新型罗非鱼病毒及其用途制造技术

本发明专利技术涉及分离的罗湖病毒或TiLV，以及其分离的核酸序列和多肽。本发明专利技术还涉及探针和引物，并且涉及针对来自TiLV的抗原的抗体，以及这些试剂用于在动物中检测TiLV的存在或不存在的用途。本发明专利技术还涉及靶向TiLV的核酸序列的iRNA。本发明专利技术还涉及用于在动物中诱导针对TiLV的免疫应答的免疫原性组合物，包括抗体和疫苗。本发明专利技术还涉及用于开发预防和治疗剂的基因构建体和细胞，所述基因构建体和细胞包含TiLV以及其分离的核酸序列和多肽。

New type of tilapia virus and its use

The present invention relates to the isolated Luohu virus or TiLV, as well as its isolated nucleic acid sequences and peptides. The invention also relates to probes and primers, and involves antibodies against antigens from TiLV, as well as the use of these reagents to detect the presence or absence of TiLV in animals. The invention also relates to iRNA of nucleic acid sequences targeting TiLV. The invention also relates to an immunogenic composition for inducing immune responses to TiLV in animals, including antibodies and vaccines. The invention also relates to gene constructs and cells for developing preventive and therapeutic agents. The gene constructs and cells contain TiLV and nucleic acid sequences and peptides isolated from them.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】新型罗非鱼病毒及其用途相关申请的交叉引用本申请要求于2014年12月15日提交的美国临时申请序列号62/091,824的优先权，其全文特此以引用方式并入。专利
本专利技术属于病毒领域并且涉及在罗非鱼(tilapia)中发现的一种新病毒，名为罗湖病毒(TilapiaLakeVirus，TiLV)。本专利技术包括分离的TiLV，以及其分离的核酸序列和多肽。本专利技术还涉及引物和探针。本专利技术还涉及针对来自TiLV的抗原的抗体。本专利技术涉及用于使用引物、探针和抗体检测动物中TiLV的存在或不存在的方法。本专利技术还涉及靶向TiLV的核酸序列的iRNA。本专利技术还涉及用于在动物中诱导针对TiLV的免疫应答的免疫原性组合物。专利技术背景罗非鱼(tilapine)是世界范围内养殖鱼类的第二重要群组，年产量250万吨(联合国粮食及农业组织(FoodandAgricultureOrganization)2010)，并且它们作为发展中国家的主要蛋白质来源。以色列的加利利海(SeaofGalilee)(基内雷特湖(KinneretLake))是商业捕鱼的一个主要来源。近年来，捕鱼量持续下降。尽管湖里生活着约27种鱼，涵盖慈鲷科(Cichlidae)、鲤科(Cyprinidae)、鯔科(Mugillidae)和鲇科(Claridae)的成员，但是只有罗非鱼(慈鲷科)的捕捞量明显降低。该湖泊的主要可食用鱼加利略帚齿非鲫(Sarotherodon(Tilapia)galilaeus)(圣彼得鱼(St.Peter’sfish))的年产量从2005年的316吨分别下降到2007年的51吨、2009年的8吨和2010年的45吨。加利略帚齿非鲫有助于维持该湖泊的生态平衡。因此，除了其经济影响之外，圣彼得鱼种群以及其他湖泊罗非鱼(诸如吉利罗非鱼(Tilapiazilli)[普通罗非鱼]、奥利亚口孵非鲫(Oreochromisaureus)[约旦罗非鱼]和中间三列丽鲷(Tristamellasimonisintermedia))的显著下降代表对整个生态系统的明确威胁。加利利海中湖泊罗非鱼的这种下降是由罗非鱼物种的野生种群(包括加利略帚齿非鲫、吉利罗非鱼、奥利亚口孵非鲫和中间三列丽鲷)以及以色列的鱼塘养殖的杂交罗非鱼尼罗罗非鱼-奥利亚口孵非鲫(O.niloticusxO.aureus)中的新发严重疾病造成的。疾病爆发与季节(五月至十月，当水具有相对高的温度时)的关联进一步表明感染物的涉及，因为水温影响鱼的广泛的寄生虫性、细菌性和病毒性疾病的出现。已知寄生生物、细菌、病毒病原体或毒素的常规监测未显示任何异常，并且未鉴定出致病原。还在厄瓜多尔发现罗非鱼疾病的类似爆发。因此，需要在两个不同的地理位置中鉴定罗非鱼种群的这种下降的致病原，并且需要用于检测鱼类种群内致病原的存在并且保护鱼类种群免受这种下降的致病原的侵害的工具和方法。本专利技术解决了这些需要。
技术实现思路
