一种基于PAGIS识别基因通路的方法技术

本发明专利技术实施例公开了一种基于PAGIS识别基因通路的方法，包括获取样本，并确定样本的信号通路及基因，且进一步获取每一个基因的基因频度及基因出度；根据每一个基因的基因频度及基因出度，统计出最大基因频度、最小基因频度、最大基因出度和最小基因出度，并得到每一个基因的基因频度权重和基因出度权重；根据每一个基因的基因频度权重及基因出度权重，计算出每一个基因的综合权重，并得到每一个信号通路的权重，且进一步将每一个信号通路的权重进行排序，确定最大信号通路权重所对应的信号通路出现变化的概率最大。实施本发明专利技术实施例，结合基因的重要性和特异性来识别通路，提高通路的识别精度。

【技术实现步骤摘要】
一种基于PAGIS识别基因通路的方法
本专利技术涉及系统生物学研究
，尤其涉及一种基于PAGIS识别基因通路的方法。
技术介绍
基于微阵列的高通量技术产生了大量的基因表达数据，如何从这些海量基因表达数据中获得洞察性的认识，进而理解生命现象的机制仍然是摆在世界各国科学家面前的一个严峻的挑战。生物通路是一组完成特定功能的基因之间的相互作用关系，主要有信号传导通路和代谢通路。在信号传导通路中，节点代表基因(或基因产物)，边代表从一个基因转导到另一个基因的信号。在代谢通路中，节点代表生化化合物，边代表通过酶编码的化合物之间的生物化学反应，酶是为基因编码的。常用的通路数据库有KEGG和Reactome数据库，它们提供了基因之间相互作用的可视化形式。从系统生物学的角度，基因之间的相互作用及其动力学的变化是导致各种疾病及癌症发生的主要原因，由于通路的拓扑结构特征反应了基因在通路中的位置，重要性以及基因之间的相互作用，因此通路的识别应尽可能考虑到通路中包含基因的各种信息，如基因的上下游位置、调控基因的数量、基因之间的作用关系等等因素。2005年，PNAS上发表了两篇重要的通路分析方法的论文，一本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于PAGIS识别基因通路的方法，其特征在于，所述方法包括：a、获取样本，并确定所述样本的信号通路以及每一个信号通路所含基因，且按照每一个基因与表型间相关性对所有信号通路中所含基因进行排序，进一步根据所述排序后的基因，确定每一个基因的基因频度及基因出度；其中，所述基因频度为基因在所述确定的信号通路中出现的总次数，所述基因出度为基因在所述确定的信号通路中调控下游基因的数量；b、根据所述获取到的每一个基因的基因频度及基因出度，统计出最大基因频度、最小基因频度、最大基因出度和最小基因出度，并根据所述统计出的最大基因频度和最小基因频度，得到每一个基因的基因频度权重，以及根据所述统计出的最大基因出度...

【技术特征摘要】
1.一种基于PAGIS识别基因通路的方法，其特征在于，所述方法包括：a、获取样本，并确定所述样本的信号通路以及每一个信号通路所含基因，且按照每一个基因与表型间相关性对所有信号通路中所含基因进行排序，进一步根据所述排序后的基因，确定每一个基因的基因频度及基因出度；其中，所述基因频度为基因在所述确定的信号通路中出现的总次数，所述基因出度为基因在所述确定的信号通路中调控下游基因的数量；b、根据所述获取到的每一个基因的基因频度及基因出度，统计出最大基因频度、最小基因频度、最大基因出度和最小基因出度，并根据所述统计出的最大基因频度和最小基因频度，得到每一个基因的基因频度权重，以及根据所述统计出的最大基因出度和最小基因出度，得到每一个基因的基因出度权重；c、确定每一个信号通路所含基因总数量和排序后每一个基因的矫正分数，并根据所述确定的每一个信号通路所含基因总数量和排序后的每一个基因的矫正分数及其对应的基因频度权重，计算出每一个信号通路的通路分数；d、根据所述得到的每一个基因的基因频度权重及其对应的基因出度权重，计算出每一个基因的综合权重，并根据所述计算出的每一个基因的综合权重，对相应计算出的信号通路的通路分数进行修订，且进一步将所述修订后的每一个信号通路的通路分数进行排序，确定排序后最大通路分数所对应的信号通路出现变化的概率最大。2...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘文斌，沈良忠，昝乡镇，
申请(专利权)人：温州大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33