用于鉴定烤烟南江3号的引物组合及试剂盒、应用及检测方法技术

本发明专利技术涉及用于鉴定烤烟南江3号的引物组合及试剂盒、应用及检测方法，属于烟草品种鉴定技术领域。本发明专利技术利用烟草420K高密度SNP芯片对近年来我国烟草主栽品种进行全基因组SNP分型，根据品种间多态性SNP位点筛选获得了一套适用于鉴定烤烟南江3号的特异性SNP标记共12个；并对比栽培烟草参考基因组获得的12个SNP位点侧翼序列，其序列如SEQ ID NO:1～12所示，基于该序列设计引物；利用设计的引物，采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对这些位点进行分型检测。根据检测结果获得SNP分型结果，鉴定样品是否为南江3号，本发明专利技术的检测方法检测时，需用的检测样品量少，检测通量高，鉴定结果准确。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定烤烟南江3号的引物组合及试剂盒、应用及检测方法
本专利技术涉及用于鉴定烤烟南江3号的引物组合及试剂盒、应用及检测方法，属于烟草品种鉴定

技术介绍
烟草是一种重要的经济作物，是卷烟生产的主要原料。烤烟品种南江3号是贵阳市烟草公司从红花大金元中发现的自然变异株，经过多年系统选育而成。2009年通过全国烟草品种审定委员会贵州省烟草品种审定组审定。株形筒型，田间生长势强，自然株高150-160cm，打顶株高120-130cm，有效叶数24-26叶；叶色深绿，叶耳小，叶尖渐尖，叶面较皱，叶缘波状，叶形椭圆形，主脉中，茎叶角度中，茸毛多，腋芽长势中，节距4.8cm，茎围9.6cm。移栽至中心花开放70天，大田生育期130天左右。南江3号是近年来我国烟叶生产中的主栽烤烟品种。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)主要是指在基因组上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性。与传统的分子标记相比，SNP标记具有密度高、分布范围广、分型简单等优点。随着全基因组序列鉴定技术以及自动化的SNP芯片分型技术的发展，利用大规模、高通量SNP芯片进行遗本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于鉴定烤烟南江3号的引物组合，其特征在于：所述引物针对烤烟南江3号的12个特异性SNP位点侧翼序列设计，包含12个SNP位点的基因序列如SEQ ID NO:1～12所示。

【技术特征摘要】
1.用于鉴定烤烟南江3号的引物组合，其特征在于：所述引物针对烤烟南江3号的12个特异性SNP位点侧翼序列设计，包含12个SNP位点的基因序列如SEQIDNO:1～12所示。2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于：所述12个特异性SNP位点的引物序列如SEQIDNO:13～48所示。3.包含如权利要求1或2所述引物组合的烤烟南江3号鉴定试剂盒。4.如权利要求1或2所述引物组合、权利要求3所述试剂盒在烤烟南江3号品种鉴定方面的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：包括：取烟草样本基因组DNA进行SNP分型检测，若检测样本中12个SNP位点的基因型与烤烟南江3号的完全一致，则判定该烟草样本为烤烟南江3号；烤烟南江3号中12个SNP位点FP01～FP12的基因型依次AA、GG、AA、GG、AA、TT、TT、AA、AA、AA、CC、GG。6.采用如权利要求2所述引物组合鉴定烤烟南江3号的方法，其特征在于：包括以下步骤：1)SNP位点多重PCR扩增反应以烟草样本基因组DNA为模板，利用引物组合中的扩增引物进行多重PCR扩增反应，得PCR产物；2)SAP酶反应用SAP酶去除PCR产物中剩余的dNTP和引物，得反应产物；3)单碱基延伸反应在反应产物中加入延伸引物进行单碱基延伸反应，得延伸产物；4)基因型检测及结果判定对延伸产物进行预处理，利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术进行SNP基因型检测，若检测样本中SNP标记FP01～FP12的基因型依次为AA、GG、AA、GG、AA、TT...

【专利技术属性】
技术研发人员：张剑锋，王姗姗，杨军，王中，李锋，武明珠，王燃，魏攀，罗朝鹏，
申请(专利权)人：中国烟草总公司郑州烟草研究院，
类型：发明
国别省市：河南,41