在某些方面，本专利技术涉及罗非鱼疾病的致病原为新型罗湖病毒(TiLV)RNA病毒的发现。病毒的广泛分布和其相关疾病的不同临床特征的存在使得本文所述的结果对于鱼类养殖和野生动物保护具有重要意义。在某些方面，本专利技术涉及可用于筛选样品中的TiLV的诊断工具。在某些方面，本文所述的本专利技术涉及用于保护鱼类免患病毒性疾病的疫苗。在某些方面，本专利技术涉及用于在鱼类，尤其是罗非鱼中预防罗湖病毒(TiLV)诱发的疾病的疫苗组合物。在某些方面，本专利技术涉及用于使用疫苗来保护罗非鱼免患TiLV诱发的疾病的方法。具体的方面，本专利技术涉及分离的TiLV核酸序列(包括与有义或反义TiLVRNA序列相对应的cDNA序列)及其肽。本专利技术还涉及针对源自TiLV的抗原的抗体。本专利技术还涉及靶向TiLV的核酸序列的iRNA。本专利技术涉及用于检测动物中(例如鱼类中)TiLV的存在或不存在的方法。本专利技术还涉及用于在动物中(例如在鱼类中)诱导针对TiLV的免疫应答的免疫原性组合物。在某些方面，本专利技术涉及一种分离的核酸序列，其具有SEQIDNO:1-11中的任一个的序列、与SEQIDNO:1-11中的任一个互补的序列，以及其片段和变体。在某些实施方案中，核酸为DNA序列，包括cDNA。在某些实施方案中，核酸为RNA序列。在某些方面，本专利技术涉及一种包括分离的(或非分离的)核酸的合成核酸，所述分离的(或非分离的)核酸具有SEQIDNO:1-10的序列、与SEQIDNO:1-11中的任一个互补的序列，以及其变体。这些合成核酸包括引物和探针。在某些方面，本专利技术涉及用于确定生物样品中TiLV的存在或不存在的引物组，其中引物组包括选自由本文所述的合成核酸组成的组的至少一个合成核酸序列。在某些方面，本专利技术涉及一种用于确定生物样品中TiLV的存在或不存在的方法，所述方法包括：a)使来自生物样品的核酸与至少一个引物接触，所述引物为本文所述的合成核酸；b)使核酸和引物经历扩增条件；以及c)确定扩增产物的存在或不存在，其中扩增产物的存在指示样品中存在与TiLV相关联的RNA。在某些方面，本专利技术涉及用于确定生物样品中TiLV的存在或不存在的寡核苷酸探针。在某些方面，本专利技术涉及靶向来自TiLV的核酸(例如但不限于SEQIDNO:1-11中的任一个及其变体)并且使靶基因沉默的iRNA分子。在某些方面，本专利技术涉及一种用于降低动物中TiLV蛋白、动物中病毒mRNA或动物的细胞中病毒滴度的水平的方法，所述方法包括向动物施用本文所述的iRNA。在某些方面，本专利技术涉及一种分离的多肽，其由SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸、具有与SEQIDNO:1-11中的任一个互补的序列的核酸，以及其片段和变体编码。在某些方面，本专利技术涉及SEQIDNO:12的分离的多肽，以及其片段和变体。在另一方面，本专利技术提供了一种计算机可读介质，其具有存储于其上的以下各项：(i)选自由以下各项组成的组的核酸序列：SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列、与SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列基本上相同的序列，以及SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列的序列变体；或(ii)由选自由以下各项组成的组的核酸序列编码的氨基酸序列：SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列、与SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列基本上相同的序列，以及SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列的序列变体。在某些方面，本专利技术涉及一种分离的抗体，其特异性地结合本专利技术的多肽(例如，SEQIDNO:12的多肽，或者由SEQIDNO:1-11中的任一个、或与其互补的序列、或其片段或变体编码的多肽)。在某些方面，本专利技术涉及一种用于确定样品是否包含TiLV的方法，所述方法包括：a)使生物样品与以下抗体接触，所述抗体特异性地结合SEQIDNO:12的分离的(或非分离的)多肽或其片段或变体中的任一个的多肽，或者由SEQIDNO:1-11中的任一个、或与其互补的序列、或其片段或变体编码的多肽；以及b)确定抗体是否与生物样品中的抗原结合，其中结合指示生物样品包含TiLV。在某些实施方案中，所述确定包括侧向流测定或ELISA的使用。在某些方面，本专利技术涉及一种用于确定生物样品是否感染了TiLV的方法，所述方法包括：a)确定生物样品是否包含以下抗体本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种分离的核酸，其具有选自由SEQ ID NO:1‑11组成的组的序列。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.12.15 US 62/091,8241.一种分离的核酸，其具有选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列。2.一种分离的核酸，其与选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列互补。3.一种分离的核酸，其为SEQIDNO:1-11中的任一个的变体并且与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约60％的序列同一性。4.根据权利要求3所述的分离的核酸，其中所述变体与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。5.一种分离的核酸，其与SEQIDNO:1-11中的任一个的变体互补并且其中所述变体与SEQIDNO:1-11具有至少约60％的序列同一性。6.根据权利要求5所述的分离的核酸，其中所述变体与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。7.一种分离的核酸，其包含具有选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列的至少10个连续核苷酸。8.一种分离的核酸，其包含与选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列互补的至少10个连续核苷酸。9.根据权利要求1-6中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸包含至少10个核苷酸。