可用于产生非典型CD8+ T细胞应答的方法和组合物技术

公开了诱导对异源抗原之CD8+T细胞应答的方法，其中所述CD8+T细胞的至少10％受MHC‑E限制。所述方法包括用不表达UL128和UL130蛋白的CMV载体进行免疫接种。还公开了包含编码异源蛋白抗原、UL40蛋白和US28蛋白的核酸但不表达活性UL128和UL130蛋白的重组CMV载体。还公开了包含编码异源蛋白抗原的核酸但不表达活性UL40蛋白、UL128蛋白、UL130蛋白和任选地US28蛋白的重组CMV载体。还公开了包含编码异源蛋白抗原的核酸但不表达活性US28蛋白、UL128蛋白、UL130蛋白和任选地UL40蛋白的重组CMV载体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】可用于产生非典型CD8+T细胞应答的方法和组合物相关申请的交叉引用本申请要求2015年2月10日提交的美国临时申请No.62/114,203、2015年7月24日提交的美国临时申请No.62/196,520、以及2015年9月18日提交的美国临时申请No.62/220,703的优先权权益，其各自通过引用整体并入本文。
总体来说，本领域是在免疫接种中使用CMV载体。更具体地，本领域是产生以非典型MHC限制性为特征的CD8+免疫应答。更具体地，本领域是产生具有受MHC-E限制之受体的T细胞，包括CD8+。政府支持声明本专利技术是在由美国国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)授予的基金号P01AI094417的美国政府支持下产生的。美国政府对本专利技术享有一定的权利。
技术介绍
表达猿猴免疫缺陷病毒(SimianImmunodeficiencyVirus，SIV)蛋白的恒河猴巨细胞病毒(RhCMV)疫苗载体(RhCMV/SIV)提供了针对病原性SIV的防护(Hansen，S.G.等，NatMed15，293(2009)；Hansen，S.G.等，Nature473，523(2011)；二者均通过引用并入本文)。这种防护与其他T细胞疫苗的根本区别在于其极高的效力以及几乎瞬时起效，约50％的疫苗接种者(vaccinnee)在显著平缓且缩短的病毒血症急性期后表现出对病毒复制的完全控制。尽管RhCMV保护的恒河猴显示病毒血症的周期性低水平“尖峰(blip)”，但是未观察到CD4+记忆T细胞耗竭，未发生SIV特异性抗体应答，并且随后，随着时间的推移病毒核酸变得几乎不可量化，同时能够复制的病毒从受保护动物的组织中消失。这些事件在自发的SIV原种对照者(elitecontroller)和DNA致敏(prime)/Ad5加强疫苗接种的(boostvaccinated)对照者中并不发生(Hansen，S.G.等，Nature502，100(2013)中，通过引用并入本文)。鉴于RhCMV诱导的CD8+T细胞在经RhCMV/SIV疫苗接种的恒河猴中介导这种保护作用中的中心作用，定义这些T细胞的功能特性对于理解其对RhCMV/SIV载体诱导之SIV复制控制的机制性贡献至关重要。理解这些性质可进而导致表达异源抗原之巨细胞病毒(CMV)疫苗载体的新用途。
技术实现思路
本文中公开了在对象中产生对至少一种异源抗原之免疫应答的方法。所述方法包括向所述对象施用有效量的CMV载体。所述CMV载体包含编码所述至少一种异源抗原的第一核酸、编码至少一种活性UL40蛋白或者其同源物或直系同源物的第二核酸序列、以及编码至少一种US28蛋白或者其同源物或直系同源物的第三核酸序列。所述CMV载体不表达活性UL128蛋白或其直系同源物，并且不表达活性UL130蛋白或其直系同源物，并且由所述载体产生的CD8+T细胞的至少10％受MHC-E或其同源物限制。在一些实施方案中，所述第三核酸序列编码二至五种活性US28蛋白或者其同源物或直系同源物。所述异源抗原可以是任何抗原，包括来自于例如以下的病原体特异性抗原：人类免疫缺陷病毒(HIV)、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)、单纯疱疹病毒、乙型或丙型肝炎病毒、乳头瘤病毒(papillomavirus)、疟原虫属(Plasmodium)寄生虫和结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)。在另一些实例中，所述异源抗原可以是肿瘤抗原，包括例如与以下相关的肿瘤抗原：急性髓细胞性白血病(acutemyelogenousleukemia)、慢性髓细胞性白血病(chronicmyelogenousleukemia)、骨髓增生异常综合征(myelodysplasticsyndrome)、急性淋巴细胞白血病(acutelymphoblasticleukemia)、慢性淋巴细胞白血病(chroniclymphoblasticleukemia)、非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin’slymphoma)、多发性骨髓瘤、恶性黑素瘤、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌、结肠癌、肾细胞癌(renalcellcarcinoma，RCC)和生殖细胞肿瘤(germcelltumor)。