用于检测淋病奈瑟氏球菌的试剂和方法技术

本发明专利技术涉及用于检测样品中的淋病奈瑟氏球菌的试剂和方法。该方法包括（ａ）将来自所述样品的核酸和／或其一种或多种扩增子与至少第一核酸引物对在至少一个核酸扩增反应中接触，所述的核酸引物包含至少一个选自下述的核酸：ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯＳ：３７－６０；与ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯＳ：３７－６０基本上同一的变体，其中所述的变体与ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯＳ：３７－６０之一具有至少９０％的序列同一性；以及ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯＳ：３７－６０的互补序列及其变体。本发明专利技术还涉及与之相关的反应混合物，试剂盒，系统和计算机。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学和和核酸化学领域。本专利技术提供用于检测病原、体,例i口'淋病奈瑟氏J求菌(A^/^en'a go"o r^oeae )的方'法和^式剂， 因此也涉及医学诊断和预防领域。
技术介绍
奈瑟氏球菌属(A^heWa)是由革兰氏阴性需氧细菌组成，其包 括作为淋病致病因素的人病原体——淋病奈瑟氏球菌。淋病奈瑟氏球菌感染具有高流行性和低致命性，通常是通过性接触获得，典型地， 感染男性尿道黏膜和女性宫颈内膜。但这种感染也能散播到其他组 织。例如，如果未经治疗，男性的生殖器感染可以上行尿道产生前列 腺的症状，在女性中子宫颈淋病奈瑟氏球菌感染可以扩散至输卵管， 最终导致不孕等病症。淋病奈瑟氏球菌的致病机理包括细菌通过菌毛 附着于无纤毛的上皮细胞。所述机理还包括产生内毒素和IgA蛋白 酶。经常可以观察到淋病奈瑟氏球菌和砂眼衣原体(CW"m;^力 frac/ omflto)共感染。已知这两种感染是异位妊娠的两种已知病因， 未经治疗可导致不育。它们也是急性粘液浓宫颈炎(mucopurulent cervicitis)的急性临床综合症和骨盆炎症疾病(pelvic inflammatory disease)的已知病因。因此，对于特别是女性中可能是无症状的淋病 奈瑟氏球菌和砂眼衣原体感染的检测对于有待进行治疗的个体，对于 更广泛的处于获得并进一步传播所述感染的危险的人群而言是非常 重要的。对细菌感染的检测与鉴定通常是通过纯培养分离以及根据样品 来源，必要生长条件，可见生长特性，显微形态学，染色反应，生化 特性信息的测定方法进行的。例如，已存在的检测并鉴定淋病奈瑟氏 球菌的方法包括革兰氏染色法，在选择琼脂培养基上进行培养的方 法，以及利用细胞色素氧化酶和碳水化合物利用测试。也有记栽利用 包括凝集反应和荧光抗体染色的血清学实验对淋病奈瑟氏球菌进行检测。基于培养的方法，虽然相对灵敏，但通常进行得緩慢，经常需 要过夜培养因此耗费人力。革兰氏染色和基于抗体实验的方法通常可 以在1小时内获得结果，但灵敏性通常低于基于培养的方法。相对有问题的免疫学方法和已存在的其他方法，利用特异性多核 苷酸序列作为探针来识别感染介质是一种可选择的方法。例如，互补Southern印迹、点印迹之类的杂交方法。许多杂交方法均依赖于样品 的培养和/或富集因此不适用于快速诊断。聚合酶链式反应等特定核酸序列的快速扩增技术的出现，提供了 一种直接将序列特异性探针应用 于临床样品的途径，由此无需在进行杂交试验之前对病原体进行富集 和体外培养。由此，基于扩增反应的杂交试验可以提供简单、快速地 对临床样品中的病原体进行检测的技术。目前所应用的许多探针相对于诸如，淋病奈瑟氏球菌，脑膜炎奈 瑟氏球菌(A^wen》we"/wg&Vfc )等具有高度核酸序列同源性的病原 体之间的差异缺乏足够的特异性。这将导致包括假阳性在内的试验结 果的偏差。误诊的结果可能造成对患者施以不当的治疗。专利技术简述本专利技术提供用于快速检测淋病奈瑟氏球菌的、种特异性的方法和 试剂，所述的种特异性的是指无需对奈瑟氏球菌属的其他种或其他属 的种进行实质性的检测。例如，本专利技术的核酸检测试剂(如，核酸探 针，序列特异性抗体等)典型地与存在于淋病奈瑟氏球菌而不存在于其 他种中的核普酸序列结合。