用于变应原的选择性定量与检测的方法和系统技术方案

本发明专利技术涉及这样的方法和系统，其借助生物信息学研究来鉴定候选特征肽，以供利用质谱对来自植物、植物部分和/或食物产品的复杂蛋白质样品进行定量多路分析。提供了利用生物信息学手段选择用于定量的候选特征肽的用途和方法。还提供了包含色谱和质谱的系统，用于使用选定的特征肽。

Method and system for selective quantification and detection of allergens

The invention relates to a method and system that the use of bioinformatics research to identify candidate features for peptides by mass spectrometry quantitative multiplex analysis of complex protein samples from plants, plant parts and / or food products. The use and the method of selecting candidate characteristic peptides for quantification are provided by means of bioinformatics. A system comprising chromatography and mass spectrometry is also provided for the use of selected characteristic peptides.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于变应原的选择性定量与检测的方法和系统优先权要求本申请要求下列美国临时专利申请的申请日的权益：2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM1”的序列号62/035,744；于2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM3”的序列号62/035,731；于2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM4”的美国专利申请序列号62/035,768；于2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM5”的美国专利申请序列号62/035,800；2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM6GISUBUNIT”的序列号62/035,858；2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM6G2SUBUNIT”的序列号62/035,876；于2014年8月11日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM6G3SUBUNIT”的序列号62/035,920；2014年8月13日提交的题为“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM6G4SUBUNIT”的序列号62/036,926；以及于2014年8月11日提交的序列号为62/035,944的“MethodsandSystemsforSelectiveQuantitationandDetectionofAllergensIncludingGLYM6Precursor”，每一个申请的披露内容通过引用整体并入本文。背景本领域当前优选用于分析植物中基因表达的方法包括基于DNA的技术(例如PCR和/或RT-PCR)；使用报告基因；Southern印迹；和免疫化学。这些方法都有各种缺点。在植物、植物部分和/或食品中检测已知和潜在的变应原是公共安全的一个重要课题。质谱虽然先前已经公开，但是现有的手段是有限的，没有选择和灵敏的定量。仍然需要用于在植物、植物部分和/或食品中已知和/或潜在的变应原的选择的、灵敏的定量的高通量方法。公开本专利技术涉及利用生物信息学研究来鉴定候选特征肽，用于使用质谱法对来自植物、植物部分和/或食品的复杂蛋白质样品进行定量多重分析的方法和系统。提供了使用生物信息学方法选择候选特征肽用于定量的用途和方法。还提供了包括色谱和质谱的系统，用于利用所选出的特征肽。在一个方面，提供了选择候选特征肽用于从基于植物的样品中定量已知的变应原和潜在的变应原的方法。该方法包括：(a)基于与至少一种已知变应原蛋白质序列的同源性鉴定潜在变应原；(b)进行所述至少一种已知变应原与步骤(a)中鉴定的潜在变应原的序列比对；(c)基于所述序列比对选择共有序列或代表性序列；(d)基于来自在步骤(c)中选择的共有序列或代表性序列的序列比对和计算机消化数据的保守区域或结构域，确定多个候选特征肽；和(e)基于所述特征肽的测量(measurements)，定量所述基于植物的样品中的所述至少一种已知变应原和潜在变应原的量。在一个实施方案中，所述定量步骤使用柱色谱和质谱。在另一个实施方案中，定量步骤包括使用高分辨率精确质量质谱(HRAMMS)测量所述多个候选特征肽。在另一个实施方案中，定量步骤包括从质谱计算候选特征肽的相应峰高度或峰面积。在另一个实施方案中，定量步骤包括将来自质谱的高碎裂模式的数据和低碎裂模式的数据进行比较。在一个实施方案中，所述至少一种已知的变应原包含至少一种选自下组的变应原：Glym1，Glym3，Glym4，Glym5(β-伴大豆球蛋白)，Glym6(大豆球蛋白)Glym6(大豆球蛋白)G2，Glym6(大豆球蛋白)G3，Glym6(大豆球蛋白)G4，Glym6(大豆球蛋白)前体，Kunitz胰蛋白酶抑制剂1，Kunitz胰蛋白酶抑制剂3，GlymBd28K，GlymBd30K，Glym8(2S白蛋白)，凝集素和脂加氧酶。