山葡萄SNP分子标记及在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中的应用制造技术

本发明专利技术属于植物分子标记制备与应用技术领域，具体涉及一种山葡萄SNP分子标记及在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中的应用。所述分子标记共计7124个，在葡萄染色体上的位置信息是分布于19条染色体。本发明专利技术通过建立基于SLAF‑seq技术开发SNP标记技术，获得大量带有基因序列的SNP标记，构建了山葡萄高密度分子遗传图谱，并对葡萄白腐病抗性进行定位研究，获得了与葡萄白腐病抗性相关的SNP标记，这些功能标记在葡萄白腐病抗性分子标记辅助育种中具有良好的应用前景。

【技术实现步骤摘要】
山葡萄SNP分子标记及在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中的应用
本专利技术属于植物分子标记制备与应用
，具体涉及一种山葡萄SNP分子标记及在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中的应用。
技术介绍
葡萄(Vitisvinifera)是世界重要果树之一，具有较高的营养价值，近年来人们对高品质葡萄的消费量不断增加，2013年全世界总产量为6706.7万吨，栽培面积约700万公顷。另一方面，随着病虫害及各种自然灾害的加剧，严重影响到葡萄的生长发育及品质产量的提高，因此对葡萄的重要品质性状及抗逆性状进行改良，一直是葡萄育种者的重要目标。研究者选用具有优异特性的种质资源进行杂交及复合杂交，期望获得具有多种优良目标性状的新品种。然而采用常规的杂交育种方法培育一个集合多种优良目标性状的新品种往往需要进行多次杂交及回交等过程，需要花费很长的时间。近年来，分子生物学的快速发展极大的促进了葡萄遗传育种研究进程，通过构建高密度的分子遗传图谱并进行目标性状的QTL定位。遗传连锁图谱是基因定位和分子标记辅助选择的前提和基础，因此构建葡萄的高密度分子遗传图谱，对于提高葡萄育种效率具有重要的促进作用。最近几年研究开发了二代测序技术(NGS)，这种测序技术能够获得分布在基因组上大量的SNP标记，这些标记具有构建高密度遗传连锁图谱的潜力。几种能够发掘大量SNP标记的方法逐渐的发展起来，Sun等(SunX,LiuD,ZhangX,LiW,LiuH,etal.(2013)SLAF-seq:anefficientmethodoflarge-scaleDenovoSNPdiscoveryandgenotypingusinghigh-throughputsequencing.PloSONE8(3):e58700.)开发了一种简化基因组(SLAF)测序技术(SLAF-seq)，这是一种发掘大量的SNP标记和基因分型的有高效方案，并利用这种方法成功构建普通鲤鱼(CyprinuscarpioL.)的遗传连锁图谱。Qi等(QiZM,HuangL,ZhuRS,XinDW,LiuCY,HanX,JiangHW,HongWG,HuGH,ZhengHK,ChenQS.Ahigh-densitygeneticmapforsoybeanbasedonspecificlengthamplifiedfragmentsequencing.PloSone.2014Aug12；9(8):e104871.)采用SLAF-seq技术构建了含有5308个标记的大豆分子遗传图谱，zhang等(ZhangYX,WangLH,XinHG,LiDH,MaCX,DingX,HongWG,ZhangXR.Constructionofahigh-densitygeneticmapforsesamebasedonlargescalemarkerdevelopmentbyspecificlengthamplifiedfragment(SLAF)sequencing.BMCPlantBiol.2013Sep24；13:141)采用SLAF-seq技术构建了包含1233个标记的芝麻高密度分子遗传图谱。葡萄白腐病在19世纪的意大利被首先报道。但白腐病在何时，通过什么方式传入中国，在文献上还没有经过报道。目前，葡萄白腐病病害在全球各地的葡萄产区均有存在，致使葡萄的产量以及质量受到严重影响。在我国，白腐病的发生也较广泛，该病分布在大部分的葡萄主要产区，并且呈现出一种越来越严重的发病趋势。在我国北方产区，白腐病导致的葡萄果实年损失率约为20％左右，白腐病若未受到较好的控制，病害盛行期间，严重危害着果实和果穗，造成难以估计的损失，甚至失收。鉴于现有技术中尚未见葡萄的高密度分子遗传图谱的构建，因此，对葡萄白腐病抗性基因的定位研究，构建关于葡萄白腐病抗性基因的高密度分子遗传图谱尤为重要。
技术实现思路
为了解决上述技术问题，本专利技术提供一种山葡萄SNP分子标记及在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中的应用，利用获得的带有基因序列的SNP分子标记，构建获得山葡萄高密度分子遗传图谱，并对葡萄白腐病抗性进行定位研究，该专利技术在葡萄白腐病性状分子标记辅助育种中具有良好的应用前景。本专利技术提供了一种山葡萄SNP分子标记，所述分子标记共计7124个，在葡萄染色体上的位置信息是分布于19条染色体，所述SNP分子标记是按照以下方法获得的：以红地球葡萄为母本，与双优葡萄为父本杂交产生F1代杂交群体，提取各个样品的基因组DNA；利用SLAF-seq技术对母本红地球葡萄、父本双优葡萄以及F1代杂交群体进行基因分型，并对SLAF标签进行过滤和质量评估，其中平均测序深度大于3的都是高质量SLAF标记，筛选出42279个多态性SLAF标签；过滤掉父母本测序深度10×以下的多态性标签，最终获得用于遗传图谱构建的SLAF标签7199个，其中有7124个是SNP分子标记。本专利技术还提供了一种山葡萄SNP分子标记在构建山葡萄高密度分子遗传图谱和葡萄白腐病抗性定位中的应用本专利技术还提供了一种山葡萄SNP分子标记在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中应用的方法，，包括以下步骤：S1，以红地球葡萄为母本，与双优葡萄为父本杂交产生F1代杂交群体，提取各个样品的基因组DNA；S2，利用SLAF-seq技术对S1的母本、父本以及F1代杂交群体进行基因分型，并对SLAF标签进行过滤和质量评估，其中平均测序深度大于3的都是高质量SLAF标记，筛选出42279个多态性SLAF标签；过滤掉父母本测序深度10×以下的多态性标签，最终获得用于遗传图谱构建的SLAF标签7199个，其中有7124个是SNP分子标记；S3，利用S2的7199个筛选出的SLAF标签构建遗传图谱；S4，对S1的母本、父本以及F1代杂交群体进行白腐病抗性鉴定；S5，分析S3构建的遗传图谱和S4的白腐病抗性鉴定结果，采用MapQTL5.0进行QTL分析，得到与葡萄白腐病抗性相关的QTL位点；共得出6个与白腐病抗性相关的QTL位点，其中有两个位点位于第1号连锁群上，分别命名为Rpd1和Rpd2；一个在第7号连锁群上，命名为Rpd3；一个在第11号连锁群上，命名为Rpd4；两个在第15号连锁群上，分别命名为Rpd5和Rpd6。本专利技术还提供了一种上述的山葡萄SNP分子标记在葡萄白腐病抗性性状分子标记辅助选育中的应用。与现有技术相比，本专利技术提供一种山葡萄SNP分子标记及在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中的应用，具有以下有益效果：基于SLAF技术筛选获得大量带有基因序列的SNP标记，利用这些标记位点构建了山葡萄高密度分子遗传图谱，并对葡萄白腐病抗性进行定位研究，获得了与葡萄白腐病抗性相关的功能标记，该专利技术在葡萄白腐病性状分子标记辅助育种中具有良好的应用前景。附图说明图1为实施例1中测序过程中亲本及子代149个单株中获得的分子标记数量统计图；其中，横坐标表示149个单株的编号，纵坐标表示分子标记数量在149个单株群体中所占比例；图2为实施例1中测序过程中亲本及子代149个单株的测序深度统计图；其中，横坐标表示149个单株的编号，纵坐标表示测序深度在149个单株群体中所占比例；图3为实施例1中构建的葡萄高密度SNP分子遗传连锁图谱；其中L本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种山葡萄SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记共计7124个，在葡萄染色体上的位置信息是分布于19条染色体，所述SNP分子标记是按照以下方法获得的：以红地球葡萄为母本，与双优葡萄为父本杂交产生F1代杂交群体，提取各个样品的基因组DNA；利用SLAF‑seq技术对母本红地球葡萄、父本双优葡萄以及F1代杂交群体进行基因分型，并对SLAF标签进行过滤和质量评估，其中平均测序深度大于3的都是高质量SLAF标记，筛选出42279个多态性SLAF标签；过滤掉父母本测序深度10×以下的多态性标签，最终获得用于遗传图谱构建的SLAF标签7199个，其中有7124个是SNP分子标记。

