利用基因表达分布图识别、监控和治疗疾病以及鉴定生物学状态制造技术

本发明专利技术涉及一种提供基于来自受试者的样品显示受试者状态，如生物学状态的指标的方法。所述方法的实施方案包括：从样品获得一种分布数据集，该分布数据集包括很多的元素，每一元素是所选择的组分组中不同ＲＮＡ或蛋白组分量的定量测定，从而使组分的测定能够用于评价生物学状态；以及在获得分布数据集的过程中，且在测定条件大体上可重复的条件下获得每一组分的测定；并将获自分布数据集的值应用到指标函数中，所述指标函数提供了从分布数据集的实例到生物学状态单值测定的映象，从而产生与受试者的生物学状态相对应的指标。（*该技术在2022年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】

和
技术介绍
本专利技术涉及基因表达数据的应用，具体的涉及基因表达数据在识别，监控和治疗受试者的疾病以及鉴定受试者的生物学状态方面的应用。现有技术已经利用基因表达数据来测定特定标记如特定状态的诊断的存在或缺乏，且在一些情况下已经描述了特定疾病标记的过量表达的得分的累积来提高诊断的精确度或灵敏度。特定患者任意状态的信息以及患者对治疗因子或营养因子类型和剂量的应答在今天已经成为临床医学的重要问题，不但在保健工业的医疗实践的效率方面而且提高了患者的结果和受益。专利技术的概述在第一个实施方案中，提供了一种基于来自受试者的样品评价受试者的生物学状态的方法。所述方法包括从样品获得一个分布数据集，分布数据集包括一组元素，每个元素是在一组组分中的不同RNA或蛋白组分的定量测定的值，其中组分的选择基于使得组分的测定能够评价生物学状态；在获得分布数据集的过程中在大体上可重复的测量条件下对每个组分进行测定。在有关的实施方案中，提供了一种基于来自受试者样品显示受试者状态，如生物学状态的指标。此实施方案包括从样品获得一个分布数据集，分布数据集包括多个元素，每个元素是在一组组分中的不同RNA或蛋白组分的定量测定的值，其中组分的选择基于使得组分的测定能够评价生物学状态；以及在获得分布数据集的过程中，在大体上可重复的测量条件下对每个组分进行这种测定；并将分布数据集的值应用到指标函数中提供了分布数据集的实例到生物学状况的单值测定的映象，来生成对应于受试者的生物学状况的指标。在另一个与上述相关的实施方案中，还包括，在所有组分扩增的特异性和效率大体上是类似的测定条件下从分布图数据系列获得针对每个组分的测定。类似的另一个实施方案可选择地或另外包括，在所有组分扩增的特异性和效率大体上是类似的测定条件下，从分布图数据系列获得获得针对每个组分的测定。在另一个涉及提供指标的实施方案中，也包括提供指标函数的标准值，其通过相应的群体进行测定，使得指标相关于标准值进行解释。可选择地提供标准值包括建立指标函数使得标准值为大约1。同样选择性地，相应的群体具有至少年龄组，性别，种族，地理位置，饮食习惯，药物紊乱，临床指标，药物处理，身体活动，体重和环境接触之一的共同特性。在另一个相关的实施方案中，扩增的效率表示为所有组分的百分比，在大约2％的范围内，且选择性地，大约1％。另一个相关的实施方案中，测定条件是可重复的使得每一组分的测定针对样品测定的重复获得具有一个离差系数，其小于大约3％。在进一步的实施方案中，该小组包括至少三个组分且可选择地少于大约500个组分。在另一个实施方案中，被评价的生物学状态是关于受试者的局部组织的且样品获自组织或局部组织的不同类型的液体。在相关的实施方案中，生物学状态可以是通过相应基因表达组的相应组分进行测定的任意在表1到12中鉴定的状态。每一情况下的组包括至少两个，且选择性地至少三个，四个，五个，六个，七个，八个，九个或十个相应的基因表达组的组分。在另一个实施方案中，提供了一种基于来自受试者的样品显示受试者炎症状态的指标的方法，包括从样品获得第一分布数据集，第一分布数据集包括很多的元素，每一元素是一组组分的不同RNA或蛋白组分的量的定量测定，组包括至少两个表1的炎症基因表达组的组分；(尽管在其它实施方案中，至少三个，四个，五个，六个或十个表1的组的组分可被应用在一组中)其中，在获得第一个分布数据集的过程中，在所有组分扩增的特异性和效率大体上类似以及在大体上可重复的条件下针对每一组分进行测定；以及将来自第一分布数据集的值应用到指标函数中，所述指标函数提供了从分布数据集的实例得到生物学状态(在一个实施方案中，可以是一种炎症状态)一个单值测定的映象，使得产生与样品或受试者的生物学状态相对应的指标。