一个NF‑κB1基因插入/缺失多态性位点在制备检测丙型肝炎易感性产品中的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种人基因组中NF‑κB通路的NF‑κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型在制备检测或筛查丙型肝炎易感性产品或与丙型肝炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；在实际应用中，可将检测rs28362491的多态性（即等位基因）或基因型物质与其他物质（如检测其它的与丙型肝炎相关的单核苷酸多态性或基因型物质）联合在一起制备筛查丙型肝炎易感者的产品。

【技术实现步骤摘要】
一个NF-κB1基因插入/缺失多态性位点在制备检测丙型肝炎易感性产品中的应用
本专利技术涉及生物医药领域，特别是一种人基因组中NF-κB通路的NF-κB1基因rs28362491插入/缺失多态性位点在制备检测丙型肝炎易感性产品中的应用。
技术介绍
基因多态性(geneticpolymorphism)是指在一个生物群体的基因水平上，在同一位置存在一种以上的基因变异，不同的基因变异形式称为基因型(genotype)或等位基因(allele)。基因多态性包括以下几种：单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)、插入/缺失(insertion/deletion,InDel或I/D)多态性、DNA重复序列多态性。SNP指的是单个核苷酸突变而引起的核酸序列的改变。InDel多态性指的是基因组中特定DNA片段的插入或缺失，它和SNP多态性都是二等位基因遗传标记。根据DNA片段的大小，InDel多态性可分为以下五类：(1)1个碱基对(basepairs,bps)的InDel；(2)单一bp的InDel；(3)以2-15bps为重复单元的多bps的InDel；(4)转座子InDel；(5)任意DNA序列的InDel。InDel多态性可能导致功能蛋白的异常表达，进而与生物体的生理健康或疾病有关。人类基因组的各种多态性导致了不同种族、人群的染色体基因组具有多样性，也导致了人体对疾病的易感性、病程进展、转归，及药物治疗效果存在差异。目前InDel多态性已被视为一种遗传标记，可用于研究遗传变异与人类疾病的关系。丙型病毒性肝炎是一种由丙型肝炎病毒(HCV)感染引起的病毒性肝炎。全球共有1.85亿HCV感染者，中国的HCV感染率约为1.6％，输血、注射吸毒、器官移植和血液透析已经成为国内主要的HCV传播途径。HCV急性感染可有两种不同的结局：病毒自限性清除和持续性感染。自限性清除者指的是HCV感染人体后，机体未经治疗、在感染后的12个月内自动清除HCV，从而免于持续性感染，表现为HCVRNA阴性，HCV抗体阳性。持续性感染指的是HCV感染人体后，机体未经治疗、在感染后的12个月内不能清除HCV，表现为HCVRNA阳性，HCV抗体阳性。超过70％的HCV感染者可发展为持续性感染，其中一部分患者还可能发展成为肝硬化、肝细胞肝癌(HCC)。HCV感染者的病情发展和转归可受多种因素可影响，包括病毒、宿主免疫和遗传因素。在过去几年中，在全球多项大型临床试验中，新的直接抗病毒药物(direct-actingantiviralagents,DAAs)将慢性丙肝的治愈率显著提高到95％以上，已成为传统的聚乙二醇干扰素+利巴韦林治疗方案的更优选择。然而，随着DAAs药物的应用，不断有新问题涌现：HBV/HCV合并感染者使用DAA药物可致HBV再激活；在部分获得持续性病毒应答(SVR)的肝硬化患者中，DAAs的应用并不能降低HCC的发生率；DAAs治疗还可导致耐药的发生，目前已确认的耐药相关突变(resistanceassociatedvariants,RAVs)位点包括NS3/4A靶点相关、NS5A靶点相关和NS5B靶点相关的几十个RAVs。考虑到阻止HCV传播的首要问题是筛查、识别易感人群。因此，进行中国人群遗传背景与HCV感染的关系的研究，对于深入探索遗传因素在丙肝病程进展的作用机制，为及时、有效防控丙肝流行提供有效的靶点、工具及理论基础，具有重要的现实意义。NF-κB是核转录因子，具有和某些基因上启动子区的特定核苷酸序列结合而启动基因转录、调节细胞增殖、凋亡、炎症过程及免疫应答的功能。NF-κB可被细菌/病毒抗原、细胞因子等许多刺激物激活，继而调节150多种基因的表达。NF-κB/ReL家族成员有c-ReL、NF-κB1(P50)、NF-κB2(P52)、RelA(P65)、ReLB。这些蛋白都有一个大约由300个氨基酸组成的氨基末端，称为ReL同源区，包括DNA结合部位、二聚体化部位及与NF-κB抑制蛋白(IκB)结合位点。有活性的DNA结合的NF-κB是P50与P65二聚体。