本发明专利技术涉及植物遗传领域，具体涉及棉花纤维长度相关QTL及其应用。所述棉花纤维长度相关QTL qUHM‑1‑1位于1号染色体，其侧邻标记为BNL3580‑BNL1667，棉花纤维长度相关QTL qUHM‑22‑1位于22号染色体，侧邻标记为NAU3093‑CICR345。本发明专利技术的纤维长度相关QTL，在两个个环境中都被检测到，具有不依赖环境的稳定性。
Cotton fiber length related QTL and its application
The invention relates to the field of plant heredity, in particular to cotton fiber length related QTL and its application. The cotton fiber length QTL qUHM 1 1 is located on chromosome 1 and its adjacent labeled as BNL3580 BNL1667, QTL qUHM cotton fiber length 22 1 is located on chromosome 22 and adjacent markers was NAU3093 CICR345. The fiber length related QTL of the present invention has been detected in two environments with no environmental stability.
【技术实现步骤摘要】
棉花纤维长度相关QTL及其应用
本专利技术涉及植物遗传领域，具体涉及棉花纤维长度相关QTL及其应用。
技术介绍
数量性状基因座(Quantitativetraitlocus，QTL)是位于染色体上影响数量性状的一些区域，一个数量性状往往受多个分布于基因组的不同位置的数量性状位点的影响。到目前为止，已通过构建基于双亲杂交的分离群体以及关联分析法进行QTL定位。然而当前的低密度遗传图谱和临时的分离群使得检测到的QTL的精确度和稳定性比理想中的低，并且很少有能够应用于棉花分子育种的棉花纤维品质相关QTL
技术实现思路
本专利技术的目的是提供棉花纤维长度相关QTL。本专利技术的再一目的是上述棉花纤维长度相关QTL的特异性SSR引物。根据本专利技术的棉花纤维长度相关QTLqUHM-1-1，其位于1号染色体，其侧邻标记为BNL3580-BNL1667。根据本专利技术的棉花纤维长度相关QTLqUHM-22-1，其位于22号染色体，侧邻标记为NAU3093-CICR345。根据本专利技术的棉花纤维长度相关QTLqUHM-1-1的特异性SSR引物的序列为：BNL3580F：5'CTTGTTTACATTCCCTTCTTTATACC3'；BNL3580R:5'CAAAGGCGAACTCTTCCAAA3'；BNL1667F:5'AGGTGCTTCAGGCATGATTC3'；BNL1667R:5'CCCTCACACCTAAACCCAAA3'。根据本专利技术的棉花纤维长度相关QTLqUHM-22-1的特异性SSR引物的序列为：NAU3093F：5'GATGGGCAGAGGCTACTTTG3'NAU3093R：5'GATGGGCAGAGGCTACTTTG3'CICR0345-F：5'GATGGGCAGAGGCTACTTTG3'CICR0345-R：5'GATGGGCAGAGGCTACTTTG3'。根据本专利技术的具体实施方式，以陆地棉PD94042(P1)为受体亲本、以黄褐棉(G.mustelinum)(P2)为供体亲本杂交，并以陆地棉PD94042(P1)为轮回亲本回交三代，再自交三代构建回交高世代群体，从中选育出一套覆盖棉花全基因组的导入系，共计65份材料，进行回交高世代QTL分析(AB-QTL)。导入系群体数据分析包括：(1)基因型数据统计记录亲本及子代SSR标记的类型：与亲本(P1)相同的纯合带型记为“1”，与亲本(P2)相同的纯合带型记为“2”，两亲本的杂合带型记为“3”，模糊或缺失数据记为“0”；当亲本(P1)为隐性，亲本(P2)为显性时，P1带型记为“1”，P2、F1带型记为“4”，当亲本(P1)为显性，亲本(P2)为隐性时，P2带型记为“2”，P1、F1带型记为“5”。(2)表型数据统计将三年纤维品质表型数据进行平均值、范围、变异系数、偏度等统计分析，并且将导入系的表型数据制作柱状分布图。(3)构建遗传图谱与QTL定位综合导入系群体的基因型数据，以各分子标记对应的序列，比对四倍体陆地棉基因组数据库，获得各分子标记的基因组位置，以此为参考信息，对标记间的连锁关系进行分析，构建分子标记的遗传连锁图谱。再将纤维品质的基因型数据与表型数据相结合，开展纤维品质QTL精细定位并对结果进行分析，检测QTL最低LOD值为2.0，最后对目标QTL在连锁图谱或染色体上的位置。根据本专利技术的纤维长度相关QTLqUHM-1-1和qUHM-22-1分别位于1号和22号染色体上(如图2)，且贡献率较大，其有利基因均来自黄褐棉。与现有的纤维长度稳定QTL相比，本专利技术提供了分别位于棉花1号和22号染色体的纤维长度相关QTL，在两个个环境中都被检测到，具有不依赖环境的稳定性。