猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物技术和分子标记技术领域，特别涉及一种猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用。所述的猪SNP分子标记位点为SEQ ID NO.1所示，位于该序列片段第321核酸单碱基突变，命名为：g15588826C>T。该SNP分子标记对应于国际猪参考基因组10.2版本3号染色体上第15588826个核苷酸位点C>T突变。本发明专利技术通过优选该SNP分子标记的优势等位基因，能够增加大白日增重性状的遗传进展，减少大白的日增重性状的育种时间，从而有效提高种猪育种的经济效益。

Application of pig SNP molecular markers in daily gain traits and / or pig breeding in pigs

The invention belongs to the technical field of molecular biology and molecular markers, in particular to the application of a pig SNP molecular marker in the study of pig daily gain characteristics and / or pig breeding. Porcine SNP molecular markers in the SEQ ID NO.1 shown in the sequence 321st DNA single nucleotide mutation, named: g15588826C> T. The SNP molecular marker corresponds to the 15588826th nucleotide site C> on the chromosome 3 of the International Swine reference genome 10.2, and the T mutation. The invention of the SNP molecular markers by selecting the dominant allele and genetic progress can increase the big day weight traits, reduce white ADG traits in the breeding time, so as to improve the economic benefits of pig breeding.

【技术实现步骤摘要】
猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用
本专利技术属于分子生物技术和分子标记
，特别涉及一种猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用。
技术介绍
日增重性状是评估猪生长性能的重要指标，因此是种猪遗传改良研究中的重点。近百年来，西方猪种的育种目标往往集中在提升瘦肉率和降低背膘厚，这在一定程度上提高了日增重的遗传进展，但也一直缺乏较为直接的选育方法。传统的育种方法对于表型难以鉴定的性状(如日增重)收效甚微，而分子标记辅助选择(markerassistedselection，MAS)则打破了这一技术壁垒。该方法可用于改良肉质(如肌内脂肪)和抗病性状(如抗腹泻)等活体很难度量或活体测量花费很大(如日增重)的性状，以及繁殖(如产仔数)等在生命活动中表达较晚的限性性状。而且MAS不易受环境影响、性别、年龄影响，因此能进行早期选择，进而能起到缩短世代间隔、提高选选种效率的目的(柳小春等，2008年)。因此如能利用MAS技术改良种猪的日增重性状，将具备广阔的应用前景。大白猪是世界上著名的瘦肉型猪种之一。在现代猪的繁育体系中，大白以繁殖力高、生长育肥性好、适应性强等优点而著称。由于其综合性能优秀，故可以作为诸多合成系商品猪的父本或母本，应用范围十分广泛。因此，对大白猪的日增重性状进行改良，可以有效地缩短商品猪的育肥时间从而节约养殖成本。
技术实现思路
为了克服现有技术对日增重遗传选育的不足和缺点，本专利技术的目的在于提供一种猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用；所述的猪SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组10.2版本3号染色体上第15588826bp处的C>T突变；所述分子标记的SNP位点为SEQIDNO.1所示，其中序列中的M是T或C，导致日增重性状的不同；所述的猪为大白和其合成系中的至少一种；用于鉴定上述猪SNP分子标记的引物优选为PCR-F和PCR-R；上游引物PCR-F：5'-CAGGTAGGACACCTCCACT-3'；下游引物PCR-R：5'-TGACAGCAGCACTAAATGAC-3'；所述的猪日增重性状研究优选为利用上述猪SNP分子标记鉴定猪日增重性状；所述的猪日增重性状研究优选还包括利用上述猪SNP分子标记调节猪日增重；所述的育种优选为分子标记辅助育种；一种检测猪日增重性状的方法，包含如下步骤：检测猪3号染色体上上述猪SNP分子标记的单核苷酸是C还是T；所述的猪为大白和其合成系中的至少一种；一种猪的遗传改良的方法，包含如下步骤：确定种猪核心群中种猪的上述猪SNP分子标记，并根据猪SNP分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育国际猪参考基因组10.2版本3号染色体上15588826bp处的CT型和TT型个体，淘汰该点的CC型个体；以逐代提高该位点的等位基因T的频率，从而提高后代猪的日增重；所述的种猪为大白和其合成系中的至少一种；本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：(1)本专利技术研究并确定影响日增重相关的分子标记，使用该分子标记进行标记辅助选择，能够极大地增加大白及其合成系的日增重进程。