进一步地，由于感染了淋病奈瑟氏球菌的 患者通常也感染有砂眼衣原体(CWamy&fl ^acAomato),本专利技术还 才是供 一 同#r测样品中的淋病奈瑟氏球菌和石少眼衣原体的方法。该方法 使患者所要接受的诊断程序最简化，同时也显著的使诊断所需总的花 费最低化。除了组合物和反应混合物之外，本专利技术还涉及用于检测病 原体的试剂盒和系统，还涉及相关的计算^L和计算机可读介质。本专利技术的一个方面提供由下述核酸组成的寡核苷酸，所述的核酸 具有选自SEQ ID NOS: 37-60或其互补序列的序列。另一方面，本发 明提供具有50个或以下的核苷酸的寡核苷酸，所述的寡核苷酸包含 下述的核酸，所述的核酸具有选自SEQ ID NOS: 37-60或其互补序列的序列。又一方面本专利技术涉及包括下述核酸的寡核苷酸，所述的核酸与SEQ ID NOS: 37-60之一或其互补序列具有至少90%(例如，至少 95%,等等)的序列同一性。典型地，在这些实施方案中所述的寡核普 酸是核酸引物、核酸探针等。在这些具体的实施方案中，所述的寡核 苷酸具有40个或以下的核苷酸(例如，35个或以下的核普酸，30个或 以下的核苷酸等)。在某些实施方案中，所述的寡核苷酸包含至少一个 经修饰的核苷酸。任选地，所述的寡核普酸包含至少一个标记和/或至 少一个猝灭剂组成成4分(quencher moiety )。 在某些实施方案中，所 述的寡核苷酸包括至少 一个保守性修饰的变异。本专利技术的再 一 方面提供检测样品中的淋病奈瑟氏球菌的方法，该 方法包括(a)将来自所述样品的核酸和/或其 一 种或多种扩增子与至少 第 一核酸引物对在至少 一个核酸扩增反应中接触，所述的核酸引物 包含至少一个选自下述的核酸SEQ ID NOS: 37-60;与SEQ ID NOS: 37-60基本上同一的变体，其中所述的变体与SEQ ID NOS: 37-60之 一具有至少90%的序列同一性；以及SEQ ID NOS: 37-60的互补序列 及其变体。该方法还包括(b)在(a)期间或之后检测所述的核酸和/ 或来自所述核酸扩增反应的 一 个或多个其扩增子，由此检测样品中的 淋病奈瑟氏球菌。在一些实施方案中，(a)包含将来自所述样品的核 酸与与砂眼衣原体核酸至少部分互补的至少第二核酸引物对接触。在 这些实施方案中(b)包含在(a)期间或之后^r测来自所述核酸扩增反 应的一个或多个附加的扩增子，由此4企测样品中的砂眼衣原体。在具 体的实施方案中，至少一个所述的核酸引物包含经修饰的核酸引物。 在一些实施方案中，所述核酸引物中的至少一个包含至少一个标记。 在这些实施方案中，(b)任选地包含片全测由所述标记产生的可检测的信 号，或扩增由所述标记产生的可检测的信号，由此产生经扩增的信号 并检测经扩增的信号。在一些实施方案中，(b)包含检测所述的核酸 扩增子与 一个或多个以可检测的方式结合于下述核酸的核酸4企测试 剂的结合，所述的核酸为SEQ ID NO: 36组成的序列；与SEQ ID NO: 36组成的序列基本上同一的变体，所述的变体与SEQIDNO:36具有 至少90%序列同一性；SEQIDNO: 36的互补序列或其变体。此处， 在具体的实施方案中所述的核酸检测试剂中的至少 一 个包含寡核苷 酸。在特定的实施方案中至少一个所述的核酸检测试剂包含具有下述序列的核酸，所述序列选自SEQ ID NOS: 37-60;与SEQ ID NOS: 37-60基本上同一的变体，其中所述的变体与SEQ ID NOS: 37-60之一 具有至少90%的序列同一性；以及SEQ ID NOS: 37-60的互补序列及 其变体。典型地，至少一个所述的核酸4企测试剂包含至少一个标记和/或至 少一个猝灭剂组成成分。在这些实施方案中，(b)任选地包含检测由所 述标记产生的可4企测的信号，或扩增由所述标记产生的可4企本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种寡核苷酸，其具有５０个或以下的核苷酸，且包含与ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯＳ：３７－６０之一或其互补序列具有至少９０％序列同一性的核酸。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：P戴利，D卡瓦，SD卢，
申请(专利权)人：霍夫曼拉罗奇有限公司，
类型：发明
国别省市：CH[瑞士]