本发明专利技术公开了一种与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的分子标记及其在猪育种中的应用。本发明专利技术发明专利技术人在IL6基因中发现两个与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的SNP位点，其中，一个与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的SNP位点为1753T/C，位于IL6基因序列的第1753个核苷酸处。另一个与仔猪断奶重相关的SNP位点为3789A/T，位于IL6基因序列的第3789个核苷酸处。基于所述的SNP位点，本发明专利技术还提出了含有上述SNP位点的PCR‑RFLP分子标记。通过PCR‑RFLP分子标记技术能够将仔猪进行基因分型，从而保留具有较高仔猪断奶重和抗腹泻病能力的仔猪，加快猪的育种进程。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子遗传学领域，具体涉及与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的分子标记的制备、检测方法和应用。
技术介绍
仔猪断奶重是衡量猪生产性能的重要指标。有研究表明，仔猪断奶重和其出栏日龄以及日增重显著相关，随着仔猪断奶重的增加，生猪日增重增加、出栏日龄下降。在生猪现代集约化生产中，仔猪腹泻是仔猪生产中最常见的问题之一，腹泻会导致仔猪生长发育缓慢，甚至脱水死亡，严重制约养猪业的经济效益。如何提高仔猪断奶重，降低仔猪腹泻发病率一直是困扰养猪业的问题。虽然采用加强饲养管理和疫苗免疫等措施，能在一定程度上提高仔猪断奶重，降低仔猪腹泻发病率。但是从遗传角度出发，采用现代育种技术，选育出抗腹泻能力强、断奶重高的仔猪，才能从本质上解决问题。传统的猪育种方法是通过对目的个体本身、同胞、祖先或后裔进行性能测定来评估个体育种值，这种选择方法准确性较高，成效显著，但存在测定成本高、费时耗力、无法进行早期选种等缺点。现在生物技术的飞速发展，使得育种工作者可以开发出针对目标性状的经济、快捷、准确的分子标记，进行分子标记辅助选择，进而加快育种工作。猪的抗病力性状和断奶重都是受多基因控制的复合性状，目前关于这两种性状的分子标记研究已经取得一定的成果，但是获得的标记数目仍无法满足猪育种的需要，仍需不断开发和研制出新的分子标记。白细胞介素6(Interleukin6，IL-6)是具有多种功能的细胞因子，研究发现IL-6可通过不同的信号通路参与多种疾病的发生发展过程。人类医学研究发现IL-6基因的遗传变异与炎症反应综合症、冠心病、前列腺癌等疾病的患病风险相关。最近的研究发现，IL-6基因除了在免疫细胞、组织、器官表达外，也在版纳微型猪的肌肉组织大量表达，说明该基因在猪肌肉组织发挥重要的生理功能(王配等，2015)。鉴于此，本专利技术通过寻找猪IL-6基因遗传变异，提供与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的分子标记及其检测方法，并应用于猪育种。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供与仔猪抗腹泻病和断奶重相关的分子标记方法并应用于猪育种中。为了达到上述目的，本专利技术采用了以下技术手段：本专利技术在IL6基因中发现两个SNP位点，其中，与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的SNP位点为1753T/C，位于IL6基因序列的第1753个核苷酸处。与仔猪断奶重相关的SNP位点为3789A/T，位于IL6基因序列的第3789个核苷酸处，所述的IL6基因的Genebank登录号为NC_010451.3REGION:complement(101081042..101085451)GPC_000000591(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010451.3？from＝101081042&to＝101085451&report＝genbank&strand＝true)，其核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。进一步的，本专利技术还提出了基于所述的SNP位点开发的分子标记，优选的，所述的分子标记为PCR-RFLP分子标记。用于将所述的SNP位点转化为PCR-RFLP分子标记的引物对也在本专利技术的保护范围之内，其中用于将所述的1753T/CSNP位点转化为PCR-RFLP分子标记的引物对序列如下所示：IL6-3F：5'TGCGAATGGGTTCTGACT3'；IL6-3R：5'AATCGCTCTTCCCTCTGG3'。用于将3789A/TSNP位点转化为PCR-RFLP分子标记的引物对序列如下所示：IL6-5F：5'CAAATGTGAACCTCCTCC3'，IL6-5R：5'AACAACCTGGCTCTGAAA3'。再进一步的，本专利技术还提出了所述的SNP位点、分子标记以及引物序列在猪育种中的应用。