一种减少假阳性结果的方法技术

本发明专利技术提供了用于消除来自某些分子的液体污染的方法和化合物。特别地，本发明专利技术指向保持试剂不含双链核酸分子的方法和化合物。更特别地，本发明专利技术指向确保没有扩增污染的扩增核酸的方法和化合物。

【技术实现步骤摘要】
专利
本专利技术提供了用于去除来自某些分子的液体污染的方法和化合物。特别是，本专利技术指向保持试剂不含所述分子的方法和化合物。更特别地，本专利技术指向确保样品中目标分子的核酸扩增反应避免假阳性结果的方法和化合物。现有技术背景以核酸分析为基础用于诊断或研究的微生物检测仍然日趋重要。这是由于一方面，核酸经常以非常小的浓度存在，另一方面，经常发现核酸存在于很多其他的固体和溶解的物质中，例如在细胞裂解后，这些难以分离和测定核酸，特别是在允许对特异的被分析物进行检测的生物特异性分析中。因此在大多数情况下，这些微生物检测包括对待检测的特征性DNA分子进行至少一个扩增步骤。需要两条寡核苷酸引物选择性结合的众所周知的检测是在US 4,683,195中描述的聚合酶链式反应(PCR)。这种方法在脱氧核苷三磷酸的存在下在几个循环中通过热稳定性聚合酶将特异性核酸区域选择性地扩增至可检测的水平。其他可能的扩增反应是连接酶链式反应(LCR；Wu，D.Y.和Wallace，R.B.，Genomics 4(1989)560-569以及Barany，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88(1991)189-193)；聚合酶连接酶链式反应(Barany，PCR Methods and Applic.1(1991)5-16)；Gap-LCR(PCT专利公开号WO 90/01069)；修复链式反应(欧洲专利公开号439 182 A2)、3SR(Kwoh，D.Y.等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86(1989)1173-1177；Guatelli，J.C.等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87(1990)1874-1878；PCT专利公开号WO 92/0880A)，和NASBA(美国专利号5,130,238)。更进一步的，还有链置换扩增(SDA)、转录介导扩增(TMA)和Qβ-扩增(相关综述参见例如Whelen，A.C.和Persing.D.H.，Annu.Rev.Microbiol.50(1996)349-373；Abramson，R.D.和Myers，T.W.，Current Opinion in Biotechnology 4(1993)41-47)。由于这些技术导致核酸分子急骤扩增，因此即使来自为所述扩增反应所必需的试剂的非所需核酸分子对样品的最轻微污染，也可能导致大量的假扩增产物，类似于例如假阳性诊断。当待测样品中存在细菌以及所使用的一些试剂被这种细菌污染，或被来自这种细菌的核酸污染时，就可能在微生物检测中发生突出的这种现象的实例。在这种情况下，在检测中来自样品的目标核酸分子与来自污染试剂的非所需分子是一样的。因此，对于无污染的核酸扩增反应环境的要求是至关重要的。在科学文献和专利申请中，描述了对来自核酸的溶液进行净化的一些方法。这些方法包括化学处理，例如使用次氯酸钠(Prince，A.M.和Andrus，L，Biotechniques 12(1992)358-360)、表面活性剂、或氧化剂(WO2002/060539)。另外的一些策略使用消化酶进行处理(Fox，J.C.等人，J.Virol.Meth.33(1991)375-3823)或UV照射(Fox，J.C.等人，J.Virol.Meth.33(1991)375-3823)。上述的相关策略可从一些综述中找到(Abravaya，K.等人，Nucleic Acid Ampl.Technol.第9章(1997)125-133；Corless，C.E.等人，J.Clin.25 Microbiol. 38(2000)1747-1752；Klaschik，S.等人，Mol.Biotechnol.22(2002)231-242)。一般用于从复杂的生物液体中分离或隔离例如DNA等的另一种方法是使用DNA结合材料。DNA结合材料的最重要实例是玻璃表面，这是由于其在存在离液剂时能够可逆地结合DNA(Vogelstein，B.，和Gillespie，D.，Proc.Nad.Acad.Sci.USA 76(1979)615-619)。但是，这个方法并不区分单链和双链DNA。US 04/121336描述了使核酸与大量的固体基质结合单元相结合的方法。更为普遍地，可使用阳离子表面来结合带电荷的DNA分子，由此例如EP 0 281390描述了一种用于核酸分离的聚阳离子支持物，WO01/94573描述了带电薄膜或WO 00/69872描述了pH依赖型离子交换基质。WO 02/48164中公开了位于固体支持物上的用于可逆地结合DNA的带有可转换电荷的聚合体。与阳离子表面相类似，聚阳离子实体也具有某些DNA结合亲和力。Stewart，等人，J.Phys.Org.Chem.5(1992)461-466中报道了一种随着阳离子电荷的增加而提高结合溶液中DNA的亲和性的多胺。Doré等人JACS 126(2004)4240-4244)描述了阳离子复合物在双链和单链核酸之间的选择性。而且本领域众所周知，双链(ds)DNA结合分子可区分单链和双链DNA。这里应特别提及小沟结合剂(MBGs)、抗-ds DNA抗体和嵌入剂。MGB类似于吡咯脒抗生素偏端霉素或纺锤菌素，通过氢键结合到小沟上，而并不通过嵌入作用相互影响(Fish，E.L.等人，Biochemistry 27(1988)6026-6032).Boger，D.L.等人，J.Am.Chem.Soc.123(2001)5878-5891研究了偏端霉素、纺锤菌素、和4′，6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)与固定在微量滴定板上的双链DNA的结合。US2002/0095073描述了使用MGB作为探针，通过酰胺或硫醇键固定在固相支持物上，使其与DNA结合，以确定一种或多种医学症状的诱因。Li，M.等人Bioorg.Med.Chem.Letters 12(2003)4351-4354描述了一种通过共价酰胺键结合到表面氨基上的DAPI衍生物。已知抗-ds DNA抗体能够区分单链和双链DNA，因此将其用作例如固定于固相支持物上的DNA杂交探针，由此通过色度检测来验证抗体的存在(Mantero，G.等人，Clin.Chem.37(1991)422-429)。WO2002/074993描述了一种使用活化的硫醇单层将抗DNA抗体固定在包金的玻璃片上的方法。专利EP 0 792 376涉及核酸扩增反应领域，而且公开了通过生物素/链霉亲和素键将抗杂交抗体固定到表面上的方法。在现有技术中，也使用固定化的抗体来可逆地结合细胞或细胞的聚集体，例如细菌。为了分离食品病原体，已经有基于被抗体官能化的珠的商业产品(DYNAL Biotech或MATRIX Microscience Ltd)。WO 91/19003公开了一种使用表面上的抗体来检测污染的方法。PROFOS GmbH公开了使用与载体偶联的噬菌体尾蛋白质来结合细胞(WO 01/09370、WO 02/06117)或内毒素(WO 04/01418)。Koepsel和Russell(Koepsel，R.R.And Russell，A.J.，Biomacromolecules 4(2003)850-8本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测样品中生物分子的方法，其避免检测到潜在地存在于为检测样品中的生物分子所必需的试剂中的生物分子，包括步骤：　　　　ａ）提供潜在地包括所述生物分子的样品，　　　　ｂ）提供偶联于固相表面的结合部分，　　　　ｃ）提供为检测生物分子所必需的试剂，　　　　ｄ）向所述样品中加入所述试剂，　　　　ｅ）检测样品中的生物分子，　　　　其中，在步骤ｃ）或在步骤ｄ）或在步骤ｃ）和ｄ）中，所述的试剂在环境下与所述的结合部分物理接触，由此潜在地存在于所述试剂中的所述生物分子结合到偶联于所述固相表面的所述结合部分上。

