确定循环RNA的分布谱的方法技术

本公开内容提供了基于循环RNA所在的载体的类型来对循环RNA进行快速分级的方法。本公开内容还提供了，本公开内容的方法可用于通过鉴定与病症相关的特定微RNA生物标志物来在受试者中诊断该病症。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】确定循环RNA的分布谱的方法相关申请的交叉引用本申请依据35U.S.C.§119要求于2014年9月3日提交的临时申请号62/045,503的优先权，其公开内容通过引用并入本文。政府许可权本专利技术是由国家科学基金会(NationalScienceFoundation)授予的授权号CHE-1057113和DGE-0813967的政府支持下进行的。政府在本专利技术中享有一定的权利。
本公开内容提供了基于循环微RNA、病毒RNA和长非编码RNA(long-non-codingRNA，lncRNA)的相关载体分子来对其进行快速分级的方法。本公开内容还提供了，本公开内容的方法可用于通过鉴定与病症和特定载体相关的特定微RNA、lncRNA和病毒RNA标志物来在受试者中诊断病症。
技术介绍
已认为循环微RNA是用于疾病诊断的良好生物标志物，因为其可被病变的细胞，例如癌细胞特异性分泌。考虑到微RNA在调节基因表达中的关键作用，微RNA的活性分泌可与疾病发展密切相关。通常，从患者的血清提取总微RNA，并分析表达谱以观察是否能用模式指示疾病阶段。但是，尽管已进行了大量筛选，但是这样的模式并尚未揭示非常令人信服的miRNA标志物。
技术实现思路
本公开内容提供了一种用于确定样品中循环RNA的分布的分级方法，其包括：将从受试者获得的生物流体样品分级成至少包含外泌体级分、蛋白质级分和脂蛋白级分的级分，其中每个级分包含RNA载体；以及确定或定量各所述级分中的RNA以产生所述样品中所述RNA针对所述RNA载体的分布谱。在一个实施方案中，所述分级通过进行非对称流场流分级(asymmetricalflowfield-flowfractionation)(AF4)并收集多份洗脱液来进行。在另一个实施方案中，所述分级通过基于芯片的微流体系统来进行。在前述任一实施方案的另一个实施方案中，所述生物流体样品是血清样品。在另一个实施方案中，使用厚度为约0.350mm且顶端到顶端长度(tip-to-tiplength)为约275mm的、入口三角形宽度为约20mm且出口宽度为约5mm的梯形分离通来分级血清样品。在另一个实施方案中，积聚壁的表面积为约3160mm2，分子量截止值为10kDA。在另一个实施方案中，所述多份洗脱液在20至25分钟的时间内作为1分钟洗脱液进行收集。在另一个实施方案中，从所述多份洗脱液产生所述生物流体样品的至少6个级分。在另一个实施方案中，所述6个级分由合并在6个单独且非重叠的时间段内收集的1分钟洗脱液获得。在另一个实施方案中，所述6个级分中的每一个都富集具有特定流体动力学直径的RNA载体蛋白质。在另一个实施方案中，所述级分富集蛋白质、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)和外泌体。在另一个实施方案中，通过深度测序或RT-qPCR来确定或定量所述RNA。在前述任意实施方案的另一个实施方案中，所述RNA包括微RNA或lncRNA，或病毒RNA。在另一个实施方案中，所述微RNA或lncRNA或病毒RNA是与疾病或病症相关的生物标志物。在另一个实施方案中，所述病症是癌症。在另一个实施方案中，所述癌症是乳腺癌。在前述任意实施方案的一个实施方案中，所述RNA为包含SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7、8和/或9的序列的微RNA。在另一个实施方案中，所述RNA选自由以下各项组成的组：let-7a、let-7b、let-7c、let-7d、let-7e、let-7f、let-7g、let-7i、miR-1、miR-100、miR-101、miR-103、miR-105、miR-106a、miR-106b、miR-107、miR-10a、miR-10b、miR-122a、miR-124a、miR-125a、miR-125b、miR-126、miR-126*、miR-127、miR-128a、miR-128b、miR-129、miR-130a、miR-130b、miR-132、miR-133a、miR-133b、miR-134、miR-135a、miR-135b、miR-136、miR-137、miR-138、miR-139、miR-140、miR-141、miR-142-3p、miR-142-5p、miR-143、miR-144、miR-145、miR-146a、miR-146b、miR-147、miR-148a、miR-148b、miR-149、miR-150、miR-151、miR-152、miR-153、miR-154、miR-154*、miR-155、miR-15a、miR-15b、miR-16、miR-17-3p、miR-17-5p、miR-181a、miR-181b、miR-181c、miR-181d、miR-182、miR-182*、miR-183、miR-184、