生物学状态可以是利用合适的基因表达组可进行评价的任何状态；利用炎症基因表达组进行的炎症程度的测定仅仅是一个实例。在其它的实施方案中，指标函数的映象可进一步地基于相应基线分布数据集的例子，并且来自相同受试者或来自具有类似或不同生物学状态的样品或受试者群体的相应的基线分布数据集的值可被应用。另外，建立的指标函数通常可在与增加炎症有关的组分表达增加的例子中以及在与炎症增加有关的组分表达下降的例子中向上偏离标准值。指标函数的建立可选择性地根据被测定的表达水平与炎症程度的相关程度来估计组中的组分的表达值。指标函数的建立可选择性地通过考虑临床观察的炎症生物学或考虑实验获得的数据或考虑从与临床和人口数据相关的数据库中的分布数据集的计算机分析获得的关系。关于这一点，指标函数的建立可通过统计学的方法来实现，所述统计学方法评价此数据，来建立炎症程度最佳化预测的组分表达值的模型。在另一个实施方案中，组包括至少一个与特定的炎性疾病有关的组分。如上所述的方法可进一步的利用步骤(i)通过同时基于至少一种人口数据和临床数据的实例进行指标函数的映象和(ii)应用来自第一个分布数据集的值，包括应用一组与至少一种人口数据和临床数据有关的值。在上述方法的另一实施方案中，在第一位置获得部分第一个分布数据集且在第二位置应用来自第一分布数据集的值，并且与获自第一分布数据集部分有关的数据通过网络传递到第二位置从而能够在第二位置应用来自第一分布数据集的值。在所述方法的一个实施方案中，指标函数是项的线性总和，每一项是分布数据集的一个元素的贡献函数(contribution function)。此外，贡献函数可以是一个元素或其倒数的幂的加权总和，且幂可以是整数，所以贡献函数是一个元素或其倒数的多项式。可选择的，多项式是一个线性多项式。分布数据集可包括选自包括IL1A，IL1B，TNF，IFNG和IL10的组的相应组分的至少三个，四个或所有的元素。指标函数可以为1/4{IL1A}+1/4{IL1B}+1/4{TNF}+1/4{INFG}1/{IL10}的比例且大括号内的组分表示组分的测定。在另外的一个实施方案中，提供了一种分析与受试者样品有关的复数数据获得炎症相关信息的方法，该方法包括获取样品的基因表达分布图，所述的基因表达分布图基于炎症的特征组；以及利用基因表达分布图来测定样品的基因表达分布炎症指标。在另外一个实施方案中，提供了一种监控受试者生物学状态的方法，包括获得来自每一受试者的一系列样品不同时间的的基因表达分布图，所述的基因表达分布图基于炎症的特征组；以及对于每一系列的样品而言，利用相应的基因表达分布图来测定基因表达分布图的炎症指标。在另外一个实施方案中，提供了一种测定至少(i)给受试者施用的因子的有效剂量以及(ii)给受试者施用因子的方案之一的方法，该方法包括获得受试者样品的基因表达分布图，所述基因表达分布图基于炎症的特征组；利用基因表达分布图来测定样品的基因表达分布炎症指标；以及利用基因表达分布的炎症指标作为建立至少有效剂量和给药方案之一的指示剂。在另外一个实施方案中，提供了一种指导受试者生物学状态的连续或改变治疗的决定的方法，所述方法包括从受试者样品获得基因表达分布图，该基因表达分布图基于炎症的特征组；以及利用基因表达分布图来测定用于样品的基因表达分布炎症指标。提供了一种预测因暴露于一种因子受试者生物学状态变化的方法，所述方法包括从来自缺少因子的受试者的第一样品获得第一基因本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于受试者的样品评价受试者的生物学状态的方法，所述方法包括：　　　　从样品获得一分布数据集，所述分布数据集包括多个元素，每一元素是所选的一组组分中不同ＲＮＡ或蛋白组分量的定量测定从而使得组分的测定能够进行生物学状态的评价；以及　　　　在获得分布数据集的过程中，在基本上可重复的测定条件下实现对每一组分的这种测定。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：迈克尔贝维拉夸，约翰C谢罗尼斯，维克托特赖恩，达努特M班凯提斯戴维斯，
申请(专利权)人：苏尔斯精细医药公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]