本发明专利技术公开了长牡蛎快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用，属于分子生物学DNA标记技术与应用领域。本发明专利技术运用高分辨率熔解曲线分析技术和从EST公共数据库中挖掘出的108个SNP位点对连续选育5代的长牡蛎快速生长群体进行基因分型，通过关联分析得到3个与长牡蛎生长性状紧密相关的等位基因。所述3个SNP标记优势等位基因可应用于快速生长长牡蛎亲本的筛选，为快速生长长牡蛎的选育工作提供科学的辅助工具。该方法与传统育种方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单，检测快速、成本低，便于广泛推广使用。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物
，具体涉及一种与长牡蛎快速生长相关的SNP标记及其鉴定方法和应用。
技术介绍
长牡蛎(Crassostreagigas)又称太平洋牡蛎，属于瓣鳃纲，珍珠贝目，牡蛎科，自然分布于日本、中国和韩国沿海。长牡蛎具有环境适应性强、生长快、肉质细腻和营养丰富等优点，是世界上养殖范围最广、产量最高的经济贝类。长牡蛎是我国传统的重要养殖品种，但是近年来随着养殖集约化程度的提高和养殖海区环境的恶化，长牡蛎出现死亡率高、出肉率低、个体小型化等问题，严重影响了牡蛎养殖业的健康发展。因此，进行长牡蛎的遗传改良，培育具有优质、高产、抗逆等优良性状的新品种，已成为牡蛎养殖业亟待解决的问题。传统的杂交、选择等育种手段在贝类的品种遗传改良中已初见成效。但是传统杂交方法费时、费力，育种效率低，且受人为因素影响较大，育种效果并不十分理想。随着分子生物学技术的快速发展，以分子标记为基础的分子标记辅助选择育种技术为水产动物的遗传改良提供了有力工具，可显著提高选择育种的效率和精确性。其中，SNP作为目前最具发展潜力的分子标记，因其在基因组中数量多、分布广且遗传稳定性高，易于实现高通量自动化分析的优势，已被广泛应用于动植物遗传育种研究中。如果SNP标记可以与长牡蛎生长性状相关联，就可以实现从DNA水平上进行选择育种，克服传统方法受人为因素影响较大的缺点，大大提高选择的准确性，并可在早期鉴定出具有优良性状的个体，从而缩短育种周期，加快育种进程。
技术实现思路
针对现有技术发展的现状，本专利技术的目的是提供了3个与长牡蛎快速生长相关的SNP等位基因，并建立了一种快速、准确、有效地利用SNP标记检测长牡蛎优良个体的方法，能够在早期就鉴定出具有生长优良性状的长牡蛎个体，大大缩短了长牡蛎育种周期。为达到上述目的，本专利技术采取的具体技术方案如下：长牡蛎快速生长相关的SNP标记，其特征在于：第一个SNP标记命名为jl027，其位于NCBI网站上登录号为FQ668499的EST序列的第514个碱基处，突变类型为：A/G；第二个SNP标记命名为jl090，其位于NCBI网站上登录号为HS232693的EST序列的第615个碱基处，突变类型为：C/T；第三个SNP标记命名为jl615，其位于NCBI网站上登录号为HS189919的EST序列的第557个碱基处，突变类型为：C/T。所述的三种SNP标记的筛选方法，包括如下步骤：1)实验群体的获得：以长牡蛎养殖群体作为繁殖亲本，通过连续5代的选择育种而培育出的长牡蛎快速生长系；对照组为随机选择的长牡蛎养殖群体；快速生长系在壳高、壳长、壳宽、总重及软体部重5项生长指标上显著优于对照组(P<0.01)；2)验证群体的获得：在长牡蛎养殖群体中，以壳高和总重为选择指标，选出表型值的极大群体和极小群体，记为验证群体，用于验证通过步骤1)实验群体筛选得到的SNP位点；3)利用从EST序列中开发的具有多态性且分型效果好的SNP标记进行基因分型，运用卡方检验分析SNP标记在快速生长系和对照组中的等位基因频率分布差异，初步筛选出9个SNP位点与生长性状相关联(P<0.0001)；4)用步骤3)中筛选出的9个SNP位点在验证群体中进行验证，经卡方检验最终得到3个与长牡蛎生长性状相关联的SNP位点(P<0.01)；3个SNP位点的优势等位基因为jl027位点的等位基因G、jl090位点的等位基因C和jl615位点的等位基因C。所述的3个SNP标记的扩增引物分别为：jl027-F：GACCAGACCTGGAGCGAGAAC，jl027-R:TTCACTGCATTGGTAGAATCCTC；jl090-F:GCGACAGATACCAACAACGTACAG，jl090-R:CACAGTCCTTGAGATTGTTCTTGAT；jl615-F:ACTCAAGTCAGCGTACAAATCGTT，jl615-R:GACACGTTCTGTAGCGGTAGGAG。所述的SNP标记在筛选快速生长长牡蛎亲本中的应用，其特征在于，该应用为：检测长牡蛎亲本在所述jl027、jl090和jl6153位点的等位基因，将同时具有jl027位点的等位基因G、jl090位点的等位基因C和jl615位点的等位基因C的个体选作亲本。