miR-185、miR-186、miR-187、miR-188、miR-189、miR-18a、miR-18a*、miR-18b、miR-190、miR-191、miR-191*、miR-192、miR-193a、miR-193b、miR-194、miR-195、miR-196a、miR-196b、miR-197、miR-198、miR-199a、miR-199a*、miR-199b、miR-19a、miR-19b、miR-200a、miR-200a*、miR-200b、miR-200c、miR-202、miR-202*、miR-203、miR-204、miR-205、miR-206、miR-208、miR-20a、miR-20b、miR-21、miR-210、miR-211、miR-212、miR-213、miR-214、miR-215、miR-216、miR-217、miR-218、miR-219、miR-22、miR-220、miR-221、miR-222、miR-223、miR-224、miR-23a、miR-23b、miR-24、miR-25、miR-26a、miR-26b、miR-27a、miR-27b、miR-28、miR-296、miR-299-3p、miR-299-5p、miR-29a、miR-29b、miR-29c、miR-301、miR-302a、miR-302a*、miR-302b、miR-302b*、miR-302c、miR-302c*、miR-302d、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-30b、miR-30c、miR-30d、miR-30e-3p、miR-30e-5p、miR-31、miR-32、miR-320、miR-323、miR-324-3p、miR-324-5p、miR-325、miR-326、miR-328、miR-329、miR-33、miR-330、miR-331、miR-335、miR-337、miR-338、miR-339、miR-33b、miR-340、miR-342、miR-345、miR-346、miR-34a、miR-34b、miR-34c、miR-361、miR-362、miR-363、miR-363*、miR-365、miR-367、miR-368、miR-369-3p、miR本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于确定样品中循环RNA的分布的分级方法，其包括：将从受试者获得的生物流体样品分级成至少包含外泌体级分、蛋白质级分和脂蛋白级分的级分，其中每个级分包含RNA载体；确定或定量每个所述级分中的RNA以产生所述样品中所述RNA针对RNA载体的分布谱。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.09.03 US 62/045,5031.一种用于确定样品中循环RNA的分布的分级方法，其包括：将从受试者获得的生物流体样品分级成至少包含外泌体级分、蛋白质级分和脂蛋白级分的级分，其中每个级分包含RNA载体；确定或定量每个所述级分中的RNA以产生所述样品中所述RNA针对RNA载体的分布谱。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分级是通过对所述样品进行非对称流动场流分级(AF4)并收集多个洗脱液。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述分级是通过基于芯片的微流体系统。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物流体样品是血清样品。5.根据权利要求2所述的方法，其中使用厚度为约0.350mm且顶端到顶端长度为约275mm的、入口三角形宽度为约20mm且出口宽度为约5mm的梯形分离通道来分级血清样品。6.根据权利要求5所述的方法，其中积聚壁的表面积为约3160mm2，分子量截止值为10kDA。7.根据权利要求2所述的方法，其中所述多个洗脱液是在20分钟至25分钟的时间段内作为1分钟洗脱液被收集的。8.根据权利要求2所述的方法，其中从所述多个洗脱液产生所述生物流体样品的至少6个级分。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述6个级分由合并在6个单独且非重叠的时间段内收集的1分钟洗脱液产生。10.根据权利要求9所述的方法，其中每个所述6个级分富集具有特定流体动力学直径的RNA载体蛋白质。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述级分富集蛋白质、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)和外泌体。12.根据权利要求1所述的方法，其中通过深度测序或RT-qPCR来确定或定量所述RNA。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA包括微RNA或lncRNA、或病毒RNA。