一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备制造方法及图纸
【技术实现步骤摘要】
一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备
本专利技术属于基因组学
，尤其涉及一种脱靶位点的检测方法、装置及终端设备。
技术介绍
CRISPR(Clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats)被称为规律成簇间隔短回文重复，是细菌用以保护自身对抗病毒的一个系统，也是一种对付攻击者的基因武器。CRISPR-Cas9是一种基因组编辑技术，能够通过DNA剪切技术治疗多种疾病，但是这种技术也并不完美。在使用时，它有时会在未曾预料的脱靶位点上产生插入和缺失(insertionsandindel)。鉴于预料之外的基因切割可能导致意想不到的突变，因此检测CRISPR-Cas9基因编辑过程中脱靶位点(off-target)是至关重要的。目前，已有多款针对CRISPR-Cas9技术的脱靶效应的评估方法，例如软件预测(CRISPRDesign)、GUIDE-seq、Digenome-seq等等，但这些评估方法各有优缺点。软件预测方法通过一些特定的规律，所有可能的off-target罗列出来，但是大多数预测结果与实验结果不符，只...
【技术保护点】
一种脱靶位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括：选取基因样本，所述基因样本包括子代基因样本和所述子代基因样本的亲本基因样本；通过全基因组测序分别对所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行处理，并根据指定的比对规则将测序后的所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行比对；将所述比对的结果进行格式转换，生成指定格式的比对结果文件；通过综合基因组学查看器IGV显示所述指定格式的比对结果文件，以便用户确认脱靶数目和脱靶位点。
【技术特征摘要】
1.一种脱靶位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括：选取基因样本，所述基因样本包括子代基因样本和所述子代基因样本的亲本基因样本；通过全基因组测序分别对所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行处理，并根据指定的比对规则将测序后的所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行比对；将所述比对的结果进行格式转换，生成指定格式的比对结果文件；通过综合基因组学查看器IGV显示所述指定格式的比对结果文件，以便用户确认脱靶数目和脱靶位点。2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述通过全基因组测序分别对所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行处理，并根据指定的比对规则将测序后的所述子代基因样本和所述亲本基因样本进行比对的步骤，具体包括：对选取的基因样本进行扩增处理，并对经过扩增处理后的基因样本进行全基因组测序；对进行全基因组测序后的子代基因样本中的插入缺失标记进行筛选，保留只在所述子代基因样本中而不在所述亲本基因样本中的插入缺失标记位点；确定进行全基因组测序后的亲本基因样本中与所述插入缺失标记位点相同位置的碱基序列片段的条数；确定子代基因样本的测序深度与比对质量MAPQ；确定进行全基因组测序后的子代基因样本中的前间区序列邻近基序PAM；根据所述插入缺失标记位点、所述碱基序列片段的条数、所述测序深度、所述比对质量MAPQ以及所述子代基因样本中的前间区序列邻近基序PAM错配的碱基数，按指定的比对规则保留插入缺失标记位点。3.如权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述根据所述插入缺失标记位点、所述碱基序列片段的条数、所述测序深度、所述比对质量MPAQ以及所述子代基因样本中的前间区序列邻近基序PAM，按指定的比对规则保留插入缺失标记位点，包括：a、对所述插入缺失标记位点进行筛选，保留亲本基因样本中与所述插入缺失标记位点相同位置的碱基序列片段不少于2条的插入缺失标记位点；b、对经过步骤a筛选后保留的插入缺失标记位点进一步筛选，保留在所述子代基因样本中测序深度大于5，且插入缺失标记的数目与在这一位点上所有碱基序列片段的条数的比率大于20％的插入缺失标记位点；c、对经过步骤b筛选后保留的插入缺失标记位点进一步筛选，保留比对质量不小于15的插入缺失标记位点；d、获取步骤c中插入缺失标记位点中错配的碱基数，当PAM序列为NGG碱基序列时，保留错配的碱基数不大于8的插入缺失标记位点；当PAM序列为NAG碱基序列时时，保留错配的碱基数不大于4，并且PAM序列与插入缺失标记位点的位置小于等于20碱基的插入缺失标记位点。4.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述生成指定格式的比对结果的步骤，包括：将通过全基因组测序后的比对结果转换成序列比对文件SAM格式文件；对SAM格式文件进行处理，生成二进制序列比对文件BAM格式文件；对所述BAM格式文件进行处理，生成变量...
【专利技术属性】
技术研发人员：贺建奎，陈凯婧，陈杨冉，
申请(专利权)人：南方科技大学，
类型：发明
国别省市：广东,44
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