进一步的，上述应用的具体方法为：1)从待测亲本中剪取闭壳肌样品，提取DNA；2)以提取得到的DNA为模板，利用所述3个SNP标记的引物进行PCR扩增和高分辨率熔解曲线分析技术对每个亲本样品进行基因分型，将同时存在jl027的等位基因G、jl090的等位基因C、jl615的等位基因C的个体保留，即为长牡蛎快速生长亲本。利用本方法将生产中同时具有这3个优势等位基因的个体选作亲本，可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体，从而缩短育种周期，加快育种进程。进一步的，所述的高分辨率熔解曲线分析的反应体系为：高分辨率熔解曲线分析的反应条件为：95℃预变性5mim，95℃变性10s；touchdown程序10s，为63℃-60℃，每个循环下降0.5℃；72℃延伸10s，10s末收集单个荧光，40个循环；95℃反应1min，40℃反应1min，同时收集荧光信号，1个循环；70-90℃读取荧光曲线，25次/℃。本专利技术的优点和有益效果：1)本专利技术选用的SNP标记是从保守性较高的EST序列中开发得到的，这些标记与表达基因紧密连锁或直接位于基因的编码区内，提高了筛选相关基因的效率。2)本专利技术通过HRM分析进行基因分型，既保证了检测结果的可靠性，也避免了测序分析的繁琐操作，极大地提高了实验效率。3)与传统的选育方法相比，本专利技术具有目的性强、作用效果直接的特点，能够快速获得生长速度快且遗传稳定的长牡蛎个体；本专利技术操作简单、检测快速成本低，便于广泛推广使用。附图说明图1为长牡蛎生长性状相关的SNP标记筛选流程图。图2为SNP位点jl27的高分辨率熔解曲线图。图3为SNP位点jl90的高分辨率熔解曲线图。图4为SNP位点jl615的高分辨率熔解曲线图。具体实施方式下面通过具体实施例并结合附图对本专利技术作进一步详细阐述。实施例：1、与长牡蛎快速生长相关的SNP标记筛选，筛选流程如图1所示：1)2014年7月选取24月龄的经连续选育5代的长牡蛎快速生长系的96个个体，对照组为取自荣成市普通养殖群体的96个个体，共计192个个体作为实验群体，用于与生长相关本文档来自技高网...
【技术保护点】
长牡蛎快速生长相关的SNP标记，其特征在于：第一个SNP标记命名为jl027，其位于NCBI网站上登录号为FQ668499的EST序列的第514个碱基处，突变类型为：A/G；第二个SNP标记命名为jl090，其位于NCBI网站上登录号为HS232693的EST序列的第615个碱基处，突变类型为：C/T；第三个SNP标记命名为jl615，其位于NCBI网站上登录号为HS189919的EST序列的第557个碱基处，突变类型为：C/T。
【技术特征摘要】
1.长牡蛎快速生长相关的SNP标记，其特征在于：
第一个SNP标记命名为jl027，其位于NCBI网站上登录号为FQ668499的EST序列的第514个碱基处，突变类型为：A/G；
第二个SNP标记命名为jl090，其位于NCBI网站上登录号为HS232693的EST序列的第615个碱基处，突变类型为：C/T；
第三个SNP标记命名为jl615，其位于NCBI网站上登录号为HS189919的EST序列的第557个碱基处，突变类型为：C/T。
2.权利要求1所述的SNP标记的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：
实验群体的获得：以长牡蛎养殖群体作为繁殖亲本，通过连续5代的选择育种而培育出的长牡蛎快速生长系；对照组为随机选择的长牡蛎养殖群体；快速生长系在壳高、壳长、壳宽、总重及软体部重5项生长指标上显著优于对照组（P<0.01）；
验证群体的获得：在长牡蛎养殖群体中，以壳高和总重为选择指标，选出表型值的极大群体和极小群体，记为验证群体，用于验证通过步骤1）实验群体筛选得到的SNP标记位点；
利用从EST序列中开发的具有多态性且分型效果好的SNP标记进行基因分型，运用卡方检验分析SNP标记在快速生长系和对照组中的等位基因频率分布差异，初步筛选出9个SNP位点与生长性状相关联（P<0.0001）；
用步骤3）中筛选出的9个SNP位点在验证群体中进行验证，经卡方检验最终得到3个与长牡蛎生长性状相关联的SNP位点（P<0.01）；3个SNP位点的优势等位基因为jl027位点的等位基因G、jl090位点的等位基因C和jl615位点的等位基因C。
3.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，扩增所述3个SNP标记的引物分别为：
jl027-F：GACCAGACCTGGAGCGAGAAC，
jl027-R:TTCACTGCATTGGTAGAATCCTC；
【专利技术属性】
技术研发人员：李琪，王九龙，
申请(专利权)人：中国海洋大学，
类型：发明
国别省市：山东;37
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。