【技术特征摘要】
EP 2004-8-19 0401963621.一种用于检测样品中生物分子的方法，其避免检测到潜在地存在于为检测样品中的生物分子所必需的试剂中的生物分子，包括步骤a)提供潜在地包括所述生物分子的样品，b)提供偶联于固相表面的结合部分，c)提供为检测生物分子所必需的试剂，d)向所述样品中加入所述试剂，e)检测样品中的生物分子，其中，在步骤c)或在步骤d)或在步骤c)和d)中，所述的试剂在环境下与所述的结合部分物理接触，由此潜在地存在于所述试剂中的所述生物分子结合到偶联于所述固相表面的所述结合部分上。2.根据权利要求1的方法，其中所述的固相表面是容器或移液管吸头的内表面。3.根据权利要求1的方法，其中所述固相表面是珠子的表面或多孔材料的表面。4.根据权利要求1至3的方法，其中所述结合部分的结合亲和力实现了试剂中生物分子含量的减少，其减少系数至少为102，优选系数至少为103。5.根据权利要求1至4的方法，其中所述的结合部分是能够结合双链核酸分子的部分。6.根据权利要求1至4的方法，其中所述的结合部分是能够结合生物区室的部分。7.根据权利要求1至4的方法，其中所述的结合部分是能够结合双链核酸分子和生物区室的部分。8.一种扩增目标核酸分子的方法，包括步骤a)提供潜在地包括目标核酸分子的样品，b)提供偶联于固相表面的核酸结合部分，c)提供为扩增所述目标核酸分子所必需的试剂，d)向所述样品中加入所述试剂，e)扩增所述样品中的所述目标核酸分子，其中，在步骤c)或在步骤d)或在步骤c)和d)中，所述的试剂在环境下与所述的核酸结合部分物理接触，由此潜在地存在于所述试剂中的所述生物分子结合到偶联于所述固相表面的所述核酸结合部分上。9.根据权利要求8的方法，其中所述固相的所述表面是容器或移液管吸头的内表面。10.根据权利要求8的方法，其中所述固相的所述表面是珠子的表面或多孔材料的表面。11.根据权利要求8至10的方法，其中所述的核酸结合部分是结合双链...

【专利技术属性】
技术研发人员：F博格曼，A埃谢里希，D海因德尔，J克雷布斯，H范德埃尔兹，
申请(专利权)人：霍夫曼拉罗奇有限公司，
类型：发明
国别省市：CH[瑞士]