更进一步的，本专利技术提出了一种评价仔猪断奶重和抗腹泻病能力的方法，其包括以下步骤：(1)从猪耳组织中提取基因组DNA；(2)PCR扩增以猪基因组DNA为模板，采用以下引物对进行PCR扩增：IL6-3F：5'TGCGAATGGGTTCTGACT3'；IL6-3R：5'AATCGCTCTTCCCTCTGG3'；其中，优选的，PCR扩增程序如下：94℃预变性4min；然后94℃变性35s、53℃退火35s、72℃延伸40s，共35个循环；最后72℃延伸8min；(3)HpaIIPCR-RFLP检测将步骤(2)扩增得到的产物用HpaII限制性内切酶进行酶切，酶切完毕后，用琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，扩增产物经HpaII酶切后出现3种带型，分别代表3种不同的基因型：当扩增片段无法被HpaII识别时，记作TT基因型；当扩增片段被HpaII酶切为两条短片段时，记作CC基因型；当扩增片段被HpaII酶切为三条短片段时，记作TC基因型，在猪育种中，选择TT和TC基因型个体，淘汰CC基因型个体，可提高猪群的平均断奶重和抗腹泻病能力。以及一种评价仔猪断奶重的方法，其包括以下步骤：(1)从猪耳组织中提取基因组DNA；(2)PCR扩增以猪基因组DNA为模板，采用以下引物对进行PCR扩增：IL6-5F：5'CAAATGTGAACCTCCTCC3'，IL6-5R：5'AACAACCTGGCTCTGAAA3'其中，优选的，PCR扩增程序如下：94℃预变性4min；然后94℃变性35s、50℃退火35s、72℃延伸40s，共35个循环；最后72℃延伸8min；(3)DraIPCR-RFLP检测将步骤(2)扩增得到的产物用DraI限制性内切酶进行酶切，酶切完毕后，用琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，扩增产物经DraI酶切后出现3种带型，分别代表3种不同的基因型：当扩增片段被DraI酶切为两条片段别时，记作AA基因型；当扩增片段被DraI酶切为三条片段时，记作TT基因型；当扩增片段被DraI酶切为四条短片段时，记作AT基因型，在猪育种中，选择AA和AT基因型个体，淘汰TT基因型个体，可提高仔猪群的平均断奶重。综上，本专利技术在IL6基因中发现两个与仔猪断奶重和抗腹泻病相关SNP位点，其中一个SNP位点为1753T/C，位于IL6基因序列的第1753个核苷酸处，其与仔猪断奶重和抗腹泻病相关，当该位点处为T时，仔猪具有较高的断奶重以及抗腹泻能力，并且无法被HpaII识别，因此通过PCR-RFLP分子标记技术能够将仔猪分为三种基因型：TT基因型、TC基因型和CC基因型。在猪育种中，选择TT和TC基因型个体，淘汰CC基因型个体，可提高猪群的断奶重和抗腹泻病能力，在猪育种过程中，有意识地降低CC基因型频率，对提高猪群的抗腹泻病、提高仔猪断奶重而言是个有益的育种措施。另一个SNP位点为3789A/T，位于IL6基因序列的第3789个核苷酸处，与仔猪断奶重相关，当该位点处为A时，仔猪具有较高的断奶重，并且无法被DraI识别，因此通过PCR-RFLP分子标记技术能够将仔猪分为三种基因型：AA基因型、AT基因型和TT基因型。在猪育种中，淘汰该位点TT基因型个体，可提高仔猪群的平均断奶重。在猪育种过程中，有意识地降低TT基因型频率，对提高仔猪断奶重而言是个有益的育种措施。附图说明图1为实施例1猪IL6-3引物扩增片段琼脂糖凝胶电泳图谱；其中，M泳道：DNAMarkerDL2,000；本文档来自技高网...
【技术保护点】
与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的SNP位点，其特征在于，所述的SNP位点为1753T/C，位于IL6基因序列的第1753个核苷酸处，所述的IL6基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
【技术特征摘要】
1.与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的SNP位点，其特征在于，所述的SNP位点为1753T/C，位于IL6基因序列的第1753个核苷酸处，所述的IL6基因的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。2.与仔猪断奶重相关的SNP位点，其特征在于，所述的SNP位点为3789A/T，位于IL6基因序列的第3789个核苷酸处，所述的IL6基因的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。3.基于权利要求1所述的SNP位点开发的分子标记，优选的，所述的分子标记为PCR-RFLP分子标记。4.基于权利要求2所述的SNP位点开发的分子标记，优选的，所述的分子标记为PCR-RFLP分子标记。5.用于将权利要求1所述的SNP位点转化为PCR-RFLP分子标记的引物对，其特征在于所述的引物序列如下所示：IL6-3F：5'TGCGAATGGGTTCTGACT3'；IL6-3R：5'AATCGCTCTTCCCTCTGG3'。6.用于将权利要求2所述的SNP位点转化为PCR-RFLP分子标记的引物对，其特征在于，所述的引物序列如下所示：IL6-5F：5'CAAATGTGAACCTCCTCC3'，IL6-5R：5'AACAACCTGGCTCTGAAA3'。7.权利要求1及/或2所述的SNP位点在猪育种中的应用。8.权利要求3或4所述的分子标记在猪育种中的应用。9.一种评价仔猪断奶重和抗腹泻病能力的方法，其特征在于包括以下步骤：(1)从猪耳组织中提取基因组DNA；(2)PCR扩增以猪基因组DNA为模板，采用以下引物对进行PCR扩增：IL6-3F：5'TGCGAATGGGTTCTGACT3'；IL6-3R：5'AATCGCTCTTCCCTCTGG3'；优选的，PCR扩增程序如下...
【专利技术属性】
技术研发人员：牛步月，邢桂玲，査安东，王希彪，狄生伟，
申请(专利权)人：东北农业大学，
类型：发明
国别省市：黑龙江;23
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