【技术特征摘要】
1.一种山葡萄SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记共计7124个，在葡萄染色体上的位置信息是分布于19条染色体，所述SNP分子标记是按照以下方法获得的：以红地球葡萄为母本，与双优葡萄为父本杂交产生F1代杂交群体，提取各个样品的基因组DNA；利用SLAF-seq技术对母本红地球葡萄、父本双优葡萄以及F1代杂交群体进行基因分型，并对SLAF标签进行过滤和质量评估，其中平均测序深度大于3的都是高质量SLAF标记，筛选出42279个多态性SLAF标签；过滤掉父母本测序深度10×以下的多态性标签，最终获得用于遗传图谱构建的SLAF标签7199个，其中有7124个是SNP分子标记。2.一种山葡萄SNP分子标记在构建山葡萄高密度分子遗传图谱和葡萄白腐病抗性定位中的应用。3.一种山葡萄SNP分子标记在遗传图谱构建、白腐病抗性定位中应用的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，以红地球葡萄为母本，与双优葡萄为父本杂交产生F1代杂交群体，提取各个样品的基因组DNA；S2，利用SLAF-s...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭印山，郭修武，刘镇东，李坤，李成祥，苏凯，高宏艳，
申请(专利权)人：沈阳农业大学，
类型：发明
国别省市：辽宁,21