10.根据权利要求1-9中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸为DNA。11.根据权利要求10所述的分离的核酸，其中所述DNA为cDNA。12.根据权利要求1-9中任一项所述的分离的核酸，其中所述核酸为RNA。13.一种分离的多肽，其由具有选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列的核酸编码。14.一种分离的多肽，其由与选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列互补的核酸编码。15.一种分离的多肽，其由SEQIDNO:1-11中的任一个的变体编码，其中所述变体与SEQIDNO:1-11具有至少约80％的序列同一性。16.根据权利要求15所述的分离的多肽，其中所述变体与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。17.一种分离的多肽，其由与选自由SEQIDNO:1-11组成的组的序列互补的核酸的变体编码，其中所述变体与由与SEQIDNO:1-11中的任一个的序列互补的核酸编码的多肽具有至少约80％的序列同一性。18.根据权利要求17所述的分离的多肽，其中所述变体与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。19.一种分离的多肽，其包含SEQIDNO:12的氨基酸序列。20.一种分离的多肽，其为SEQIDNO:12的变体并且与SEQIDNO:12具有至少约80％的序列同一性。21.根据权利要求21所述的分离的多肽，其中所述变体与SEQIDNO:12具有至少约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。22.根据权利要求13-21中任一项所述的分离的多肽，其中所述多肽包含至少8个氨基酸。23.一种分离的抗体，其特异性地结合由具有选自由SEQIDNO:1-11、其片段和变体组成的组的序列的核酸编码的多肽。24.一种分离的抗体，其特异性地结合包含SEQIDNO:12的氨基酸序列的多肽。25.根据权利要求26或27所述的分离的抗体，其中所述抗体为诊断抗体。26.根据权利要求26或27所述的分离的抗体，其中所述抗体结合罗湖病毒或罗湖病毒多肽并且抑制、中和或降低所述罗湖病毒或所述罗湖病毒多肽的功能或活性。27.根据权利要求26或27所述的分离的抗体，其中所述抗体为多克隆抗体。28.根据权利要求26或27所述的分离的抗体，其中所述抗体为单克隆抗体。29.一种免疫原性组合物，其包含罗湖病毒核酸。30.根据权利要求29所述的免疫原性组合物，其中所述罗湖病毒核酸包括SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸。31.根据权利要求30所述的免疫原性组合物，其中所述罗湖病毒核酸包括至少24个连续核酸。32.根据权利要求29所述的免疫原性组合物，其中所述罗湖病毒核酸与SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸序列基本上相同。33.根据权利要求29所述的免疫原性组合物，其中所述核酸为SEQIDNO:1-11中的任一个的变体并且与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约60％的序列同一性。34.根据权利要求33所述的免疫原性组合物，其中所述变体与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。35.根据权利要求29-34中任一项所述的免疫原性组合物，其中所述核酸为cDNA。36.一种免疫原性组合物，其包含罗湖病毒多肽。37.根据权利要求36所述的免疫原性组合物，其中所述罗湖病毒多肽是由SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸编码的多肽。38.根据权利要求37所述的免疫原性组合物，其中所述核酸包括至少24个连续核酸。39.根据权利要求36所述的免疫原性组合物，其中所述罗湖病毒多肽是由与SEQIDNO:1-11中的任一个的核酸基本上相同的核酸编码的多肽。40.根据权利要求36所述的免疫原性组合物，其中所述核酸为SEQIDNO:1-11中的任一个的变体并且与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约60％的序列同一性。41.根据权利要求40所述的免疫原性组合物，其中所述变体与SEQIDNO:1-11中的任一个具有至少约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。42.根据权利要求36所述的免疫原性组合物，其中所述罗湖病毒多肽包含SEQIDNO:12的所述氨基酸序列。43.根据权利要求42所述的免疫原性化合物，其中所述多肽包含至少8个连续氨基酸。44.根据权利要求36所述的免疫原性组合物，其中所述多肽为SEQIDNO:12的变体并且与SEQIDNO:12具有至少约80％的序列同一性。45.根据权利要求44所述的免疫原性组合物，其中所述变体与SEQIDNO:12具有至少约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％、或约99.5％的同一性。46.一种免疫原性组合物，其包含杀灭的病毒，所述杀灭的病毒包含罗湖病毒多肽。47.一种免疫原性组合物，其包含减毒病毒，所述减毒病毒包含罗湖病毒多肽。48.根据权利要求29-47所述的免疫原性组合物，其还包含至少一种赋形剂、添加剂或佐剂。49.根据权利要求29-35和37-41中任一项所述的免疫原性组合物，其中所述核酸为cDNA...

【专利技术属性】
技术研发人员：W·I·利普金，T·布里斯，N·米什拉，E·巴卡拉克，A·埃尔达尔，
申请(专利权)人：纽约市哥伦比亚大学理事会，台拉维夫大学拉莫特有限公司，吉姆若恩兽医协会，
类型：发明
国别省市：美国,US