在另一个实施方案中，至少一种已知的变应原包括Glym1，Glym3，Glym4，Glym5(β-伴大豆球蛋白)，Glym6(大豆球蛋白)Gl，Glym6(大豆球蛋白)G2，Glym6(大豆球蛋白)G3，Glym6(大豆球蛋白)G4或Glym6(大豆球蛋白)前体。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym1而言包含SEQIDNO:12、28、29、30、31、32、33、34或35。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym1而言包含SEQIDNO:12、28或29。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym3而言包含SEQIDNO:13、38、39或40。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym3而言包含SEQIDNO:13或38。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym4而言包含SEQIDNO:14、42、43、44、45、46、47、48、49、50或51。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym4而言包含SEQIDNO:14或42。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym5而言包含SEQIDNO:15、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73或74。在另一个实施方案中，共有序列步骤(c)的序列或代表性序列对于Glym5而言包含SEQIDNO:15或61。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym6G1而言包含SEQIDNO:16或95。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym6G2而言包含SEQIDNO:17或107。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym6G3而言包含SEQIDNO:18。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym6G4而言包含SEQIDNO:19、130、131、132、133或134。在另一个实施方案中，步骤(c)的共有序列或代表性序列对于Glym6G4而言包含SEQIDNO:本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种选择候选特征肽用于从基于植物的样品中定量已知的变应原和潜在变应原的方法，包括：(a)基于与至少一种已知变应原蛋白质序列的同源性鉴定潜在变应原；(b)进行所述至少一种已知变应原与步骤(a)中鉴定的潜在变应原的序列比对；(c)基于所述序列比对选择共有序列或代表性序列；(d)基于来自步骤(c)中选择的共有序列或代表性序列的序列比对和计算机消化数据的保守区域或结构域，确定多个候选特征肽；和(e)基于所述特征肽的测量，定量所述基于植物的样品中的所述至少一种已知变应原和潜在变应原的量。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.08.11 US 62/035,744;2014.08.11 US 62/035,731;1.一种选择候选特征肽用于从基于植物的样品中定量已知的变应原和潜在变应原的方法，包括：(a)基于与至少一种已知变应原蛋白质序列的同源性鉴定潜在变应原；(b)进行所述至少一种已知变应原与步骤(a)中鉴定的潜在变应原的序列比对；(c)基于所述序列比对选择共有序列或代表性序列；(d)基于来自步骤(c)中选择的共有序列或代表性序列的序列比对和计算机消化数据的保守区域或结构域，确定多个候选特征肽；和(e)基于所述特征肽的测量，定量所述基于植物的样品中的所述至少一种已知变应原和潜在变应原的量。2.权利要求1的方法，其中所述定量步骤使用柱色谱和质谱。3.权利要求1的方法，其中所述定量步骤包括使用高分辨率精确质量质谱(HRAMMS)测量所述多个候选特征肽。4.权利要求1的方法，其中所述定量步骤包括从质谱计算所述候选特征肽的相应峰高度或峰面积。5.权利要求1的方法，其中所述定量步骤包括将来自质谱的高碎裂模式和低碎裂模式的数据进行比较。6.权利要求1的方法，其中所述至少一种已知的变应原包括Glym1，Glym3，Glym4，Glym5(β-伴大豆球蛋白)，Glym6(大豆球蛋白)G1，Glym6)G2，Glym6(大豆球蛋白)G3，Glym6(大豆球蛋白)G4或Glym6(大豆球蛋白)前体。7.权利要求1的方法，其中所述潜在的变应原包括选自下组的至少一种序列：(a)对于Glym1为SEQIDNO:12和30-35；(b)对于Glym3为SEQIDNO:13和39-40；(c)对于Glym4为SEQIDNO:14和43-51；(d)对于Glym5为SEQIDNO:15和62-74；(e)对于Glym6G1为SEQIDNO:16和95；(f)对于Glym6G2为SEQIDNO:17和107；(g)对于Glym6G3为SEQIDNO:18；(h)对于Glym6G4为SEQIDNO:19和131-134；和(i)对于Glym6前体为SEQIDNO:20。8.权利要求1的方法，其中所述候选特征肽包含选自下组的至少一种序列：(a)对于Glym1为SEQIDNO:1，36和37；(b)对于Glym3为SEQIDNO:2和41；(c)对于Glym4为SEQIDNO:52-57；(d)对于Glym5为SEQIDNO:3和75-94；(e)对于Glym6G1为SEQIDNO:96-106；(f)对于Glym6G2为SEQIDNO:4和108-120；(g)对于Glym6G3为SEQIDNO:5和121-129；(h)对于Glym6...

【专利技术属性】
技术研发人员：T·J·阿曼，B·W·谢弗，R·C·希尔，G·单，
申请(专利权)人：美国陶氏益农公司，
类型：发明
国别省市：美国,US