ReL蛋白成员间可形成同源或异源二聚体，不同的NF-κB/ReL蛋白二聚体具有不同的结合序列，而且各有特性，不同二聚体可识别不同的DNA靶目标，而对不同调节基因的表达能力得以提高。NF-κB蛋白P50/P65、P50/c-ReL、P65/c-ReL复合体具有转录激活作用，而P50/P50和P52/P52同源二聚体则具有转录抑制作用。现有研究表明，NF-κB家族基因(NF-κB1、NF-κB2、RelA、RelB、Rel)及其抑制基因IκB可能通过相关SNPs对宿主对HCV的易感性及体内抗病毒的免疫应答产生影响。2014年，有研究表明NF-κBε(IkBε)rs2233437-A显著提高宿主HCV自限清除能力，提示了NF-κB通路相关基因多态性可能与HCV感染转归存在关联。近年来研究发现，NF-κB1基因启动子区的rs28362491(ATTG插入/ATTG缺失)中的ATTG缺失型等位基因可与中国人群的肝癌风险升高有关(WangX,HaoX,WangH,etal.ImpactofNFKB1andNFKBIAgenepolymorphismandadditionalgene-geneinteractiononlivercancerriskinChinesepopulation.INTERNATIONALJOURNALOFCLINICALANDEXPERIMENTALPATHOLOGY2016,9:12968-12975.)；摩洛哥巴斯德研究所发现，该缺失基因型还与慢性丙肝发展为慢性肝病的进展有关(FakhirF-Z,LkhiderM,BadreW,etal.The-94Ins/DelATTGpolymorphisminNFκB1promotermodulateschronichepatitisCandliverdiseaseprogression.Infection,GeneticsandEvolution2016,39:141-146.)。体外实验表明，rs28362491的ATTG缺失型等位基因可导致核蛋白结合减弱，即启动子活性降低(KarbanAS,OkazakiT,PanhuysenCI,etal.FunctionalannotationofanovelNFKB1promoterpolymorphismthatincreasesriskforulcerativecolitis[J].Humanmoleculargenetics,2004,13(1):35-45.)。此外，该位点多态性还与溃疡性结肠炎(KarbanAS,OkazakiT,PanhuysenCI,etal.FunctionalannotationofanovelNFKB1promoterpolymorphismthatincreasesriskforulcerativecolitis[J].Humanmoleculargenetics,2004,13(1):35-45.)、扩张性心肌病(BinZhou,LiRao,YingPeng,etal.F本文档来自技高网...

【技术保护点】
人基因组中NF‑κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型在制备检测或筛查丙型肝炎易感性产品中的应用。

【技术特征摘要】
1.人基因组中NF-κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型在制备检测或筛查丙型肝炎易感性产品中的应用。2.人基因组中NF-κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型在制备检测或筛查与丙型肝炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。3.检测人基因组中NF-κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型的物质在制备检测或筛查丙型肝炎易感性产品中的应用。4.检测人基因组中NF-κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型的物质在制备检测或筛查与丙型肝炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。5.根据权利要求3或4所述的应用，其特征在于，所述检测人基因组中NF-κB1基因rs28362491插入/缺失多态性或基因型的物质包括TaqManPCR试剂。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述TaqManPCR试剂包括扩增人基因组中NF-κB1基因rs28362491在内的基因组DNA片段的...

【专利技术属性】
技术研发人员：岳明，李军，喻荣彬，张津玮，金柯，张云，樊圆圆，凡豪志，韩亚萍，
申请(专利权)人：南京医科大学第一附属医院，南京医科大学，南京大学医学院附属鼓楼医院，
类型：发明
国别省市：江苏,32