微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法技术

本发明专利技术公开了一种微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法及开发用探针组。所述开发方法包括：获得混合样本；提取混合样本的基因组；将基因组片段化，获得基因组片段；利用探针组分别与基因组片段进行杂交；纯化多个杂交溶液中成功杂交的基因组片段；将多个所述纯化的杂交基因组片段混合后，利用高通量测序检测所述纯化的基因组片段；获得有效的所述高通量测序片段；将所述有效的高通量测序片段进行分类。所述检测方法包括：选择待检测的微卫星标记位点；利用多重扩增引物扩增所述待检测的微卫星标记位点内的微卫星标记，获得所述微卫星标记位点内的微卫星标记的长度。上述方法简单、快速、全面且准确。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物
，特别涉及一种微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法及开发用探针组。
技术介绍
微卫星标记又称短串联重复序列(shorttandemrepeats，STR)或简单重复序列(simplesequencerepeats，SSR)，指由2个以上核苷酸为重复单元串联重复构成。微卫星标记位点指的是在基因组上含有微卫星标记的座位，微卫星标记位点在基因组上数量丰富且均匀分布，微卫星标记位点的开发指的是寻找基因组上的微卫星标记位点的过程。不同样本中，同一个微卫星标记位点内的微卫星标记的重复单元的重复次数可能不同，在样本间存在长度变异，因此微卫星标记位点的多态性主要指同一个微卫星标记位点的不同微卫星标记的长度多态性。微卫星标记检测技术指的是检测微卫星标记位点中的微卫星标记的长度的技术。不同样本的微卫星标记的长度多态性可以用来对样本的身份进行鉴定，因此，微卫星标记技术的应用十分广泛，包括亲子鉴定、罪犯身份确定、基因定位、基因克隆、生物多样性鉴定、动植物品种指纹身份证鉴定等等。传统的微卫星标记位点的开发与检测包括以下步骤：基因组提取、基因组片段化、连本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种微卫星标记位点开发方法，其特征在于，所述开发方法包括：将待开发微卫星标记位点的同一物种的n个具有多态性的样本等质量混合，获得混合样本，其中n＞1；提取所述混合样本的基因组；将所述混合样本的基因组片段化，获得基因组片段；将多个具有简单重复序列的探针作为探针组，利用所述探针组中的每个探针分别与所述基因组片段进行杂交，获得多个杂交溶液，对多个所述杂交溶液中成功杂交的基因组片段分别进行纯化，得到多个纯化的杂交基因组片段；将多个所述纯化的杂交基因组片段等质量混合后，利用高通量测序检测混合后的所述纯化的杂交基因组片段，获得第一高通量测序片段；从所述第一高通量测序片段中，筛选有效的所述高通量测序片段，所...

【技术特征摘要】
1.一种微卫星标记位点开发方法，其特征在于，所述开发方法包括：将待开发微卫星标记位点的同一物种的n个具有多态性的样本等质量混合，获得混合样本，其中n＞1；提取所述混合样本的基因组；将所述混合样本的基因组片段化，获得基因组片段；将多个具有简单重复序列的探针作为探针组，利用所述探针组中的每个探针分别与所述基因组片段进行杂交，获得多个杂交溶液，对多个所述杂交溶液中成功杂交的基因组片段分别进行纯化，得到多个纯化的杂交基因组片段；将多个所述纯化的杂交基因组片段等质量混合后，利用高通量测序检测混合后的所述纯化的杂交基因组片段，获得第一高通量测序片段；从所述第一高通量测序片段中，筛选有效的所述高通量测序片段，所述有效的高通量测序片段包括微卫星标记位点内的微卫星标记；根据所述有效的高通量测序片段中的微卫星标记的两侧序列的同源性对所述有效的高通量测序片段进行分类，同一类的所述有效的高通量测序片段为同一个微卫星标记位点的所述有效的高通量测序片段，若同一个所述微卫星标记位点的所述有效的高通量测序片段的条数≥α1，则成功开发一个所述微卫星标记位点，其中，α1为第一判定阈值且α1≥(高通测序深度×有效的高通量测序片段的比例/基因组上能检测到的微卫星标记位点数)×概率保证。2.根据权利要求1所述的开发方法，其特征在于，所述微卫星标记指由≥2个碱基组成的重复单元串联重复构成的序列。3.根据权利要求1所述的开发方法，其特征在于，所述有效的高通量测序片段中的所述微卫星标记的两侧序列的碱基数均≥1个，且所述有效的高通量测序片段中的所述微卫星标记中至少有一侧的序列的碱基数≥10个。4.根据权利要求1所述的开发方法，其特征在于，选择所述同一物种的n个具有多态性的样本的方法包括：在同一个物种中，选择外部形态不同的样本、生物分类不同的样本、标记互不相同的样本或不同生态区域的野生资源的样本。5.根据权利要求1所述的开发方法，其特征在于，所述探针的数量为12个，每个所述探针的简单重复序列中的重复单元为CT、GA、TG、AC、TA、TGT、CCA、ATC、CCT、AGA、ATG或CAA，每个所述探针的简单重复序列的重复次数为6～20；优选地，所述探针的序列如序列表中SEQINNO:1-SEQINNO:12所示。6.一种权利要求1-5任一项所述的开发方法成功开发的微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法，其特征在于，所述检测方法包括：从成功开发的所述微卫星标记位点中，选择待检测的微卫星标记位点；利用多重扩增引物扩增所述待检测的微卫星标记位点内的微卫星标记，得到扩增产物，将所述扩增产物进行高通量测序，得到第二高通量测序片段，通过分析所述第二高通量测序片段，获得所述微卫星标记位点内的微卫星标记的长度。7.根据权利要求6所述的开发方法，其特征在于，所述从成功开发的所述微卫星标记位点中，选择待检测的微卫星标记位点的方法包括：选择所述待检测的微卫星标记位点的标准为H值最大的所述微卫星标记位点，其中，H值为所述微卫星标记位点的多态性指数，其中，i为按所述微卫星标记位点的所述有效的高通量测序片段中的微卫星标记的长度进行分类时，第i个类别，i为自然数；ai为...

【专利技术属性】
技术研发人员：彭海，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：湖北;42