附图说明图1显示黄褐导入系纤维强度；图2显示基于黄褐棉导入系构建的1号和22号染色体的遗传图谱；图3显示两个稳定的纤维长度主效QTL，其中，A组为纤维长度QTLqUHM-1-1，B组为纤维长度QTLqUHM-22-1。图4显示基于纤维长度QTLqUHM-1-1与qUHM-22-1选择的近等基因系，浅灰色代表纯和陆地棉基因型，黑色代表黄褐棉基因渐渗。具体实施方式实施例1以陆地棉PD94042(P1)为受体亲本、以黄褐棉(G.mustelinum)(P2)为供体亲本杂交，并以陆地棉PD94042(P1)为轮回亲本回交三代，再自交三代构建回交高世代群体，从中选育出一套覆盖棉花全基因组的导入系，共计65份材料，进行回交高世代QTL分析。提取棉花叶片DNA，进行SSR分子标记。筛选出PD94042与黄褐棉之间具有多态性的引物，对黄褐棉导入系群体进行扫描及QTL分析。1.导入系群体数据分析(1)基因型数据统计记录亲本及子代SSR标记的类型：与亲本(P1)相同的纯合带型记为“1”，与亲本(P2)相同的纯合带型记为“2”，两亲本的杂合带型记为“3”，模糊或缺失数据记为“0”；当亲本(P1)为隐性，亲本(P2)为显性时，P1带型记为“1”，P2、F1带型记为“4”，当亲本(P1)为显性，亲本(P2)为隐性时，P2带型记为“2”，P1、F1带型记为“5”。(2)表型数据统计将三年纤维品质表型数据进行平均值、范围、变异系数、偏度等统计分析，并且将导入系的表型数据制作柱状分布图。(3)构建遗传图谱与QTL定位综合导入系群体的基因型数据，以各分子标记对应的序列，比对四倍体陆地棉基因组数据库，获得各分子标记的基因组位置，以此为参考信息，对标记间的连锁关系进行分析，构建分子标记的遗传连锁图谱。再将纤维品质的基因型数据与表型数据相结合，开展纤维品质QTL精细定位并对结果进行分析，检测QTL最低LOD值为2.0，最后对目标QTL在连锁图谱或染色体上的位置。共检测到28个纤维长度QTL，共覆盖了18条染色体。根据加性效应可知，6个QTL的有利等位基因来自于陆地棉PD94042，其余的22个QTL的有利等位基因均来自黄褐棉。大部分的纤维长度QTL都只在一个环境中检测到，但3个QTL连续两年都检测到，qUHM-1-1、qUHM-22-1两年标记区间都为同一个(图3)，说明他们具有不依赖环境的稳定性。根据本专利技术的纤维长度相关QTLqUHM-1-1和qUHM-22-1分别位于1号和22号染色体上(如图2)，且贡献率较大，其有利基因均来自黄褐棉。表2.6纤维长度QTL注：Y1表示第一年；Y2表示第二年，两者代表不同的环境(下同)基于1号染色体上的纤维长度主效QTL：qUHM-1-1，建立了一套近等基因系(图4)，包含了IL6、IL9、IL15、IL17这4个优良导入系，在侧邻标记位点BNL3580-BNL1667之间全部或大部分为黄褐棉渐渗基因，其余部位几乎为陆地棉基因。而基于22号染色体上纤维长度主效QTL：qUHM-22-1建立的一套近等基因系(图4)，同样包含了4个优良导入系，分别为IL6、IL9、IL11、IL17。由图可知，在qUHM-22-1的侧邻标记NAU3093-CICR345间，一半是黄褐棉渐渗基因，不仅如此，在标记NAU5046周围，IL9、IL11、IL17都存在一段黄褐棉渐渗片段。综上可知，这5个导入系在纤维长度主效QTL周围都有黄褐棉基因，表明和纤维长度的有利基因相关。本专利技术得到了两个纤维长度主效QTL：qUHM-1-1本文档来自技高网...
【技术保护点】
棉花纤维长度相关QTL qUHM‑1‑1，其特征在于，所述棉花纤维长度相关QTL qUHM‑1‑1位于1号染色体，其侧邻标记为BNL3580‑BNL1667。
【技术特征摘要】
1.棉花纤维长度相关QTLqUHM-1-1，其特征在于，所述棉花纤维长度相关QTLqUHM-1-1位于1号染色体，其侧邻标记为BNL3580-BNL1667。2.棉花纤维长度相关QTLqUHM-22-1，其特征在于，棉花纤维长度相关QTLqUHM-22-1位于22号染色体，侧邻标记为NAU3093-CICR345。3.棉花纤维长度相关QTLqUHM-1-1的特异性SSR引物，其特征在于，所述引物的序列为：BNL3580F：5'CTTGTTTACATTCCCTTCTTTATACC3'；BNL3580R:5'CAAAGGCGAACTCTTCCAAA3'；BNL1667F:5'AGGTGCTTCAGGCATGATTC3'；BNL1667R:5'CCCTCACACCTAAACCCAAA3'。4.棉花纤维长度相关QTLqUHM-22-1的特异性SSR引物，其特征在于，所述引物的序列为：NAU3093F：5'GATGGGCAGAGGCTACTTTG3'NAU3093R：5'GATGGGCAGAGGCTACTTTG3'CICR0345-F：5'GATGGGCAGAG...
【专利技术属性】
技术研发人员：汪保华，庄智敏，张咪，黄芳，高新岩，周水娟，
申请(专利权)人：南通大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32
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