一种茄子耐涝表型与SSR分子标记关联分析的方法技术

本发明专利技术公开了一种茄子耐涝分子标记与耐涝表型关联分析的方法。该方法的获得包括：a.219份茄子材料耐涝表型的获得。b.219份茄子材料的群体结构分析。c.219份茄子材料的亲缘关系分析。d.耐涝表型与分子标记基因型之间的关联分析。本方法最终得到了219份茄子材料的群体结构、亲缘关系以及与茄子耐涝性紧密关联的分子标记，为茄子耐涝分子标记辅助育种提供一定参考。

A method for association analysis of Waterlogging Tolerance phenotype and SSR molecular markers in Eggplant

The present invention discloses a method for analyzing association between waterlogging tolerance molecular markers and waterlogging tolerance in eggplant. The method includes: obtaining waterlogging tolerance phenotype of a.219 eggplant materials. Population structure analysis of b.219 eggplant materials. Phylogenetic relationship analysis of c.219 eggplant materials. Association analysis between waterlogging tolerance phenotype and molecular marker genotype in d.. This method has 219 eggplant materials population structure, genetic relationship and waterlogging tolerance of eggplant is closely related to the molecular marker, provide a reference for molecular marker assisted breeding of eggplant waterlogging.

【技术实现步骤摘要】
一种茄子耐涝表型与SSR分子标记关联分析的方法
本专利技术属于生物
，具体涉及一种茄子耐涝表型与SSR分子标记关联分析的方法。
技术介绍
雨涝是我国经常发生的严重自然灾害，往往给我国的国民经济造成严重损失。在20世纪后期气候变暖的背景下，我国南方雨涝变化的趋势是科学家普遍关心的事实。我国涝渍灾害以黄淮平原和长江中下游地区最为严重，占全国受灾面积3/4以上，对农作物生产危害很大。近年来，我国秦岭淮河以南的广大南方地区6-8月的雨涝范围在扩大，给作物安全优质生产带来的威胁日益严重。茄子(SolanummelongenaL.)在世界大多数地区广泛栽培，联合国粮食及农业组织把茄子列为第四大蔬菜作物。中国是世界上最大的茄子生产国，也是茄子的次生起源中心，其栽培面积约占世界的50％。2012年，我国茄子的种植面积为80.1万公顷，总产量达到2882.5万吨。在我国南方地区，茄子极易遭到雨涝胁迫，如果栽培土壤过湿，茄子叶片会发黄，植株萎蔫甚至逐渐枯死。近年来，随着茄子种植面积的逐年扩大，我国很多地区已经实现了茄子全季节栽培。我国长江流域及其以南地区，由于季节性降雨，露地茄子开花结果期遭遇梅雨本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种茄子耐涝表型与分子标记基因型关联分析的方法，其特征在于包括以下步骤：步骤一：耐涝性鉴定：选择大于200份茄子材料进行淹涝处理，统计茄子耐涝表型数据；步骤二：茄子材料群体结构分析，方法如下：(1)提取每份茄子材料的基因组DNA；(2)首先选取亲缘关系较远的茄子基因组DNA，对每对SSR引物进行筛选，得到条带清晰、特异性好的SSR引物，将筛选得到的特异性SSR引物用于每份茄子材料的全基因组分子标记扫描，统计扫描得到的多态性条带数据结果；(3)对每份茄子材料进行群体结构划分，计算各茄子材料的Q值，Q值是第i材料其基因组变异源于第k群体的概率，绘制群体结构图；步骤三：每份茄子材料亲缘关系分析：采用...

【技术特征摘要】
1.一种茄子耐涝表型与分子标记基因型关联分析的方法，其特征在于包括以下步骤：步骤一：耐涝性鉴定：选择大于200份茄子材料进行淹涝处理，统计茄子耐涝表型数据；步骤二：茄子材料群体结构分析，方法如下：(1)提取每份茄子材料的基因组DNA；(2)首先选取亲缘关系较远的茄子基因组DNA，对每对SSR引物进行筛选，得到条带清晰、特异性好的SSR引物，将筛选得到的特异性SSR引物用于每份茄子材料的全基因组分子标记扫描，统计扫描得到的多态性条带数据结果；(3)对每份茄子材料进行群体结构划分，计算各茄子材料的Q值，Q值是第i材料其基因组变异源于第k群体的概率，绘制群体结构图；步骤三：每份茄子材料亲缘关系分析：采用SPAGeDi软件分析和统计扫描得到的多态性条带数据结果，可以得到群体内个体之间的亲缘关系情况，即K值；步骤四：与茄子耐涝性状相关联的分子标记的确定：使用TASSEL2.1软件的MLM程序，以各个体Q值作为协变量进行群体矫正，将每份茄子耐涝表型数据和亲缘关系得到的K值组合起来进行关联分析；若p<0.05，则认为该标记位点是与茄子耐涝性紧密关联的分子标记，同时得到该标记位点的表型变异解释率R2。2.如权利要求1所述的茄子耐涝表型与SSR分子标记关联分析的方法，其特征在于，选择219份茄子材料，每份材料在穴盘中播种50粒种子，待茄子幼苗长至二叶一心时进行间苗移苗处理，每份材料选取25株长势一致的幼苗。3.如权利要求2所述的茄子耐涝表型与SSR分子标记关联分析的方法，其特征在于，步骤一中，茄子材料进行淹涝处理过程如下：(1)待茄子幼苗长至四叶一心时进行淹涝处理，具体是将穴盘放入水泥淹涝池中进行淹涝处理，池中放水至土壤表面2-3cm，淹涝期间保持水位的恒定，淹涝处理14d；(2)涝处理14d后，将水泥淹涝池中的水全部放尽，对茄子幼苗进行正常的田间生长管理，7d后观察茄子幼苗的恢复情况，恢复级别根据植株的恢复和死亡情况分为5级；(3)根据恢复级别计算恢复指数，...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨旭，王露，张宇，成玉富，
申请(专利权)人：扬州大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32