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述微RNA或lncRNA或病毒RNA是与疾病或病症相关的生物标志物。15.根据权利要求14所述的方法，其中所述病症是癌症。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌。17.根据权利要求1所述的方法，其中RNA组为包含序列SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7、8和/或9的微RNA。18.根据权利要求1所述的方法，其中RNA组选自由以下各项组成的组：let-7a、let-7b、let-7c、let-7d、let-7e、let-7f、let-7g、let-7i、miR-1、miR-100、miR-101、miR-103、miR-105、miR-106a、miR-106b、miR-107、miR-10a、miR-10b、miR-122a、miR-124a、miR-125a、miR-125b、miR-126、miR-126*、miR-127、miR-128a、miR-128b、miR-129、miR-130a、miR-130b、miR-132、miR-133a、miR-133b、miR-134、miR-135a、miR-135b、miR-136、miR-137、miR-138、miR-139、miR-140、miR-141、miR-142-3p、miR-142-5p、miR-143、miR-144、miR-145、miR-146a、miR-146b、miR-147、miR-148a、miR-148b、miR-149、miR-150、miR-151、miR-152、miR-153、miR-154、miR-154*、miR-155、miR-15a、miR-15b、miR-16、miR-17-3p、miR-17-5p、miR-181a、miR-181b、miR-181c、miR-181d、miR-182、miR-182*、miR-183、miR-184、miR-185、miR-186、miR-187、miR-188、miR-189、miR-18a、miR-18a*、miR-18b、miR-190、miR-191、miR-191*、miR-192、miR-193a、miR-193b、miR-194、miR-195、miR-196a、miR-196b、miR-197、miR-198、miR-199a、miR-199a*、miR-199b、miR-19a、miR-19b、miR-200a、miR-200a*、miR-200b、miR-200c、miR-202、miR-202*、miR-203、miR-204、miR-205、miR-206、miR-208、miR-20a、miR-20b、miR-21、miR-210、miR-211、miR-212、miR-213、miR-214、miR-215、miR-216、miR-217、miR-218、miR-219、miR-22、miR-220、miR-221、miR-222、miR-223、miR-224、miR-23a、miR-23b、miR-24、miR-25、miR-26a、miR-26b、miR-27a、miR-27b、miR-28、miR-296、miR-299-3p、miR-299-5p、miR-29a、miR-29b、miR-29c、miR-301、miR-302a、miR-302a*、miR-302b、miR-302b*、miR-302c、miR-302c*、miR-302d、miR-30a-3p、miR-30a-5p、miR-30b、miR-30c、miR-30d、miR-30e-3p、miR-30e-5p、miR-31、miR-32、miR-320、miR-323、miR-324-3p、miR-324-5p、miR-325、miR-326、miR-328、miR-329、miR-33、miR-330、miR-331、miR-335、miR-337、miR-338、miR-339、miR-33b、miR-340、miR-342、miR-345、miR-346、miR-34a、miR-34b、miR-34c、miR-361、miR-362、miR-363、miR-363*、miR-365、miR-367、miR-368、miR-369-3p、miR-369-5p、miR-370、miR-371、miR-372、miR-373、miR-373*、miR-374、miR-375、miR-376a、miR-376a*、miR-376b、miR-377、miR-378、miR-379、miR-380-3p、miR-380-5p、miR-381、miR-382、miR-383、miR-384、miR-409-3p、miR-409-5p、miR-410、miR-411、miR-412、miR-421、miR-422a、miR-422b、miR-423、miR-424、mi...

【专利技术属性】
技术研发人员：钟文婉，J·艾诗，K·弗拉克，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，
类型：发明
国别省市：美国,US