的部分或者完整长度的互补序列；上述的接触是在允许所述核酸片段与疟原虫核酸发生杂交的条件下进行的。对与所述样本中的疟原虫核酸发生结合的所述核酸片段进行检测，用来指示所述样本中疟原虫的存在。对本专利技术所述的能够对上述列出的四个种类的疟原虫进行辨别的探针进行的检测，能够指示这些疟原虫种类的存在。在本专利技术的此方面的一个实施方式中，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自探针PGenus1中的优选至少5个、更加优选至少10个或者最优选至少15个连续的核苷酸或者全部序列，或者是上述序列的完整长度的互补序列。在本专利技术的一种方面的第二个实施方式中，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自探针PGenus2中的优选至少5个、更加优选至少10个或者最优选至少15个连续的核苷酸或者全部序列，或者是上述序列的完整长度的互补序列。在本专利技术的一种方面的第三个实施方式中，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自探针MalF1中的优选至少5个、更加优选至少10个或者最优选至少15个或者全部序列，或者是上述序列的完整长度的互补序列。在本专利技术的一种方面的另外一种实施方式中，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自探针MalF2中的优选至少5个、更加优选至少10个或者最优选至少15个核苷酸或者全部序列，或者是上述序列的完整长度的互补序列。在本专利技术的一种方面的另外一种实施方式中，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自探针Mal1.8F中的优选至少5个、更加优选至少10个或者最优选至少15个核苷酸或者全部序列，或者是上述序列的完整长度的互补序列。在本专利技术的一种方面的另外一种实施方式中，所述的核酸片段含有一种序列，所述的序列选自探针Mal1.8R本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种核酸片段，所述的核酸片段包括序列，所述的序列选自由PGenus1(SEQ ID NO：1)，Mal F1(SEQ ID NO：3)，Mal F2(SEQ ID NO：4)，Mal 1.8F(SEQ ID NO：5)，Mal1.8R(SEQ ID NO：6)，PV1(SEQ ID NO：7)，PV2(SEQ ID NO：8)，PF1(SEQ ID NO：9)，PF2(SEQ ID NO：10)，PF3(SEQ ID NO：11)，PF4(SEQ ID NO：12)，PF5(SEQ ID NO：13)，PM1(SEQ ID NO：14)，PO1(SEQ ID NO：15)所组成的组中的探针中的至少5个核苷酸或者是这些探针的完整长度的互补序列。

【技术特征摘要】
2006.11.30 US 60/861,8121.一种核酸片段，所述的核酸片段包括序列，所述的序列选自由PGenus1(SEQIDNO：1)，MalF1(SEQIDNO：3)，MalF2(SEQIDNO：4)，Mal1.8F(SEQIDNO：5)，Mal1.8R(SEQIDNO：6)，PV1(SEQIDNO：7)，PV2(SEQIDNO：8)，PF1(SEQIDNO：9)，PF2(SEQIDNO：10)，PF3(SEQIDNO：11)，PF4(SEQIDNO：12)，PF5(SEQIDNO：13)，PM1(SEQIDNO：14)，PO1(SEQIDNO：15)所组成的组中的探针中的至少5个核苷酸或者是这些探针的完整长度的互补序列。2.一种核酸片段，所述的核酸片段包括序列，所述的序列选自由PGenus1(SEQIDNO：1)，MalF1(SEQIDNO：3)，MalF2(SEQIDNO：4)，Mal1.8F(SEQIDNO：5)，Mal1.8R(SEQIDNO：6...

【专利技术属性】
技术研发人员：J·S·沙阿，D·若斯卡，H·威奥特曼，N·哈里斯，S·斯谢尔尼沃德，O·马克，
申请(专利权)人：ID菲什技术公司，
类型：发明
国别省市：美国,US