一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的SNP标志物及其应用制造技术

本专利公开了一种与非综合征型唇腭裂辅助诊断相关的SNP标志物rs2910164，并据此开发了其在非综合征型唇腭裂易感性的诊断试剂盒中的应用，本专利所述的标志物和应用可使得非综合征型唇腭裂的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。

A SNP marker related to nonsyndromic cleft lip and palate diagnosis and its application

The utility model discloses a with non syndromic cleft lip and palate diagnostic related markers of SNP rs2910164 adjuvant, and develops the application of diagnostic kit in the non syndromic cleft lip and palate susceptibility in the markers and the application of the patent can make the diagnosis of non syndromic cleft lip and palate is more convenient easy to quickly and accurately grasp the patient clinician, lay the foundation for clinical therapeutic effect evaluation, and provide help for the discovery of novel small molecule drug target has potential therapeutic value.

【技术实现步骤摘要】
一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的SNP标志物及其应用
本专利技术属于基因工程及生物医学领域，涉及一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的SNP标志物及其应用。
技术介绍
唇腭裂(orofacialclefts)，是人类最常见的先天性发育缺陷之一，严重影响患者的身心健康和家庭幸福。据统计，全球每年唇腭裂的发病率约为1/700，因民族和地区而异，其中亚洲和美洲印地安人发病率为1/500，欧洲人为1/1000，而非洲人最低，约为1/2500。我国是世界上唇腭裂患者最多的国家之一，发病率高达1.42/1000，位于新生儿出生缺陷的第二位，每年还以2.5万名唇腭裂新生患儿的速度在递增，形势堪忧。唇腭裂分两类，30％为伴有全身其他组织器官畸形的综合征型唇腭裂(Syndromicorofacialclefts，SOC)，70％是不伴有其他系统、器官畸形的非综合征型唇腭裂(non-syndromiccleftlipwithorwithoutcleftpalate，NSCL/P)。研究证实：前者常由染色体异常、单基因突变及某些特定致畸剂所致，而后者(NSCL/P)则属于复杂疾病，是遗传因素(家族连锁研究和双生子分析则证实NSCL/P的遗传度达到70％)和环境因素(如孕妇早期主动或被动吸烟、饮酒、维生素缺乏、病毒感染和接触射线等)共同作用的结果。流行病学调查结果显示，个体对环境暴露因素的反应并不完全相同，例如在相同的烟草暴露下，仅有约10％吸烟妇女的后代可能会罹患唇腭裂，提示不同个体对唇腭裂具有遗传易感性。这种遗传易感性往往与个体基因组中存在的遗传变异相关。遗传变异是指发生在DNA序列的核苷酸缺失、插入、替代等变异，单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms，SNPs)是最常见的变异形式。SNP是指人群中出现频率大于1％的单个核苷酸的变异，人类基因组中每100-300个碱基对(basepair，bp)就存在一个SNPs，可能通过影响基因的表达或相关生物学功能，进而导致个体对疾病易感性的差异。以SNPs为遗传标记寻找复杂疾病(包括NSCL/P)的遗传易感因素是揭示疾病病因，阐明疾病发病机制的重要途径之一。近年来，微小RNA(microRNA，miRNA)作为生物体内一种新的调控模式越来越被重视。它们属于非编码RNA家族成员，是一类18-25个核苷酸的调控小RNA分子。国内外研究表明miRNA在小鼠胚胎发育时期的颅颌面组织中广泛表达，参与调控面部胚胎发育的一系列关键事件，包括细胞的增殖、分化、凋亡、迁移以及上皮间充质转化等过程。研究发现miRNA基因SNPs可以通过影响miRNA自身表达或与靶基因的结合能力，介导基因的调控，参与多种生理和病理过程。miRNA与NSCL/P发生密切相关，其SNPs可能会影响个体罹患NSCL/P的易感性。
技术实现思路
