填补昆虫基因组物理图谱中裂缝的方法技术

本发明专利技术涉及一种昆虫的基因组ＤＮＡ，特别涉及一种用电子克隆技术填补昆虫基因组物理图谱中未知序列的方法。它以昆虫（如蜜蜂、家蚕）基因组序列中裂缝（Ｇａｐ）侧翼的一段已知序列为信息探针，昆虫ＥＳＴ数据库中的资源为介质，用电子克隆技术对裂缝中的未知序列进行搜索和拼接，并用ＰＣＲ方法对裂缝中的未知序列进行验证，达到填补昆虫基因组ＤＮＡ裂缝的目的，为进一步完善昆虫基因组数据库、有效解读基因密码提供科学依据。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种昆虫的基因组DNA,特别涉及一种用电子克隆技术填补 昆虫基因组物理图谱中未知序列的方法。
技术介绍
2006年10月26日，来自13个国家数十个科研机构的将近200名科学家 组成的蜜蜂基因组测序联盟，在《自然》上公布了他们对西方蜜蜂的全基因组 的测序和分析结果。该研究团组用4年的时间，测定了这个拥有约2. 36亿个 碱基对的蜜蜂基因组，鉴定了 IOOOO多个基因。在蜜蜂基因组测序的基础上， 研究人员对蜜蜂所拥有的基因进行了注释，开展重要功能基因的基础和应用研 究。他们认为，蜜蜂的全基因组密码的破译，不仅揭示了蜜蜂进化的奥秘，也 带来与农业生产、人类健康有关的重要信息。这一成果虽然令人振奋，但蜜蜂 全基因组图谱中还存在大量的裂缝(Gap),裂缝中的碱基序列至今不明，短 的裂缝有数IO bp,长的达IOOO bp以上，这些未知序列的存在无疑是基因组 计划中的缺憾， 一些正值外显子区域的裂缝对解读蜜蜂基因密码带来很大障 碍。本专利技术作出之前，在"扩增未知序列DNA片段的PCR技术研究进展"[生 物工程进展2001. Vol21. N0 1 51-57一文中，介绍了多种本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种填补昆虫基因组物理图谱中裂缝的方法，其特征是：　　　　（１）将昆虫基因组中未知序列的上游或下游２００～５００ｂｐ的碱基序列作为信息探针，到ＮＣＢＩ网站的昆虫ＥＳＴ数据库中进行相似性检索；　　　　（２）检索得到的相似性高于９５％的ＥＳＴ序列，回到该昆虫ＥＳＴ数据库中进行再检索，将检索得到的片段用ＤＮＡＳＴＡＲ软件进行拼接，形成的片段回到ＥＳＴ数据库中继续检索；　　　　（３）重复步骤（２），直至检出所有的重叠ＥＳＴ或重叠群不能继续延续为止；　　　　（４）用ＤＮＡＳＴＡＲ软件将检索得到的所有ＥＳＴ序列拼接成一条完整的重叠群片段；　　　　（５）将上述拼接得到的完整的重叠群片段与裂缝中未知序列进行相...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：陆小平，周君，徐剑，楼程富，刘嘉琦，袁红艳，储荣华，
申请(专利权)人：苏州大学，
类型：发明
国别省市：32[中国|江苏]