在另一些实例中，所述异源抗原可以是组织特异性抗原或宿主自身抗原，包括例如来自于T细胞受体(TCR)之可变区的抗原、来自于B细胞受体之可变区的抗原、精子抗原或卵抗原。在另一些实例中，所述载体不编码(1)活性UL40蛋白(或其直系同源物)和/或活性US28蛋白(或其直系同源物)，(2)活性UL128蛋白(或其直系同源物)，以及(3)活性UL130蛋白(或其直系同源物)，产生MHC-II“超表位(supertope)”限制性CD8+T细胞而非HLA-E限制性CD8+T细胞。本文中还公开了人或动物巨细胞病毒载体，其包含编码(1)至少一种异源蛋白抗原的第一核酸序列，(2)编码至少一种活性UL40蛋白或者其同源物或直系同源物的第二核酸序列，以及(3)编码至少一种活性US28蛋白或者其同源物或直系同源物的第三核酸序列。所述载体不表达活性UL128和UL130蛋白或其直系同源物。在一些实施方案中，所述第三核酸序列编码二至五种活性US28蛋白或者其同源物或直系同源物。还公开了人或动物巨细胞病毒载体，其(1)不表达活性UL128蛋白(或其直系同源物)，(2)不表达活性UL130蛋白(或其直系同源物)，并且(3)不表达活性UL40蛋白(或其直系同源物)和/或活性US28蛋白(或其直系同源物)。本文中还公开了产生识别MHC-E-肽复合物之CD8+T细胞的方法。所述方法包括向第一对象施用有效产生识别MHC-E/肽复合物的CD8+T细胞组之量的CMV载体，其编码(1)至少一种异源抗原，(2)至少一种活性UL40蛋白(或其直系同源物或同源物)，以及(3)至少一种活性US28基因(或其直系同源物或同源物)。所述CMV载体不编码活性UL128和UL130蛋白或其直系同源物。在一些实施方案中，所述CMV载体编码二至五种活性US28蛋白或者其直系同源物或同源物。所述异源抗原可以是任何抗原，包括病原体特异性抗原、肿瘤抗原、自身抗原或组织特异性抗原。在一些实施方案中，所述自身抗原是来自于T或B细胞受体之可变区的抗原。在一些实施方案中，该方法还可包括鉴定所述CD8+T细胞组的第一CD8+T细胞受体，其中所述第一CD8+TCR识别来自于MHC-E/异源抗原的肽复合物。在一些实施方案中，通过DNA或RNA测序鉴定所述第一CD8+T细胞受体。在一些实施方案中，该方法还可包括用表达载体转染从第一对象或第二对象分离的一种或更多种T细胞，其中所述表达载体包含编码第二CD8+T细胞受体的核酸序列和与编码所述第二CD8+T细胞受体的核酸序列可操作地连接的启动子，其中所述第二CD8+T细胞受体包含所述第一CD8+T细胞受体的CDR3α和CDR3β，从而产生识别来自于MHC-E/异源抗原的肽复合物的一种或更多种经转染CD8+T细胞。在一些实施方案中，该方法还可包括向第一或第二对象施用所述经转染CD8+T细胞以治疗疾病，例如癌症、病原体感染(pathogenicinfection本文档来自技高网...

【技术保护点】
巨细胞病毒(CMV)载体，其包含：(1)编码至少一种异源抗原的第一核酸序列；(2)编码至少一种活性UL40蛋白或者其直系同源物或同源物的第二核酸序列；以及(3)编码至少一种活性US28蛋白或者其直系同源物或同源物的第三核酸序列；其中所述CMV载体不表达活性UL128蛋白或其直系同源物，并且不表达活性UL130蛋白或其直系同源物。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.02.10 US 62/114,203;2015.07.24 US 62/196,520;1.巨细胞病毒(CMV)载体，其包含：(1)编码至少一种异源抗原的第一核酸序列；(2)编码至少一种活性UL40蛋白或者其直系同源物或同源物的第二核酸序列；以及(3)编码至少一种活性US28蛋白或者其直系同源物或同源物的第三核酸序列；其中所述CMV载体不表达活性UL128蛋白或其直系同源物，并且不表达活性UL130蛋白或其直系同源物。2.权利要求2所述的CMV载体，其中所述至少一种异源抗原包含病原体特异性抗原、肿瘤抗原、组织特异性抗原或宿主自身抗原。3.权利要求2所述的CMV载体，其中所述宿主自身抗原是来自于T细胞受体(TCR)之可变区的抗原或来自于B细胞受体之可变区的抗原。4.权利要求2所述的CMV载体，其中所述病原体特异性抗原来自于选自以下的病原体：人类免疫缺陷病毒、猿猴免疫缺陷病毒、单纯疱疹病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、乳头瘤病毒、疟原虫属寄生虫和结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)。