基于牛膝转录组开发的EST‑SSR引物组及其获取方法技术

本发明专利技术公开了一种基于牛膝转录组开发的EST‑SSR引物组，共23对引物，其核苷酸序列如序列表所示。本发明专利技术还涉及基于牛膝转录组开发的EST‑SSR引物组的获取方法。本发明专利技术利用牛膝转录组的EST序列，首次批量开发了牛膝的EST‑SSR序列，所获得的SSR重复序列信息直接来源于mRNA，检测的是不同种质材料间基因表达差异的信息，与表现型直接联系；为牛膝种质资源的准确评价、特异性状基因的定位、遗传图谱的构建等研究提供了重要的信息平台；通过PCR反应体系及其程序的优化，建立了一种适合鉴定牛膝EST‑SSR标记的PCR扩增体系，为从牛膝中鉴定出新型的EST‑SSR标记提供了有力的工具。

And the acquisition method based on EST SSR primer sets developed the transcriptome of Achyranthes bidentata

【技术实现步骤摘要】
基于牛膝转录组开发的EST-SSR引物组及其获取方法
本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及一种基于牛膝转录组开发的EST-SSR引物组及其获取方法。
技术介绍
牛膝为苋科牛膝属的植物，具有引火下行、补肝肾、活血通经、利尿通淋、强筋骨等功效。临床用于治疗月经不调、痛经、小便不利、尿道涩痛等病症。牛膝品种繁多，遗传背景模糊，品种混杂现象严重，同名异物问题时常出现，市场上也常出售有牛膝的代用、混用品，给中药材市场的规范和用药安全带来一定的不利因素；同时加之以管理不当，种植区域的限制以及品种间混杂因素，严重影响着牛膝品种的选育及市场流通。EST-SSR分子标记的原理是由1-6个核苷酸组成的简单重复序列，广泛分布于真核生物基因组中；SSR序列两侧一般是相对保守的单拷贝序列，可以设计一对特异引物来扩增该位点，经聚丙烯酰胺凝胶电泳，获知不同个体在这个位点上由于基本单元重复次数不同而形成的多态性。传统的基因组SSR标记开发过程较慢，需要进行基因组文库的构建、重复序列克隆、筛选、测序、引物设计等环节，费时耗力、成本高、效率低。随着功能基因组学的发展，大量的植物EST已经成为开发以PCR为基础的新本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于牛膝转录组开发的EST‑SSR引物组，其特征在于：所述引物组包括下述23对引物，每对引物由上游引物和下游引物组成，每对引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:46所示。

【技术特征摘要】
1.一种基于牛膝转录组开发的EST-SSR引物组，其特征在于：所述引物组包括下述23对引物，每对引物由上游引物和下游引物组成，每对引物的核苷酸序列如序列表SEQIDNO:1至SEQIDNO:46所示。2.一种获取权利要求1所述的基于牛膝转录组开发的EST-SSR引物组的方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）构建牛膝转录组文库，对所述文库中转录组测序数据拼接，去冗余得到Unigenes；（2）利用MISA软件对所述Unigenes进行EST-SSR位点筛选；（3）用Primer3软件对所述EST-SSR位点进行引物设计得到设计的EST-SSR引物；（4）采用CTAB法提取牛膝基因组DNA，用所述EST-SSR引物对牛膝DNA进行PCR扩增，然后进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果验证EST-SSR分子标记引物。3.根据权利要求2所述的基于牛膝转录组开发的EST-SSR引物组的获取方法，其特征在于：所述步骤（...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨艳会，王金水，崔柳青，李明杰，伊艳杰，李瑞芳，李桂玲，张慧茹，董臣，张亚林，常莹，张姣姣，
申请(专利权)人：河南工业大学，
类型：发明
国别省市：河南,41