用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法技术

本发明专利技术提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法，涉及分子生物学技术领域，本发明专利技术提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu 266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本发明专利技术提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。

A screening method for SNP identification of sex and the pheasant pepper SNP markers

The present invention provides a screening method for identification of SNP markers and sex pheasant pepper the SNP marker, which relates to the technical field of molecular biology, the invention provides the application of pepper genome SNP loci in pheasant pheasant in sex identification of the pepper, by detecting the SNP locus Lcu 266763 can rapidly and accurately identify pheasant pepper gender. A screening method for detecting SNP loci of the pheasant pepper sex provided by the invention, the RAD sequencing technology to test the pheasant pepper samples were sequenced, to find a functional SNP markers exist only in the male or female pheasant pheasant pepper pepper in, through the SNP mark, to achieve accurate identification of pheasant pepper sex the.

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法
本专利技术涉及分子生物学
，尤其是涉及一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP标记及该SNP标记的筛选方法。
技术介绍
山鸡椒(Litseacubeba(Lour.)Pers.)，又名山苍子，木姜子等，属于樟科(Lauracea)木姜子属(LitseaLam)落叶灌木或小乔木，是原产于我国的珍贵天然香料植物。其果实、叶、花等组织可蒸提精油，精油中柠檬醛含量高达60-90％，是制造高级化妆品、药品、食品添加剂、病虫害防治剂、润滑油等的重要原料。山鸡椒为雌雄异株植物，天然林中雌雄株比例大约为1：0.59～0.75，但是仅有少数的雄株即可保证充足的花粉供应(1:0.18)。然而在实际种植中，由于山鸡椒雌雄株在形态上差异不大，无法对造林材料进行性别鉴定，导致雌雄株比例不能达到1:0.18，只能在山鸡椒生长三年开花后，通过花形态辨别雌雄株，再去除多余雄株以达到此比例。这种方式造成了巨大的时间延误和资源浪费，阻碍了山鸡椒雌雄株资源的优化配置及其合理利用，延长了山鸡椒苗木育种周期，降低了苗木结实率及苗木育种者的经济效益。因此，开发一种能够快速有效，并且能够准确鉴定山鸡椒性别的方法尤为重要。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的在于提供山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，本专利技术的第二个目的在于提供一种能够鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，本专利技术的第三个目的在于提供一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，以缓解现有技术中存在的没有快速有效，并且准确的鉴定山鸡椒性别的方法的技术问题。本专利技术提供的山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，所述SNP位点为Lcu266763。本专利技术还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，所述筛选方法包括如下步骤：步骤(a)：从待测山鸡椒中提取基因组DNA，构建RAD文库，并进行测序，得到原始数据；步骤(b)：对所述原始数据进行优化筛选，得到RAD测序数据；步骤(c)：将所述RAD测序数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度；步骤(d)：根据所述RAD-标签的深度进行一次归类，并根据所述一次归类后的差异碱基数进行二次归类，对SNP标记基因分型，根据最大似然法确定所述SNP位点。进一步地，在所述步骤(a)中，所述基因组DNA为从所述待测山鸡椒的花蕾中提取。进一步地，在所述步骤(b)中，所述优化筛选为去除所述原始数据中的接头序列，过滤小片段序列、RAD-Tag不明确的序列及测序质量评估低于质量10的序列。进一步地，在所述步骤(d)中，所述一次归类为将深度超过3且序列完全相同的RAD-标签聚为stack，所述二次归类为差异碱基数少于4的所述stack聚为locus。进一步地，所述SNP位点满足以下条件(1)-(5)中的一条或多条：(1)在所述待测山鸡椒的样本中有40％及以上的个体具有该位点；(2)至少有一个所述stack或locus具有该位点；(3)测序深度大于等于3；(4)最小等位基因频率大于等于0.05；(5)一个位点中有多个SNPs时随机选取一个。进一步地，所述SNP位点表现为在雄性中出现，在雌性中缺失，或者在雌性中出现，在雄性中缺失。进一步地，所述SNP位点为Lcu266763。进一步地，所述Lcu266763表现为如下(A)和(B)：(A)雌中纯合，等位基因核苷酸为G；(B)雄中杂合，等位基因核苷酸为G和A。另外，本专利技术还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，所述产品包括能够特异性检测所述Lcu266763的引物对。本专利技术提供了山鸡椒基因组中SNP(SingleNucleotidePolymorphisms，单核苷酸多态性)位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，通过检测SNP位点Lcu266763能够快速准确地鉴定山鸡椒的性别。本专利技术提供的用于检测山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，通过RAD(RestrictionsiteAssociatedDNA)测序技术对待测山鸡椒样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于雄性山鸡椒或雌性山鸡椒中的功能性SNP分子标记，通过该SNP标记，实现对山鸡椒性别的准确鉴定。附图说明为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术实施例1提供的部分待测山鸡椒样品提取基因组DNA电泳结果图；图2为本专利技术实施例1提供的部分待测山鸡椒样品RAD-标签测序深度分布情况结果图；图3本专利技术实施例4提供的Lcu266763与性别相关性及性别预测的结果图。具体实施方式下面将结合实施例对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。本专利技术提供了山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定山鸡椒性别中的应用，其中，SNP位点为Lcu266763。本专利技术还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，所述筛选方法包括如下步骤：步骤(a)：从待测山鸡椒中提取基因组DNA，构建RAD文库，并进行测序，得到原始数据；步骤(b)：对所述原始数据进行优化筛选，得到RAD测序数据；步骤(c)：将所述RAD测序数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度；步骤(d)：根据所述RAD-标签的深度进行一次归类，并根据所述一次归类后的差异碱基数进行二次归类，对SNP标记基因分型，根据最大似然法确定所述SNP位点。在本专利技术中，在步骤(a)中，山鸡椒基因组DNA为从待测山鸡椒的花蕾中提取；测序为采用IlluminaPE测序技术进行双尾端测序；在本专利技术中，在步骤(b)中，优化筛选为去除所述数据中的接头序列，过滤小片段序列、RAD-Tag不明确的序列及测序质量评估低于质量10的序列。其中，测序质量评估应用slidingwindow(长度为截取后序列长度的15％)。在本专利技术中，在步骤(d)中，利用stacks软件进行SNP标记基因分型，将RAD-标签深度超过3的完全相同序列聚为一个stack，将差异碱基数少于4的stacks聚为一个locus，根据最大似然法确定SNPs。在本专利技术中，上述SNP位点满足以下条件(1)-(5)中的一条或多条：(1)在待测山鸡椒的样本中有40％及以上的个体具有该位点；(2)至少有一个stack或locus具有该位点；(3)测序深度大于等于3；(4)最小等位基因频率大于等于0.05；(5)一个位点中有多个SNPs时随机选取一个。在本专利技术中，SNP位点表现为在雄性中出现，在雌性中缺失，或者在雌性中出现，在雄性中缺失。在本专利技术中，上述SNP位点为Lcu266763。其中，Lcu266763表现为如下(A)和(B)：(A)雌中纯合，等位基因核苷酸为G；(B)雄中杂合，等位基因核苷酸为G和A。另外，本专利技术还提供了一种用于鉴定山鸡椒性别的产品，包括能够特异性检测Lcu266763的引物对，其中，本文档来自技高网...

