一种InDel位点基因型分型的方法技术

本发明专利技术提供了一种InDel位点基因型分型的方法，包括以下步骤：1)将目的基因DNA序列进行T载体克隆测序，得到目的基因克隆产物序列，将所述目的基因克隆产物序列进行多重比对，得到InDel位点；2)根据所述InDel位点设计PCR扩增引物，所述PCR扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰；3)用所述PCR扩增引物对待测样本DNA进行PCR扩增获得扩增产物，用毛细管荧光凝胶电泳检测扩增产物确定所述待测样本中InDel位点的基因型。本发明专利技术提供的基因型分型方法，成本低、操作简单灵活、结果准确。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学
，尤其涉及一种InDel位点基因型分型的方法。
技术介绍
插入缺失(InsertionandDeletion，简称InDel)是指同源序列的比对中出现的至少1bp核苷酸的差异，这种差异称为InDels；InDel在基因组中的含量仅次于单核苷酸多态性(SNP)标记，具有数量多、分布广泛、变异丰富等特点。根据基因组中插入缺失位点，设计扩增这些插入缺失位点的PCR引物，产生的多态性位点即为插入缺失(InDel)标记。插入缺失(InDel)标记在系统发育推断、遗传诊断、药物设计等方面具有重要的应用潜力。目前，常用的InDel分型方法主要是测序法和芯片法，测序法和芯片法实验操作繁琐、效率较低并且依赖相关大型仪器平台作为支撑，费用昂贵。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种成本低、操作简单灵活、准确的基因型分型的方法。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：本专利技术提供了一种InDel位点基因型分型的方法，包括以下步骤：1)将目的基因DNA序列进行T载体克隆测序，得到目的基因克隆产物序列，将所述目的基因克隆产物序列进行多重比对，得到I本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种InDel位点基因型分型的方法，包括以下步骤：1)将目的基因DNA序列进行T载体克隆测序，得到目的基因克隆产物序列，将所述目的基因克隆产物序列进行多重比对，得到InDel位点；2)根据所述InDel位点设计PCR扩增引物，所述PCR扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰；3)用所述PCR扩增引物对待测样本全基因组DNA进行PCR扩增获得扩增产物，用毛细管荧光凝胶电泳检测扩增产物，若扩增产物中有两条条带则该InDel位点的基因型为杂合型ID；若有一条条带且片段大小与杂合型ID中大的片段相同，则该InDel位点基因型为插入纯合型II；若有一条条带且片段大小与杂合...

【技术特征摘要】
1.一种InDel位点基因型分型的方法，包括以下步骤：1)将目的基因DNA序列进行T载体克隆测序，得到目的基因克隆产物序列，将所述目的基因克隆产物序列进行多重比对，得到InDel位点；2)根据所述InDel位点设计PCR扩增引物，所述PCR扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰；3)用所述PCR扩增引物对待测样本全基因组DNA进行PCR扩增获得扩增产物，用毛细管荧光凝胶电泳检测扩增产物，若扩增产物中有两条条带则该InDel位点的基因型为杂合型ID；若有一条条带且片段大小与杂合型ID中大的片段相同，则该InDel位点基因型为插入纯合型II；若有一条条带且片段大小与杂合型ID中小的片段相同，则表示该InDel位点为缺失纯合型DD。2.根据权利要求1所述InDel位点基因型分型的方法，其特征在于，所述荧光基团为FAM或HEX。3.根据权利要求1所述InDel位点基因型分型的方法，其特征在于，所述多重比对采用MEGA软件中的ClustalW模块。4.根据权利要求1所述InDel位点基因型分型的方法，其特征在于，所述待测样本为杨木树种。5.根据权利要求1或4所述InDel位点基因型分型的方法，其特征在于，所述目的基因为尿苷二磷酸葡糖醛酸脱羧酶基因1。6.根据权利要求5所述InDel位点基因型分型的方法，其特征在于，所述尿苷二磷酸葡糖醛酸脱羧酶基因1上的InDel位点分别为InDel1、InDel2、InDel3、InDel4和InDel5；所述InDel1位于尿苷二磷酸葡糖醛酸脱羧酶基因1全长第401b...

【专利技术属性】
技术研发人员：张德强，巩琛锐，杜庆章，
申请(专利权)人：北京林业大学，
类型：发明
国别省市：北京;11