本发明专利技术涉及与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物。分子标记Xtdc11的检测引物，分别为SEQ?ID?NO.1和SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列。分子标记Xtdc31的检测引物，分别为SEQ?ID?NO.3和SEQ?ID?NO.4所示的核苷酸序列。分子标记Xtdc38的检测引物，分别为SEQ?ID?NO.5和SEQ?ID?NO.6所示的核苷酸序列。分子标记Xtdc44的检测引物，分别为SEQ?ID?NO.7和SEQ?ID?NO.8所示的核苷酸序列。本发明专利技术所述的与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记为控制小麦重要性状基因的克隆提供了技术支持，提高了效率和质量。
【技术实现步骤摘要】
与小麦5D染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物
本专利技术涉及与小麦K)染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物，属于小麦分子生物技术与分子标记应用
。
技术介绍
小麦是异源六倍体，基因组结构复杂，每个基因组上存在的分子标记的多态也有较大差异。通过前人构建的分子遗传图谱发现A、B基因组上分子标记较多，而D基因组各个染色体上的标记较少，尤其是4D和5D染色体，这也为存在这些染色体上控制重要性状的基因的克隆带来了较大的困难。因此，开发4D和染色体上新的分子标记不仅能够加密饱和分子遗传图谱，而且对克隆控制重要性状(如矮败不育性状、抽穗期等性状)的基因奠定良好的基础。在各类分子标记中，基于PCR的SSR(simple sequence repeat)标记及其丰富,且广泛分布于基因组中。因具有超变异性及位点专一性、共显性和多等位基因等优越性得到广泛应用。但由于受小麦基因组测序困难的限制，以前的SSR标记只能计算出遗传位置，没有确定的物理位置，不利于基因的精细定位及克隆。但随着A基因组和D基因组测序工作的完成，以及D基因组物理图谱的构建为开发物理位置确定 的SSR标记提供了帮助，但目前仍然没有一种具有确切物理位置的SNP-SSR分子标记。
技术实现思路
本专利技术针对现有技术的不足，提供与小麦染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记检测引物。本专利技术技术方案如下:与小麦染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdcll的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.2所示的核苷酸序列。上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。与小麦染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc31的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.4所示的核苷酸序列。上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。与小麦染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记)(tdc38的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID N0.5和SEQ ID N0.6所示的核苷酸序列。上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。与小麦染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc44的检测引物，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID N0.7和SEQ ID N0.8所示的核苷酸序列。上述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。有益效果本专利技术所述的与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记可应用于品种多态性的筛选、高密度遗传图谱的构建及制重要产量和品质性状的基因的精细定位和克隆，能够极大缩短研究周期，加快速度，降低成本，具有操作简单，成本低廉，周期短的优点，适于推广应用，为控制小麦重要性状基因的克隆提供了技术支持，提高了效率和质量。【专利附图】【附图说明】图1、SNP-SSR引物Xtdc38和Xtdc44PCR在不同材料中的扩增结果；图中:1、山农19，2、山农 20，3、衡 6632，4、衡 6503，5、衡 4568，6、衡观 76，7、科农1006，8、科农 2009，9、郑麦 0856，10、郑麦 7698，11、西农 529，12、西农 157，13、泛 7030，14、10 繁 27，15、花 培 3 号，16、豫麦 57，17、SDAUl, 18、SDAU2,19、SDAU3，20、SDAU4，21、SDAU5,22、N5A，23、N5B，24、N5D ；图2、标记Xtdcll、Xtdc31、Xtdc38和Xtdc44在在DH群体部分家系中的多态性；图中:箭头所示为多态性位点，自左向右的泳道对应DH群体家系编号从97到145，其中 140 缺失，M =Marker ；图3、添加Xtdcll、Xtdc31、Xtdc38、Xtdc44分子标记后的小麦分子遗传图谱；图4主效QTL在染色体上的位置定位图。【具体实施方式】下面结合实施例对本专利技术的技术方案做进一步说明，但本专利技术所保护范围不限于此。实验材料普通小麦品种:山农19和山农20购自山东圣丰种业科技有限公司；衡6632、衡6503、衡4568和衡观76购自河北省农林科学院旱作农业研究所；科农1006和科农2009购自中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心；郑麦0856购自北京德农种业公司；郑麦7698购自河南新木种业公司；西农529和西农157购自西北农林科技大学农学院；泛7030和10繁27购自中国农业科学院作物所；花培3号和豫麦57购自河南省农业科学院；人工合成六倍体材料和中国春缺体-四体系材料:人工合成六倍体材料:采用四倍体材料TK98-506H83-1631-1和二倍体材料新疆节节麦(AE.SQUARR0SA)，将上述四倍体材料和二倍体材料通过常规杂交后经秋水仙素处理使染色体加倍而获得，命名为:SDAU1、SDAU2、SDAU3、SDAU4和SDAU5 ;上述四倍体材料TK98-506H83-1631-1和二倍体材料新疆节节麦(AE.SQUARR0SA)为本领域常用育种材料；中国春缺体-四体系材料由来源于国家小麦改良分中心的中国春材料按照SearsE.R.(1958).1n:Proc.1st Int.Wheat Genet.Symp.，pp.221-228 中记载的内容方法制备获得，命名为N5AT5D、N5BT5D和N5DT5B ；DH群体购自山东农业大学农学院农业部谷物品质检测中心品质育种研究室；所用Contig序列公开于 http://probes.pw.usda.gov/ffheatDMarker/ 网站上，序列可以通过该网站下载。PCR仪型号为德国Eppendorf5531梯度PCR仪；实施例1小麦染色体上与SNP紧密连锁的新SNP-SSR分子标记的获取方法，包括以下步骤:(I)根据染色体上分子标记Xbarc320-Xwmc215在遗传图谱上的位置确定此区段在米曰山羊草4勿王里图1普http://probes, pw.usda.gov/ffheatDMarker/上的大体位置为ATro4910-AT5D5010，包含 90 个 SNP 标记延伸序列；(2)将步骤⑴中90个SNP标记延伸序列对小麦D基因组测序数据库(JizengJia, Shancen zhao, Xiuying Kong, Yingrui Li, Guangyao Zhao, Weiming He, Rudi Appels.Aegilops tauschiidraft genome sequence reveals a gene repertoire for wheat adaptation.Nature Letter,2013, 496:91-95.)讲行本地 blast 或 http: //wheat~urg1.Versailles, inra.fr/Seq-Repository/BLAST提供的小麦基因组序列数据库进行比对，根据相似度≥99%的条件，选取长度范围为50kb到IOOkb的序列片段；以 Xtdc38 为例，以罗明成图谱上(http: //probes, pw.usda.gov/ffheatDMa本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.与小麦ro染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdcll的检测引物，其特征在于，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.2所示的核苷酸序列。2.权利要求1所述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用。3.与小麦染色体中SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记Xtdc31的检测引物，其特征在于，所述检测引物为一对，分别为SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.4所示的核苷酸序列。4.权利要求3所述检测引物在小麦基因的精细定位和辅助育种中的应用...
【专利技术属性】
技术研发人员：邓志英，田纪春，陈芳，李文静，
申请(专利权)人：山东农业大学，
类型：发明
国别省市：
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