一种筛选植物高多态性分子标记位点的方法技术

本发明专利技术公开了一种筛选植物高多态性分子标记位点的方法，将同一植物的不同子类混合后提取总核酸；构建高通量测序文库；寻找基因组上的变异位点；通过滑动平移筛选高多态性位点；在候选位点两侧设计多重扩增引物；对多重引物的筛选后即获得新的高多态性分子标记位点。理论上本发明专利技术可以一次性筛选出基因组上所有可用的高多态性分子标记位点，并且可以直接用于品种的高通量检测；由于开发过程中已经综合了多个品种的基因组信息，因而不需要传统筛选方法中针对每个样品的反复验证过程；在应用上本方法所筛选出的分子标记位点可以批量检测，不需要对每个分子标记位点一个一个的做分子扩增和检测，因而加快了检测速度，并提高了准确性；本发明专利技术筛选出的分子标记多态性高、分辨率好，且筛选过程简单、快速且流程规范。

A method for screening highly polymorphic molecular marker loci of plants

The invention discloses a method for screening plant high polymorphism molecular markers, different subclasses of mixture of the same plant after the extraction of total nucleic acid; construct high-throughput sequencing library; find the mutation sites on the genome; through the slide screening of high polymorphic loci; multiple design primers in candidate loci is obtained on both sides; the molecular markers of new high polymorphic primers after multiple screening. The theory of the invention can be selected on the genome of all available molecular markers with high polymorphism, and can be used directly for high-throughput species detection; due to the multiple varieties of genomic information has been integrated in the development process, and therefore does not require repeated verification process for each sample of the traditional screening methods; molecular markers in application this method can be selected for batch detection, does not need to be amplified and detected for each molecular marker loci in a molecular, thus accelerating the speed of detection, and improve the accuracy of the present invention; Molecular Marker Polymorphism screened, high resolution, and the screening process is simple, fast and process specifications.

【技术实现步骤摘要】
一种筛选植物高多态性分子标记位点的方法
本专利技术公开了一种筛选植物高多态性分子标记位点的方法，属于生物

技术介绍
分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段，分子标记技术广泛应用于基因定位、遗传图谱分析、法医以及新品种的审定等领域，具有广泛的应用价值和理论研究意义。但是由于受到现有分子标记的开发方法的限制，目前可用的分子标记数量都非常少，甚至某些物种缺乏可用的分子标记位点。在实现本专利技术的过程中，专利技术人发现现有技术至少存在以下问题：传统高多态性分子标记的开发多是依赖于研究者的个人经验，通过大量验证试验来获得，其过程耗费巨大、周期漫长，且不一定能获得真正高多态性的标记位点。而且整个开发过程一次只能找出一个高多态性的分子标记位点，而对于基因组上存在的众多其潜在的高多态性分子标记位点则无能为力。传统的高多态性分子标记在应用中多是一个标记一个标记的的检测，无法大规模的高通量的检测多个分子标记位点。部分物种目前有丰富的变异位点信息，但是却不一定会适用于所有的品种。因而批量寻找合适的分子标记位点是目前分子标记的研究和应用的最大障碍。
技术实现思路
针对现有本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种筛选植物高多态性分子标记位点的方法，其特征在于：包括如下步骤：确定检测物种的子类，将所述各子类对应的材料混合后提取总核酸，构建高通量测序文库；采用高通量测序的方法对所述高通量测序文库进行高覆盖度的测序，获得测序片段；并将测序结果比对到所述检测物种的参考基因组上；根据比对结果获取所有的突变位点；按照窗口平移获得每个窗口的突变位点的组合数，并将每种组合的测序片段数量换算成所述窗口上所有测序片断的百分比；计算每个窗口的多态性，并评估该窗口是否处于单拷贝区域，得到候选位点；寻找候选位点两侧的保守区域，在所述保守区域设计分子标记的多重扩增引物；对所述多重扩增引物筛选，获得新的高多态性分子标记位点。

【技术特征摘要】
1.一种筛选植物高多态性分子标记位点的方法，其特征在于：包括如下步骤：确定检测物种的子类，将所述各子类对应的材料混合后提取总核酸，构建高通量测序文库；采用高通量测序的方法对所述高通量测序文库进行高覆盖度的测序，获得测序片段；并将测序结果比对到所述检测物种的参考基因组上；根据比对结果获取所有的突变位点；按照窗口平移获得每个窗口的突变位点的组合数，并将每种组合的测序片段数量换算成所述窗口上所有测序片断的百分比；计算每个窗口的多态性，并评估该窗口是否处于单拷贝区域，得到候选位点；寻找候选位点两侧的保守区域，在所述保守区域设计分子标记的多重扩增引物；对所述多重扩增引物筛选，获得新的高多态性分子标记位点。2.根据权利要求1所述的筛选植物高多态性分子标记位点的方法，其特征在于：所述物种选自动物、植物和微生物；所述物种至少有2个或2个以上的子类，所述子类选自小种，亚种或品种。3.根据权利要求1所述的筛选植物高多态性分子标记位点的方法，其特征在于：所述将各子类对应的材料混合包括：将所述各子类对应的材料等量混合均匀，所述子类之间的基因组摩尔数比例为(0.9-1):(1-1.2)。4.根据权利要求1所述的筛选植物高多态性分子标记位点的方法，其特征在于：所述高覆盖度的测序包括：获得可覆盖基因组的核酸测序片段，且所述测序片段数量高于子类的数量。5.根据权利要求1所...

【专利技术属性】
技术研发人员：方治伟，周俊飞，刘致浩，李伦，彭海，胡长峰，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42