长链非编码RNA及其应用制造技术

本发明专利技术涉及长链非编码RNA及其应用。发明专利技术选取莱芜猪和大白猪为实验材料，用高通量测序方法，比较二者肌内脂肪组织基因表达谱，鉴定筛选与成脂分化及脂代谢相关的关键差异表达lncRNA——XLOC_015408，进一步分析显示XLOC_015408调控基因AKR家族成员AKR1CL1和AKR1C4的表达。本发明专利技术寻找到与肌肉脂肪代谢密切相关的基因，在畜牧业分子育种中具有重要作用。

【技术实现步骤摘要】
长链非编码RNA及其应用
本专利技术属于分子生物学
，具体涉及长链非编码RNA及其应用，更具体地涉及长链非编码RNA、其调控的基因AKR1CL1和AKR1C4在选育高品质家畜品种中应用。
技术介绍
lncRNA是一类长度大于200个nt且不表现蛋白质编码潜能的RNA。在细胞增殖分化、个体发育、信号转导、干细胞维持、代谢等重要生命活动中发挥关键的调控作用，与多种重大疾病的发生密切相关，参与基因组印记、X染色体沉默以及染色质修饰、核内运输、转录干扰、转录激活等多种重要的调控过程，涉及到表观遗传调控、转录调控及转录后调控等多个层面。lncRNA的表达水平相对于编码蛋白基因比较低，说明lncRNA可能主要起调控作用。根据lncRNA在基因组上的位置，一个lncRNA可以归于以下5类中的1种正义链(sense)、反义链(antisense)、双向(bidirectional)、内含子间(intronic)、基因间(intergenic)。AKR(醛酮还原酶)是一类可利用NAD(P)(H)为辅酶，能够分别将醛和酮还原成一级和二级醇类的蛋白酶。迄今所知，AKR超家族由140多个成员组成，可以分为15个家族，序列同源性高于40％的成员归于一个家族，而序列同源性高于60％的成员可以进一步组成一个亚家族。现有的研究表明AKR家族成员多与组织肿瘤的发生发展相关，但是没有文章研究其与肌内脂肪的关系。本研究选取莱芜猪和大白猪为实验材料，利用RNA-seq技术和生物信息学方法，比较分析大白猪和莱芜猪肌内脂肪组织基因表达谱，鉴定筛选与成脂分化及脂代谢相关的关键差异表达长链非编码RNA——XLOC_015408，进一步分析显示XLOC_015408调控基因AKR家族成员AKR1CL1和AKR1C4的表达。本专利技术发现了调控猪肌内脂肪沉积的分子标志物，并进一步研究他们的相互作用关系，结果显示这些分子标志物可用于选育高肉品质畜禽品种，在畜牧业分子育种中具有重要作用。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种lncRNA，所述lncRNA为XLOC_015408，与猪肌内脂肪相关，序列与SEQIDNO.1具有90％以上序列同源性。优选的，XLOC_015408序列与SEQIDNO.1具有95％以上序列同源性；更优选的，长链非编码RNA序列为SEQIDNO.1。更优选的，所述lncRNA来源为猪。为实现上述目的，本专利技术首先通过高通量测序结合生物信息学方法筛选到候选基因XLOC_015408，进一步通过分子细胞生物学方法验证了XLOC_015408及其靶基因与猪肌内脂肪密切关系，可用于预测或辅助预测猪肉品质，在畜牧业育种中具有重要的意义。本专利技术的目的在于提供一种检测肌内脂肪的试剂，试剂通过测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测XLOC_015408的表达水平。优选的，通过高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测XLOC_015408的表达水平。更优选的，核酸扩增检测XLOC_015408的表达水平的试剂含有一对特异性扩增XLOC_015408的引物；核酸杂交检测XLOC_015408的表达水平的试剂包括与XLOC_015408的核酸序列杂交的探针。进一步，核酸扩增检测XLOC_015408的表达水平的试剂包含一对用于核酸扩增的引物，序列为SEQIDNO.2和SEQIDNO.3。进一步，上述检测肌内脂肪的试剂检测的样本为猪。进一步，上述检测肌内脂肪的试剂检测的样本为组织，优选为肌内脂肪组织。本专利技术的目的在于提供下述任意一项应用：上述lncRNA在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；上述lncRNA在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；上述lncRNA在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。上述试剂在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；上述试剂在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；上述试剂在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。本专利技术的目的在于提供XLOC_015408靶基因及其表达产物在预测或辅助预测家畜肌肉品质中的应用，所述XLOC_015408靶基因为AKR家族基因。