针对上述技术问题，专利技术人发现了rs2910164位点G等位基因与非综合征型唇腭裂的相关性，并据此开发了其在非综合征型唇腭裂易感性的诊断试剂盒中的应用。本专利技术的目的之一是提出一种与非综合征型唇腭裂辅助诊断相关的SNP标志物。本专利技术的目的之二是提供检测上述SNP标志物的特异性引物对。本专利技术的目的之三是提供上述SNP标志物在制备非综合征型唇腭裂诊断试剂盒中的应用。本专利技术的目的之四是提供上述特异性引物对在制备非综合征型唇腭裂诊断试剂盒中的应用。本专利技术的目的之五是提供非综合征型唇腭裂辅助诊断试剂盒。专利技术人通过提供一组与非综合征型唇腭裂高度相关的高特异性和敏感性的SNP，并研制出可便于临床应用的非综合征型唇腭裂辅助诊断试剂盒，为非综合征型唇腭裂的筛查和诊断提供数据支持。本专利技术的目的是通过下列技术方案实现的：一种与非综合征型唇腭裂辅助诊断相关的SNP标志物rs2910164。本专利技术提供的用于诊断非综合征型唇腭裂易感性的位点rs2910164，存在G/C多态性，当其基因型为GG时，判断个体为唇腭裂易感性个体。本专利技术还提供了用于检测SNP位点基因型的试剂，所述试剂可以是采用本领域已知的任何技术检测SNP的试剂，只要其能够检测样本中rs2910164位点基因型即可。本专利技术提供了一种检测rs2910164位点的方法，所述检测方法步骤如下：(1)提取基因组DNA；(2)使用TaqMan检测法检测rs2910164位点基因型。本专利技术还提供检测所述SNP标志物的特异性引物对：正向引物序列如SEQIDNo.1所示；反向引物序列如SEQIDNo.2所示。本专利技术还提供检测所述SNP标志物的探针：探针FAM序列如SEQIDNo.3所示，探针VIC序列如SEQIDNo.4所示。所述SNP标志物对在制备非综合征型唇腭裂辅助诊断试剂盒中的应用。所述SNP标志物的特异性引物对在制备非综合征型唇腭裂辅助诊断试剂盒中的应用。所述SNP标志物的探针在制备非综合征型唇腭裂辅助诊断试剂盒中的应用。一种非综合征型唇腭裂辅助诊断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中的rs2910164。所述的诊断试剂盒，该试剂盒还含有上述SNP标志物的特异性扩增引物。所述的诊断试剂盒，该试剂盒还含有上述SNP标志物的探针。所述的诊断试剂盒，该试剂盒还可以包括DNA提取常用试剂，如苯酚、氯仿、异戊醇或乙醇等。在本专利技术的一个具体实施方案中，所述的诊断试剂盒包括：使用Taqman检测SNP位点基因型所需的试剂包括用于扩增SNP位点在内的核苷酸序列的引物，如下表所示：探针FAM为5’-TCAGACCTGTGAAATT-3’，探针VIC为5’-TCAGACCTCTGAAATT-3’，正向引物为5’-GAACTGAATTCCATGGGTTGTGT-3’，反向引物为5’-GCCCACGATGACAGAGATATCC-3’。本专利技术提供的SNP标志物作为非综合征型唇腭裂辅助诊断的标志物的优越性在于：(1)SNP是一种新型基因生物标志物，区别于传统生物标志物，稳定、微创、易于检测，将大大提高疾病诊断的敏感性和特异性；(2)SNP试剂盒是一种系统、全面的诊断试剂盒，可用于非综合征型唇腭裂的辅助诊断，有助于反映患者的疾病状态，为临床医生快速准确掌握患者病情、及时采取更具个性化的防治方案提供支持；(3)通过SNP生物标志物和诊断试剂盒的研制和应用，可使得非综合征型唇腭裂的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。附图说明图1表示TaqMan基因分型；其中：具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。在不背离本专利技术精神和本质的情况下，对本专利技术方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本专利技术的范围。实施例11.研究样本的选择(均为中国汉族)专利技术人从徐州市第一医院、南京市儿童医院和南京医科大学附属口腔医院收集了诊断明确的无家族史散发型非综合征型唇腭裂患者1406例和无唇腭裂家族史的健康对照1578例。所有研究对象均签署知情同意书(18岁以下者，由其监护人代签)，完成相应流行病学调查，并提供1-3mL外周血标本。2.基因组DNA提取采用酚-氯仿法抽提基因组DNA，经75％乙醇沉淀后得到基因组DNA，DNA沉淀经TE溶解测定浓度后，稀释分装存入-20℃本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与非综合征型唇腭裂辅助诊断相关的SNP标志物rs2910164。

【技术特征摘要】
1.一种与非综合征型唇腭裂辅助诊断相关的SNP标志物rs2910164。2.一种检测权利要求1所述SNP标志物的方法，其特征在于，步骤如下：(1)提取基因组DNA；(2)使用TaqMan检测法检测rs2910164位点基因型。3.权利要求2所述的方法，其特征在于，检测rs2910164位点基因型的特异性引物对为：正向引物序列如SEQIDNo.1所示；反向引物序列如SEQIDNo.2所示。4.权利要求2所述的方法，其特征在于，检测rs2910164位点基因型的探针为：探针FAM序列如SEQIDNo.3所示，探针VIC序列如SEQIDNo.4所示。5.一种检测权利要求1所述SNP标志物的特异性引物对，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：马兰，李丹丹，潘永初，王林，
申请(专利权)人：南京医科大学附属口腔医院，
类型：发明
国别省市：江苏,32