检测结直肠赘生物制造技术

本文提供了涉及检测赘生物形成并且尤其，但不排他性地涉及用于检测恶变前和恶性赘生物如结直肠癌的方法、组合物和相关用途的技术。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本文提供了涉及检测赘生物形成并且尤其，但不排他性地涉及用于检测恶变前和恶性赘生物如结直肠癌的方法、组合物和相关用途的技术。专利技术背景美国男性和女性加在一起结直肠癌仍然是第二最常见的癌症(SiegelR等人，CACancerJClin2013；63：11-30)。前期病变向癌症进展的基础生物学本身有利于筛查(VogelsteinB等人，Science2013；339：1546-58)。有证据支持和指导方针认可了几种试验和策略中的任一种(LevinB等人，Gastroenterology2008；134：1570-95；RexDK等人，AmJGastroenterol2009；104：739-50；KarlJ等人，ClinGastroenterolHepatol2008；6：1122-8)。从社会的角度来看，筛查被认为是有成本效益的(KarlJ等人，ClinGastroenterolHepatol2008；6：1122-8；HeitmanSJ等人，PLoSMed2010；7：e1000370；ParekhM等人，AlimentPharmacolTher2008；27：697-712；SharafRN等人，AmJGastroenterol2013；108：120-32)。结直肠癌起因于积累的遗传和表观遗传改变，为分析粪便的肿瘤特异性变化提供了基础(BergerBM等人，Pathology2012；44：80-8)。先前在筛查环境下基于粪便的早一代DNA试验的大规模研究仅证明对结直肠癌的良好灵敏度和对晚期腺瘤的低灵敏度(AhlquistDA等人，AnnInternMed2008；149：441-50，W81；ImperialeTF等人，NEnglJMed2004；351：2704-14)。已经取得了重要进展，包括稳定缓冲液(BoyntonKA等人，ClinChem2003；49：1058-65；ZouH等人，CancerEpidemiolBiomarkersPrev2006；15：1115-9)，更多判别标志物(AhlquistDA等人，Gastroenterology2012；142：248-56；BardanE等人，Israeliournalofmedicalsciences1997；33：777-80)，具有更高分析灵敏度的平台(AhlquistDA等人，Gastroenterology2012；142：248-56；AronchickCA等人，Gastrointestinalendoscopy2000；52：346-52)，使用逻辑回归分析而不是单独的标志物值进行结果判断，及自动化。虽然筛查减少了结直肠癌死亡率(MandelJS等人，NEnglJMed.1993，328：1365-71；HardcastleJD等人，Lancet.1996，348：1472-7；KronborgO等人，ScandJGastroenterol.2004，39：846-51；WinawerSJ等人，JNatlCancerInst.1993，85：1311-8；SinghH等人，JAMA.2006，295：2366-73)，但观察到的减少是适度的(SinghH等人，JAMA.2006；295，2366-73；HeresbachD等人，EurJGastroenterolHepatol.2006，18：427-33)并且在美国一半以上的成人尚未接受筛查(MeissnerHI，CancerEpidemiolBiomarkersPrev.2006，15：389-94)。一种新兴的癌症筛查方法牵涉对来自于癌症患者的身体样品，如粪便、血清和尿液中肿瘤特异性DNA改变的测定(OsbornNK，AhlquistDA.Gastroenterology2005；128：192-206；AhlquistDA等人，Gastroenterology2000；119：1219-27；AhlquistDA等人，Gastroenterology2002；122：SupplA40；ChenWD等人，JNatlCancerInst2005；97：1124-32；ZouH等人，CancerEpidemiolBiomarkersPrev2006；15：1115-9；ZouHZ，ClinCancerRes2002；8：188-91；HoqueMO，JClinOncol2005；23：6569-75；BelinskySA等人，CancerRes2006；66：3338-44；ItzkowitzSH等人，ClinGastroenterolHepatol2007；5：111-7’KannL等人，ClinChem2006；52：2299-302)。如果要在癌症筛查应用中实现效率和有效性，重要的是以高精确度选择标志物。由于结直肠赘生物形成的分子异质性，高检测率往往需要一组标志物。