优选的，AKR家族基因为AKR1CL1和/或AKR1C4基因。本专利技术的目的在于提供XLOC_015408靶基因及其表达产物在选育具有不同家畜肌肉品质猪中的应用，所述XLOC_015408靶基因为AKR家族基因。优选的，AKR家族基因为AKR1CL1和/或AKR1C4基因。进一步，通过测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测AKR1CL1和/或AKR1C4基因的表达水平。优选的，核酸扩增技术采用一对特异性引物扩增AKR1CL1和/或AKR1C4基因；核酸杂交包括与AKR1CL1和/或AKR1C4基因的核酸序列杂交的探针。进一步，通过免疫方法检测AKR1CL1和/或AKR1C4基因表达产物的表达水平。优选的，通过ELISA检测试剂盒和/或胶体金检测试剂盒检测AKR1CL1和/或AKR1C4基因表达产物的表达水平。优选的，家畜为猪。一种检测肌内脂肪的试剂盒，试剂盒包含用于核酸扩增的引物对，序列选自：SEQIDNO.4和SEQIDNO.5组成的引物对；SEQIDNO.6和SEQIDNO.7组成的引物对。本领域技术人员将认识到，本专利技术的实用性并不局限于对XLOC_015408的任何特定变体的基因表达进行定量。在一些实施方案中，其具有与XLOC_015408序列至少85％相同或相似的cDNA序列，诸如上述所列的序列至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或至少99％相同或相似的cDNA序列。术语“同源”是主要是指序列上的同源，也就是用来说明两个或多个蛋白质或DNA序列具有相同的祖先。同源的序列一般有相似的功能。蛋白质和DNA的同源性常常通过它们序列的相似性来判定，相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。一般来说，当相似程度高于50％时，常推测检测序列和目标序列可能是同源序列；当相似性程度低于20％时，就难以确定其是否具有同源性。核酸扩增技术选自聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。其中，PCR需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接扩增RNA。通常，PCR使用变性、引物对与相反链的退火以及引物延伸的多个循环，以指数方式增加靶核酸序列的拷贝数；RT-PCR则将逆转录酶(RT)用于从mRNA制备互补的DNA(cDNA)，然后将cDNA通过PCR扩增以产生DNA的多个拷贝；TMA在基本上恒定的温度、离子强度和pH的条件下自身催化地合成靶核酸序列的多个拷贝，其中靶序列的多个RNA拷贝自身催化地生成另外的拷贝，TMA任选地包括使用阻断，部分、终止部分和其他修饰部分，以改善TMA过程的灵敏度和准确度；LCR使用与靶核酸的相邻区域杂交的两组互补DNA寡核苷酸。DNA寡核苷酸在热变性、杂交和连接的重复多个循环中通过DNA连接酶共价连接，以产生可检测的双链连接寡核苷酸产物；SDA使用以下步骤的多个循环：引物序列对与靶序列的相反本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种lncRNA，所述lncRNA为XLOC_015408，与猪肌内脂肪相关，序列与SEQ ID NO.1具有90％以上序列同源性。

【技术特征摘要】
1.一种lncRNA，所述lncRNA为XLOC_015408，与猪肌内脂肪相关，序列与SEQIDNO.1具有90％以上序列同源性。2.根据权利要求1所述的lncRNA，其特征在于，lncRNA序列与SEQIDNO.1具有95％以上序列同源性，优选的，lncRNA序列为SEQIDNO.1。3.下述任意一项应用：权利要求1或2任意一项所述的lncRNA在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；权利要求1或2任意一项所述的lncRNA在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；权利要求1或2任意一项所述的lncRNA在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。4.一种检测肌内脂肪的试剂，其特征在于，试剂通过测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测权利要求1或2所述的lncRNA的表达水平。5.根据权利要求3所述的试剂，其特征在于，核酸扩增检测XLOC_015408的表达水平的试剂含有一对特异性扩增XLOC_015408的引物；核酸杂交检测XLOC_015408的表达水平的试剂包括与XLOC_015408的核酸序列杂交的探针，优选的，引物序列为SEQIDNO.2和SEQID...

【专利技术属性】
技术研发人员：苗向阳，黄万龙，李嫒，解领丽，张秀秀，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11