(2)本专利技术提供一种用于鉴定影响猪日增重性状分子标记的引物对，通过该分子标记及引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪日增重性状遗传改良中，从而提高猪的日增重，进而节约粮食，降低企业生产成本，提高企业利润，增加核心竞争力。(3)本专利技术通过优选该分子标记的优势等位基因，能够增加大白日增重性状的遗传进展，减少大白的日增重性状的育种时间，从而有效提高种猪育种的经济效益，其中，通过该分子标记，本专利技术将CC型个体全部选育成TT型个体，则每头猪平均日增重可以提高88.7g，一个规模化万头猪场则可以在70日内增加猪肉62.09t，由此可见优秀的日增重性能为养猪产业提供收益的潜力是巨大的。附图说明图1是不同基因型猪的日增重分析图。图2是大白猪在3号染色体上关于日增重性状的全基因组关联(GWAS)分析图；其中：横坐标表示猪的染色体编号；纵坐标表示-logP值。具体实施方式下面结合实施例及附图对本专利技术作进一步详细的描述，但本专利技术的实施方式不限于此。实施例1实施例中，一共使用了689头纯种大白；其中，通过OSBORNE系统测定猪在体重达30kg时的日龄并记录为Day1，记录猪体重达100Kg时的日龄并记录为Day2。日增重的计算公式为：70/(Day2-Day1)。上述实验在广东温氏食品集团股份有限公司的沙湖种猪场中进行，在测定阶段每栏圈养10～12头猪(每头猪占用面积2平方米)自由采食饮水，并按统一饲养标准，统一饲喂日粮。(1)大白猪耳样组织DNA的提取方法参照标注苯酚-氯仿法提取全基因组DNA。用Nanodrop-ND1000分光光度计对纯种大白群体的DNA进行质量检测和浓度测定。A260/280比值在1.8～2.0，A260/230比值在1.7～1.9判定为合格。最后将合格的DNA样品统一稀释成50纳克/微升。(2)猪全基因组80KSNP基因型检测：GeneSeekGenomicProfilerPorcine80KSNP分型平台，采用IlluminaInfinium的使用说明和标准流程进行芯片杂交与结果扫描。最后通过GenomeStudio软件读取基因型数据。用PLINKv1.07对获得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率<99.7％，此等位基因频率(mimorallelfrequency，MAF)<0.01％或偏离哈代温伯格平衡(Hardy-WeinbergEquilibrium，HWE)P≤10-6的SNP标记，排除检出率<90％，家系孟德尔错误率高于0.1的个体；质控剩余的58991个SNP标记和689个样本用于后续数据分析。(3)全基因组关联(GWAS)分析：使用R软件中的GenABEL软件包对大白日增重进行GWAS分析，模型为：y＝1u+Xb+Sc+Za+α。其中，y为所测得的表型值及(平均日增重值)，u为总体平均值，b为性别和固定效应值，c为其余的微效应，c—N(0，бc2)，α为随机加性遗传效应向量，且α～N(0，бα2)(G为个体间的分子血缘相关矩阵，бα2为加性遗传方差)，e为残差，X、S和Z是对固定效应和随机效益的关联矩阵，场年季(herd-year-season)效应包括在批次效应中。采用Bonferroni法确定全基因组关联分析得显著性阈值，基因组水平的显著阈值为0.05除以有效SNP位点数量，即0.05/58991＝8.46E-7；染色体水平显著阈值为1除以有效SNP位点数量，即1/58991＝1.70E-5。GWAS分析结果如图2所示。从图2可知，在大白及其合成系中，在3号染色体中存在显著影响日增重性状的位点，最强关联的SNP为g.15588826C>T(P＝4.97E-6)。(4)不同基因型与日增重表型的关联性分析：根据表1可知，分子标记的SNP位点g.15588826C>T与日增重性状极显著相关(P<0.001)，说明此分子标记显著影响猪的日增重性状，可以通过对猪的此SNP位点的辅助本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用，其特征在于：所述的猪SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组10.2版本3号染色体上第15588826bp处的C>T突变。

【技术特征摘要】
1.一种猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用，其特征在于：所述的猪SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组10.2版本3号染色体上第15588826bp处的C>T突变。2.根据权利要求1所述的猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用，其特征在于：所述的猪为大白和其合成系中的至少一种。3.根据权利要求1所述的猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用，其特征在于：用于鉴定权利要求1中所述的猪SNP分子标记的引物为PCR-F和PCR-R；上游引物PCR-F：5'-CAGGTAGGACACCTCCACT-3'；下游引物PCR-R'：5'-TGACAGCAGCACTAAATGAC-3'。4.根据权利要求1所述的猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或猪育种中的应用，其特征在于：所述的猪日增重性状研究为利用权利要求1中所述的猪SNP分子标记鉴定猪日增重的性状。5.根据权利要求4所述的猪SNP分子标记在猪日增重性状研究和/或...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴珍芳，杨杰，付帝生，全建平，郑恩琴，刘德武，蔡更元，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东,44