已经在来自于结直肠癌患者的粪便和血清/血浆样品中检测出几个甲基化基因(AhlquistDA，Gastroenterology2002，；122：SupplA40；ChenWD等人，JNatlCancerInst2005；97：1124-32；ZouHZ等人，ClinCancerRes2002；8：188-91；ItzkowitzSH等人，ClinGastroenterolHepatol2007；5：111-7；PetkoZ等人，ClinCancerRes2005；11：1203-9；MullerHM等人，Lancet2004；363：1283-5；LeungWK等人，ClinChem2004；50：2179-82；EbertMP等人，Gastroenterology2006；131：1418-30；GradyWM等人，CancerRes2001；61：900-2)。尽管在大多数结直肠癌中已经发现一些甲基化基因，但基于体液的测定法的产率仍不是最理想的(AhlquistDA等人，Gastroenterology2002；122：SupplA40；ChenWD等人，JNatlCancerInst2005；97：1124-32；ZouH等人，CancerEpidemiolBiomarkersPrev2006；15：1115-9；ZouHZ，ClinCancerRes2002；8：188-91；BelinskySA等人，CancerRes2006；66：3338-44；ItzkowitzSH等人，ClinGastroenterolHepatol2007；5：111-7；KannL等人，ClinChem2006；52：2299-302；PetkoZ等人，ClinCancerRes2005，；11：1203-9；MullerHM等人，Lancet2004；363：1283-5；LeungWK等人，ClinChem2004；50：2179-82；EbertMP等人，Gastroenterology2006；131：1418-30；GradyWM等人，CancerRes2001；61：900-2)。需要更精确、用户友好并且可广泛经销的用于提高筛查有效性、可接受性和访问的工具。专利技术概要甲基化DNA本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种在得自受试者的样品中筛查结直肠赘生物的方法，所述方法包括：1)测定得自受试者的样品中的标志物的甲基化状态；并且2)当所述标志物的甲基化状态不同于在没有赘生物的受试者中测定的所述标志物的甲基化状态时，将所述受试者鉴定为有赘生物，其中所述标志物包含如表1A和B所提供的差异性甲基化区域(DMR)中的碱基。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.03.31 US 61/972942;2014.04.10 US 61/9779541.一种在得自受试者的样品中筛查结直肠赘生物的方法，所述方法包括：1)测定得自受试者的样品中的标志物的甲基化状态；并且2)当所述标志物的甲基化状态不同于在没有赘生物的受试者中测定的所述标志物的甲基化状态时，将所述受试者鉴定为有赘生物，其中所述标志物包含如表1A和B所提供的差异性甲基化区域(DMR)中的碱基。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述赘生物为结直肠癌、大结直肠腺瘤和/或无蒂锯齿状息肉。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述赘生物为癌前期的。4.根据权利要求1所述的方法，其包括测定多种标志物。5.根据权利要求1所述的方法，其中测定标志物的甲基化状态包括用选择性修饰所述样品中的未甲基化胞嘧啶残基以生成经修饰的残基，但是不修饰甲基化胞嘧啶残基的试剂处理获得的样品；并且确定已经历所述处理步骤的所述样品中的所述标志物的甲基化水平。6.根据权利要求1所述的方法，其包括测定2至10种标志物。7.根据权利要求1所述的方法，其中测定所述样品中的所述标志物的甲基化状态包括确定一个碱基的甲基化状态。8.根据权利要求1所述的方法，其中测定所述样品中的所述标志物的甲基化状态包括确定在多个碱基处的甲基化的程度。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物的甲基化状态包括相对于所述标志物的正常甲基化状态，所述标志物的甲基化增加或减少。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物的甲基化状态包括相对于所述标志物的正常甲基化状态，所述标志物的甲基化模式不同。11.根据权利要求1所述的方法，其包括测定正向链的甲基化状态或测定反向链的甲基化状态。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物为100个或更少碱基的区域。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物为500个或更少碱基的区域。14.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物为1000个或更少碱基的区域。