5.权利要求2所述的CMV载体，其中所述肿瘤抗原与选自以下的癌症相关：急性髓细胞性白血病、慢性髓细胞性白血病、骨髓增生异常综合征、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、恶性黑素瘤、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌、结肠癌、肾细胞癌(RCC)和生殖细胞肿瘤。6.权利要求1至5中任一项所述的CMV载体，其中由于在编码UL128或UL130或者其直系同源物的核酸序列中存在一个或更多个突变，所述CMV载体不表达活性UL128或UL130蛋白或者其直系同源物。7.权利要求6所述的CMV载体，其中编码UL128或UL130或者其直系同源物的核酸序列中的所述一个或更多个突变选自：点突变、移码突变、截短突变和编码所述蛋白之全部核酸序列的缺失。8.权利要求1至7中任一项所述的CMV载体，其中所述CMV载体还包含第四核酸序列，其中所述第四核酸序列包含抑制UL128或UL130或者其直系同源物表达的反义序列或RNAi序列。9.权利要求1至8中任一项所述的CMV载体，其中所述CMV载体还包含编码病毒蛋白的一个或更多个病毒基因中的至少一个失活突变，所述病毒蛋白对于体内生长是必需的、非必需的或增强性的。10.权利要求9所述的CMV载体，其中所述至少一个失活突变选自：点突变、移码突变、截短突变和编码所述病毒蛋白之全部核酸序列的缺失。11.权利要求9或10所述的CMV载体，其中所述至少一个失活突变在UL82(pp71)中。12.权利要求9至11中任一项所述的CMV载体，其中所述至少一个失活突变在US11中。13.权利要求1至12中任一项所述的CMV载体，其中所述CMV载体是人CMV(HCMV)或恒河猴CMV(RhCMV)载体。14.在对象中产生对至少一种异源抗原之免疫应答的方法，所述方法包括向所述对象施用在所述对象中有效引起对第一异源抗原的CD8+T细胞应答之量的权利要求1至13中任一项所述的CMV载体。15.权利要求14所述的方法，其中由所述CMV载体引起的CD8+T细胞的至少10％受MHC-E或其直系同源物限制。16.权利要求15所述的方法，其中由所述CMV载体引起的CD8+T细胞的至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少75％、至少90％、至少95％或至少95％受MHC-E或其直系同源物限制。17.权利要求15或16所述的方法，其还包括鉴定来自由所述CMV载体引起的CD8+T细胞的CD8+TCR，其中所述CD8+TCR识别来自于MHC-E/异源抗原的肽复合物。18.权利要求17所述的方法，其中通过DNA或RNA测序鉴定所述CD8+TCR。19.权利要求14至18中任一项所述的方法，其中所述对象先前已暴露于CMV。20.权利要求14至19中任一项所述的方法，其中所述对象是人或非人灵长类。21.权利要求14至20中任一项所述的方法，其中施用所述CMV载体包括皮下、静脉内、肌内、腹膜内或经口施用所述CMV载体。22.权利要求14至21中任一项所述的方法，其还包括向所述对象施用第二CMV载体，其中所述第二CMV载体包含编码至少一种异源抗原的核酸序列。23.权利要求22所述的方法，其中所述第二CMV载体表达活性UL128蛋白。24.权利要求22或23所述的方法，其中所述第二CMV载体表达活性UL130蛋白。25.权利要求22至24中任一项所述的方法，其中所述第二CMV载体的所述至少一种异源抗原是病原体特异性抗原、肿瘤抗原、组织特异性抗原或宿主自身抗原。26.权利要求25所述的方法，其中所述宿主自身抗原是来自于TCR之可变区的抗原或来自于B细胞受体之可变区的抗原。27.权利要求25所述的方法，其中所述第二CMV载体的所述病原体特异性抗原来自于选自以下的病原体：人类免疫缺陷病毒、猿猴免疫缺陷病毒、单纯疱疹病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、乳头瘤病毒、疟原虫属寄生虫和结核分枝杆菌。28.权利要求25所述的方法，其中所述第二CMV载体的所述肿瘤抗原与选自以下的癌症相关：急性髓细胞性白血病、慢性髓细胞性白血病、骨髓增生异常综合征、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、恶性黑素瘤、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌、结肠癌、肾细胞癌(RCC)和生殖细胞肿瘤。29.权利要求22至24中任一项所述的方法，其中所述第一CMV载体和所述第二CMV载体的所述至少一种异源抗原是相同抗原。