【技术保护点】
山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，其特征在于，所述SNP位点为Lcu 266763。

【技术特征摘要】
1.山鸡椒基因组中SNP位点在鉴定所述山鸡椒性别中的应用，其特征在于，所述SNP位点为Lcu266763。2.一种用于鉴定山鸡椒性别的SNP位点的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括如下步骤：步骤(a)：从待测山鸡椒中提取基因组DNA，构建RAD文库，并进行测序，得到原始数据；步骤(b)：对所述原始数据进行优化筛选，得到RAD测序数据；步骤(c)：将所述RAD测序数据进行计数并获得每个个体RAD-标签的数目和深度；步骤(d)：根据所述RAD-标签的深度进行一次归类，并根据所述一次归类后的差异碱基数进行二次归类，对SNP标记基因分型，根据最大似然法确定所述SNP位点。3.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，在所述步骤(a)中，所述基因组DNA为从所述待测山鸡椒的花蕾中提取。4.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，在所述步骤(b)中，所述优化筛选为去除所述原始数据中的接头序列，过滤小片段序列、RAD-Tag不明确的序列及测序质量评估低于质量10的序列。5.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，在所述步骤(d)中，所述一次...

【专利技术属性】
技术研发人员：高暝，汪阳东，陈益存，吴立文，
申请(专利权)人：中国林业科学研究院亚热带林业研究所，
类型：发明
国别省市：浙江,33