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物为5000个或更少碱基的区域。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物为一个碱基。17.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志物在高CpG密度启动子中。18.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品为粪便样品、组织样品、结直肠囊肿样品、结直肠肿瘤样品、血液样品或尿液样品。19.根据权利要求1所述的方法，其中所述测定包括使用甲基化特异性聚合酶链反应、核酸测序、质谱法、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离或靶标捕获。20.根据权利要求1所述的方法，其中所述测定包括使用甲基化特异性寡核苷酸。21.一种寡核苷酸，其包含选自SEQIDNO：1-57的序列。22.一种寡核苷酸，其包含与具有在DMR中的碱基的染色体区域互补的序列。23.一种对DMR的甲基化状态敏感的寡核苷酸。24.根据权利要求1所述的方法，其中具有选自NDRG4、BMP3、OPLAH、FLI1、PDGFD、SFMBT2、CHST2、VAV3和DTX1的标注的染色体区域包含所述标志物。25.根据权利要求24所述的方法其中具有所述SFMBT2标注的所述染色体区域包含选自SFMBT2_895、SFMBT2_896和SFMBT2_897的一个或多个染色体区域.其中具有所述CHST2标注的所述染色体区域包含选自CHST2_7889和CHST2_7890的一个或多个染色体区域。26.一种试剂盒，其包含：1)亚硫酸氢盐试剂；和2)对照核酸，其包含来自于选自表1A和B中提供的DMR的DMR的序列，并且具有与未患癌症的受试者相关的甲基化状态。27.一种试剂盒，其包含亚硫酸氢盐试剂和根据权利要求21-22中任一项所述的寡核苷酸。28.一种试剂盒，其包含：1)亚硫酸氢盐试剂；和2)对照核酸，其包含来自于如表1A和B中提供的DMR的序列，并且具有与患有癌症的受试者相关的甲基化状态。29.一种试剂盒，其包含用于从受试者获得样品的样品收集器；用于从所述样品分离核酸的试剂；亚硫酸氢盐试剂；和根据权利要求21-22中任一项所述的寡核苷酸。30.根据权利要求29所述的试剂盒，其中所述样品为粪便样品或结直肠组织样品。31.一种组合物，其包含含DMR的核酸和亚硫酸氢盐试剂。32.一种组合物，其包含含DMR的核酸和根据权利要求21-22中任一项所述的寡核苷酸。33.一种组合物，其包含含DMR的核酸和甲基化敏感性限制酶。34.一种组合物，其包含含DMR的核酸和聚合酶。35.根据权利要求34所述的组合物，其中所述组合物为反应混合物。36.一种在得自受试者的样品中筛查赘生物的方法，所述方法包括：a)确定所述样品中包含DMR中的碱基的标志物的甲基化状态，所述DMR选自如表1A和B所提供的DMR；b)将来自于所述受试者样品的所述标志物的甲基化状态与来自于未患癌症的受试者的正常对照样品的所述标志物的甲基化状态作比较；c)确定所述受试者样品和所述正常对照样品的甲基化状态的差异的置信区间和/或p值。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述置信区间为90％、95％、97.5％、98％、99％、99.5％、99.9％或99.99％并且所述p值为0.1、0.05、0.025、0.02、0.01、0.005、0.001或0.0001。38.一种在得自受试者的样品中筛查赘生物的方法，所述方法包括使包含DMR的核酸与亚硫酸氢盐试剂反应以生成亚硫酸氢盐反应的核酸；为所述亚硫酸氢盐反应的核酸测序以提供所述亚硫酸氢盐反应的核酸的核苷酸序列；将所述亚硫酸氢盐反应的核酸的核苷酸序列与来自于未患癌症的受试者的包含所述DMR的核酸的核苷酸序列作比较以鉴定所述两个序列的差异；并且当存在差异时将所述受试者鉴定为有赘生物。39.一种用于在得自受试者的样品中筛查赘生物的系统，所述系统包括配置用于确定样品的甲基化状态的分析组件，配置用于比较所述样品的甲基化状态与数据库中记录的对照样品或参考样品甲基化状态的软件组件，及配置用于基于甲基化状态的组合确定单个值并且警告使用者癌症相关的甲基化状态的警报组件。40.根据权利要求39所述的系统，其中所述样品包含含DMR的核酸。41.根据权利要求39所述的系统，其还包含用于分离核酸的组件。42.根据权利要求39所述的系统，其还包含用于收集样品的组件。43.根据权利要求39所述的系统，其还包含用于收集粪便样品的组件。44.根据权利要求39所述的系统，其中所述数据库包含含DMR的核酸序列。45.根据权利要求39所述的系统，其中所述数据库包含来自于未患癌症的受试者的核酸序列。46.一种分离核酸的集合，每个核酸具有包含DMR的序列。47.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：DA阿尔奎斯特，WR泰勒，DW马霍尼，GP利加德，HT阿拉维，
申请(专利权)人：梅奥医学教育和研究基金会，精密科学公司，
类型：发明
国别省市：美国;US