30.权利要求22至29中任一项所述的方法，其中所述第二CMV载体是HCMV或RhCMV载体。31.权利要求22至30中任一项所述的方法，其中施用所述第二CMV载体包括静脉内、肌内、腹膜内或经口施用所述第二CMV载体。32.权利要求22至31中任一项所述的方法，其中所述第二CMV载体在所述第一CMV载体之前、与其同时或之后施用。33.CMV载体，其包含编码至少一种异源抗原的核酸序列，其中所述CMV载体：(1)不表达活性UL128蛋白或其直系同源物；(2)不表达活性UL130蛋白或其直系同源物；并且(3)不表达选自UL40或US28的活性蛋白质或其直系同源物。34.权利要求33所述的CMV载体，其中所述至少一种异源抗原包含病原体特异性抗原、肿瘤抗原、组织特异性抗原或宿主自身抗原。35.权利要求34所述的CMV载体，其中所述宿主自身抗原是来自于TCR之可变区的抗原或来自于B细胞受体之可变区的抗原。36.权利要求34所述的CMV载体，其中所述病原体特异性抗原来自于选自以下的病原体：人类免疫缺陷病毒、猿猴免疫缺陷病毒、单纯疱疹病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、乳头瘤病毒、疟原虫属寄生虫和结核分枝杆菌。37.权利要求34所述的CMV载体，其中所述肿瘤抗原与选自以下的癌症相关：急性髓细胞性白血病、慢性髓细胞性白血病、骨髓增生异常综合征、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、恶性黑素瘤、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌、结肠癌、肾细胞癌(RCC)和生殖细胞肿瘤。38.权利要求33至37中任一项所述的CMV载体，其中由于在编码UL128、UL130、UL40或US28或者其直系同源物的核酸序列中存在一个或更多个突变，所述载体不表达活性UL128、UL130、UL40或US28蛋白或者其直系同源物。39.权利要求38所述的CMV载体，其中编码UL128、UL130、UL40或US28蛋白或者其直系同源物的核酸序列中的所述一个或更多个突变选自：点突变、移码突变、截短突变和编码所述蛋白之全部核酸序列的缺失。40.权利要求33至39中任一项所述的CMV载体，其还包含第二核酸序列，其中所述第二核酸序列包含抑制UL128、UL130、UL40或US28或者其直系同源物表达的反义序列或RNAi序列。41.权利要求33至40中任一项所述的CMV载体，其中所述CMV载体还包含编码病毒蛋白的一个或更多个病毒基因中的至少一个失活突变，所述病毒蛋白对于体内生长是必需的、非必需的或增强性的。42.权利要求41所述的CMV载体，其中所述至少一个失活突变选自：点突变、移码突变、截短突变和编码所述病毒蛋白之全部核酸序列的缺失。43.权利要求41或42所述的CMV载体，其中所述至少一个失活突变在UL82(pp71)中。44.权利要求41至43中任一项所述的CMV载体，其中所述至少一个失活突变在US11中。45.权利要求33至44中任一项所述的CMV载体，其中所述CMV载体是人CMV(HCMV)或恒河猴CMV(RhCMV)载体。46.在对象中产生对至少一种异源抗原之免疫应答的方法，所述方法包括向所述对象施用在所述对象中有效引起对所述至少一种异源抗原的CD8+T细胞应答之量的权利要求33至45中任一项所述的CMV载体。47.权利要求46所述的方法，其中由所述CMV载体引起的CD8+T细胞的少于1％受MHC-E限制。48.权利要求46或47所述的方法，其中由所述CMV载体引起的CD8+T细胞的多于10％被由单个或多个MHC-II等位基因呈递的肽刺激。49.权利要求46至48中任一项所述的方法，其中所述对象先前已暴露于CMV。50.权利要求46至49中任一项所述的方法，其中所述对象是人或非人灵长类。51.权利要求46至50中任一项所述的方法，其中施用所述CMV载体包括静脉内、肌内、腹膜内或经口施用所述第一CMV载体。52.权利要求46至51中任一项所述的方法，其还包括向所述对象施用第二CMV载体，其中所述第二CMV载体包含编码至少一种异源抗原的核酸序列。53.权利要求52所述的方法，其中所述第二CMV载体表达活性UL128蛋白。54.权利要求52或53所述的方法，其中所述第二CMV载体表达活性UL130蛋白。55.权利要求52至54中任一项所述的方法，其中所述第二载体的所述至少一种异源抗原是病原体特异性抗原、肿瘤抗原、组织特异性抗原或宿主自身抗原。56.权利要求55所述的方法，其中所述宿主自身抗原是来自于TCR之可变区的抗原或来自于B细胞受体之可变区的抗原。57....

【专利技术属性】
技术研发人员：克劳斯·弗吕，路易斯·皮克，斯克特·汉森，约纳·萨夏，丹尼尔·马卢利，
申请(专利权)人：俄勒冈健康与科学大学，
类型：发明
国别省市：美国,US